Anda di halaman 1dari 10

ISOLASI DNA PADA BUAH

LAPORAN Disusun Untuk Memenuhi Tugas Praktikum Matakuliah Genetika 1 yang Dibina Oleh Prof. Dr. A.D. Corebima, M.Si

Oleh: Kelompok VII Ema Aprilisa (207341408135) M. Fahruddin( ) Tri Handayani ( )

UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN BIOLOGI Maret 2009

I. Judul

: Isolasi DNA pada Buah

II. Pendahuluan II.1 Latar Belakang Menurut Gardner (1991), DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) merupakan struktur makromolekuler yang disusun oleh sub unit yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas gugus fosfat, gula karbon lima (pentosa) yang disebut gula dioksiribosa, dan basa nitrogen misalnya adenine, guanine, timin, dan sitosin. Pada model witson dan krick, molekul mempunyai dua rantai polinukleotida, tiap rantai terdiri atas gugus fosfat dan gugus gula secara berselang seling. Gugus fosfat terikat pada atom 5 dan satu gula terikat secara kovalen pada atom karbon 3 dari gula berikutnya. Dua rantai tersebut yang saling terpilin seperti tangga spiral ganda yang disebut heliks ganda. DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai organisme tingkat tinggi misalnya manusia, hewan dan tanaman. DNA terdapat dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstrak dari segala macam organ yang terdapat pada bagian tubuh mahluk hidup bersel, misalnya pada tumbuhan dapat diekstrak dari daun, buah maupun dari batangnya (Muladno, 2002). Isolasi DNA ini dimaksudkan untuk mendapatkan DNA murni. Selain itu Muladno (2002) menjelaskan bahwa cara ekstraksi DNA dari berbagai sumber pada prinsipnya adalah sama, akan tetapi ada beberapa modifikasi tertentu yang biasanya dilakukan agar dapat menghancurkan inhibitor pada masing-masing sumber tersebut. II.2 Rumusan Masalah a. Bagaimanakah pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah? b. Bagaimanakah pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA pada proses isolasi DNA? c. Apakah jenis buah berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA? II.3 Tujuan a. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah. b. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA pada proses isolasi DNA.

c. Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA. III. Kajian Pustaka DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon (Klug & Cummings, 1994). Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Zubaidah (2004: 38) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda, antara lain karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzimenzim seperti polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi penelitian. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Prinsip isolasi DNA mencakup berbagai tahap reaksi dengan tujuan yang berbeda-beda untuk setiap tahapnya. Menurut Clark (1963) tahap-tahap isolasi DNA tersebut adalah :

- Pelepasan DNA yang terlarut dengan cara merusak membran sel dan membran partikel subseluler misalnya asam nukleat. - Penguraian DNA protein kompleks dari denaturasi - Pemisahan DNA molekul yang lain Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, dengan tujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik atau kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian perlakuan yang dapat merusak membran sel dan membran inti, misalnya menggunakan deterjen. Dengan adanya detergen ini dapat membantu mempercepat lisis sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks. IV. Metode Kerja Praktikum ini dilakukan pada Hari Rabu, 25 Maret 2009 di Laboratorium Genetika (BIO 310) Gedung Biologi Universitas Negeri Malang pukul 15.30 17.00 wib. III.1 III.2 Alat dan Bahan Langkah Kerja

V. Hasil dan Pembahasan Isolasi DNA adalah proses pemisahan DNA dari sel untuk mendapatkan DNA murni. Hasil akhir dari proses ini adalah strand-strand DNA dapat terpisah dari dalam sel dalam bentuk cincin seperti kabut putih yang terbentuk antara campuran ekstrak buah, detergen dan garam dengan alkohol. Sumber DNA yang digunakan pada praktikum kali ini adalah buah-buahan. Langkah pertama untuk mengisolasi DNA adalah dengan memblender buah yang akan digunakan sebagai sumber DNA. Proses ini bertujuan untuk merusak dinding sel, membran sel, dan membran inti secara mekanik. Kemudian, hasil pemblenderan buah tersebut disaring lalu di tuangkan dalam larutan detergent yang telah diberi garam. Garam memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi

berjalan lebih stabil. (Harley 2005: 410). Selain itu, garam berfungsi untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya berfungsi seperti halnya lysing buffer. Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekulmolekul saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Dari pernyataan tersebut, dapat disimpulkan bahwa selain digunakan untuk menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing pemekatan DNA. Sedangkan detergent berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler ynag dapat merusak DNA (ion Mg2+ merupakan kofaktor penting bagi DNAse yang bisa memakan DNA). Detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Jamilah, 2005:11). Sedangkan menurut Machmud (2006), penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia. Campuran tersebut diaduk perlahan agar tidak timbul buih. Pengadukan larutan bertujuan untuk untuk memperbesar pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent merupakan bahan yang dapat buffer, garam juga membantu proses

merusak membran sel. Tetapi jika pengadukannya terlalu cepat akan menimbulkan buih yang dapat menyebabkan terganggunya proses isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih. Setelah itu, campuran dari ekstrak buah, detergent dan garam tersebut dimasukkan dalam tabung reaksi, ditetesi dengan alkohol dingin hingga terlihat adanya cincin seperti kabut putih yang terbentuk di antara campuran dengan alkohol. Alkohol berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul karena pemekatan oleh garam. Jamilah (2005: 14) menyebutkan bahwa pemekatan dilakukan dengan penambahan ethanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi prespitasi DNA pada perbatasan kedua larutan. Seperti yang telah diketahui bahwa kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air, sehingga alkohol akan berada di bagian atas dari larutan dalam tabung reaksi. DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak seperti cincin kabut putih yang terbentuk di antara campuran dengan alkohol. Alkohol yang ditambahkan harus dalam kondisi dingin. Jika dibandingkan dengan pernyataan Jamilah (2005: 14), dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik dan dalam Jamilah (2005: 21) juga disebutkan bahwa semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat. Dari pernyataan-pernyataan tersebut dapat diketahui bahwa semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang terisolasi dapat terlihat dengan jelas. Waktu pengisolasian dan jumlah DNA yang terisolasi berbeda untuk masing-masing jenis buah dan detergent yang digunakan. Waktu pengisolasian yang paling cepat adalah pada buah ................. dengan detergent ................. Sedangkan yang paling lama pada buah ................. dengan detergent ................. Untuk jumlah DNA terisolasi yang paling banyak adalah pada buah ................. dengan detergent ................. dan yang paling sedikit adalah pada pada buah ................. dengan detergent ................. Perbedaan ini diakibatkan .................. VII. Simpulan

a. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah. b. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA pada proses isolasi DNA. c. Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA.

VIII. Daftar Pustaka Clark, M. John. 1963. Experimental Biochemistry. San Fransisco: WH Freeman and Company. Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill Company Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang Klug, W.S. & M.R. Cummings. 1994. Concepts of Genetics. Englewood : PrenticeHall Inc. Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya Terhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe Ploidi Yang Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.

VIII. Diskusi 1. Apakah yang dimaksud dengan isolasi DNA? Jawab : Isolasi DNA adalah proses pemisahan DNA dari sel untuk mendapatkan DNA murni. Hasil akhir dari proses ini adalah strand-strand DNA dapat terpisah dari dalam sel dalam bentuk cincin seperti kabut putih yang terbentuk antara campuran ekstrak buah, detergen dan garam dengan alkohol. 2. Apa fungsi penambahan garam?

Jawab : Garam memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. (Harley 2005: 410). Selain itu, garam berfungsi untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya berfungsi seperti halnya lysing buffer. Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Dari pernyataan tersebut, dapat disimpulkan bahwa selain digunakan untuk menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA. 3. Apa fungsi penambahan detergen? Jawab : Detergen berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler ynag dapat merusak DNA (ion Mg2+ merupakan kofaktor penting bagi DNAse yang bisa memakan DNA). Detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Jamilah, 2005:11). Sedangkan menurut Machmud (2006), penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid proteindeterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid

memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia. 4. Apa fungsi penambahan alkohol? Jawab : Alkohol berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul karena pemekatan oleh garam. Jamilah (2005: 14) menyebutkan bahwa pemekatan dilakukan dengan penambahan ethanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi prespitasi DNA pada perbatasan kedua larutan. Seperti yang telah diketahui bahwa kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air, sehingga alkohol akan berada di bagian atas dari larutan dalam tabung reaksi. DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak seperti cincin kabut putih yang terbentuk di antara campuran dengan alkohol. 5. Mengapa larutan tidak boleh berbuih ketika di aduk dengan penambahan detergen? Jawab : Pengadukan larutan bertujuan untuk untuk memperbesar pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Tetapi jika pengadukannya terlalu cepat akan menimbulkan buih yang dapat menyebabkan terganggunya proses isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih. 6. Mengapa alkohol ditambahkan dalam keadaan dingin? Jawab : Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20 0C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik (Jamilah, 2005: 14). Selain itu, dalam Jamilah (2005: 21) juga disebutkan bahwa semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat. Dari pernyataan-pernyataan tersebut dapat diketahui bahwa semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang terisolasi dapat terlihat dengan jelas. 7. Apakah kecepatan pembentukan DNA pada masing-masing buah dan detergen berbeda? Jelaskan!

Jawab : Ya. Jenis buah berpengaruh terhadap terhadap hasil isolasi DNA. Buah yang memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik daripada buah yang kadar airnya tinggi. Hal ini sesuai dengan pernyataan bahwa semakin encer filtrat, maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit (Jamilah, 2005: 21). Selain itu, kondisi barrier (penghalang) sel dari masing-masing buah dimungkinkan juga berpengaruh terhadap kecepatan pembentukan lapisan cincin DNA. Jenis detegent juga berpengaruh terhadap kecepatan terbentuknya cincin DNA. Hal ini disebabkan oleh kemampuan detergent untuk merusak membran sel tidak sama akibat kandungan kimia aktifnya juga tidak sama, baik jenis maupun konsentrasinya. Detergent yang memilki kemampuan tinggi untuk merusak membran sel maka keluarnya DNA dari sel juga akan semakin cepat. Karena keluarnya DNA dari sel lebih capat maka terbentunya cincin setelah penambahan alkohol juga menjadi semakin cepat. 8. Apakah kesimpulan dari praktikumisolasi DNA ini? Jawab :

Anda mungkin juga menyukai