Anda di halaman 1dari 5

ABSTRAK Patch bolak pigmen hitam dan kuning adalah fitur di mana-mana variasi warna mamaliayang memberikan kontribusi

untuk kamuflase, pengakuan spesies, dan keragaman morfologi. Terkait-X penentupola yang diakui oleh mencat pada wanita tetapi tidak pada lakilaki-telah dijelaskan di dalam negeri kucing sebagai Orange, dan pada hamster Suriah sebagai Sex-linked kuning (Sly), tetapi anehnya absen dari lainnya vertebrata spesies. Menggunakan pendekatan genomik komparatif, kita mengembangkan penanda molekuler dan sebuah hubungan peta untuk wilayah euchromatic dari kromosom X hamster Suriah yang menempatkan Sly di suatu daerah homolog ke daerah sentromer-proksimal Xp manusia. Dibandingkan dengan pekerjaan serupa dilakukan untuk Orange pada kucing domestik menunjukkan, mengejutkan, bahwa mutasi kucing dan hamster terletak pada nonhomolog daerah dari kromosom X. Kami juga mengidentifikasi penyebab molekul mantel hitam resesif diwariskan warna pada hamster (historis disebut sebagai nonagouti) sebagai mutasi Cys115Tyr pada gen Agouti. Hewan mutan ganda untuk Sly dan nonagouti memperlihatkan fenotipe Sly. Hasil kami menunjukkan bahwa Sly merupakan melanocortin komponen jalur yang bertindak sama, tetapi secara genetik berbeda dari, MC1R dan yang memiliki implikasi untuk memahami baik sejarah evolusi dan mekanisme mutasi dari pigmenttype switching. ATAS genetika warna bulu adalah yang sudah berjalan lama dan kaya model sistem untuk mempelajari aksi gen dan sel sinyal. Seperti sistem genetik klasik dalam invertebrata organisme model, sel jenis dan jaringan yang menimbulkan untuk warna rambut mamalia yang baik ditandai dan eksperimental diakses, dan perubahan aktivitas gen dapat dengan mudah dideteksi. Lambang mutasi warna terutama berguna untuk mempelajari gen dan jalur unik untuk vertebrata genom dan telah menyebabkan lebih dalam pemahaman proses biologis beragam karena banyak mesin molekuler yang digunakan oleh pigmen sistem adalah baik bersama oleh atau homolog pada molekul digunakan dalam jalur fisiologis lainnya (Jackson 1997; Bennett dan Lamoreux 2003; Steingrimsson et al. 2006). Pendekatan ini telah terbukti sangat berguna untuk membedah mekanisme molekuler dari pigmen-jenis switching, sebuah fenomena dalam whichmelanocytes memilih antara sintesis eumelanin (yang relatif tidak larut hitam atau coklat pigmen) atau pheomelanin (a cysteinerich pigmen merah atau kuning yang larut dalam alkali encer) (Silvers 1979). Sebuah focal point untuk pigmen-jenis switching yang adalah Agouti-melanocortin 1 reseptor (MC1R) jalur. MC1R adalah G-protein ditambah reseptor dinyatakan dalam melanosit, sedangkan protein Agouti adalah sinyal parakrin sinyal molekul yang disekresi oleh sel-sel kulit khusus yang MC1R menghambat sinyal (Cone et al 1996;. terakhir dalam Barsh 2006). Pada tikus laboratorium, gain-of-fungsi mutasi yang konstitutif mengaktifkan MC1R

(misalnya, muram, Mc1rso) menyebabkan produksi eksklusif eumelanin, sedangkan kerugian-of-fungsi mutasi MC1R (misalnya, kuning resesif, Mc1re) menyebabkan produksi eksklusif pheomelanin (Robbins et al. 1993). Di sisi lain, karena Agouti adalah sebuah MC1R antagonis, gain-of-fungsi Agouti mutasi (misalnya, mematikan kuning, Ay) menyebabkan produksi eksklusif pheomelanin, sedangkan kerugian-of-functionmutations (misalnya, ekstrim nonagouti, ae) menyebabkan produksi eksklusif eumelanin (Siracusa 1994; Hustad dkk. 1995). Pada awal 1900-an, Sewall Wright (Wright 1917) menyimpulkan bahwa genetik mekanisme yang mengontrol pigmen variasi telah banyak dilestarikan duringmammalian evolusi. Secara khusus, Agouti fenotipe- di mana rambut individu menampilkan sebuah band dari subapical pheomelanin pada latar belakang-lain eumelanic diamati di berbagai macam filum mamalia. Di dekade terakhir, keuntungan-dan kerugian-offungsi mutasi MC1R havebeenidentified inmanydomestic binatang (Andersson 2003; Klungland dan Vage 2003), dan Agouti dan / atau MC1R variasi telah terbukti berkontribusi pigmen variasi dalam populasi alami beberapa (Eizirik et al. 2003; Nachman dkk. 2003; Mundy dkk. 2004; Hoekstra et al. 2006; Steiner et al. 2007). Paling percobaan bekerja di jalur Agouti-MC1R memiliki dilakukan pada tikus laboratorium. Meskipun demikian, komparatif zoologic studi oleh Wright (1918) dan lain (Little 1957; Searle 1968) menyarankan bahwa beberapa komponen mamalia pigmen-jenis peralihan yang tidak direpresentasikan sebagai mutasi warna bulu di laboratorium tikus. Selain garis hitam dan kuning biasa pola yang ditemukan karnivora inmany yang biasanya dihubungkan dengan gen Tabby (Searle 1968), hitam dan tidak teratur patch oranye karena aktivitas gen terkait-X adalah juga hadir dalam kucing domestik dan hamster Suriah; baik dari fenomena ini telah dijelaskan dalam laboratorium tikus. Dalam kucing domestik, perempuan-spesifik mencat dari patch mantel hitam dan warna oranye telah dihargai untuk dukungan lebih dari satu abad dan membantu awal hipotesis bahwa acak dan epigenetically diwariskan Inaktivasi X adalah fitur universal dari plasenta mamalia (Lyon 1962). Sebuah fenotipe yang sama berpikir disebabkan oleh mutasi dari homolog terkait-X gen digambarkan pada hamster Suriah .40 tahun yang lalu (Robinson 1966). Seperti pada kucing, hamster laki-laki hemizigot dan hamster betina homozigot benar-benar kuning, sementara perempuan heterozigot menunjukkan karakteristik kulit penyu pola bercak kuning pada latar belakang hitam.(The kulit penyu syarat dan belacu yang sering digunakanuntuk merujuk pada fenotipe, gen, dan / atau alel dalam kucing dan hamster, di sini kita menggunakan Orange, O, untuk menggambarkan gen pada kucing dan penunjukan asli Robinson, Sexlinked kuning, Sly, untuk menggambarkan gen pada hamster.) Lebih dari 100 mutasi mantel tikus warna telah ditandai selama abad terakhir, dan alel ganda ada untuk mereka yang langsung terlibat dalam pigmen-jenis switching yang (Agouti, MC1R, Atrn, Mgrn, Sox18), tidak ada yang

berbaring di theXchromosome (Bennett dan Lamoreux 2003). jelas tidak ada dari tikus laboratorium X-linked pigmen-jenis mutasi switching adalah membingungkan dalam wajah hukum Ohno, yang memprediksi konservasi synteny pada kromosom X seluruh mamalia yang berbeda karena seleksi terhadap spesies dosis gen diubah (Ohno 1969) Karakterisasi Genetik Sex-linked kuning. pada hamster Suriah bisa menjelaskan paradoks ini dan mengidentifikasi komponen tambahan dari jenis pigmen beralih jalur. Namun, sebaliknya ke laboratorium tikus, sangat sedikit dari karya klasik pada variasi warna bulu pada hamster Suriah (Nixon dkk. 1970) telah dikembangkan pada tingkat genetik molekuler. Kami telah mendirikan koloni laboratorium berbasis Suriah hamster untuk mempelajari biologi dan genetikaSex-linked kuning bersama-sama dengan varian warna bulu lain dan menegaskan bahwa mutasi berperilaku mirip dengan apa yang awalnya dilaporkan (Robinson 1966, 1972). Di sini kita menggunakan pendekatan genomik komparatif untuk menghasilkan peta genetik molekul dari hamster Suriah Kromosom X yang meliputi Sex-linked kuning, yang memberikan dasar untuk molekuler genetik dan epistasis studi mengungkapkan bahwa Sly merupakan komponen dari jalur melanocortin mirip, tetapi independen dari, MC1R tersebut. Dibandingkan dengan pekerjaan serupa dilakukan untuk Orange pada kucing domestik (Schmidt-Ku ntzel dkk.2009, menyertai artikel, masalah ini) menunjukkan bahwa kucing dan hamster mutasi mungkin terletak pada nonhomologdaerah dari kromosom X, yang memiliki implikasi untuk memahami baik sejarah evolusi dan mutasi mekanisme pigmen tipe switching. BAHAN DAN METODE Peternakan: varian warna Sly dan mantel dalam Hamster Suriah baik diakui dalam komunitas hobi, tetapi tidak dipelihara secara ilmiah atau penelitian yang berorientasi pengaturan, tidak satupun dari vendor laboratorium hewan kami menghubungi ada suatu fenotip sex-linked dan / atau beraneka ragam. Kitadiperoleh hewan dengan beragam rangkaian fenotip warna bulu dari San Joaquin Lembah Perikanan (Fresno, CA), termasukberikat, hitam, krem, emas, bermata merah encer, kulit penyu,dan tricolor (analog dengan belacu di kucing domestik). Untuk karakterisasi fenotipik dan pemetaan hubungan dari Sly, kita digunakan wanita dan pria kulit penyu hitam dan dikonfirmasi kulit penyu yang dipisahkan sebagai sifat terkait-X sesuai dengan harapan Mendel seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1 dan 2 dan Tabel 2. Semua pekerjaan hewan dilakukan di bawah Asia Pasifik Laboratory Accreditation Cooperation yang disetujui protokol. Genetik spidol: Kami pertama kali dikembangkan urutan sederhanaPanjang polimorfisme (SSLP) penanda menggunakan perbandingan strategi genomik yang selaras daerah mouse dan manusia

kromosom X digunakan untuk mengidentifikasi potensi SSLP target untuk amplifikasi PCR menggunakan Primer 3 (Rozen dan Skaletsky 2000). Precomputed keberpihakan dari manusia dan genom tikus diperoleh /. Dari dari 39.889daerah

ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg16/vsMm4/axtTight

manusia-mouseX keberpihakan kromosom, kami menggunakan script perl kustom untuk mengidentifikasi 7204 pasang keberpihakan dalam yang masing-masing pasangan dipisahkan oleh 100 - untuk 300-bp kesenjangan (di mana keselarasan tidak tercatat dan karena itu mungkin berisi SSLP an). Kami disaring 7204 pasang keberpihakan oleh tingkat kesamaan, yang memungkinkan hanya mereka keberpihakan yang ada pertandingan manusia-tikus yang sempurna minimal 20 bp, menghasilkan 943 pasang keselarasan. Di antaranya, primer cocok (Yang memenuhi kriteria standar untuk Primer3) dapat dirancang untuk 452. Di antara 452 pasangan keselarasan, yang (campur menjadi diperkuat) urutan yang terkandung target SSLP satu atau lebih di kedua mouse dan genom tikus di urutan 30 keberpihakan?, yang semuanya digunakan untuk PCR dari genom hamster DNA. Pendekatan ini menghasilkan tujuh amplikon yang berisi SSLPs polimorfik, kita kemudian dirancang internal yang primer baru langsung dari urutan hamster untuk amplifikasi selanjutnya DNA genomik hamster. Kami dilengkapi peta kerangka SSLP dengan SNP berbasis dipastikan resequencing intron atau antara pasangan penanda urutan noncoding kekal. Untuk intron resequencing, ekson berbasis pasangan primer dipilih menggunakan script perl dirancang untuk menargetkan oligonukleotida yang sesuai dengan sedikit atau tidak ada kodon degenerasi (dan karena itu cenderung dilestarikan antara tikus dan hamster). Untuk resequencing antara pasang noncoding urutan lestari, kami memodifikasi strategi yang dijelaskan di atas untuk memulai dengan precomputed mouse- manusia keberpihakan (Kent et al 2003;.. Brudno et al 2004). Dari 300 amplikon? Dari DNA hamster, kami mengidentifikasi sembilan SNP digunakan untuk melengkapi peta keterkaitan SSLP berbasis. Untuk tujuh dari sembilan penanda SNP, primer berdasarkan pada mouse urutan menghasilkan produk amplifikasi yang kuat dan spesifik dari DNA genomik hamster, dalam dua kasus . HASIL Sex-linked kuning pada hamster-fenotip dan genetika: Komersial pemasok hamster Suriah untuk penelitian laboratorium membawa varian mantel sedikit, jika ada, warna. Kami mengidentifikasi pemasok hewan peliharaan toko besar di California pusat lembah, warna bulu diimpor beberapa yang berbeda varian, dan silsilah standar didirikan dari perempuan kulit penyu tujuh dan enam pria kulit hitam untuk mengkonfirmasi dan ciri fenotip dan warisan.

Di bawah ini, kami mengacu pada mutan dan nonmutant alel untuk Sly sebagai SlyTo dan Sly1, masing-masing. Seperti dijelaskan awalnya (Robinson 1966), mutan hewan (SlyTo / Y atau SlyTo / SlyTo) adalah oranye-kuning dalam warna dengan gelap dorsum dari ventrum dan penampilan yang berjelaga, sedangkan hewan nonmutant (Sly1/Sly1 atau Sly1 / Y)'' emas,'' mungkin karena kehadiran dari sebuah alel Agouti yang mempromosikan sebuah band diperpanjang pheomelanin. Namun, dalam komunitas hobi hari ini, SlyTo hampir selalu dijelaskan pada dugaan nonagouti (a / a) latar belakang seperti yang nonmutant hewan (Sly1/Sly1 atau Sly1 / Y) adalah hitam. (Sehingga akuntansi untuk emas bukan khas disikat penampilan Agouti). Rambut dari hewan kuning menunjukkan ujung gelap (tapi kurang gelap dari pada hewan emas), poros kuning pucat (kurang intens dibandingkan dengan pheomelanic pita rambut emas), dan dasar putih (Gambar 1). Untuk mencirikan warisan Sly, kami menggunakan sebuah threegeneration pemuliaan skema di mana tahap bisa disimpulkan jelas untuk X-linked penanda; kulit penyu perempuan selalu dikawinkan dengan pria kulit hitam, seperti bahwa hanya alel Sly tunggal memisahkan antara F3 keturunan (Gambar 2A). Sebanyak 155 progeni F3 adalah diperoleh dari 17 silsilah. Terkait-X warisan Sly dikonfirmasi oleh tidak adanya perempuan kuning di setiap silsilah dan keturunan F3 distribusi yang tidak menyimpang secara signifikan dari yang diharapkan untuk X linkage (Tabel 2). Pengamatan ini menegaskan bahwa setiap kerabat yang memisahkan sebuah alel terkait-X tunggal yang hasil dalam produksi pheomelanin konstitutif dan memberikan cukup jumlah peristiwa ofmeiotic untuk melakukan sebuah hubungan memindai dari kromosom X hamster. Linkage scan dari kromosom X: Kami menggunakan kombinasi genomik komparatif dan PCR berbasis pendekatan untuk mengembangkan penanda genetik molekuler untuk hamster X kromosom. Di antara semua kemungkinan kombinasi penanda (tujuh SSLP spidol dan sembilan SNP penanda) dengan 155 individu F3, 1077 tes menghasilkan Hasil informatif dan digunakan untuk membangun genetik peta (Angka 2B dan 3, Tabel 3). Hamster X peta kromosom meliputi 46 cM dengan intermarker median jarak 4,1 cM; oleh perbandingan, Xspecific tikus wilayah adalah 72 cM panjang (Blake et al. 2003). Peta hamster termasuk penanda bahwa peta untuk kedua ujung kromosom X manusia, tetapi tidak memiliki penanda sesuai dengan dua wilayah kunci di mouse (0-20 Mb dan 85-129 Mb) dan satu wilayah kunci dalam manusia (54 -98 Mb). Jadi, kita tidak dapat menentukan apakah lebih pendek genetik panjang relatif kromosom X untuk hamster mouse merupakan rasio penurunan / genetik fisik jarak relatif hamster ke mouse atau daerah terminal pada X hamster yang belum ditangkap oleh penanda genetik kita.