2. Jelaskan struktur molekul protein dan asam nukleat !

A. PROTEIN Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Satu asam amino terdiri atas satu gugus karboksil, satu atom hidrogen, dan satu rantai samping yang terikat pada atom karbon. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Berikut ini merupakan struktur dasar asam amino yang menyusun protein :

Gambar : Struktur dasar asam amino Jumlah asam amino yang umum terdapat pada jasad hidup ada 20 macam. Perbedaan utama antar asam amino satu dengan asam amino yang lainnya terletak pada gugus sampingnya. Asam amino yang paling sederhana adalah glisin yang hanya mempunyai satu atom hidrogen pada gugus sampingnya. Prolin adalah asam amino dengan struktur dasar yang berbeda dari asam amino yang lain karena atom N nya ada dalam struktur cincin. Rantai samping asam amino dapat dibedakan atas : 1) Polar, bermuatan negatif. 2) Polar, bermuatan positif. 3) Polar, tidak bermuatan. 4) Non polar/hidrofobik.
Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 1

5) Netral.

Tabel : Kelompok fungsional asam amino

Gambar : 20 Struktur asam amino

Struktur protein, dibedakan kedalam 4 level, diantaranya :

Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 2

1) Struktur primer. Pada struktur primer, terjadi pembentukan asam amino, dimana asam amino satu akan melepaskan OH untuk berikatan dengan asam amino kedua, yang juga melepaskan satu atom H. Reaksi ini akan menghasilkan dipeptida dan air. Antara asam amino satu dan asam amino dua, akan diikat oleh suatu ikatan peptida. Proses ini terus berlangsung sampai terbentuk rantai polipeptida.

Gambar : Struktur Primer Protein 2) Struktur sekunder Menggambarkan pola pelipatan (folding) bahian-bagian polipeptida ke dalam struktur yang teratur, misalnya helix dan lembaran terlipat (pleated sheet).

Gambar : Struktur Sekunder Protein 3) Struktur tersier Menggambarkan pelipatan bagian-bagian antara helix dan lembaran serta semua interaksi non kovalen yang menyebabkan terjadinya pelipatan yang sesuai pada suatu rantai polipeptida. Interaksi non kovalen tersebut antara lain ikatan hidrogen, ikatan hidrofobik, dan interaksi Van der Waals.

Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 3

Gambar : Struktur Tersier Protein 4) Struktur kuartener Menunjukkan interaksi nonkovalen yang mengikat beberapa rantai polipeptida ke dalam satu molekul tunggal protein.

Gambar : Struktur Kuartener Protein B. ASAM NUKLEAT

Gambar : Struktur Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam dari nukleat sejumlah sering molekul dinamakan nukleotida juga polinukleotida karena tersusun

sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri

Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 4

atas gugus

fosfat, gula

pentosa,

dan

basa

nitrogen

atau basa

nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa Nnya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atassitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapaturasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5metilurasil. Gugus fosfat pada struktur nukleotida terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester. Gugus fosfat inilah yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat.

Gambar : Struktur Molekul Gula Pentosa

Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 5

Gambar : Struktur Molekul Basa Nitrogen

Gambar : Struktur 1 nukleotida Ada dua macam ikatan didalam satu nukleotida yaitu ikatan glikosidik dan ikatan pospodiester. Ikatan glikosidik terjadi karena adanya ikatan antara posisi atom ke 1 pada gula dengan posisi atom ke 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1). Di dalam molekul DNA atau RNA, nukleotida berikatan dengan nukleotida yang lain dengan ikatan pospodiester. Basa purin dan pirimidin tidak berikatan secara kovalen satu sama lain. Oleh karena itu suatu polinukleotida tersusun atas kerangka gula fosfat yang berselang seling dan mempunyai ujung 5 P dan 3 OH yaitu ujung atom C ke 5 pada Phosfat dan ke ujung atom C ke 3 pada OH.

Ikatan glikosidik

Gambar : Ikatan Glikosidik

Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 6

Gambar : Ikatan Pospodiester

Kelompok C S2 IKD dan Biomedis 2012

Page 7