DNA SEBAGAI BAHAN GENETIKA

Tim Pengajar Pengantar Bioteknologi Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA
1865, Gregor Mendel menduga bahwa suatu bagian dari sel bertanggungjawab atas sifat yang diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya

1868, Friedrich Miescher menemukan senyawa kimia yang berasal dari inti sel
1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA
1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van Beneden menemukan bahwa suatu jasad memiliki jumlah kromosom tertentu

1902, Walter Stanborough Sutton menyatakan bahwa kromosom berpasangan

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA
1910, Thomas Hunt Morgan menemukan bahwa bahan pembawa sifat adalah gen yang berada di dalam kromosom 1926, Hermann Muller menemukan bahwa sinar X dapat menginduksi mutasi
1928, Fred Griffith menemukan perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumoniae

Penemuan transformasi sel: Penelitian Griffith (1928)

Andrei Nikolaevitch Belozersky berhasil mengisolasi DNA murni 1940.SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA 1935. Erwin Chargaff menemukan bahwa organisme berbeda memiliki nisbah 4 basa penyusun DNA yang berbeda .

5 T 23.8 20.7 31.1 29.7 20.5 C 25.7 17.6 32.7 28.1 22.9 27.4 21.1 29.8 20.3 .KOMPOSISI BASA PENYUSUN DNA Organisme Escherichia coli Khamir Gandum Salmon Ayam A 24.8 G 26.3 29.3 27.7 22.0 18.

2. dan lingkungan Jumlah residu adenin selalu setara dengan jumlah residu timin. DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan organisme yang sama memiliki komposisi basa yang sama Komposisi basa DNA beragam pada organisme yang berbeda Komposisi basa DNA suatu spesies tidak berubah oleh umur. 3. nutrisi. sedangkan jumlah residu guaninn selalu setara dengan jumlah residu sitosin . 4.Hasil Penelitian Chargaff 1.

Colin MacLeod dan Maclyn McCarty yang melanjutkan pekerjaan Griffith menemukan bahwa DNA adalah bahan yang menyebabkan perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumoniae .SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA 1941. George Beadle dan Edward Tatum menemukan hubungan mutasi dengan kerusakan proses biokimia sel 1944. Oswald Theodore Avery.

dan McCarty . MacLeod.Penelitian Avery.

berbentuk heliks yang saling berkomplemen .SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA 1952. Alfred Hershey dan Martha Chase melalui penelitian menggunakan P dan S radioisotop membuktikan DNA sebagai bahan pembawa informasi genetika 1953. James Watson and Francis Crick menyatakan bahwa DNA adalah benang ganda anti paralel.

Penelitian Alfred Hershey dan Martha Chase .

Penelitian Watson dan Crick  Dengan dukungan data difraksi sinar-X dari Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins Dengan dukungan data analisis kimia basa nitrogen dari Erwin Chargaff Memformulasikan struktur DNA Mengelompokkan basa DNA menjadi purin dan pirimidin Memformulasikan model replikasi DNA     .

STRUKTUR NUKLEOTIDA Tiga komponen pembentuk nukleotida: Basa nitrogen Gugus fosfat (pirimidin atau purin) Gula pentosa .

 Purin (A. dan  U terdapat di RNA  . T. G) dimiliki oleh RNA dan DNA  Pirimidin. G. U). tetapi  T terdapat di DNA. C.PIRIMIDIN & PURIN Diekspresikan dengan huruf pertamanya (A. C dimiliki oleh RNA dan DNA.

deoksiadenilat dan deoksiguanilat) Deoksiribonukleotida dinamai dengan singkatan (pada contoh ini) A.DEOKSIRIBONUKLEOTIDA 2'-deoksiribosa dengan basa (dalam contoh ini purin. adenin atau guanin) terikat pada atom C-1' adalah deoksiribonukleosida (dalam contoh ini deoksiadenosin dan deoksiguanosin). Terfosforilasi pada atom C.5' menjadi nukleotida (dalam contoh ini. atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat) . atau dA (deoksiA).

Deoksiribonukleotida Utama .

atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir. Kedua ujung poli.DNA Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3„nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. .

STRUKTUR DNA DNA terdiri atas dua rangkaian heliks anti-paralel (paralel berlawanan arah) yang melilit ke kanan suatu poros.  Ikatan hidrogen antara basa purin dan pirimidin terletak d bagian dalam.  Kerangka yang berselang-seling antara gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di bagian luar.  .5 pasangan basa per putaran. yang mengandung 10.  Ukuran lilitan adalah 36 Å.

STRUKTUR DNA .

IKATAN HIDROGEN ANTAR RANGKAIAN BASA DNA Watson-Crick base pairing .

.  Basa C berpasangan dengan G.RANGKAIAN BENANG DNA  Basa penyusun suatu benang DNA yang antiparallel tidak sama melainkan bersifat komplemen terhadap benang pasangannya. sedangkan A dengan T. Hal ini sangat bemanfaat dalam kaitan untuk penyimpanan dan pemindahan.

dll.) Sintesis Protein terjadi di Ribosom . informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA. • DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter.PERAN DNA • DNA terletak di kromosom dan kloroplas • DNA mengandung gen. operator.

mesin biologis pembuat protein • Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi urutan asam amino • RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain.PERAN RNA • Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom • Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom. di antaranya fungsi-fungsi katalis .

RNA Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3„nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya.atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.  Kedua ujung poli.  .

RIBONUKLEOTIDA Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin. urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1„nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). atau UMP (uridin monofosfat) .  Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5„nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat)   Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U.

RIBONUKLEOTIDA UTAMA .

PENAMAAN NUKLEOTIDA .

DOGMA UTAMA BIOLOGI Replikasi Transkripsi Translasi .

masing-masing benang DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis DNA pasangannya Terjadi di replikon yang terdiri dari “origin of replication” dan dua garpu replikasi (bidirectional) Masing-masing garpu replikasi tersusun atas kompleks enzim.Ringkasan tentang Replikasi DNA    Terjadi secara semikonservatif. topoisomerase . termasuk di dalamnya DNA polymerase  Terlibat juga enzim-enzim primase. helikase.

• Cara ini disebut cara replikasi semikonservatif. atau denaturasi) sehingga untai tetua menjadi cetakan. .REPLIKASI DNA • Pada replikasi DNA. • Replikasi cara semikonservatif membutuhkan pemisahan untai DNA (pelelehan sebagian. masing-masing untai DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai pasangannya yang baru. menghasilkan dua molekul DNA.

PERCOBAAN MESELSON-STAHL .

SINTESIS DNA Pertumbuhan garpu replikasi Pertumbuhan benang DNA 5’ 3’ 3’ Pertumbuhan benang DNA 5’ .

Benang DNA „Leading‟ and „Lagging‟   Terjadi karena sintesis DNA terjadi hanya pada arah 5’ ke 3’ Kedua benang DNA mengalami proses yang berbeda   Sintesis DNA pada benang ‘leading’ terjadi secara ‘continuous’+ Sintesis DNA pada benang ‘lagging’ terjadi secara discontinuous  leading  Membentuk fragmen Okazaki Fragment-fragmen kemudian akan terhubung oleh aktivitas DNA ligase lagging .

.

3’-OH) untuk memulai sintesis DNA Primase berfungsi untuk membuat primer RNA Harus menyambung fragmen-fragmen DNA Hal ini dilaksanakan oleh enzim DNA ligase .Sintesis benang DNA „Lagging‟ Harus ada primer (i.e.

Mesin Replikasi DNA Fungsi primase? Fungsi topoisomerase? Fungsi helikase? Fungsi single-stranded DNA binding proteins? .

„Origin‟ dari Replikasi DNA  Replikasi DNA dimulai dari suatu urutan nukleotida spesifik yang disebut „origins of replication‟  Dikenali oleh protein yang berfungsi membuka lilitan benang DNA  Sintesis DNA terjadi dalam dua arah dari „origin‟ .

Bidirectional DNA Replication DNA synthesis occurs in replicons consisting of an origin of replication and two diverging replication forks (bidirectional) Fork movement Fork movement .

.

Diagram Skematik dari DNA ke RNA kemudian menjadi Protein Gen terekspresi melalui 2 langkah: Transkripsi: Membentuk RNA Translasi: Sintesis Protein .

except T’s replaced by U’s .Transcription  RNA polymerase catalyzes RNA synthesis  uses one DNA strand as template  always the same strand for a given gene   locally unwinds DNA adds free nucleotides to growing RNA strand at 3’ end     5’ to 3’ RNA synthesis template read 3’ to 5’ uses rules of base pairing to synthesize complementary RNA molecule starts RNA chain de novo  Transcript is identical in sequence to nontemplate strand.

the template strand The RNA transcript has the same sequence as the nontemplate strand RNA is synthesized in a 5’ to 3’ direction only The template strand is read in the 3’ to 5’ direction .Transcription is asymmetric – only one strand of the DNA is transcribed into RNA.

.

Either strand of the DNA can be used as the template strand for transcription However. in any one gene only one strand of the DNA serves as the template for transcription DNA .

Multiple RNA polymerases can transcribe a gene simultaneously creating a train of RNA polymerases .

makes mRNA  primary transcript will be processed RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes  Eukaryotes: three RNA polymerases     Transcription and translation occur in separate compartments of the eukaryotic cell  In organelles they occur in the same compartment .e.RNA polymerases  Prokaryotes: single RNA polymerase   Transcribes mRNA. rRNA and tRNA Transcription and translation are coupled RNA polymerase I transcribes rRNA genes RNA polymerase II transcribes protein-encoding genes. i.

Translation (protein synthesis)  Information in mRNA translated into primary sequence of a protein in 4 steps:     ACTIVATION INITIATION ELONGATION TERMINATION .

Translation (protein synthesis)  ACTIVATION   Each amino acid activated by reacting with ATP tRNA synthetase enzyme attaches activated amino acid to own particular tRNA .

Protein synthesis: Translation initiation .

Protein synthesis: elongation (2) .

Protein translation: termination (3) .

Protein translation: summary Elongation Initiation Termination .

Cell Information: Instruction Book of Life   DNA. Arg. Each amino acid is coded by 3 nucleotides called codon. Met.) . RNA. (Leu. and Proteins are examples of strings written in either the fourletter nucleotide alphabet of DNA and RNA (A C G T/U) or the twenty-letter amino acid alphabet of proteins. etc.

Terima Kasih .