Setiap instansi kesehatan menerapkan system informasinya masing-masing yang berfungsi untuk mengatur jalannya instansi tersebut. Sistem informasi kesehatan bisa saja berbeda pada tiap instansi kesehatan, walaupun berjenis sama misalnya rumah sakit, antar satu rumah sakit dengan rumah sakit lainnya bisa berbeda didtem informasi kesehatannya. Sistem informasi kesehatan adalah integrasi antara perangkat, prosedurdan kebijakan yang digunakan untuk mengelola siklusinformasi secara sistematik untuk mendukung pelaksanaan manajemen kesehatan yang terpadu dan menyeluruhdalam kerangka pelayanan kesehatan kepada masyarakat Sistem informasi kesehatan terdiri atas tiga jenis dilihat dari sistem pengelolaannya yaitu sistem informasi kesehatan manual, sistem informasi kesehatan komputerisasi offline, sistem informasi kesehatan komputerisasi online. Sistem informasi kesehatan manual, dimana pengelolaan informasi di fasilitas pelayanan kesehatan dilakukan secara manual atau paper based. Sistem informasi kesehatan komputerisasi offline, dimana pengelolaan informasi di pelayanan kesehatan sebagian besar/seluruhnya sudah dilakukan dengan menggunakan perangkat komputer namun belum didukung oleh jaringan internet online ke dinas kesehatan kabupaten/kota dan provinsi/bank data kesehatan nasional. Sistem informasi kesehatan komputerisasi online, dimana pengelolaan informasi dilakukan dengan menggunakan perangkat komputer dan sudah terhubung secara online melalui jaringan internet ke dinas kesehatan kabupaten/kota dan provinsi/bank data kesehatan nasional untuk memudahkan dalam komunikasi dan sinkronisasi data.
Saat ini sebagian besar instansi kesehatan seperti puskesmas sudah menggunakan sistem informasi komputerisasi online atau sistem informasi elektronik. Sistem informasi di puskeskesmas termasuk kedalam SIKDA (Sistem Informasi Tingkat Kabupaten). SIKDA mencakup beberapa pelayanan elektronik yaitu resep elektronik (e-prescription), e-archive, eradiologi, e-laboratorium, dan lain-lain.
Sistem informasi elektronik bertujuan untuk memudahkan proses administrasi serta pelayanan kesehatan di suatu instansi kesehatan, salah satunya adalah pelayanan resep elektronik di puskesamas. Sebagian besar puskesmas di Indonesia sudah memilki pelayanan resep elektronik. Resep elektronik atau e-prescription merupakan transmisi elektronik resep obat dari computer pembuat obat ke computer bagian farmasi. Manfaat yang didapatkan dari penggunaan sistem pelayanan resep elektronik diantaranya adalah efisiensi waktu pelayanan terhadap pasien, dapat menghindari kesalahan menulis dan membaca nama dan dosis obat, dapat mengurangi kemungkinan terjadinya alergi dan interaksi obat, dapat memberikan peringatan terhadap obatobat tertentu yang bisa menimbulkan reaksi merugikan, mempermudah pemantauan ketersediaan (stok) obat, dapat mempromosikan pemakaian obat generik, dapat menghemat tempat penyimpanan arsip, dapat mempermudah analisis penyakit dan pemakaian obat. Pelayanan resep secara elektronik memang memilki banyak manfaat dan memudahkan proses administrasi, pelayanan, serta pengarsipan data pasien, tetapi disamping semua manfaat itu terdapat pula kendala yang dihadapi oleh Negara Indonesia. Seperti yang kita ketahui di Indonesia masih banyak daerah-daerah yang kurang tersentuh dengan kemajuan teknologi, kemampuan sumberdaya manusianya juga masih rendah terhadap kemajuan teknologi yang ada. Pelayanan resep elektronik tentu saja membutuhkan komputer , selain dari sumberdaya manusianya yang tidak ahli dalam kemajuan teknologi, Indonesia juga masih mengalami masalah keuangan. Dana yang ada tidak dapat memenuhi kebutuhan pengadaan computer pada setiap puskesmas, apalagi untuk membuat jaringan-jaringan internet ke seluruh penjuru Indonesia. Sistem informasi elektronik tentu saja membutuhkan koneksi internet yang kuat, sedangkan di Indonesia tidak seluruh daerah yang dapat mengakses melalui internet karena jaringan internet tidak sampai ke daerah tersebut.