Anda di halaman 1dari 15

2012

BIOCHEMISTRY PAPER

CATALYTIC CHARATERISTICS OF ENZYME

Disusun oleh : AYU SARTIKA SINAGA FRETA KIRANA BALLADONA 115040201111016 115040201111018

NOVITA INKA SARI W HELMI RIZQULLAH ARIF RAHMANDA

115040201111019 115040201111020 115040201111021

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

DAFTAR ISI

I. Enyme structure and models.................................................... II. Enzyme Substrate Interaction.............................................. III. Enzyme Kinetic.................................................................... Ex. Michaelis Manten Model............................................. -Persamaan Double Reciprocal............................ lineweaver Burk................................ -Persamaan Eadie Hofstee...............................
- Persamaan Hanes Woolf.................................

IV. Daftar Pustaka......................................................................

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

I.

Enyme structure and models Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari

hanya 62 asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase[10], sampai dengan lebih dari 2.500 residu pada asam lemak sintase.[11] Terdapat pula sejumlah kecil katalis RNA, dengan yang paling umum merupakan ribosom; Jenis enzim ini dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas enzim ditentukan oleh struktur tiga dimensinya (struktur kuaterner).[12] Walaupun struktur enzim menentukan fungsinya, prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari strukturnya adalah hal yang sangat sulit.[13] Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi hanya sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 34 asam amino) yang secara langsung terlibat dalam katalisis.[14] Daerah yang mengandung residu katalitik yang akan mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak aktif. Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor yang diperlukan untuk katalisis. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk molekul kecil, yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung dari reaksi yang dikatalisasi. Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun menurunkan aktivitas enzim. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi umpan balik. Sama seperti protein-protein lainnya, enzim merupakan rantai asam amino yang melipat. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifat-sifat kimiawi yang khas. Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat berkumpul bersama dan membentuk kompleks protein. Kebanyakan enzim dapat mengalami denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh pemanasan ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis enzim, denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel.

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan maupun terhadap substrat yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan katakteristik hidrofilik/hidrofobik enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan tingkat stereospesifisitas, regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi.[15] Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat dalam pengkopian dan pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki mekanisme "sistem pengecekan ulang". Enzim seperti DNA polimerase mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek apakah produk reaksinya benar pada langkah kedua.[16] Proses dwi-langkah ini menurunkan laju kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase mamalia.[17] Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase,
[18]

aminoasil tRNA sintetase[19] dan ribosom.[20] Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai

"tidak pilih-pilih", yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Diajukan bahwa kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap evolusi lintasan biosintetik yang baru.[21] [sunting] Model "kunci dan gembok" Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi.[22] Hal ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan Gembok". Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak diterima.

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

[sunting] Model ketepatan induksi

Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan induksi. Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok: oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat.[23] Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki tapak aktif.[24] Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.[25]

II.

Enzyme Substrate Interaction Interaksi substrat enzim terdiri atas dua model yaitu :

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

Gambar . Interaksi substrat enzim Model "kunci dan gembok" Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi.[22] Hal ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan Gembok". Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak diterima. Model ketepatan induksi Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok: oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat.[23] Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki tapak aktif.[24] Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan. (Anonymous #,2012)

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

Gambar . Induced fit (ketepatan induksi Selain itu, model interaksi enzim substrat yang dikenal sebagai model yang fit induksi. Model ini mengusulkan bahwa interaksi awal antara enzim dan substrat relatif lemah, tetapi interaksi lemah ini dengan cepat menyebabkan perubahan konformasi dalam enzim yang memperkuat mengikat dan membawa situs katalitik dekat dengan obligasi substrat untuk diubah. Setelah mengikat terjadi, satu atau lebih mekanisme katalisis menghasilkan transisi-negara kompleks dan produk reaksi. Kemungkinan mekanisme katalisis terdiri atas empat nomor: 1. Katalisis oleh Saring Bond: Dalam bentuk katalisis, penyusunan ulang struktur induksi yang terjadi dengan pengikatan substrat dan enzim akhirnya menghasilkan ikatan substrat yang tegang, yang lebih mudah mencapai keadaan transisi. Konformasi baru sering memaksa atom substrat dan kelompok katalitik besar, seperti aspartat dan glutamat, ke konformasi yang saring obligasi substrat yang ada.

2. Katalisis oleh Jarak dan Orientasi: enzim-substrat interaksi orientasi kelompok reaktif dan membawa mereka ke dalam jarak satu sama lain. Selain ketegangan merangsang, kelompok-kelompok seperti aspartat sering kimia reaktif juga, dan kedekatan mereka dan orientasi terhadap substrat sehingga nikmat partisipasi mereka dalam katalisis. 3. Katalisis Melibatkan Donor Proton (Asam) dan Akseptor (Basa): Mekanisme lain juga memberikan kontribusi signifikan terhadap penyelesaian peristiwa katalitik diprakarsai oleh mekanisme regangan, misalnya, penggunaan glutamat sebagai katalis asam umum (proton donor). 4. Katalisis kovalen: Dalam katalisis yang terjadi dengan mekanisme kovalen, substrat berorientasi pada situs aktif pada enzim sedemikian rupa bahwa bentuk peralihan kovalen antara enzim atau koenzim dan substrat. Salah satu yang paling terkenal contoh mekanisme ini adalah bahwa
BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME 8

melibatkan proteolitik oleh protease serin, yang meliputi enzim pencernaan keduanya (tripsin, chymotrypsin, dan elastase) dan beberapa enzim dari kaskade pembekuan darah. Ini protease serin berisi situs aktif yang memiliki gugus hidroksil R membentuk ikatan kovalen dengan karbon karbonil ikatan peptida, sehingga menyebabkan hidrolisis ikatan peptida. (Anonynous*,2012)

III. Enzyme Kinetic Kinetika enzim adalah ilmu yang mempelajari sifat kecepatan reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Kecepatan reaksi enzimatik sebagian diatur oleh konsentrasi enzim dan konsentrasi substratnya. Kecepatan berlangsungnya suatu reaksi diukur berdasarkan penurunan konsentrasi reaktan atau peningkatan konsentrasi produk. Bila diproyeksikan ke dalam grafik akan memberi bentuk grafik hiperbolik,dimana kecepatan reaksi mula-mula meningkat lambatlaun tidak terdaji lagi peningkatan (konstan). Enzymes follow zero order kinetics when substrate concentrations are high. Zero order means there is no increase in the rate of the reaction when more substrate is added. Given the following breakdown of sucrose to glucose and fructose

Sucrose + H20 Glucose + Fructose

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

Reaksi bersifat dapat balik yaitu sebagian senyawa dapat disintesis kembalidari zat yang terdapat dalam reaksi. Jika factor lingkungan tetap, kecepatan pembentukan produk (kecepatan reaksi) ditentukan oleh konsentrasi enzim dan substrat. Apabila [S] tetap, kecepatan reaksi me-ningkat sebanding dengan peningkatan [E]

Gambar 6. Hubungan antara kecepatan reaksi (V) dengan konsentrasi enzim (kiri), dan dengan waktu pada [E] yang berbeda (kanan)
Apabila konsentrasi enzim tetap dan substrat meningkat, V akan

meningkat mula-mula dan proporsional dengan peningkatan [S], tapi pada [S] yang lebih tinggi, laju peningkatan V menurun secara perlahan-lahan hingga kemudian V hampir tidak tergantung pada [S].

Gambar 2.2. Hubungan antara kecepatan reaksi (V) dengan konsentrasi


BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME 10

substrat ([S]) pada reaksi yang dikatalisis oleh suatu enzim Parameter Michaelis-Menten Leonor Michaelis dan Maud Menten pada tahun 1913 mengusulkan suatu model untuk menjelaskan kinetik reaksi enzimatis untuk satu substrat dan satu enzim (Uni-Uni reaction) Hipotesisnya adalah bahwa Enzim (E), yang bertindak sebagai reaktan tapi tidak digunakan dalam reaksi, menyatu dengan substrat (S) dalam suatu kompleks ES dalam pembentukan produk. Dalam sebuah reaktor batch dapat ditentukan jumlah substrat [So] dan enzim [Eo]. Hubungan konsentrasi produk atau substrat dan waktu dapat digambarkan. Harga slope awal dari kurva ini diestimasi (v = d[P]/dt|t=0 = -d[S]/dt|
t=0

). Setelah itu, harga v dicari hubungannya dengan [Eo] dan [So] di dalam reaktor.

Banyak eksperimen yang dapat digunakan untuk mencari hubungan yang umum antara v dengan data [S]. Tetapi penentuan harga Km secara tepat dari sebuah grafik sangat sulit dilakukan. Oleh karena itu, digunakan metode lain untuk menganalisis data yang ada, yaitu Lineweaver-Burk Plot, Eadie-Hofstee Plot, dan Hanes-Woolf Plot. (Anonymous $,2012)

Keterangan : E = Enzyme S = Substrate P = Product ES = Enzyme-substrate complex K1, k2, k3 & k4 = rate contants

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

11

Tabel Parameter Enzim

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

12

A.

Double-reciprocal Plot (Lineweaver-Burk Plot) Persamaan linear yang digunakan untuk double-reciprocal plot adalah:

Grafik hubungan 1/v dan 1/[S] merupakan suatu garis lurus dengan slope Km/Vm dan intercept sumbu y 1/Vm. Double-reciprocal plot memberikan estimasi yang baik dalam menentukan harga Vm, tetapi tidak untuk harga Km. Karena error yang didapatkan pada data setiap titik untuk double-reciprocal plot tidak simetri, penggunaan analisis regresi (least square) harus dilakukan dengan hati-hati. Data yang diperoleh pada konsentrasi substrat rendah lebih mempengaruhi perubahan slope dan intersept dibandingkan dengan data yang diperoleh pada konsentrasi substrat tinggi.

Gambar I.10 Double-reciprocal (Lineweaver-Burk) plot (Shuler and Kargi, 1992) B. Eadie-Hofstee Plot Persamaan linear yang digunakan untuk Eadie-Hofstee plot adalah:

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

13

Grafik hubungan antara v dan v/[S] merupakan suatu garis lurus dengan slope Km dan intersept sumbu y Vm. Eadie-Hofstee plot dapat memberikan error yang cukup besar karena terdapat variabel v pada kedua sumbu koordinat.

Gambar I.11 Eadie-Hofstee plot (Shuler and Kargi, 1992)

C. Hanes-Woolf Plot Persamaan linear yang digunakan untuk Hanes-Woolf plot adalah:

Grafik hubungan [S]/v dan [S] merupakan garis lurus dengan slope 1/Vm dan intersept sumbu y Km/Vm. Plot ini digunakan untuk menentukan harga Vm yang lebih akurat.

Gambar I.12 Hanes-Woolf plot (Shuler and Kargi, 1992) (Anonymous $,2012
BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME 14

DAFTAR PUSTAKA

Anonymous *,2012. Enzyme-Substrate Interactions http://themedicalbiochemistrypage.org/enzyme-kinetics.php Anonymous #,2012. Enzim. http://id.wikipedia.org/wiki/Enzim Anonymous $,2012. Parameter Michaelis-Menten. http://artikelteknikkimia.blogspot.com/2011/12/parameter-michaelismenten.html

BIOCHEMISTRY PAPER | CATALYTIC CHARACTERISTIC OF ENZYME

15