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MICROBIOLOGIA AGRICOLA Y AMBIENTAL 2012 -

Ecologa microbiana del suelo

Estudio de microorganismos como entidades de laboratorio Ecologa Microbiana

Ciclo del N, C, P, S - Interacciones plantamicroorganismos

ECOLOGA MICROBIANA
Ciencia que explora las interrelaciones de los microorganismos con el ambiente en que se desarrollan

AMBIENTE
Conjunto de factores tanto abiticos (fsicos y qumicos) como biticos (biolgicos) que actan sobre un ser vivo

Los microorganismos en la naturaleza Hbitats extremadamente diversos


hbitats adecuados para el crecimiento de organismos superiores hasta hbitats de condiciones extremas. Habitan la superficie y el interior de los organismos superiores.
Desde

Ambiente terrestre

SUELO

Capa superficial de la tierra explorada por las

races de las plantas (Paul & Clark, 1989)


Interacciones complejas entre el material original, la topografa del terreno, el clima y seres vivos

Formacin del suelo

Desarrollo de plantas superiores Desarrollo microbiano mas extenso Filtracin de agua

Formacin de distintas capas Aparicin del suelo tpico

Crecimiento de cianobacterias, algas, lquenes o musgos Crecimiento de bacterias quimioorganotrficas y hongos Produccin de cido carbnico y cidos orgnicos Heladas y deshielos

Desarrollo de plantas y rboles de mayor tamao Animales del suelo Movimientos de materiales al interior

Componentes del Suelo:


Componentes Inorgnicos (90-95%) Componentes Orgnicos (10-5%)
Arcillas (< 0,002 mm), Limo (0,002-0,04 mm), Arena (0,04-1 mm Grava ( 1-3 mm).

Materia orgnica Restos areos de vegetales y races bacterias, hongos animales: insectos, caros, lombrices, etc cuerpos muertos de estos organismo, deyecciones de animales Humus

H2O Gases

Estructura del suelo: humus

El humus se combina con arcilla, arena y limo = produce agregacin + exopolosacaridos que producen las bacterias + hifas de los hongos.

Las arcillas y el humus tiene cargas superficiales negativas Los cationes establecen puentes entre ellos
+Mg+ +Mg+

Humus

- +Ca+ - +Ca+ - +Mg+ - +Ca+ - +Mg+-

Arcilla

Complejo hmico arcilloso

+Ca+

+Ca+

Las bacterias se unen a las arcillas por puentes de cationes

Estructura del suelo:


Combinacin de componentes orgnicos e inorgnicos: Microcolonias de
bacterias Cuarzo

Microagregado de suelo
Cuarzo

Materia orgnica

Cuarzo Arcilla

Microambientes
Arcilla

10 uM

La estructura del suelo determina la formacin de poros

Poros: menores de 30 m microporos retienen el agua por capilaridad. Poros de tamao mayor a 30-100 m macroporos en general estn llenos de aire, en ellos el agua desciende por gravedad.

Los microorganismos participan en la formacin de la estructura del suelo :

Las bacterias por los exopolisacridos, los cuales interactan con la arcillas y contribuyen a la formacin de agregados pequeos.

Los hongos con sus hifas, estabilizan agregados de mayor tamao.

Microorganismos en el suelo
Arcillas

Bacterias

Composicin tpica de la comunidad bacteriana del suelo


Phyla bacteriana Proteobacteria Acidobacteria Actinobacteria Verrucomicrobia Bacteroidetes Chloroflexi Planctomycetes Gemmatimonadetes Firmicutes Otros Desconocidos
a

Porcentaje del total (%)a 40 20 20 12 13 12 76 55 33 22 21 22 52 22

Facilidad o dificultad relativa para el cultivob fcil difcil fcil difcil fcil difcil difcil difcil fcil

Basado en el anlisis de 2920 clones de 21 muestras de suelos diferentes B Los phyla considerados de fcil cultivo son aqullos que crecen en poco tiempo (das a 2 semanas) en medio R2A agarizado. Los de cultivo difcil requieren medios especiales y tiempos prolongados (semanas a meses), en muchos casos solamente algunos pocos miembros pudieron ser aislados en cultivo. Fuente: Rainer M. 2009

Cantidad de microorganismos en el suelo


Un gramo de suelo seco contiene aprox. 107 106 105 105 104 bacterias actinomicetes hongos protozoos algas

La biomasa microbiana contiene cerca del 5% del nitrgeno orgnico del suelo y 3% del carbono del suelo

Su distribucin es extremadamente heterognea En espacio y tiempo

FACTORES ABIENTALES QUE AFECTAN LA DISTRIBUCIN DE LOS MICROORGANISMOS EN EL SUELO

1. Materia Orgnica
6. Potencial redox 5. pH

2. Temperatura
3. Oxgeno

MICROORGANISMO

7. Actividades antrpicas

4. Humedad

(1) Presencia de materia orgnica


Fuente de nutrientes y energa para los microorganismos. Cantidad de microorganismos proporcional a la profundidad del suelo, en relacin directa con el menor contenido en MO. Mayor densidad en la RIZOSFERA. Manejos antropognicos.

Materia Orgnica y profundidad del suelo


Nmero de microorganismos

Profundidad

(2) Temperatura
Variacin diurna de la temperatura del suelo segn la profundidad

La temperatura del suelo, la profundidad en el perfil del suelo y la poca del ao


0 Oct 100 Jul Nov Feb

200

300

(3) El Oxgeno del suelo


Concentraciones de O2 en %
Distancia (mm)

Dimensiones de la partcula

Distancia (mm)

(4) Humedad
El contenido de O2 del suelo depende del contenido de agua.

El cambio de metabolismo aerobio a anaerobio se produce con concentraciones de O2 menores a 1%. ptimo para activ. microbiana= 60% capacidad de retencin.

(5) pH

(6) Efecto de las actividades antrpicas: prcticas de manejo

Rizosfera
La regin de la interfase raz-suelo. Donde est la mayor concentracin de nutrientes orgnicos del suelo.
Donde encontramos la mayor concentracin microbiana. Cociente rizosfrico: Nmero de organismos en la rizosfera

Nmero de organismos en el suelo libre

Rizoplano Superficie de la raz

Rizosfera

Rizosfera Suelo hasta 3-5 mm desde la raz


Endorizosfera Interior de la raz

Endorhizosphere

Compuestos orgnicos de la rizosfera


Exudados Compuestos de bajo peso molecular (aminocidos, azcares, cidos orgnicos, iones). Difunden en forma pasiva a travs de la m. plasmtica.

Secreciones Productos de procesos metablicos especficos (antibiticos, fitohormonas, nematicidas). Muclagos

+ arcillas y microorganismos
MUCIGEL

Cadenas de polisacridos

Cambios que produce la planta en el suelo


Secreta sustancia carbonadas Consume O2 Absorbe agua Absorbe nutrientes Secreta H+ o OH-

POBLACION MICROBIANA DE LA RIZOSFERA ES DISTINTA A LA DEL SUELO LIBRE

Bacterias cultivables de la rizosfera


Gram -: Pseudomonas y Achromobacter.
Gram +: Bacillus y Arthrobacter. Fijadoras de nitrgeno: Rhizobium y Azospirillum

Hongos La planta regula el crecimiento de microorganismos en la rizosfera


El nmero ms alto de m.o. est en el rizoplano, pero slo el 10% est cubierto por bacterias

PELOS RADICALES HONGOS

BACTERIAS

Microorganismos en la rizosfera
Bacterias

Variacin en la comunidad bacteriana segn regiones de la rizosfera


Tabla 4. Abundancia relativa (porcentaje del recuento total) de diferentes grupos de rizobacterias en races de cebada y trigo Cebada Trigo No Esterilizada No Esterilizada tratada tratada Pseudomonas 34 53 46 52 enterobacterias 16 4 23 Otras Gram 18 8 negativas Coreniformes 61 13 50 15 Formadoras de 5 2 esporas Los datos corresponden al porcentaje del recuento total de ufc/g de raz No tratada: poblacin bacteriana de la rizosfera Esterilizada: poblacin bacteriana de la endorrizosfera.

Microbiologa de la rizosfera de Lupinus


Composicin de la rizosfera de Lupinus
Distancia desde Microorganismos (103/g de suelo seco). la raz (mm). Bacterias Actinomicetes Hongos ____________________________________________________ 0 159.000 46.700 355 0-3 49.000 15.500 176 3-6 38.000 11.400 170 9-12 37.400 11.800 130 15-18 34.170 10.100 117 >80 27.300 9.100 91

Coeficiente rizosfrico segn la especie vegetal


Efecto de la especie vegetal sobre la composicin de la rizosfera:
ESPECIE No COLONIAS/GRAMO DE SUELO Rizosfera Suelo R/S

______________________________________________________________________ __ Trifolium pratense Avena sativa Linum usitatissimum Zea mays Atriplex babingtonii Ammophila arenaria Agropyron junceum 3.260,0 1.090,0 1.015,0 614,0 23,3 3,58 3,56 134,0 184,0 185,0 184,0 0,016 0,016 0,016 24 6 5 3 1.455 223 222

____________________________________________________________

DINMICA EN LA INTERFASE RAZ-SUELO


H2O

raz

Interacciones bacteria-planta en la rizosfer Benfica


Simbitica
De vida libre

Daina
Neutra

Rizobacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPR)


Azotobacter, Azospirillum. Pseudomonas

PGPR promueven el crecimiento de las plantas:


Indirecta: Produccin de antibiticos, siderforos y cianuro. Directa: proveen a la planta con algn nutriente (Fijacin biolgica del N, produccin de siderforos) Estimulan la absorcin de nutrientes (liberacin de cidos o produccin de fitohormonas)

Produccin de antibiticos

bacteria

Fuente: Nelson, 2004

Inhiben el desarrollo de Rhizoctonia solani (damping off)

Efecto de Pseudomonas sp. sobre

Fusarium solani y F. oxysporum

Len Mariana (2009)

Siderforos (quelantes de metales_Fe)


Compuestos que forman complejos con metales y los mantienen en solucin.

Siderforos
Directo: bacterias que producen gran cantidad de siderforos secuestran todo el hierro disponible, la planta podra utilizar ese complejo.
Indirecto: bacterias que provocan una deficiencia de hierro que impide proliferar a los fitopatgenos, pero no se veran afectadas las plantas.

PGPR promueven el crecimiento de las plantas:


Indirecta: Produccin de antibiticos, siderforos y cianuro. Directa: proveen a la planta con algn nutriente (Fijacin biolgica del N, produccin de siderforos) Estimulan la absorcin de nutrientes (liberacin de cidos o produccin de fitohormonas)

Fijacin no simbitica de N2

Azospirillum sp.

Fijacin no simbitica de N2
Plantas de tomate inoculadas con

Azospirillum brasilense

Azospirillum fija
N2 y produce fitohormonas

Berti MF y col. (2008)

PGPR promueven el crecimiento de las plantas:


Indirecta: Produccin de antibiticos, siderforos y cianuro. Directa: proveen a la planta con algn nutriente (Fijacin biolgica del N, produccin de siderforos) Estimulan la absorcin de nutrientes (liberacin de cidos o produccin de fitohormonas)

Gneros bacterianos que estimulan el crecimiento radical mediante la produccin de reguladores del crecimiento (fitohormonas)
Se han identificado bacterias que producen Auxinas (Pseudomonas fluorescens, Azospirillum sp. Azotobacter sp.), Giberelinas, (Azospirillum sp.), Citocininas (Pseudomonas, Azotobacter sp.) Etileno (Pseudomonas putida, etc.).

Efecto de la inoculacin de A. brasilense sobre la morfologa de la raz de sorgo

Bacterias solubilizadoras de fsforo


Bacterias que secretan cidos, solubilizan los fosfatos del suelo, hacindolos disponibles para la planta.
Pseudomonas fluorescens
Medio para solubilizadores de fsforo
Halo de solubilizacin

Bibliografa
1. M. T. Madigan, J. M. Martinko, J. Parker. 8th. (2000 )

Brock Biology of Microorganisms.. Prentice Hall International, Inc.


1. Paul, E.A. 2007. Soil Microbiology, Ecology, and Biochemistry. Third Edition. Ed American Press, Elsevier, Burlington, USA. pp. 532. 2. Paul E. A., Clark, F. E. 1989. Soil Microbiology and Biochemistry. Ed Academic Press, Inc. San Diego, Ca. 3. Srensen, J. 1997. The rhizosphere as a habitat for soil microorganisms. In Modern Soil Microbiology. Ed. Van Elsas, J.D., Trevors, J.T., Wellington, E.M.H. pp 21-45.

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