Sel secara tepat mampu mengatur ekspresi gen. Sel prokariot dan eukariot mampu mengatur pola ekspresi gen dalam merespon perubahan kondisi lingkungan. Eukariot multiseluler mampu mengembangkan dan menjaga berbagai tipe sel dimana tiap-tiap sel memiliki genom yang sama namun mengexpresikan bagian gen yang berbeda. Sebagai contoh, lalat buah dewasa berkembang dari sel telur yang difertilisasi kemudian berkembang menjadi larva. Di dalam tiap tahapan perkembangan tersebut expresi gen secara cermat diatur agar gen yang benar diexpresikan dalam waktu dan tempat yang tepat. Dalam bab ini akan dubahas bagaimana bakteria mengatur expresi gen-nya dalam lingkungan yang berbeda. Pengaturan expresi gen eukariot akan dibahas selanjutnya. Expresi gen pada eukariot, seperti juga pada prokariot sering kali diatur pada tahap transkripsi, namun demikian pengaturan pada tahapan lain juga penting. Pada bab ini konsep kunci ditekankan pada: 1. Bacteria often respond to environmental change by regulating transcription 2. Eukaryotic gene expression can be regulated at any stage. Kompetensi yang diharapkan dari bab ini adalah: ________________________________________________________________________ Mahasiswa mampu menerangkan konsep operon Mahasiswa mampu menerangkan pengaturan expresi gen dalam modifikasi kromatin Mahasiswa mampu menerangkan pengaturan expresi gen dalam transkripsi Mahasiswa mampu menerangkan pengaturan expresi gen dalam pemrosesan DNA Mahasiswa mampu menerangkan pengaturan expresi gen dalam transkripsi pemrosesan dan degradasi protein 6. Mahasiswa mampu menerangkan pengaturan expresi gen dalam degradasi mRNA _______________________________________________________________________ 1. 2. 3. 4. 5.
Pengendalian metabolisme terjad dalam dua tingkatan. Pertama, sel mampu mengendalikan aktifitas enzim yang telah ada. Kedua, sel mampu mengendalikan produksi enzim. Dalam hal ini sel dapat mengatur expresi gen yang mengkode enzim. Dalam contoh di atas, jika lingkungan telah menyediakan tryptophan yang diperlukan oleh sel bakteria maka sel akan berhenti mensintesa enzim pengkatalisa sintesis tryptofan. Dalm hal ini pengendalian produksi enzim berlangsung pada level transkripsi. Secara umum, banyak dari gen pada genom bakteria yang dapat di-off dan di-on sesuai dengan perubahan status metabolisma sel. Mekanisme dasar dari pengendalian expresi gen pada bakteria dideskripsikan sebagi model operon. Operons: The Basic Concept E. coli mensintesis asam amino tryptophan melalui jalur bertahap 5. Dalam setiap tahap reaksi metabolisme dikatalisis oleh enzim tertentu. Keseluruhan gen yang mengkode enzim tertentu dalam setiap tahapan reaksi metabolisme mengelompok dalam kromosom bakteria E. Coli. Satu promoter bekerja untuk ke lima gen pengkode ke lima enzim dalam sintesa tryptophan (promoter adalah tempat terikatnya RNA polymerase pada DNA untuk memulai transkripsi). Transkripsi menghasilkan satu molekul RNA yang panjang pengkode ke lima polipeptida pembentuk enzim yang bekerja dalam jalur sintesis asam amino tryptophan. Sel bakteria mampu mentranslasikan satu mRNA ke dalam lima macam polipeptida secara terpisah karena mRNA dilengkapi dengan kodon start dan stop yang menandai sekuen dari tiap-tiap polipeptida.
150
Keuntungan dari pengelompokan gen yang memiliki fungsi terkait menjadi satu unit transkripsi adalah terdapatnya satu switch yang dapat meng-on atau off-kan unit transkripsi; dengan kata lain kelompok gen tersebut berada pada pengendalian yang terkoordinasi. Pada saat E. coli harus mensintesa tryptophan sendiri karena medium yang ditempatinya kekurangan asam amino ini, maka keseluruhan enzim dalam jalur metabolisme tryptophan akan disintesisi secara bersamaan (dengan meng-on kan switch). Switch tersebut adalah suatu segmen DNA yang disebut operator. Secara keseluruhan yaitu operator, promoter, dan gen yang dikendalikan disebut operon.Operon trp adalah salah satu contoh operon pada genom E. coli (Figure 18.3). Bagaimanakah operator bekerja? Pada kondisi alamiahnya operon trp berada pada on, yaitu RNA polymerase terikat pada promoter dan mentranskripsi gen operon. Operon dapat di off-kan dengan protein yang disebut trp represor. Rpresor terikat pada operator dan memblokir penempelan RNA polymerase pada promoter sehingga mencegah proses transkripsi gen.
151
Ingatlah bahwa DNA sel eukariot dikemas bersama protein dalam kromatin yang memiliki unit dasar nukleosom. Struktur organisasi kromatin tidak hanya mengemas DNA sehingga dapat menempati nukleus tetapi juga membantu mengatur expresi gen dengan beberapa cara. Salah satunya adalah lokasi promoter gen terhadap nukleosom dan terhadap lipatan kromosom sehingga mampu menentukan apakah suatu gen dapat ditranskripsikan. Cara lain adalah bahwa modifikasi kimiawi tertentu terhadap histone dan DNA kromatin mampu mempengaruhi struktur kromatin dan expresi gen. Modifikasi kimiawi ini dikatalisis oleh enzim.
mRNA Degradation Life span molekul mRNA dalam sitoplasma merupakan faktor penting dalam menentukan pola sintesis protein didalam sel. mRNA eukariot multiseluler pada umumnya hidup selama beberapa jam, hari, bahkan minggu. Sebagai contoh, mRNA untuk polipeptida hemoglobin dalam sel darah merah yang sedang berkembang memiliki umur panjang dan ditranslasikan berulang-ulang dalam sel darah merah. Jalur penghancuran mRNA dimulai dengan pemendekan poly-A-tail secara enzimatik. Proses ini membantu memicu aksi enzim yang melepaskan 5cap. Pelepasan 5cap merupakan 153
langkah penting yang juga diatur oleh sekuen nukleotida tertentu dalam mRNA. Ketika 5cap terlepas, enzim nuklease dengan cepat menghancurkan mRNA. Initiation of Translation Translasi merupakan alah satu cara pengaturan expresi gen. Pada umumnya pengaturan expresi gen terjadi pada tingkat inisiasi. Inisiasi translasi dari beberapa mRNA dapat diblokir melalui pengaturan protein yang terikat pada struktur atau sekuen tertentu pada ujung 5 mRNA sehingga menghalangi proses penempelan mRNA pada ribosom. Translasi dari keseluruhan mRNA di dalam sel dapat diatur secara simultan. Di dalam sel eukariotik pengaturan globa; pada umumnya melibatkan diaktifkan atau tidakdiaktifakannya satu atau lebih faktor protein yang dibutuhkan untuk mengawali translasi. Mekanisme ini berperan penting dalam mengawali translasi mRNA yang tersimpan di dalam sel telur. Sesudah terjadi fertilisasi, translasi dipicu oleh aktifasi faktor inisiasi translasi. Responnya berupa sintesis protein yang dikode oleh mRNA. Protein Prosessing dan Degradation Pengaturan expresi gen yang terakhir terjadi sesudah translasi. Seringkali, polipeptida eukariot harus diproses untuk menghasilkan molekul protein yang fungsional. Sebagai contoh, banyak protein yang harus dimodifikasi sehingga dapat berfungsi. Protein regulator pada umumnya diaktifkan atau di-nonaktifkan dengan penambahan atau pengurangan kelompok pospat. Protein yang menjadi struktur permukaan sel juga membutuhkan gula dalam komponen molekulnya. Protein pada permukaan sel dan protein lainnya harus ditransportasikan menuju ke target agar dapat berfungsi. Pengaturan dapat terjadi pada tiaptiap tahap yang melibatkan modifikasi atau transprtasi protein. Lama waktu dimana tiap-tiap protein berfungsi diatur oleh mekanisme degradasi selektif. Berbagai protein seperti cyclin terlibat di dalam pengaturan siklus sel adalah protein berumur pendek sehingga sel dapat berfungsi sebagaimana mestinya. Untuk menandai destruksi protein tertentu sel menempelkan protein kecil ubiquitin pada protein yang akan disegradasi. Komponen protein besar proteasome akan mengenali protein yang ditandai tersebut kemudian mengurainya (Figure 18.12).
154
RINGKASAN Sel mengendalikan metabolisme dengan dengan mengatur aktifitas enzim atau mengatur expresi gen yang mengkode enzim tersebut. Pada bakteria, gen-gen seringkali mengelompok ke dalam operon dengan satu promoter yang mampu melayani beberapa gen yang berdekatan. Sisi operatod dalam DNA mengatur operon dalam posisi on atau off, sehingga menghasilkan pengaturan gen yang terkoordinasi.
155
156