Anda di halaman 1dari 15

SCRIPT RUMUS HERBA

TRANSEK 1
#---------------------Nurul Nisa Muhammad---------------------------#-----------101404028 Pendidikan---------------------#----------------05 Januari 2013---------------------------#-----------------------------------------------------------rm(list=ls(all=TRUE))
data <-read.csv("D:/Ujian Ektum
2013/Kelompok1/Herba1/File5.csv",header=T,stringsAsFactors=FALSE)
data <-data[data$Transek==1,]
str(data)
head (data,6)
tail(data,6)
#--- Membuat variable kisaran penutupan tajuk berdasarkan Braun Blanquet -------------------#------------------------------------KPT <-ifelse(data$L.Tajuk>=75, 5,
ifelse(data$L.Tajuk>=50, 4,ifelse(data$L.Tajuk>=25, 3,
ifelse(data$L.Tajuk>=5, 2, ifelse(data$L.Tajuk>=1, 1,
ifelse(data$L.Tajuk>=0.01, 0.1, 0))))))
#--- KPT (Kisaran Penutupan Tajuk) digabung dengan data ------data<-data.frame(data,KPT)
head(data,10)
tail(data,10)
#--- Membuat rata-rata Kelas Penutupan Tajuk Braun Blanquet -----LT.BB <- ifelse(data$L.Tajuk>75, 80.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=50, 62.5,ifelse(data$L.Tajuk>=25,
37.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=5, 15.0, ifelse(data$L.Tajuk>=1, 2.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=0.01, 0.1, 0))))))
head(LT.BB)
tail(LT.BB)
#--- LT.BT rata-rata kelas penutupan tajuk BB digabung dengan data ---#--------------------------------------------------------data<-data.frame(data,LT.BB)
head(data,10)
tail(data,10)
ls()

#---- Menghitung frekuensi dari lapangan ---#-------------------------------------------frek<- tapply(data$LT.BB,


list(data$Plot,data$Nama),length)
frek1 <-data.frame(frek)
frek1[is.na(frek1)]<-0
frekuensi<-apply(frek1 > 0,2,sum)
#---- Menghitung dominansi dari lapangan ---#-------------------------------------------dominansi<-tapply(data$LT.BB, data$Nama, sum)
#--- Membuat data baru dalam bentuk data frame -------#-------------------------------transek <-data.frame(frekuensi,dominansi)
head(transek)
tail(transek)
#------ Membersihkan memori komputer -------------------rm(frek,frek1,frekuensi,dominansi,data)
#------ Fungsi untuk menghitung frekuensi mutlak -------frek.mut<-function(x, n = 10)
{
#--------------------#x = kolum data yang
# kan ditentukan
# frekuensi mutlaknya
#n = jumlah plot
#--------------------frm<- x/n
return (frm)
}
options(digits = 3)
#------------------------------------------------------#------ Menghitung frekuensi mutlak setiap spesies ----frek.mutlak<-frek.mut(transek$frekuensi)
frek.mutlak
#------ Fungsi untuk menghitung dominans imutlak ------dommut<-function(x, k=10, n=10)
{
#-----------------#x = kolum data yang
# kan ditentukan
# dominansi mutlak
#k = ukuran plot
#n = jumlah plot

#----------------kn<-k * k * n
dm<- x/kn
return(dm)
}
#------ Menghitung dominansi mutlak setiap spesies ----dom.mutlak<-dommut(transek$dominansi)
dom.mutlak
#------ Menggabungkan frek.mutlak, dom.mutlak ke dalam data.frametransek ------#----------------------------transek <-data.frame(transek, frek.mutlak, dom.mutlak)
transek
#----- Menghitung nilai total frekuensi mutlak --------TfrekMut<-sum(transek$frek.mutlak)
#----- Menghitung nilai total dominansi mutlak --------TdomMut<-sum(transek$dom.mutlak)
#----- Menghitung frekuensi relative ------------------frek.rel<-(transek$frek.mutlak/TfrekMut)*100
#----- Menghitung dominansi relative ------------------dom.rel<-(transek$dom.mutlak/TdomMut)*100
#-- Menggabungkan frek.relative dan dominan.relative kedalam data frame praktek herba -----#-------------------transek <-data.frame(transek, frek.rel, dom.rel)
#------ Membersihkan memori komputer -------------------rm(frek.mut, dommut,frek.mutlak,dom.mutlak)
rm(TfrekMut,TdomMut,frek.rel,dom.rel)
ls()
#------ Menghitung nilai indeks nilai penting setiap spesies --#---------------------------------------------INP <-transek$frek.rel+transek$dom.rel
#-- Menggabungkan indeks nilai penting (INP) kedalam data frame transek -----------#-------------------transek <-data.frame(transek, INP)
transek
total.INP<-sum(transek$INP)
total.INP
div<-function(x){
b = x/sum(x)
d = log(b)
h = -1*(b*d)
H = sum (h)
return(H)}
shanon<-div(transek$INP)

D <-function(x,y){a <- x - 1
b <- x * a
c <- sum(b)
d <- y - 1
e <- y * d
s <- c/e
return(s)}
simpson<- D(transek$INP, total.INP)
simpson
SID <- function(x)
{sid<- 1 - x
return(sid)
}
diversitas.simpson<- SID(simpson)
diversitas.simpson
sri<- function(x)
{
# --- simpson reciprocal index --sid<- 1/x
return(sid)
}
SRI <-sri(simpson)
SRI
transek
length(transek)
Jumlah.Spesies<- length(transek$INP)
Jumlah.Spesies
ksp<- function(x,y)
{ a<- x/sum(sqrt(y))
b <- sum(a)
return(b)
}
Kekayaan.Spesies<-ksp(Jumlah.Spesies, transek$dom.mutlak)
Kekayaan.Spesies
kms<-function(x,y)
{a <- x/log(sum(y))
return(a)
}
Kemerataan.Spesies<-ksp(shanon,transek$dom.mutlak)
Kemerataan.Spesies

H
D
Div.h
Ri.D
H
R
e

<- shanon
<- simpson
<- diversitas.simpson
<- SRI
<- Jumlah.Spesies
<- Kekayaan.Spesies
<- Kemerataan.Spesies

Keanekaragaman<-c(H, D, Div.h, Ri.D, Jumlah.Spesies, R, e)


Keanekaragaman<-c('Shannon Wienner (H)','Indeks Simpson (D)','Diversitas Simpson (1D)','Reciprocal Simpson (1/D)','JumlahSpesies (H)','IndeksKekayaanSpesies
(R)','IndeksKemerataanSpesies (e)')
Nilai<-c(shanon,simpson,diversitas.simpson,SRI,Jumlah.Spesies,R,e)
Keanekaragaman.tegakan<-data.frame(Keanekaragaman, Nilai)
Keanekaragaman.tegakan
Keanekaragaman1 <-c('H' , 'D', '1-D' , '1/D' , 'H' , 'R' , 'e')
Keanekaragaman.Stand<-data.frame(Keanekaragaman1, Nilai)
barplot(Keanekaragaman.Stand$Nilai, names=Keanekaragaman.Stand$Keanekaragaman1,
ylim=c(0,30), main="Grafik Keanekaragaman", xlab="Keanekaragaman.Spesies",
ylab="Nilai",cex.names=0.75,col=c("orange","brown","green","yellow","blue","red","grey"),
horis=FALSE)

TRANSEK 2
#---------------------Nurul Nisa Muhammad---------------------------#-----------101404028 Pendidikan---------------------#----------------05 Januari 2013---------------------------#-----------------------------------------------------------rm(list=ls(all=TRUE))
data <-read.csv("D:/Ujian Ektum
2013/Kelompok1/Herba1/File5.csv",header=T,stringsAsFactors=FALSE)
data <-data[data$Transek==2,]
str(data)
head (data,6)
tail(data,6)
#--- Membuat variable kisaran penutupan tajuk berdasarkan Braun Blanquet -------------------#------------------------------------KPT <-ifelse(data$L.Tajuk>=75, 5,
ifelse(data$L.Tajuk>=50, 4,ifelse(data$L.Tajuk>=25, 3,
ifelse(data$L.Tajuk>=5, 2, ifelse(data$L.Tajuk>=1, 1,
ifelse(data$L.Tajuk>=0.01, 0.1, 0))))))
#--- KPT (Kisaran Penutupan Tajuk) digabung dengan data ------data<-data.frame(data,KPT)
head(data,10)
tail(data,10)
#--- Membuat rata-rata Kelas Penutupan Tajuk Braun Blanquet -----LT.BB <- ifelse(data$L.Tajuk>75, 80.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=50, 62.5,ifelse(data$L.Tajuk>=25,
37.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=5, 15.0, ifelse(data$L.Tajuk>=1, 2.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=0.01, 0.1, 0))))))
head(LT.BB)
tail(LT.BB)
#--- LT.BT rata-rata kelas penutupan tajuk BB digabung dengan data ---#--------------------------------------------------------data<-data.frame(data,LT.BB)
head(data,10)
tail(data,10)
ls()
#---- Menghitung frekuensi dari lapangan ---#-------------------------------------------frek<- tapply(data$LT.BB,

list(data$Plot,data$Nama),length)
frek1 <-data.frame(frek)
frek1[is.na(frek1)]<-0
frekuensi<-apply(frek1 > 0,2,sum)
#---- Menghitung dominansi dari lapangan ---#-------------------------------------------dominansi<-tapply(data$LT.BB, data$Nama, sum)
#--- Membuat data baru dalam bentuk data frame -------#-------------------------------transek <-data.frame(frekuensi,dominansi)
head(transek)
tail(transek)
#------ Membersihkan memori komputer -------------------rm(frek,frek1,frekuensi,dominansi,data)
#------ Fungsi untuk menghitung frekuensi mutlak -------frek.mut<-function(x, n = 10)
{
#--------------------#x = kolum data yang
# kan ditentukan
# frekuensi mutlaknya
#n = jumlah plot
#--------------------frm<- x/n
return (frm)
}
options(digits = 3)
#------------------------------------------------------#------ Menghitung frekuensi mutlak setiap spesies ----frek.mutlak<-frek.mut(transek$frekuensi)
frek.mutlak
#------ Fungsi untuk menghitung dominans imutlak ------dommut<-function(x, k=10, n=10)
{
#-----------------#x = kolum data yang
# kan ditentukan
# dominansi mutlak
#k = ukuran plot
#n = jumlah plot
#----------------kn<-k * k * n
dm<- x/kn

return(dm)
}
#------ Menghitung dominansi mutlak setiap spesies ----dom.mutlak<-dommut(transek$dominansi)
dom.mutlak
#------ Menggabungkan frek.mutlak, dom.mutlak ke dalam data.frametransek ------#----------------------------transek <-data.frame(transek, frek.mutlak, dom.mutlak)
transek
#----- Menghitung nilai total frekuensi mutlak --------TfrekMut<-sum(transek$frek.mutlak)
#----- Menghitung nilai total dominansi mutlak --------TdomMut<-sum(transek$dom.mutlak)
#----- Menghitung frekuensi relative ------------------frek.rel<-(transek$frek.mutlak/TfrekMut)*100
#----- Menghitung dominansi relative ------------------dom.rel<-(transek$dom.mutlak/TdomMut)*100
#-- Menggabungkan frek.relative dan dominan.relative kedalam data frame praktek herba -----#-------------------transek <-data.frame(transek, frek.rel, dom.rel)
#------ Membersihkan memori komputer -------------------rm(frek.mut, dommut,frek.mutlak,dom.mutlak)
rm(TfrekMut,TdomMut,frek.rel,dom.rel)
ls()
#------ Menghitung nilai indeks nilai penting setiap spesies --#---------------------------------------------INP <-transek$frek.rel+transek$dom.rel
#-- Menggabungkan indeks nilai penting (INP) kedalam data frame transek -----------#-------------------transek <-data.frame(transek, INP)
transek
total.INP<-sum(transek$INP)
total.INP
div<-function(x){
b = x/sum(x)
d = log(b)
h = -1*(b*d)
H = sum (h)
return(H)}
shanon<-div(transek$INP)
D <-function(x,y){a <- x - 1
b <- x * a
c <- sum(b)

d <- y - 1
e <- y * d
s <- c/e
return(s)}
simpson<- D(transek$INP, total.INP)
simpson
SID <- function(x)
{sid<- 1 - x
return(sid)
}
diversitas.simpson<- SID(simpson)
diversitas.simpson
sri<- function(x)
{
# --- simpson reciprocal index --sid<- 1/x
return(sid)
}
SRI <-sri(simpson)
SRI
transek
length(transek)
Jumlah.Spesies<- length(transek$INP)
Jumlah.Spesies
ksp<- function(x,y)
{ a<- x/sum(sqrt(y))
b <- sum(a)
return(b)
}
Kekayaan.Spesies<-ksp(Jumlah.Spesies, transek$dom.mutlak)
Kekayaan.Spesies
kms<-function(x,y)
{a <- x/log(sum(y))
return(a)
}
Kemerataan.Spesies<-ksp(shanon,transek$dom.mutlak)
Kemerataan.Spesies
H
D

<- shanon
<- simpson

Div.h
Ri.D
H
R
e

<- diversitas.simpson
<- SRI
<- Jumlah.Spesies
<- Kekayaan.Spesies
<- Kemerataan.Spesies

Keanekaragaman<-c(H, D, Div.h, Ri.D, Jumlah.Spesies, R, e)


Keanekaragaman<-c('Shannon Wienner (H)','Indeks Simpson (D)','Diversitas Simpson (1D)','Reciprocal Simpson (1/D)','JumlahSpesies (H)','IndeksKekayaanSpesies
(R)','IndeksKemerataanSpesies (e)')
Nilai<-c(shanon,simpson,diversitas.simpson,SRI,Jumlah.Spesies,R,e)
Keanekaragaman.tegakan<-data.frame(Keanekaragaman, Nilai)
Keanekaragaman.tegakan
Keanekaragaman1 <-c('H' , 'D', '1-D' , '1/D' , 'H' , 'R' , 'e')
Keanekaragaman.Stand<-data.frame(Keanekaragaman1, Nilai)
barplot(Keanekaragaman.Stand$Nilai, names=Keanekaragaman.Stand$Keanekaragaman1,
ylim=c(0,30), main="Grafik Keanekaragaman", xlab="Keanekaragaman.Spesies",
ylab="Nilai",cex.names=0.75,col=c("orange","brown","green","yellow","blue","red","grey"),
horis=FALSE)

TRANSEK 3
#---------------------Nurul Nisa Muhammad---------------------------#-----------101404028 Pendidikan---------------------#----------------05 Januari 2013---------------------------#-----------------------------------------------------------rm(list=ls(all=TRUE))
data <-read.csv("D:/Ujian Ektum
2013/Kelompok1/Herba1/File5.csv",header=T,stringsAsFactors=FALSE)
data <-data[data$Transek==3,]
str(data)
head (data,6)
tail(data,6)
#--- Membuat variable kisaran penutupan tajuk berdasarkan Braun Blanquet -------------------#------------------------------------KPT <-ifelse(data$L.Tajuk>=75, 5,
ifelse(data$L.Tajuk>=50, 4,ifelse(data$L.Tajuk>=25, 3,
ifelse(data$L.Tajuk>=5, 2, ifelse(data$L.Tajuk>=1, 1,
ifelse(data$L.Tajuk>=0.01, 0.1, 0))))))
#--- KPT (Kisaran Penutupan Tajuk) digabung dengan data ------data<-data.frame(data,KPT)
head(data,10)
tail(data,10)
#--- Membuat rata-rata Kelas Penutupan Tajuk Braun Blanquet -----LT.BB <- ifelse(data$L.Tajuk>75, 80.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=50, 62.5,ifelse(data$L.Tajuk>=25,
37.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=5, 15.0, ifelse(data$L.Tajuk>=1, 2.5,
ifelse(data$L.Tajuk>=0.01, 0.1, 0))))))
head(LT.BB)
tail(LT.BB)
#--- LT.BT rata-rata kelas penutupan tajuk BB digabung dengan data ---#--------------------------------------------------------data<-data.frame(data,LT.BB)
head(data,10)
tail(data,10)
ls()
#---- Menghitung frekuensi dari lapangan ---#-------------------------------------------frek<- tapply(data$LT.BB,

list(data$Plot,data$Nama),length)
frek1 <-data.frame(frek)
frek1[is.na(frek1)]<-0
frekuensi<-apply(frek1 > 0,2,sum)
#---- Menghitung dominansi dari lapangan ---#-------------------------------------------dominansi<-tapply(data$LT.BB, data$Nama, sum)
#--- Membuat data baru dalam bentuk data frame -------#-------------------------------transek <-data.frame(frekuensi,dominansi)
head(transek)
tail(transek)
#------ Membersihkan memori komputer -------------------rm(frek,frek1,frekuensi,dominansi,data)
#------ Fungsi untuk menghitung frekuensi mutlak -------frek.mut<-function(x, n = 10)
{
#--------------------#x = kolum data yang
# kan ditentukan
# frekuensi mutlaknya
#n = jumlah plot
#--------------------frm<- x/n
return (frm)
}
options(digits = 3)
#------------------------------------------------------#------ Menghitung frekuensi mutlak setiap spesies ----frek.mutlak<-frek.mut(transek$frekuensi)
frek.mutlak
#------ Fungsi untuk menghitung dominans imutlak ------dommut<-function(x, k=10, n=10)
{
#-----------------#x = kolum data yang
# kan ditentukan
# dominansi mutlak
#k = ukuran plot
#n = jumlah plot
#----------------kn<-k * k * n
dm<- x/kn

return(dm)
}
#------ Menghitung dominansi mutlak setiap spesies ----dom.mutlak<-dommut(transek$dominansi)
dom.mutlak
#------ Menggabungkan frek.mutlak, dom.mutlak ke dalam data.frametransek ------#----------------------------transek <-data.frame(transek, frek.mutlak, dom.mutlak)
transek
#----- Menghitung nilai total frekuensi mutlak --------TfrekMut<-sum(transek$frek.mutlak)
#----- Menghitung nilai total dominansi mutlak --------TdomMut<-sum(transek$dom.mutlak)
#----- Menghitung frekuensi relative ------------------frek.rel<-(transek$frek.mutlak/TfrekMut)*100
#----- Menghitung dominansi relative ------------------dom.rel<-(transek$dom.mutlak/TdomMut)*100
#-- Menggabungkan frek.relative dan dominan.relative kedalam data frame praktek herba -----#-------------------transek <-data.frame(transek, frek.rel, dom.rel)
#------ Membersihkan memori komputer -------------------rm(frek.mut, dommut,frek.mutlak,dom.mutlak)
rm(TfrekMut,TdomMut,frek.rel,dom.rel)
ls()
#------ Menghitung nilai indeks nilai penting setiap spesies --#---------------------------------------------INP <-transek$frek.rel+transek$dom.rel
#-- Menggabungkan indeks nilai penting (INP) kedalam data frame transek -----------#-------------------transek <-data.frame(transek, INP)
transek
total.INP<-sum(transek$INP)
total.INP
div<-function(x){
b = x/sum(x)
d = log(b)
h = -1*(b*d)
H = sum (h)
return(H)}
shanon<-div(transek$INP)
D <-function(x,y){a <- x - 1
b <- x * a
c <- sum(b)

d <- y - 1
e <- y * d
s <- c/e
return(s)}
simpson<- D(transek$INP, total.INP)
simpson
SID <- function(x)
{sid<- 1 - x
return(sid)
}
diversitas.simpson<- SID(simpson)
diversitas.simpson
sri<- function(x)
{
# --- simpson reciprocal index --sid<- 1/x
return(sid)
}
SRI <-sri(simpson)
SRI
transek
length(transek)
Jumlah.Spesies<- length(transek$INP)
Jumlah.Spesies
ksp<- function(x,y)
{ a<- x/sum(sqrt(y))
b <- sum(a)
return(b)
}
Kekayaan.Spesies<-ksp(Jumlah.Spesies, transek$dom.mutlak)
Kekayaan.Spesies
kms<-function(x,y)
{a <- x/log(sum(y))
return(a)
}
Kemerataan.Spesies<-ksp(shanon,transek$dom.mutlak)
Kemerataan.Spesies
H
D

<- shanon
<- simpson

Div.h
Ri.D
H
R
e

<- diversitas.simpson
<- SRI
<- Jumlah.Spesies
<- Kekayaan.Spesies
<- Kemerataan.Spesies

Keanekaragaman<-c(H, D, Div.h, Ri.D, Jumlah.Spesies, R, e)


Keanekaragaman<-c('Shannon Wienner (H)','Indeks Simpson (D)','Diversitas Simpson (1D)','Reciprocal Simpson (1/D)','JumlahSpesies (H)','IndeksKekayaanSpesies
(R)','IndeksKemerataanSpesies (e)')
Nilai<-c(shanon,simpson,diversitas.simpson,SRI,Jumlah.Spesies,R,e)
Keanekaragaman.tegakan<-data.frame(Keanekaragaman, Nilai)
Keanekaragaman.tegakan
Keanekaragaman1 <-c('H' , 'D', '1-D' , '1/D' , 'H' , 'R' , 'e')
Keanekaragaman.Stand<-data.frame(Keanekaragaman1, Nilai)
barplot(Keanekaragaman.Stand$Nilai, names=Keanekaragaman.Stand$Keanekaragaman1,
ylim=c(0,30), main="Grafik Keanekaragaman", xlab="Keanekaragaman.Spesies",
ylab="Nilai",cex.names=0.75,col=c("orange","brown","green","yellow","blue","red","grey"),
horis=FALSE)