WULAN OKTAVIANI RADEN AYU TANZILA

/ 04122511051 / 04122511041

BKU FISIOLOGI KEDOKTERAN

STRUKTUR PROTEIN SEKUNDER Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomermonomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Struktur Protein Protein mempunyai struktur yang sangat kompleks. Struktur protein memegang peranan penting dalam menentukan aktivitas biologisnya. Struktur protein terdiri dari empat tingkatan, yaitu struktur primer, sekunder, tersier, dan kuartener. Struktur primer merupakan rantai pendek dari asam amino dan dianggap lurus. Struktur sekunder merupakan rangkaian lurus (struktur primer) dari rantai asam amino yang setiap gugus mengadakan ikatan hidrogen sehingga rantai asam amino membentuk struktur heliks, seperti pegas atau per, sheet, turn, dan loop. Struktur tersier terbentuk jika rangkaian struktur sekunder menggulung karena adanya tarik-menarik antarbagian polipeptida sehingga membentuk satu subunit protein yang disebut struktur tersier. Struktur kuarterner terbentuk jika antarsubunit protein (dari struktur tersier) berinteraksi membentuk struktur kuarterner.

Beberapa contoh bentuk struktur sekunder . dan melipat diri sendiri. Rantainya pendek dan dianggap linear atau lurus serta tidak terjadi percabangan. Struktur sekunder dikukuhkan oleh ikatan hidrogen. Struktur Sekunder Kekuatan menarik di antara asam amino dalam rangkaian protein menyebabkan struktur utama (primer) membelit. Bentuk ini dinamakan bentuk struktur sekunder. Bentuk-bentuk yang dihasilkan dapat spiral. dan lembaran. heliks. melingkar.Struktur primer Struktur primer merupakan urutan asam amino dalam struktur protein yang dihasilkan dari ikatan kovalen antar asam amino dalam rantai (ikatan peptida) selama proses biosintesis protein atau translasi.

nitrogen tidak mengandung atom hidrogen yang diperlukan untuk membentuk ikatan hidrogen. Pada gambar. arah putarannya adalah searah jarum jam menjauhi pengamat (dinamakan α). dan loops. α-heliks Pada suatu α-heliks terbentuk suatu ikatan hidrogen antara masing-masing atom oksigen karboksil pada suatu ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat ke atom nitrogen amida pada suatu ikatan peptida 4 residu asam amino di sepanjang rantai polipeptida. Struktur α-heliks dapat ditekuk oleh residu prolin. . sheets. Namun tidak semua tekukan dalam α-heliks disebabkan residu prolin. Berbagai tipe heliks yang terbentuk lewat pemilinan dengan taraf dan arah yang berbeda digambarkan oleh jumlah residu aminoasil yang berputar dan jumlah tonjolan/pitch atau jarak perputaran yang dibentuk heliks sepanjang sumbunya. Heliks polipeptida yang terbentuk dari asam amino chiral akan memperlihatkan kiralitas. Ada dua struktur sekunder utama yaitu α-helix dan β-sheet.6 residu asam amino dan struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye).diantaranya heliks. terlihat bahwa struktur α-helix terbentuk oleh ‘backbone‘ ikatan peptida yang membentuk spiral dimana jika dilihat tegak lurus dari atas. Satu putaran terdiri atas 3. 1. Karena residu prolin dapat menimbulkan hambatan geometric akibat adanya struktur cincin dan arena pada ikatan peptida. turns. yaitu heliks tersebut bisa dominan kanan atau kiri. Keduanya merupakan struktur protein sekunder yang paling stabil.

Hal ini memberikan kontribusi ke tingkat struktur protein berikutnya (struktur tersier). Stabilitas α-heliks terjadi akibat ikatan hidrogen. Faktor lainnya adalah adanya kelompok polipeptida lain yang berinteraksi satu sama lain. Beberapa faktor lain yang berperan yaitu: halangan sterik yang besar antar rantai samping terdekat. 2. namun seperti terlihat pada gambar.Ikatan Hidrogen dan Kekuatan Van Der Walls Menstabilkan α-heliks Struktur α-heliks memiliki energi yang paling rendah dan merupakan formasi yang paling stabil bagi rantai polipeptida. Simbol β menjelaskan bahwa struktur ini merupakan struktur regular kedua dari protein sekunder. dan adanya prolin. ikatan hidrogen terjadi antara dua atau lebih bagian rantai yang paralel sehingga membentuk lembaran yang berlipat-lipat. Struktur sekunder protein bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). struktur β-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen. struktur β-sheet Seperti halnya α-helix. Atom yang dikemas kuat dalam α-heliks memiliki kekuatan Van Der Walls satu sama lain sehingga melintasi sumbu (axis) heliks tersebut. Faktor penentu utama lipatan adalah interaksi antara rantai samping residu dalam polipeptida. . tolakan muatan yang sama antar rantai samping terdekat. β-sheet Bentuk umum yang kedua yaitu β-sheet atau sering disebut juga β-pleated sheet (lembaran terlipat.

charge repulsion between nearby similarly-charged side chains. There are other periodic conformations but the α-helix and β-pleated sheet are the most stable. A major determinant of the folding structure is the interactions between side chains of the residues in the polypeptide. secondary structure. tertiary structure. The primary structure refers to amino acid linear sequence of the polypeptide chain. The two main secondary structures are the α helix and the β-pleated sheet. This orientation of H-bonding produces a helical coiling of the peptide backbone such that the R-groups lie on the exterior of the helix and perpendicular to its axis. Hydrogen bonding plays an important role in stabilizing these folding patterns. β-sheets are composed of 2 or more different regions of stretches of amino acids and formed a folding structure. Another factor is the presence of other polipeptides that interact with each other. The formation of the α-helix is stabilized by H-bonding between amide nitrogens and carbonyl carbons of peptide bonds spaced four residues apart. This contributes to the next level of protein structure (the tertiary structure). Whereas an α-helix is composed of a single linear array of helically disposed amino acids. Several factors come into play: steric hindrance between nearby large side chains. Proteins are polymers of amino acids. and quaternary structure.Summary Proteins are important biological macromolecules present in all organisms. and the presence of proline. The α-helix is a common secondary structure encountered in proteins of the globular class. Secondary structure is the arrangement or conformation of amino acids in localized regions of a polypeptide or protein molecule. . which are made during the process of protein biosynthesis or translation. The structure of these molecules is decomposed into primary structure. The primary structure is held by covalent bonds between amino acids in peptide bonds.

Master your semester with Scribd & The New York Times

Special offer for students: Only $4.99/month.

Master your semester with Scribd & The New York Times

Cancel anytime.