Anda di halaman 1dari 6

Jawaban Tugas HG Pertanyaan : 1.

Sebutkan dan jelaskan fungsi dan mekanisme RNA sebagai katalis dan pertahanan sel ! RNA sebagai Katalis Bentuk lain RNA salah satunya ialah enzim. Dipercaya selama bertahun-tahun bahwa hanya protein dapat enzim. RNA sekarang dikenal untuk mengadopsi struktur tersier yang kompleks dan bertindak sebagai katalis. RNA enzim yang dikenal sebagai ribozymes, dan mereka menunjukkan banyak fitur enzim klasik, seperti situs aktif, situs mengikat substrat dan mengikat situs untuk kofaktor, seperti ion logam. Meskipun jelas bukan merupakan protein, asam ribonukleat (RNA) tertentu akan memperlihatkan aktivitas katalitik yang sangat spesifik bagi substrat tertentu. Meskipun substrat yang dikatalisis oleh ribozim hanya terbatas pada ikatan fosfodiester RNA, spesifitas kerjanya sepenuhnya sebanding kerja enzim yang klasik. Ribozim mengatalisis reaksi trans esrterifikasi dan akhirnya reaksi hidrolisis ikatan fosfodiester dalam molekul RNA. Reaksi ini diperlancar oleh gugus OH. Ribozim memiliki kemampuan untuk mengenali dan memotong molekul RNA spesifik sehingga ribozim merupakan calon yang menarik untuk terapi pada manusia Salah satu ribozymes pertama yang ditemukan adalah RNase P, ribonuklease yang terlibat dalam menghasilkan molekul tRNA dari lebih besar, pendahulu RNA. RNase P terdiri dari RNA dan protein; Namun, RNA NaAD sendirian adalah katalis. RNA sebagai Pertahanan Sel Salah satu fungsi RNA sebagai pertahanan sel ialah dalam memerangi pertumbuhan ganas. Telah lama diketahui bahwa asam ribonukleat dapat mengurangi atau bahkan menghentikan pertumbuhan ganas. Dalam percobaan-vitro dilakukan oleh DeCarvalho, Niu, Aksenova, dan Alexander et al. diverifikasi bahwa RNA diambil dari jaringan sehat dapat menekan pertumbuhan garis sel tumor dan mengurangi keganasan mereka.

Salah satu jenis RNA yang berfungsi dalam pertahanan sel ialah siRNA. siRNA adalah RNA double stranded yang terdiri dari 21-23 pasangan basa yang mampu membentuk komplement dengan target sekuen spesifik mRNA. RNA ini bisa mengakibatkan penguraian mRNA yang dinamakan interferensi RNA (RNA interference) yang biasanya disingkat dengan RNAi. Gangguan ini mengakibatkan mRNA tidak bisa berubah menjadi suatu protein. Prinsipnya sama dengan gangguan produksi suatu protein oleh antisense RNA. Namun, berbeda dengan antisense RNA, siRNA adalah benang ganda yang relatif lebih stabil sehingga dalam aplikasinya siRNA bisa diintroduksikan baik dengan injeksi langsung maupun dengan mengkloningnya ke vektor seperti plasmid. SiRNA berasosiasi dengan molekul helikase dan nuclease membentuk kompleks dengan RISC (RNAinducing silencing compleks) inducing yang akan melepaskan komplemen siRNA membentuk ss-siRNA dan kemudian kompleks ini akan dapat berkomplement dengan mRNA target, sehingga akan memotong mRNA target. Selanjutnya potonganpotongan mRNA akan didegradasi oleh enzim RNase (Kitabwalla dan Ruprecht, 2002). Prinsipnya adalah setiap produk gen (DNA) akan menghasilkan mRNA yang selanjutnya akan diproses menjadi protein yang akan berfungsi untuk replikasi dan

perkembangbiakan suatu agen penyakit. Jika RNA yang akan berikatan dengan mRNA bisa dirancang, otomatis proses mRNA menjadi protein akan terganggu. Akibatnya, protein tidak akan terbentuk sehingga agen penyebab penyakit tidak bisa berkembang biak. Sumber : http://www.scribd.com/doc/93671506/Terapi-Sirna-Pada-Aids-Ppt-Only

2. Bagaimana sintesis RNA pada eukariotik dan transkripsi? Sintesis RNA Pada Eukariotik Enzim yang diperlukan dalam transkripsi DNA menjadi RNA adalah RNA polymerase. Reaksi enzimatik tersebut menghasilkan polimerase RNA dan ribonukleotida. Sekuen nukleotida pada DNA merupakan templat atau cetakan untuk membuat sekuen

nukleotida pada RNA. RNA polimerase ada yang tidak membutuhkan templat atau cetakan seperti poli (A) polimerase yang penting dalam ekspresi gen. Penambahan nukleotida pada saat sintesis RNA mengikuti aturan pasangan basa: A berpasangan dengan U; G berpasangan dengan C. Setiap penambahan satu nukleotida, - dan -fosfat dihilangkan dari nukleotida yang baru datang, dan gugus hidroksil dihilangkan dari ujung 3-karbon pada nukleotida, sama seperti polimerisasi DNA.

RNA polimerase merupakan komponen pusat dari kompleks inisiasi transkripsi. Setiap kali suatu gen di transkrip, suatu kompleks baru digabungkan segera pada daerah upstream dari gen. Kompleks inisiasi disusun pada posisi yang sesuai dan tidak pada sembarang tempat di genom karena lokasi target ditandai dengan sekuen nukleotida khusus yang disebut promotor yang hanya terdapat di daerah upstream dari gen. Promotor bakteria dapat langsung dikenali oleh enzim RNA polimerase, tetapi pada eukariot dan archaea suatu protein intermediet yang mengikat ke DNA diperlukan dan membentuk platform tempat RNA polimerase mengikat.

Pemrosesan prekursor RNA Kebanyakan RNA, terutama pada eukariot, awalnya disintesis sebagai prekursor atau pre-mRNA yang harus diproses sebelum bisa menjalankan fungsinya. Berikut ini adalah garis besar pemrosesan pre-RNA. Modifikasi akhir terjadi selama sintesis mRNA eukariot dan archaea yang umumnya dengan penambahan nukleotida pada ujung 5 yang disebut cap dan ekor poli A pada ujung 3. Keduanya terlibat dalam penggabungan kompleks inisiasi translasi dari mRNA ini. Splicing adalah penghilangan intron dari prekursor RNA. Banyak gen-gen pengkode protein pada eukariot mengandung intron dan intron ini dikopi saat gen di transkrip. Intron dihilangkan dari pre-mRNA dengan reaksi pemotongan dan penggabungan. PremRNA yang tidak mengalami penghilangan intron membentuk fraksi RNA nuklear yang disebut heterogenous nuclear RNA (hnRNA). Beberapa pre-rRNA dan pre-tRNA eukariot juga mengandung intron, sama seperti transkrip pada archaea, tetapi hal tersebut jarang terdapat pada bakteri.

Pemotongan merupakan peristiwa yang penting dalam pemrosesan rRNA dan tRNA. Kebanyakan diantaranya awalnya disintesis dari unit transkripsi yang mengkhususkan diri pada lebih dari satu molekul. Oleh karena itu, pre-rRNA dan pre-tRNA harus dipotong kecil-kecil untuk menghasilkan RNA yang matang. Tipe pemrosesan ini terdapat baik pada prokariot maupun eukariot. Modifikasi kimia dilakukan pada rRNA, tRNA, dan mRNA. rRNA dan tRNA pada semua organisme dimodifikasi dengan penambahan gugus kimia baru yang ditambahkan ke nukleotida tertentu dalam setiap RNA. Modifikasi kimia mRNA disebut RNA-editing, seperti yang terlihat pada bermacam-macam eukariot. Pemrosesan mRNA mempunyai pengaruh yang penting pada komposisi transkriptom. RNA editing, sebagai contoh, dapat menghasilkan suatu pre-mRNA tunggal yang diubah menjadi dua mRNA berbeda yang mengkode protein yang sangat berbeda. Peristiwa itu nampaknya tidak umum, tetapi splicing alternatif, dimana satu pre-mRNA menghasilkan dua atau lebih mRNA dengan cara penggabungan exon dengan kombinasi yang berbeda sangat umum terjadi. Dengan mekanisme ini, jumlah gen yang sedikit bisa menghasilkan protein yang lebih banyak. Sumber: http://id.shvoong.com/medicine-and-health/genetics/2067945-sintesis-rna-

dalam-sel/#ixzz2Lpf7zs5U

Transkripsi Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara singkat sebagai berikut. Pengenalan promoter Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan basa pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di sisi 5

(upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini dinamakan promoter. Inisiasi Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau tapak inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan sintesis RNA pun segera dimulai. Elongasi Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA cetakan. Terminasi Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator. Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk batang dan kala (loop).

Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.

Sumber : http://icheanindita.blogspot.com/2012/10/transkripsi-rna.html

3. Sebutkan jenis-jenis RNA pada sel eukariotik dan prokariotik! (belum nemu zi )