DNA SEBAGAI BAHAN GENETIKA

Tim Pengajar Pengantar Bioteknologi Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1865, Gregor Mendel menduga bahwa suatu bagian dari sel bertanggungjawab atas sifat yang diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya

1868, Friedrich Miescher menemukan senyawa kimia yang berasal dari inti sel
1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van Beneden menemukan bahwa suatu jasad memiliki jumlah kromosom tertentu

1902, Walter Stanborough Sutton menyatakan bahwa kromosom berpasangan

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1910, Thomas Hunt Morgan menemukan bahwa bahan pembawa sifat adalah gen yang berada di dalam kromosom 1926, Hermann Muller menemukan bahwa sinar X dapat menginduksi mutasi
1928, Fred Griffith menemukan perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumoniae

Penemuan transformasi sel: Penelitian Griffith (1928)

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1935, Andrei Nikolaevitch Belozersky berhasil mengisolasi DNA murni 1940, Erwin Chargaff menemukan bahwa organisme berbeda memiliki nisbah 4 basa penyusun DNA yang berbeda

KOMPOSISI BASA PENYUSUN DNA

Organisme Escherichia coli Khamir Gandum Salmon Ayam A 24,7 31,3 27,3 29,7 28,8 G 26,0 18,7 22,7 20,8 20,5 C 25,7 17,1 22,8 20,4 21,5 T 23,6 32,9 27,1 29,1 29,3

Hasil Penelitian Chargaff

1.

2.

3.

4.

DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan organisme yang sama memiliki komposisi basa yang sama Komposisi basa DNA beragam pada organisme yang berbeda Komposisi basa DNA suatu spesies tidak berubah oleh umur, nutrisi, dan lingkungan Jumlah residu adenin selalu setara dengan jumlah residu timin, sedangkan jumlah residu guaninn selalu setara dengan jumlah residu sitosin

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1941, George Beadle dan Edward Tatum menemukan hubungan mutasi dengan kerusakan proses biokimia sel 1944, Oswald Theodore Avery, Colin MacLeod dan Maclyn McCarty yang melanjutkan pekerjaan Griffith menemukan bahwa DNA adalah bahan yang menyebabkan perubahan bentuk dinding sel Streptococcus pneumoniae

Penelitian Avery, MacLeod, dan McCarty

SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIKA

1952, Alfred Hershey dan Martha Chase melalui penelitian menggunakan P dan S radioisotop membuktikan DNA sebagai bahan pembawa informasi genetika 1953, James Watson and Francis Crick menyatakan bahwa DNA adalah benang ganda anti paralel, berbentuk heliks yang saling berkomplemen

Penelitian Alfred Hershey dan Martha Chase

Penelitian Watson dan Crick

Dengan dukungan data difraksi sinar-X dari Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins Dengan dukungan data analisis kimia basa nitrogen dari Erwin Chargaff Memformulasikan struktur DNA Mengelompokkan basa DNA menjadi purin dan pirimidin Memformulasikan model replikasi DNA

STRUKTUR NUKLEOTIDA
Tiga komponen pembentuk nukleotida:
Basa nitrogen
Gugus fosfat
(pirimidin atau purin)

Gula pentosa

PIRIMIDIN & PURIN

Diekspresikan dengan huruf pertamanya (A, G, C, T, U). Purin (A, G) dimiliki oleh RNA dan DNA

Pirimidin, C dimiliki oleh RNA dan DNA, tetapi T terdapat di DNA, dan U terdapat di RNA

DEOKSIRIBONUKLEOTIDA
2'-deoksiribosa dengan basa (dalam contoh ini purin, adenin atau guanin) terikat pada atom C-1' adalah deoksiribonukleosida (dalam contoh ini deoksiadenosin dan deoksiguanosin).

Terfosforilasi pada atom C- 5' menjadi nukleotida (dalam contoh ini, deoksiadenilat dan deoksiguanilat)
Deoksiribonukleotida dinamai dengan singkatan (pada contoh ini) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat)

Deoksiribonukleotida Utama

DNA
Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.

STRUKTUR DNA
DNA terdiri atas dua rangkaian heliks anti-paralel (paralel berlawanan arah) yang melilit ke kanan suatu poros. Ukuran lilitan adalah 36 , yang mengandung 10.5 pasangan basa per putaran. Kerangka yang berselang-seling antara gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di bagian luar. Ikatan hidrogen antara basa purin dan pirimidin terletak d bagian dalam.

STRUKTUR DNA

IKATAN HIDROGEN ANTAR RANGKAIAN BASA DNA

Watson-Crick base pairing

RANGKAIAN BENANG DNA

Basa

penyusun suatu benang DNA yang antiparallel tidak sama melainkan bersifat komplemen terhadap benang pasangannya. Basa C berpasangan dengan G, sedangkan A dengan T. Hal ini sangat bemanfaat dalam kaitan untuk penyimpanan dan pemindahan.

PERAN DNA
DNA terletak di kromosom dan kloroplas DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA. DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.)

Sintesis Protein terjadi di Ribosom

PERAN RNA
Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom, mesin biologis pembuat protein Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi urutan asam amino RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya fungsi-fungsi katalis

RNA
Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.

RIBONUKLEOTIDA
Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat)

Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat)

RIBONUKLEOTIDA UTAMA

PENAMAAN NUKLEOTIDA

DOGMA UTAMA BIOLOGI

Replikasi

Transkripsi

Translasi

Ringkasan tentang Replikasi DNA

Terjadi secara semikonservatif, masing-masing benang DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis DNA pasangannya Terjadi di replikon yang terdiri dari origin of replication dan dua garpu replikasi (bidirectional) Masing-masing garpu replikasi tersusun atas kompleks enzim, termasuk di dalamnya DNA polymerase

Terlibat juga enzim-enzim primase, helikase, topoisomerase

REPLIKASI DNA
Pada replikasi DNA, masing-masing untai DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai pasangannya yang baru, menghasilkan dua molekul DNA. Cara ini disebut cara replikasi semikonservatif. Replikasi cara semikonservatif membutuhkan pemisahan untai DNA (pelelehan sebagian, atau denaturasi) sehingga untai tetua menjadi cetakan.

PERCOBAAN MESELSON-STAHL

SINTESIS DNA
Pertumbuhan garpu replikasi Pertumbuhan benang DNA
5 3

Pertumbuhan benang DNA

Benang DNA Leading and Lagging

Terjadi karena sintesis DNA terjadi hanya pada arah 5 ke 3 Kedua benang DNA mengalami proses yang berbeda

Sintesis DNA pada benang leading terjadi secara continuous+ Sintesis DNA pada benang lagging terjadi secara discontinuous

leading

Membentuk fragmen Okazaki Fragment-fragmen kemudian akan terhubung oleh aktivitas DNA ligase

lagging

Sintesis benang DNA Lagging

Harus ada primer (i.e. 3-OH) untuk memulai sintesis DNA Primase berfungsi untuk membuat primer RNA

Harus menyambung fragmen-fragmen DNA Hal ini dilaksanakan oleh enzim DNA ligase

Mesin Replikasi DNA

Fungsi primase? Fungsi topoisomerase?

Fungsi helikase? Fungsi single-stranded DNA binding proteins?

Origin dari Replikasi DNA

Replikasi DNA dimulai dari suatu urutan nukleotida spesifik yang disebut origins of replication

Dikenali oleh protein yang berfungsi membuka lilitan benang DNA

Sintesis DNA terjadi dalam dua arah dari origin

Bidirectional DNA Replication

DNA synthesis occurs in replicons consisting of an origin of replication and two diverging replication forks (bidirectional)

Fork movement

Fork movement

Diagram Skematik dari DNA ke RNA kemudian menjadi Protein

Gen terekspresi melalui 2 langkah:

Transkripsi: Membentuk RNA Translasi: Sintesis Protein

Transcription

RNA polymerase catalyzes RNA synthesis

uses one DNA strand as template

always the same strand for a given gene

locally unwinds DNA adds free nucleotides to growing RNA strand at 3 end

5 to 3 RNA synthesis template read 3 to 5 uses rules of base pairing to synthesize complementary RNA molecule starts RNA chain de novo

Transcript is identical in sequence to nontemplate strand, except Ts replaced by Us

Transcription is asymmetric only one strand of the DNA is transcribed into RNA; the template strand The RNA transcript has the same sequence as the nontemplate strand

RNA is synthesized in a 5 to 3 direction only The template strand is read in the 3 to 5 direction

Either strand of the DNA can be used as the template strand for transcription However, in any one gene only one strand of the DNA serves as the template for transcription

DNA

Multiple RNA polymerases can transcribe a gene simultaneously creating a train of RNA polymerases

RNA polymerases

Prokaryotes: single RNA polymerase

Transcribes mRNA, rRNA and tRNA Transcription and translation are coupled RNA polymerase I transcribes rRNA genes RNA polymerase II transcribes protein-encoding genes; i.e. makes mRNA primary transcript will be processed RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes

Eukaryotes: three RNA polymerases

Transcription and translation occur in separate compartments of the eukaryotic cell

In organelles they occur in the same compartment

Translation (protein synthesis)

Information in mRNA translated into primary sequence of a protein in 4 steps:

ACTIVATION INITIATION ELONGATION TERMINATION

Translation (protein synthesis)

ACTIVATION

Each amino acid activated by reacting with ATP tRNA synthetase enzyme attaches activated amino acid to own particular tRNA

Protein synthesis: Translation initiation

Protein synthesis: elongation (2)

Protein translation: termination (3)

Protein translation: summary

Elongation

Initiation

Termination

Cell Information: Instruction Book of Life

DNA, RNA, and Proteins are examples of strings written in either the fourletter nucleotide alphabet of DNA and RNA (A C G T/U) or the twenty-letter amino acid alphabet of proteins. Each amino acid is coded by 3 nucleotides called codon. (Leu, Arg, Met, etc.)

Terima Kasih