Fungsi:
Informasi genetik, misal informasi tentang deferensiasi Asam nukleat terdiri dari polimer nukleotida Nukleotida terdiri dari: basa N + ribosa / deoksiribosa + fosfat Rumus umum: P P
DEOKSIRIBOSA BASA N
DNA RNA
RIBOSA
BASA N
Basa N dalam utas 1 akan berpasangan secara spesifik dengan basa N dalam utas 2 (komplementer) membentuk struktur double helix yang stabil. Informasi genetik dalam DNA tergantung : Urutan tertentu dari basa N Panjang molekul informasi jumlah informasi. Basa N yang menyusun DNA : Mengandung cincin pirimidin : Sitosin (C) dan Timin (T) Mengandung cincin purin : Adenin (A) dan Guanin (G) Urutan nukleotida menentukan urutan asam amino dari protein yang akan disintesis dapat menentukan ciri-ciri suatu organisme A T dan G C : dengan ikatan hidrogen.
TATA NAMA
BASA - N RIBONUKLEOSIDA NUKLEOTIDA
James Watson
ADENIN
GUANIN SITOSIN
ADENOSIN
GUANOSIN SITIDIN
ADENOSIN 5 P
GUANOSIN 5 P SITIDIN 5 P
TIMIN
TIMIDIN
TIMIDIN 5 P
Nukleotida : nukleosida + fosfat Bila karbohidrat yang terdapat pada nukleosida / nukleotida adalah Deoksiribosa Deoksi (d), misal deoksi-Adenosin (dA)
2.
Transkripsi : - sintesis RNA yang berperan pada penerusan arus informasi (mRNA) - sebagian RNA membentuk struktur dari komponenkomponen yang terlibat pada proses sintesis protein (Ribosoma RNA) : rRNA.
Translasi : - urutan nukleotida pada mRNA menjadi urutan asam amino - t-RNA akan memindahkan asam amino bebas ke tempat penyusunan protein (membawa asam amino dari sitoplasma masuk ke dalam ribosom) atas instruksi m-RNA.
3.
KLASIFIKASI DNA
1. Fraksi non-repetitif Urutan nukleotida-nukleotida tertentu yang diulangi hanya beberapa kali. Sebagian besar instruksi sintesis protein. Fraksi Repetitif Moderat Pengulangan urutan > No. 1 Termasuk DNA Spacer yang terletak di antara fraksi non repetitif. Berperan pada pengendalian terhadap transaksi instruksiinstruksi tertentu. Termasuk pula disini bagian DNA yang ditranskripsikan menjadi rRNA dan t-RNA. Fraksi sangat Repetitif Segmen yang sangat pendek, meliputi 10c turunan (copies) Sentrifugasi terdapat segmen DNA yang bj-nya berbeda, sehingga letaknya jauh terpisah dari fraksi yang lain : DNA Satelit. Terkait dengan nukleolus peran struktural.
2.
3.
REPLIKASI DNA
Pembentukan DNA baru yang sama dengan DNA induk terjadi saat pembelahan sel Replikasi sebagian pada saat sel tidak membelah mengadakan perbaikan-perbaikan pada kerusakan DNA. Masing-masing utas DNA dipakai sebagai template untuk menyusun utas DNA baru Prekursor adalah deoksiribonukleosida 3 P Penggabungan 1 mol. Nukleotida akan menghasilkan 1 mol. pirofosfat inorganik. Enzim : DNA polimerase meregangkan ikatan antar basa-basa pembacaan template. Terjadi besamaan pada kedua utas DNA komplemen anti paralel baru (utas baru) Kemudian utas lama d utas baru menjadi template DNA baru Kedua utas DNA lama dengan adanya DNA polimerase membentuk komplemen anti paralel baru. Replikasi berjalan mengarah ke ujung 5 utas induk DNA
TAHAP-TAHAP REPLIKASI
Tiap menit DNA polimerase membentuk DNA baru 1 mikrometer, replikasi lengkap 1 molekul DNA perlu 55 hari (in vitro) Kenyataan (in vivo) hanya perlu 4-8 jam karena tiap molekul DNA memiliki banyak titik awal (replikan) Replikasi terjadi secara simultan dari banyak titik awal Replication Bubble. Utas ganda yang mengalami replikasi agar tidak terpilin dipegang oleh Unwinding Protein sehingga melting point rendah disosiasi double strand. Selain itu, satu ikatan fosfodiester dihidrolisis oleh Enzyme Helicase makin lepas / longgar (untuk memperbaiki DNA yang terputus DNA Ligase). Replikasi terjadi pada masing-masing utas dengan arah berlawanan (Bidirectional) komplemen anti paralel. Sebelum replikasi berlanjut, harus dibentuk RNA primer dulu (10-12 nukleotida) replikasi berlanjut (RNA polimerase) 120 nukleotida DNA. DNA baru (120 nukleotida) + RNA primer = Fragmen Okazaki. RNA primer dilepaskan oleh enzim spesifik, tempat yang kosong diisi oleh DNA yang komplementer. Ujung 3 dan 5 yang berdekatan dihubungkan oleh DNA ligase DNA baru yg identik dg DNA asal
TAHAP-TAHAP REPLIKASI
TAHAP-TAHAP REPLIKASI
FUNGSI
Polimerisasi deoksinukleotida Proses unwinding DNA Melepaskan torsional strain (belitan) akibat proses unwinding Inisiasi sintesis primer RNA Melindungi reannealing dsDNA yang terlalu dini (premature reannealing of dsDNA) Melekatkan utas single strand satu dg yang lain, dan juga pada fragmen-fragmen Okazaki
LANGKAH-LANGKAH REPLIKASI
1. 2. 3. 4. 5. Identification of the origins of replication Unwinding (denaturation) of dsDNA to provide an ssDNA template Formation of the replication fork Initiation of DNA synthesis and elongation Formation of replication bubbles with ligation of the newly synthesized DNA segment 6. Reconstitution of chromatin structure MACAM-MACAM DNA POLIMERASE
JENIS LOKASI INTI SEL INTI SEL PERANAN UTAMA REPLIKASI DNA INTI REPLIKASI DNA INTI
MITOKONDRIA
REPLIKASI.MOV KNOTTY.MOV
KROMOSOM
Rantai polinukleotida DNA dalam inti sel berkondensasi dengan protein berkas Khromosom. Sel somatik terdiri dari 46 khromosom (diploid) Khromosom terdiri dari serat-serat yang tersusun dalam berkas-berkas (bundle). Serat-serat tersebut = khromatin. Khromosom terikat dengan protein (histon) nukleoprotein. Histon berperan pada proses replikasi dan transkripsi. Serat-serat khromatin terdiri dari unit-unit. Masing-masing unit terdiri dari 200 bp DNA yang melingkari 8 molekul histon nukleosoma.
KROMOSOM
2.
3.
4.
Mechanism of DNA repair Mechanism Mismatch repair Problem Copying errors (single base or two to fivebase unpaired loop Spontaneous, chemical or radiation damage to a single base Spontaneous, chemical or radiation damage to as DNA segment Ionizing radiation, chemotherapy, oxydative free radicals Solution Methyl-directed strand cutting, exonuclease digestion & replacement Base removal by N-glycosylase, abasic sugar removal, replacement Removal of an approximately 30 nucleotide oligomer and replacement Synapsis, unwinding, aligment, ligation
Nucleotide excision
MISMATCH REPAIR Daerah yang rusak dikenali oleh endonuklease yang melakukan pemotongan satu sisi. Utas tersebut dicerna oleh Eksonuklease. Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase Religasi oleh Ligase.
BASE EXCISION-REPAIR Suhu tinggi depurinisasi DNA. Sitosin, adenin & guanin berubah menjadi urasil, xanthin atau hipoxanthin N-glikosilase mengenal basa yang salah dipotong oleh endonuklease Kerusakan Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase Religasi oleh Ligase
NUCLEOTIDE EXCISION-REPAIR Mereparasi kerusakan > 30 base akibat sinar UV, rokok, radiasi, kemoterapi kanker & bahan kimia lain. Area yang rusak dikenali dipotong di dua tempat oleh Exinuclease dibuang Kerusakan di perbaiki oleh Polimerase Religasi oleh Ligase DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR Mereparasi kerusakan akibat radiasi, radikal bebas, kemoterapi. Melibatkan protein Ku dan DNA-PK (DNA protein kinase)
MISMATCH REPAIR
CH3 3 5 CH3 5 3
CH3
Religated by ligase
Base Excision-Repair
3
ATCGGCTCATCCGAT
5
ATCGGCTUATCCGAT
II I I I I I I I I I I III
TAGCCGAGTAGGCTA 5 3
Heat
I I I I I II I I I I I II I
TAGCCGAGTAGGCTA Uracil DNA glikosilase
ATCGGC
TCCGAT
ATCGGCT #ATCCGAT
I I I I I I
I I I I II
Nuclease
I I I I I I I I I I I I III
TAGCCGAGTAGGCTA
TAGCCGAGT AGGCTA
I II I I I I I I I I I I II
TAGCCGAGTAGGCTA
Nucleotide Excision-Repair
3 5 XXXX 5 3
XXXX
Mitotic Phase
Siklus aktif pada : GIT, sistem Hematopoitik, infeksi Siklus kurang aktif pada : ginjal, hati. G0 dan G1 : - transkripsi RNA sintesis protein - setelah kebutuhan protein dipenuhi replikasi DNA (fase S) + sintesis histon khromatin Tetraploid Khromatid. G2 : Sintesis RNA dan protein
crossover pada sel somatik tetap identik hasilnya. sex khromosom (germ-cell) : tetraploid khromatid yang terbentuk pada fase S dibagi rata 4 sel anak haploid replikasi tanpa pembelahan miosis.
X X X Y Y X X X Y Y Y Y X X Y Y X X Y Y
STABILITAS
Rantai polinukleotida RNA dibangun dengan cara setiap kali terjadi penambahan satu molekul nukleotida. OH atom C3 (ribosa) mengikat gugusan fosfat pada atom C5 (ribosa) dari nukleotida yang baru : polimerisasi setiap kali + 1 molekul nukleotida melepas 1 . Pemanjangan rantai RNA 5`3`. DNA ditranskripsikan 3`5`.
Lilitan double helix DNA harus dibuka template dapat terlihat RNA polimerase melakukan transkripsi. Hanya 6 basa yang terlihat, hanya satu utas DNA yang bertindak sebagai template (utas sense), yang lain tidak sebagai template (anti sense). RNA polimerase : Tipe I/A : dalam nukleolus rRNA Tipe II/B : dalam nukleoplasma mRNA Tipe III/C : dalam nukleoplasma tRNA
Transkripsi
PROCESSING RNA Terjadi dalam inti sel atau sampai dengan perjalanan ke sitoplasma. Processing : 1. Pemutusan rantai (nukleotik) 2. Penyambungan rantai (ligasi) 3. Penambahan nukleotida-nukleotida 4. Modifikasi nukleosida
PROCESSING RNA
RNA hasil transkripsi mengadakan pemutusan rantai. bagian yang tidak dikehendaki akan dibuang (intron) sisanya (exon) membentuk RNA mature Contoh : heterogenous RNA (hn RNA) mRNA Fungsi intron : 1. Spacer (pengisi kekosongan) 2. Faktor pengendali 3. Gen struktural
Exon vs Intron
mRNA
Prekursor : hn RNA modifikasi sebagai berikut : 1. DNA transkripsi untuk membentuk RNA 2. Penambahan gugus adenosin fosfat pada ujung 3` prekursor BB + ekor poli AAAAA rentan terhadap hidrolisis tanpa ekor poli AAAAAA tahan terhadap hidrolisis. Tujuan +/- poli A : proses pengendalian
mRNA
3. 4. 5. Nukleotida-nukleotida ekstra di ujung 5` dihidrolisis. Ujung 5` diberi topi oleh guanosin fosfat melalui jembatan anhidrida jembatan trifosfat antara ujung 5` RNA dan guanosin (G5``-ppp.) Modifikasi kovalen (metilasi) segmen terminal dari unit-unit basa dan ribosa. Pemberian tutup / topi di bagian awal akan diubah menjadi m7Gppp-m6am Struktur awal ini penting untuk pengenalan mRNA oleh ribosoma. Saat menuju sitoplasma, mRNA melepas sebagian ekor poli A.
6.
tRNA
rRNA Ribosom : - tempat sintesis protein - molekul-molekul protein dan molekul-molekulRNA tersusun secara khusus. - 30nm, koefisien sedimentasi 805 yang merupakan gabungan 2 subunit 605 dan 405. INHIBITOR SINTESIS DNA DAN RNA Antibiotika, anti cancer, analog nukleotida Mekanisme/efek: bermacam-macam.
KODE GENETIKA
Gen (DNA) transkripsi mRNA ke sitoplasma ribosom / polisom asam amino disusun oleh tRNA. Dalam ribosom mRNA mengikat tRNA (kodon-anti kodon) menyusun asam amino. Ikatan kodon-antikodon terdiri dari urutan 3 nukleotida (triplet). Jenis nukleotida : 4 (A,G,C,T/U). Jumlah variasi triplet 43 = 64. (AUU,CCA, dan lain-lain). Jumlah asam amino: 20 macam (UUC PHE). Jadi satu jenis asam amino dapat dikenal oleh lebih dari 1 macam tRNA. Dari 64 variasi triplet, ada yang tidak memberikan kode kodon nonsens sebagian sebagai signal untuk menghentikan proses polimerisasi (stop kodon) 2/3 triplet, 61 sisanya kodon sense. Daya memilih / mengenal dari kodon / anti kodon dapat menurun wobble.
FUNGSI tRNA
Asam nukleat tidak memiliki afinitas untuk bergabung dengan asam amino perlu protein pembantu yang spesifik : aminoasil-tRNA sintetase. Pengenalan / pengikatan tRNA terhadap asam amino berlangsung 2 tahap : 1. Pembentukan kompleks enz-amp-asam amino (intermediate aktif) 2. Pembentukan kompleks tRNA-asam amino.
KODE GENETIKA
NUKLEASE
Memecah asam nukleat Klasifikasi berdasarkan substrat : 1. Deoksiribonuklease : memecah DNA 2. Ribonuklease : memecah RNA Kedua enzim memecah ikatan fosfodiester di tengah, menghasilkan ujung 3` hidroksil dan 5` fosforil, atau 3` fosforil dan 5` hidroksil. Klasifikasi berdasarkan tempat ikatan fosfodiester yang dipecah : 1. Endonuklease : memecah ikatan fosfodiester di tengah 2. Eksonuklease : memecah ikatan fosfodiester di bagian tepi polinukleotida. Ada enzim yang dapat menghidrolisis 2 utas sekaligus pada double stranded, tetapi ada yang hanya bisa menghidrolisis satu utas saja. Endonuklease restriksi - dapat mengenali rangkaian yang spesifik dalam DNA. - riset DNA rekombinan. Eksonuklease hanya bisa bekerja / menghidrolisis nukleotida yang berada di terminal molekul dan bekerja searah (3`5` atau 5`3`) AA diikat oleh tRNA di ujung rantai C-C-A. Lengkung TjC berperan pada pengikatan asam amino tRNA dengan ribosom. Lengkung D berperan pada pengenalan enzim. Lengkung antikodon terdiri dari 7 nukleotida, dibaca dari 3`5`. Kodon dibaca dari 5`3`. Pasangan basa dapat berubah (wobble) pada nukleotida ke III. Kesimpulan : nukleotida ke III tidak penting.
MUTASI
mutasi
Mutasi : perubahan urutan nukleotida dari suatu gen. Gen mutasi transkripsi mRNA berubah urutannya pada daerah yang sesuai dengan mutasi. POINT MUTATION
Transisi : purin purin, pirimidin pirimidin. Transversi : purin pirimidin, pirimidin purin Akibat point mutation : 1. Tidak berpengaruh : apabila yang mengalami mutasi adalah nukleotida ke III (wobble) 2. Missense (salah makna) Asam amino yang berbeda ditempatkan pada urutan polipeptida. 3. Kodon non sense terminasi prematur Apabila terjadi missense, maka asam amino tersebut : 1. Acceptable (diterima) fungsi normal Missense 2. Partially acceptable fungsi kurang normal Nonsense 3. Unaceptable fungsi tidak normal
mutasi
Acceptable missense Hb A, rantai Hb hikari, rantai Partially acceptable missense Unaceptable missense Hb A, rantai Hb S, rantai Hb A, rantai Hb M (boston, ) 61 lisin asparagin 6 glutamat Valin 58 histidin Tirosin AAA atau AAG AAU atau AAC GAA atau GAG GUA atau GUG CAU atau CAC UAU atau UAC
(-3) mRNA
(+1) mRNA
(+1/-1) mRNA
INISIASI
B
A. Disosiasi ribosom Faktor EIF (Eukaryotic Initiation Factor) : menghalangi reasosiasi ribosom B. Pembentukan kompleks prainisiasi 40s C. Pembentukan kompleks inisiasi 40s D. Pembentukan kompleks inisiasi 80s
ELONGASI
Faktor : EF-1 dan EF-2 (elongation factor) Mula-mula A-site kosong, aminoasil tRNA akan masuk ke A-site A. Pengikatan aminoasil tRNA pada A-site Faktor EF-1 membentuk kompleks dng GTP dan aminoasil tRNA masuk ke A-site. B. Pembentukan ikatan peptida - Gugus -amino pada aminoasil tRNA dalam A-site melakukan serangan nukleofilik pada gugus karboksil dalam peptidil tRNA di P-site (enzim peptidil transferase rRNA) - tRNA di P-site keluar - GTP EF-1 dilepaskan C. Translokasi - Pemindahan peptidil tRNA dari A-site ke P-site - Perlu GTP dan EF-2 - Kemudian GTP GDP + Pi - Tempat A (A-site) kembali kosong
IMAGE OF RIBOSOME
TERMINASI
Dimulai saat kodon non sense muncul di A-site. Kodon non sense tidak dikenal oleh tRNA, tapi dikenali oleh RE (releasing factor). EF + GTP + peptidil transferase menghidrolisis ikatan ester antara rantai peptida dengan tRNA di P-site. Ribosom 80 s disosiasi 40 s + 60 s. EF-1 mengenali UAA dan UAG EF-2 mengenali UAA dan UGA Satu molekul mRNA, beberapa ribosom dapat melakukan translasi bersama-sama secara simultan. Jarak ribosom satu dengan yang lain tidak boleh kurang dari 80 nukleotida Dalam 10 detik, 1 ribosom dapat menstranslasi 400 kodon menjadi protein dengan berat molekul 40.000 Poliribosom (polisom) bisa bebas atau terikat dengan retikulum endoplasma Poliribosom bebas mensintesis protein untuk kebutuhan sel itu sendiri, sedangkan yang terikat dengan R.E. dikeluarkan
TERMINASI
40S
60S
TRANSLASI
PROCESSING PROTEIN
Protein yang diproduksi harus dimodifikasi dulu berfungsi Contoh: 1. Virus : protein yang panjang harus dipotong-potong Protein spesifik. 2. Insulin : disintesis sebagai pro insulin yang terdiri dari 2 rantai polipeptida yang dihubungkan oleh ikatan disulfida. 3. Prokolagen hidroksilasi dan oksidasi pada asam amino spesifik cross link (lebih stabil)
Lac operon :
E. coli glukosa Bila dalam media E.coli tidak diberi glukosa, tapi diberi laktosa produksi enzim-enzim sebagai berikut : a. b-galaktosidase (gen Z) laktosa galaktosa + glukosa b. galaktosida permease (gen Y) mempermudah masuknya galaktosa ke dalam sel c. thiogalaktosida transasetilase (gen A) Respon lac operon termasuk tipe A : inducer / signal laju sintesis protein
E.coli media glukosa + laktosa glukosa di metabolisme dulu berhenti memetabolisme laktosa setelah gen Z lac operon terbentuk. Untuk melekatkan RNA polimerase dengan promotor perlu CAP (Catabolite gene Activator Protein) yang harus berikatan dulu dengan cAMP
Tryptophan Operon
Virus menyerang bakteri Virus memasukkan DNA ke dalam tubuh bakteri. Fase Lisogenik DNA virus berintegrasi dg kromosom bakteri Virus Dorman Prophage. Sel yg mengandung virus dorman: Lisogen Fase Litik replikasi DNA virus terbentuk banyak virus baru sel bakteri rusak Radiasi UV prophage bangun fase litik
Virus bakteriofag lambda (l) virus DNA E.coli Induktor akan menyalakan switch, sehingga virus pada keadaan tidur (dormant) menjadi aktif. Virus memiliki gen yang disebut OR (right operator), yang diapit oleh gen struktural (Cro) dan gen represor (cl) Gen represor on maka gen Cro off, sebaliknya bila gen represor off, maka gen Cro on. Gen represor (ke kiri) memproduksi protein represor yang terikat pada OR1 dan OR2 berfungsi untuk mempererat ikatan RNA polimerase dengan promotor (kiri) Protein represor yang terikat pada OR1 dan OR2 akan menghalangi pengikatan enzim pada bagian kanan. Radiasi uv akan mengaktifkan enzim protease rec A yang memecah monomer protein represor enzim polimerase dapat menuju ke kanan. Polimerase RNA akan terikat pada daerah kanan transkripsi gen Cro dan gen-gen lisis lain.
Prosedur PCR
1. Initialization pemanasan 960C 5 penambahan DNA polimerase Melting pemanasan 960C 30 DNA denaturasi Annealing primer pindah polimerase mulai mengcopy template Elongation pemanasan 720C 45
2.
3.
4.
PCR
Kegunaan PCR: 1. DNA fingerprinting 2. Paternity testing 3. Deteksi penyakit herediter 4. Cloning genes 5. Mutagenesis 6. Dll.
Gel Electrf
Ayah
Anak
Ibu
Recombinant DNA
Artificial DNA sequence resulting from the combination of different DNA sequences Recombinant DNA is used for genetic transformation to produce genetically modified organisms. Some examples of recombinant DNA products are peptide hormone medications including insulin, growth hormone, and oxytocin. Vaccines can also be produced using recombinant processes (as is the case with the Hep. B vaccine). The organism most commonly used is Escherichia coli. Plasmids Plasmids are extrachromosomal fragments of DNA present in some bacteria A plasmid can transfer genetic material to another bacterium, allowing it to express the transmitted gene(s). Most of the plasmid is used for the production of antibiotics.
DNA Recomb