Anda di halaman 1dari 13

Arsip untuk Pengetahuan Dasar Kategori

Bakteriofag untuk Pertanian


Diposkan dalam Pengetahuan Dasar pada Desember 21, 2011 | Tinggalkan sebuah Komentar

Singkat kata singkat cerita, sebenarnya kata Bakteriofag (Bacteriophage) berasal dari bahasa Yunani (Greek) yaitu Bakteria (Bacteria) dan Phagus (Phagein). Secara umum Bakteriofag merupakan semua jenis virus yang dapat menginfeksi bakteri, yang mana virus ini dapat berkembang dengan memanfaatkan bakteri inangnya. Sekitar tahun 1917, Ilmuan yang bekerja di Pasteur Institute, Paris berhasil mengidentifikasi keberadaanmakhluk tidak kasat mata dalam filtrat infeksius sebagai sebuah virus yang menginfeksi bakteri penyebab penyakit Disentri, meskipun sebelumnya Filtrat infeksius serupa telah terdeteksi keberadaan sekitar akhir abad 18 (1896). Dikarenakan sifat dari kespesifikan virus ini yang hanya menginfeksi bakteri, maka virus ini kemudian dikenal dengan Bakteriofag. Seperti halnya kebanyakan virus, bakteriofag memili komponen/struktur penyusun yang serupa yaitu mantel protein dan asam nukleat. Adapun asam nukleat dari bakteriofag itu sendiri dapat berupa ssDNA, ssRNA, dsDNA, dan dsRNA (ss: untai tungal, ds: untai ganda). Bentuk untaian asam nukleat tersebut umumnya linier, circular maupun segmented.

Asal usul dari bakteriofag itu sendiri masih dalam perdebatan, ada yang mengatakan bahwa bakteriofag berasal dari bakteri itu sendiri yang kemudian bereplikasi secara mandiri, ada yang mengatakan sebagai asal usul plasmid bagi bakteri, bahkan ada yang mengatakan sebagai sebuah virus yang bermutasi sehingga bisa menginfeksi bakteri.

Dilihat dari prilaku bakterifag, beberapa bakteriofag dapat menyisipkan asam nukleatnya dengan asam nukleat bakteri inang (fase lisogenik) dan dapa juga langsung menyebabkan lisisnya bakteri inang dengan menghasilkan beberapa enzim yang berperan dalam pelisisan tersebut. Enzim ini sangat dikenal dengan sebutan Endolisin. Bakteriofag pada bakteri di dunia pertanian telah banyak ditemui khususnya bakteri-bakteri penting dan umum seperti pada Agrobakterium, Pseudomonads, Bacillus, Xylella dan lainnya. Kebanyakan dari bakteriofag diperuntukan bagi keperluan molekuler dan pengendalian hayati. Namun tidak banyak yang mengetahui seberapa penting hubungan interaksi antara bakteriofag terhadap inangnya. Beberapa diantaranya dapat meningkatkan kemampuan bakteri sebagai penyebab penyakit pada tumbuhan, kemampuan bakteri untuk resisten terhadap antibiotik dan bahan kimia tertentu bahkan mungkin di antaranya ada yang menghasilkan toksin yang dapat mempercepat kematian tumbuhan inang seperti halnya pada bakteri hewan dan manusia, Bakteri penyebab diare. Oleh karena itu penting sekali diketahui seberapa besar pengaruh interaksi bakteriofag terhadap bakteri inangnya sebelum kemudian digunakan untuk keperluan molekuler atau pengendalian hayati. Manfaat Bakteriofag pada dunia pertanian. Vektor untuk keperluan Kloning molekular. Mungkin telah banyak diketahui bahwa beberapa bakteriofag dapat bermanfaat sebagai alat molekuler paling efektif karena kemampuannya mereplikasi asam nukleatnya secara mandiri. Sebut saja pada plasmid vektor. Memang beberapa bakteri secara

alami memiliki plasmid yang ukurannya bervariasi

mulai dari

beberapa ribu basepair bahkan sampai mega basepair. Mengingat dalam kegiatan molekular, penggunaan plasmid vektor sangat penting untuk mempelajari kegunaan gen tertentu contohnya. Sayangnya beberapa bakteri tidak memiliki plasmid yang kompetible (biasanya high copy, ukurannya tidak terlalu besar dan dapat bereplikasi secara mandiri pada sel bakteri inang). Kendala ini ditemui pada bakteri-bakteri dengan ukuran plasmid yang sangat besar seperti pada Ralstonia (hingga mega basepair) atau pada Xanthomonas, sehingga pemetaan plasmid itu sendiri menjadi sulit. Sebuah

plasmid dapat dibuat menjadi sebuah vektor jika telah dipetakan berdasarkan urutan asam nukleatnya. Untuk memanipulasi ini, beberapa bakteriofag khususnya dari golongan filamentous phages sangat berguna untuk keperluan ini karena ukurannya yang kecil (5-9 kb). Sebagai contoh vektor yang digunakan adalah Vektor S yang merupakan turunan dari filamentous phage RSS1 pada Ralstonia solanacearum. Namun tidak menutup kemungkinan dari jenis lain seperti Bakteriofag Lambda untuk Erwinia.

Keperluan deteksi

keberadaan bakteri tertentu. Untuk hal ini,

pemanfaatan bakteriofag dapat diterapkan dengan fungsi utamanya sebagai plasmid ataupun vektor. Dengan sedikit modifikasi asam nukleat pada phage-based vector/plasmid, misalnya dengan menambahkan/menyisipkan gen tertentu yang mempermudah pendeteksian maka hal ini akan sangat berguna sekali. Sebagai contoh dengan menyipkan gen ketahanan terhadap antibiotik atau penghasil warna tertentu (GFP). Beberapa laporan menunjukkan bahwa penggunaan GFP (Green Fluoroscens Protein) sangat efektif untuk melakukan pendeteksian terutama monitoring keberadaan bakteri yang sebelumnya telah ditranformasikan phage-based plasmid yang membawa GFP. Contoh nyata adalah pemanfaatan phage-based plasmid/vector untuk keperluan monitoring pergerakan bakteri Penyebab layu pada Tanaman yang disebabkan oleh R. solanacearum (Pub-1, Pub-2). (Bersambung). Untuk mentranslate bahasa

Membuat cDNA
Diposkan dalam Pengetahuan Dasar, Label cDNA, mRNA pada Januari 5, 2010 |Tinggalkan sebuah Komentar

Dalam Central dogma dikatakan bahwa informasi biologi bermula dari DNA ke RNA kemudian ke protein (Gambar 1). Namun, ada juga informasi yang berasal dari RNA ke DNA seperti contohnya pada virus HIV yang hanya memiliki RNA genom yang harus dikonversi dulu menjadi DNA. Untuk mengkonversi RNA menjadi DNA, maka diperlukan enzim yang dikenal dengan reverse transkriptase yang diketahui juga di miliki oleh virus tersebut. Pakar biologi molekular juga berhasil memanfaatkan enzim tersebut, reverse transcriptase, untuk mengkonversi mRNA

menjadi complementary DNA (DNA komplementer) yang lebih dikenal dengan cDNA.

Gambar 1. Central dogma: DNA menjadi RNA menjadi mRNA menjadi Protein. Menggunakan cDNA dalam beberapa kegiatan molekular cenderung lebih aman dibandingkan RNA (mRNA) secara langsung. Hal ini dikarena kestabilan dari RNA itu sendiri yang mudah sekali terdegradasi oleh RNase. Sehingga untuk berkerja dengan RNA secara langsung menjadi kurang efisien karena membutuhkan tingkat kehati-hatian yang cukup tinggi. Oleh karena itu, cara yang dianggap paling efektif dan efisien ketika ingin berkerja dengan RNA, yaitu dengan menggunakan sekuens komplemen dari mRNA tersebut yang selanjutnya dalam prosesnya menghasilkan cDNA. Begitupula, penyelidikan dengan DNA Microarray juga mengkonversi mRNA menjadi cDNA untuk memproduksi probesnya. Secara deskripsi, cDNA merupakan untai ganda DNA yang dibuat dari mRNA baik berasal dari prokariot maupun eukariot. Ketika mRNA berhasil diisolasi, maka diperlukan beberapa reagent yang sangat penting dalam proses konversi tersebut yaitu dNTPs (dGTP, dCTP, dATP and dTTP), primer, dan enzim reverse transcriptase. Selanjutnya yang harus dilakukan adalah mencampurkan mRNA dengan campuran reagen tersebut untuk membuat untai komplemen dari DNA (sintesis untai pertama). Proses ini memakan waktu 10-60 menit tergantung enzim reverse transkriptase yang digunakan. Kemudian mRNA harus dihilangkan dan untai kedua DNA dapat disentesis. Secara umum proses tersebut digambarkan sebagai berikut.

Figure 2. Empat jenis reagen Dasar yang diperlukan untu menghasilkan cDNA: mRNA sebagai cetakan, dNTP, enzim reverse transcriptase dan primer 1. mRNA mRNA atau yang dikenal dengan messenger RNA merupakan untai tunggal yang membawa kode genetik yang siap untuk ditranslasikan di ribosom menjadi sebuah atau beberapa protein tertentu. Perlu diketahui bahwa tidak semua RNA bisa langsung digunakan sebagai template untuk dibuat sebagai cDNA kaitannya untuk mempelajari ekspresi suatu gen. Sebut saja RNA yang disandikan oleh kelompok eukariot dimana RNA tersebut masih mengandung sekuens asam nukleat yang tidak menyandikan protein tertentu atau yang dikenal dengan intron. Oleh sebab itu intron tersebut perlu dihilangkan sebelum digunakan sebagai templet untuk membuat cDNA. Sebaliknya sebagian besar RNA dari prokariot bisa langsung digunakan sebagai templet untuk membuat cDNA karena tidak memiliki intron. 2. dNTPs dNTPs atau kependekan dari deoksi nucleotida triphosphate merupakan larutan yang mengandung monomer penyusun DNA (Guanin, Adenin, Sitosin dan Timin). Bahan ini sangat penting untuk kelanjutan sintesis cDNA dari mRNA. Tanpa adanya dNTPs maka proses penyusunan komplemen dari mRNA yang akan ditranskri balik dengan bantuan enzim reverse transkriptase tidak akan berjalan karena tidak ada monomer yang bisa dipolimerisasi menjadi untai cDNA. 3. Enzim Reverse Transcriptase Enzim reverse transkriptase merupakan enzim yang digunakan untuk mensintesis mRNA menjadi untai DNA. Di alam, banyak sekali jenis enzim ini yang secara umum dimiliki oleh virus-virus yang memiliki asam nukleat berupa RNA seperti HIV. Adapun enzim reverse transkriptase yang banyak digunakan untuk membuat cDNA di antaranya adalah M-MLV reverse transkriptase dari Moloney murine leukemia virus dan AMV reverse transkriptase dari avian myeloblastosis virus. Enzim ini akan bekerja dari ujung 3 ke ujung 5 dari mRNA. 4. Primer.

Terdapat tiga jenis primer yang dapat digunakan untuk mensintesis cDNA.1) Jika mRNA memiliki poly-A pada ujung 3, maka primer oligo-dT dapat digunakan sebagai primer untuk semua mRNA secara simultan. Umumnya primer jenis ini digunakan apabila mRNA yang digunakan berasal dari sel eukariot, sebab pada sel eukariot sel akan menambahkan poly-A (melakukan adenilasi) pada ujung 3 setelah proses splicing untuk menghilangkan intron. 2) Jika cDNA yang akan dibuat berasal dari mRNA tertentu (mRNA target) maka penggunaan primer spesifik dapat dilakukan. Primer jenis umumnya digunakan pada mRNA dari sel prokariot karena mRNA dari sel prokariot tidak mengandung poly-A (sel tidak melakukan poly adenilasi. 3) Jika cDNA yang akan dibuat berasal dari seluruh mRNA secara acak, maka random primer dapat digunakan. Namun, pemilihan primer secara umum adalah tergantung pada jenis kebutuhan dan target mRNA yang digunakan.
Untuk mentranslate bahasa

DNA (DEOXIRIBO NUCLEIC ACID)


Diposkan dalam Pengetahuan Dasar, Label Asam nukleat, DNA, Struktur DNA pada November 18, 2009 | Tinggalkan sebuah Komentar

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel. Secara umum, DNA sangat penting bagi sebuah sel karena berperan sebagai materi genetik; dimana DNA menyimpan cetak biru (Blue print) bagi segala aktivitas sel kecuali pada beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme).

Karakteristik kimia
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida. Rantai DNA memiliki lebar 22-24 , sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 [1]. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida[2].

Gambar 1. Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin) yang membentuk DNA beruntai ganda. Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa. DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), dan timin (T). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin.

Fungsi biologis Replikasi

Gambar 2. Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan konjugat dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai cetakan untuk membuat rantai pasangannya. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titiktitik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh beberapa jenis

protein yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein yang mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah. Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil.

Penggunaan DNA dalam teknologi DNA dalam forensik


Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, semen, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling terpercaya untuk mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang.

DNA dalam komputasi


DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi. Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk

mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk maslah ini biasanya mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda. Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan pencarian homologi.

Sejarah
DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut.

Gambar 3. Friedrich Miescher Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal men-transform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen yang dilakukan Hershey

dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan pencari jejak radioaktif (radioactive tracers). Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik? Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar-x DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin. Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini.

Konfirmasi akhir mekanisme replikasi DNA dilakukan lewat percobaan Meselson-Stahl yang dilakukan tahun 1958.

(Sumber asli diambil dari Wikipedia dengan sedikit modifikasi dan penambahan video ). Untuk mentranslate bahasa

cDNA

Diposkan dalam Pengetahuan Dasar, Label cDNA, DNA komplementer pada November 12, 2009 | Tinggalkan sebuah Komentar

DNA Komplementer
Pada bidang genetika, complementary DNA (cDNA) merupakan DNA yang disintesis dari template mRNA dalam sebuah reaksi yang dikatalis oleh enzimreverse transcriptase. cDNA biasanya digunakan untuk kloning gen eukariot dalam prokariot. Jika seorang ilmuan ingin mengekspresikan protein tertentu dalam sell yang secara normalnya tidak mengekspresikan protein tersebut (contohnya ekspresi heterolog), mereka akan mentranfer cDNA yang mengkode protein tersebut ke dalam sel donor (sel penerima). cDNA juga diproduksi oleh kelompok retrovirus (seperti HIV-1, HIV-2, Simian Immunodeficiency Virus, dan lain sebagainya) yang terintegrasi dengan inangnya untuk membuat sebuah provirus (calon virus).

Pendahuluan
Central dogma dari biologi molekular mengatakan bahwa dalam sintesis protein, DNA pertama-tama di transkrip menjadi mRNA yang selanjutnya akan mentranslasikan protein. Satu perbedaan antara gen eukariot dan prokariot adalah adanya intron (intervening sequence) pada gen eukariot, yang juga bukan merupakan sequens penyandi, dan harus dihilangkan (splice) dari RNA sebelum menjadi mRNA dan kemudian dapat ditranslasi menjadi protein. Sedangkan gene prokariot tidak memiliki intron, sehingga RNA bakteri tidak melakukan penghilangan intron (splicing). Biasanya, keperluan ekpresi gen eukariot dilakukan dalam sel prokariot. Metode yang sangat sederhara untuk melakukan hal ini adalah menambahkan DNA eukariot ke dalam sel donor prokariot, yang kemudian akan mentraskripkan DNA menjadi mRNA dan kemudian mentranslasikan protein. Sayangnya, DNA protein memiliki intron, dan juga sel prokariot tidak memiliki kemampuan untuk melakukan splicing, sehingga untuk melakukan hal ini splicing harus dilakukan sebelum DNA eukariot tersebut dimasukan ke dalam sel prokariot. DNA yang telah dibuat merupakan komplemen dari RNA yang juga disebut complementary DNA (cDNA). Untuk mengekspresikan protein dari cDNA tersebut, maka diperlukan sequence pengatur ekspresi seperti Promotor.

Sintesis
Terdapat beberapa metode yang dapat dilakukan, cDNA harus di sintesis dari mRNA (setelah splicing atau mRNA tanpa Intron) menggunakan enzyme reverse transcriptase. Enzim ini bekerja pada untai tunggal mRNA, menghasilkan DNA komplemen berdasarkan urutan pasang basa RNA (A, U, G dan C) menjadi DNA komplemen (T, A, C dan G berturut-turut). Untuk mendapatkan cDNA dari sel eukariot yang intronnya telah dihilangkan (spliced) sebagai berikut:

1. Sel eukariot mentranskripkan DNA (dari gen) menjadi RNA (pre-mRNA) 2. Sel yang sama kemudian melakukan proses splicing pada untai pre-mRNA, dan menambahkan ujung poly-A tail dan 5 Methyl-Guanine cap. 3. Campuran untai mRNA diekstrak dari sel 4. Sebuah primer oligonukleotida poly-T berhibridisasi dengan poly-A tail dari templet mRNA, atau primer hexamer acak dapat ditambahkan yang mana mengandung 6 basa yang paling mungkin ada dalam untai DNA dan dapat berhibridisasi di mana saja dalam RNA (dipelukan reverse transcriptase) 5. Penambahan Reverse transcriptase, dan juga deoxynucleoside triphosphates (A, T, G, C). Enzim reverse transcriptase akan mengecek mRNA dan mensinstesi sebuah DNA yang merupakan pasangan dari mRNA tersebut. Untaian inilah yang disebut cDNA. Berikut adalah animasi dari siklus virus HIV yang diantaranya adalah mensintensis cDNA dalam inangnya.