Anda di halaman 1dari 3

LATIHAN MINGGU KE 4 LITERATURE REVIEW

OLEH

NAMA : KELVIN RHYANDY NIM KELAS : 10.111.0109 : TI-B SORE

Oleh karena itu docking berguna untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. . Pengetahuan tentang orientasi yang diutamakan pada gilirannya dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan asosiasi atau afinitas mengikat antara dua molekul menggunakan untuk fungsi scoring . asam nukleat. Contohnya antara dua protein atau antara protein dan DNA. Scoring Function Dalam bidang kimia komputasi dan pemodelan molekul. Asosiasi antara molekul biologis yang relevan seperti protein. Oleh karena itu docking memainkan peran penting dalam desain obat rasional . Penjelasan : a. agonism vs antagonisme). docking adalah metode yang memprediksi orientasi dari satu molekul ke kedua ketika terikat satu sama lain untuk membentuk sebuah kompleks yang stabil. upaya besar telah diarahkan untuk meningkatkan metode yang digunakan untuk memprediksi docking. yaitu :    Force Field Empirical Knowledge-Based b. Scoring Function juga telah dikembangkan untuk memprediksi kekuatan jenis lain dari interaksi antarmolekul.1. orientasi relatif dari kedua mitra berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan (misalnya. Scoring Function adalah metode matematika yang cepat perkiraannya. Molecular Docking Dalam bidang pemodelan molekul. yang digunakan untuk memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen (juga disebut sebagai afinitas mengikat) antara dua molekul setelah mereka merapat. Kelas-kelas didalam Scoring Function terbagi 3. Salah satu contoh molekul secara umum adalah senyawa organik kecil seperti obat dan target biologis obat seperti reseptor protein . karbohidrat. Mengingat pentingnya biologis dan farmasi docking molekul. dan lipid memainkan peran sentral dalam transduksi sinyal. Selain itu. Docking sering digunakan untuk memprediksi orientasi mengikat calon obat molekul kecil untuk target protein mereka untuk pada gilirannya memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil.

3. misalnya obatdan protein. interaksi elektrostatik. 4. yang menyebabkan crowding makromolekul.c. 2. hidrofobik dan Van der Waals. Mencoba untuk menggabungkan docking molekul dan dinamika molekul (MD) simulasi. Combining The Molecular Docking and MD Simulations 5. yang dapat mengobati kedua protein dan ligan dalam cara yang fleksibel. Ligan-protein afinitas dipengaruhi oleh nonkovalen interaksi antarmolekul antara dua molekul seperti ikatan hidrogen. Karena sebagian besar fungsi mencetak fleksibel ligan-reseptor docking yang kaku. Computational Chemistry ( Komputerisasi Kimia / Komputasi Kimia ) . karena itu metode ini tidak sepenuhnya dapat diandalkan. dengan asumsi bahwa reseptor adalah objek yang kaku dan berusaha untuk dermaga ligan untuk itu. Mereka juga dapat dipengaruhi oleh konsentrasi tinggi dari makromolekul lainnya. Untuk mengetahui seberapa erat ligan mengikat protein tertentu. Binding Affinity Konstanta disosiasi umumnya digunakan untuk menggambarkan kedekatan antara ligan.