(Deoxyribonucleic Acid)

DNA

Agita Raka Pratiwi (101810301013) Maulida Eka Rista (091810301031) Desy Kartika (091810301020)

DNA (Asam Deoksiribonukleat)

Is a polynucleotide produced by polimerization of deoxyribonucleotides (Devlin, 1997)

Komponen DNA
DNA adalah molekul besar yang tersusun dari rantai panjang sub-unit Sub-unit DNA berupa Nukleotida Setiap Nukleotida terdiri dari :
Sebuah Gula yang disebut Deoxyribosa Sebuah gugus pospat PO4 Sebuah basa nitrogen

Gula Deoxyribosa

Gula deoxyribosa merupakan gula pentosa yang tersusun dari 5 atom karbon

Gugus Phospat (PO4)

Phosphate groups which are negatively charged and give DNA molecules a negative charge.

Basa Nitrogen
Basa nitrogen terdiri dari basa purin dan pirimidin Basa purin terdiri dari :

Basa Nitrogen
Basa pirimidin terdiri dari :

Basa Nitrogen
Basa nitrogen pada nukleotida selalu berpasangan
Adenine Thymine

Basa Adenin berpasangan dengan timin Basa citosin berpasangan guanin

Cytosine Guanine

Basa Nitrogen

Nukleotida
Deoxyribosa , gugus phospat dan basa nitrogen bergabung membentuk suatu nukleotida

OH

DNA
A molecule of DNA is formed by millions of nucleotides joined together in a long chain

Struktur DNA Double Helix

The double helix consists of: -2 sugar-phosphate backbones - nitrogenous bases toward the interior of the molecule

Struktur DNA Double Helix

SugarPhospat

Nitrogen Base Ladders rungs

METABOLISME DNA

Metabolisme DNA
Highly coordinated DNA activity in which many multienzyme systems (metabolic pathways) Metabolisme DNA : Replikasi DNA Repair DNA DNA rekombinan

REPLIKASI DNA

Siklus Sel

Replikasi (penggandaan) DNA merupakan proses dimana DNA ditiru untuk

membentuk DNA baru yang sama kode genetiknya. Selama penggandaan, rantai DNA terbuka (karena ikatan hidrogen lemah terputus), sehingga ikatan antar basa dalam struktur molekul DNA

terputus. Proses ini terjadi dalam inti sel.

Hipotesis tipe dari Replikasi DNA

Mekanisme Replikasi DNA

Replikasi molekul DNA dimulai pada tempat- tempat khusus yang disebut pangkal replikasi (origin of replication) titik Ori Titik Ori adalah runtunan basa yang menjadi tanda (signal) bagi Polimerase DNA untuk memulai replikasi Hanya DNA yang mempunyai titik Ori yang dapat bereplikasi

1.

Inisiasi : (dimulai dari titik Ori)

Heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh
enzim helikase dengan bantuan topoisomerase yang mengurangi tegangan untai DNA.

Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat

untaian tunggal untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.

2.

Elongasi : Sintesis untai DNA baru oleh DNA polimerase

Primase membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase melekat pada seuntai tunggal DNA

dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer,

membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand dan lagging strand

DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus

mensintesis

segmen-segmen

polinukleotida

diskontinu

(disebut fragmen Okazaki (7))

leading strand is synthesized continuously (in the same direction as the replication fork) lagging strand is synthesized discontinuously creating Okazaki fragments

3.

Terminasi : Enzim DNA ligase kemudian menyambungkan potongan-

potongan lagging strand tersebut.

Prokariotik (Bakteri)
Memiliki 1 sisi origin (kebanyakan dalam A-T) Kromoson prokariotik berbentuk molekul sirkular dari DNA DNA Enzim yang berperan dalam polimerase I Aktivitas eksonuklease 53. DNA polimerase II Berperan dalam DNA repair (tidak metabolisme :
berpartisipasi dalam replikasi

DNA polimerase III

Enzim utama yang mereplikasi DNA

Prokariotik (Bakteri)

Eukariotik
Kromosom eukariotik mempunyai banyak pangkal replikasi (titik Ori). Kromoson eukaryotik berbentuk molekul linear dari DNA Enzim yang digunakan dalam metabolisme DNA : RNA polimerase : DNA polimerase /Primase
DNA polimerase
DNA polimerase DNA polimerase DNA polimerase Terlibat dalam proses inisiasi

Berperan dalam DNA repair (tidak berpartisipasi dalam replikasi

Enzim yang mereplikasi DNA dari mitokondria Membentuk untaian tunggal DNA baru Menggantikan RNA polimerase Dalam sintesis lagging strand

Perbedaan enzim

REPAIR DNA

Repair DNA
Mekanisme perbaikan DNA yang mengalami kerusakan atau kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal, radiasi sinar UV, radiasi Ion, radiasi dengan bahan kimia atau karena adanya kesalahan dalam replikasi DNA.

Repair DNA
DNA repair dikelompokkan menjadi 3 cara: - Damage reversal: langsung digantikan - Damage removal: dihilangkan - Damage tolerance: mentoleransi kesalahan

Damage reversal
Cara mudah untuk memperbaiki DNA. Enzim yang mereparasi tidak perlu memotong DNA tetapi hanya menggantikan saja.

Damage removal
Lebih kompleks dari damage reversal. Ada 3 macam damage removal : Base excision Nucleotide excision Mismatch repair

Base Excision (Pemotongan Basa)

Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deamination atau alkylation. Tempat kerusakan basa tersebut disebut dengan "abasic site" atau "AP site". Hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang lain.

Base Excision (Pemotongan Basa)

Nucleotide Excision (Pemotongan Nukleotida)

Memotong pada bagian atau salah satu segmen DNA, dari DNA yang mengalami kerusakan.

Nucleotide excision (Pemotongan nukleotida)

Mismatch Repair (Perbaikan yang tidak berpasangan)

Memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan harus diketahui pasangan basa mana yang salah

Damage Tolerance
Dilakukan bila kesalahan tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang terpotong adalah kedua strand.

DNA REKOMBINAN

DNA Rekombinan
Rekombinan adalah proses penyusunan kembali material genetik dengan cara menggabungkan atau memecah bagian molekul DNA yang sama atau berbeda. Bertujuan untuk mendapatkan keberagaman genetik (Delvin,1997)

DNA Rekombinan
Macam-macam DNA rekombinan homologous genetic recombination conservative site (site specific recombination) transpositional site (transposition)

Homolog Recombination
Pertukaran antara sepasang molekul DNA, biasanya terdiri dari dua kopian varian dari kromosom yang sama atau dua segmen DNA berasal dari molekul DNA yang sama.

Site-Specifics Recombination
Salah satu jenis homolog rekombinasi tetapi dibatasi pada sekuen yang spesifik atau pada rantai DNA yang spesifik. membutuhkan DNA homolog yang pendek Menggunakan enzim rekombinase

Transposition Recombination

SELESAI