Anda di halaman 1dari 6

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Topologi 1AKI Topologi 1AKI diperoleh dari 1AKI.pdb yang telah tidak memiliki air kristal.

Gambar 1. Struktur pita lisozim Topologi berisi tulisan-tulisan yang menunjukkan koordinat dan parameter senyawa. Saat membaca isi topol.top, akan ditemukan tulisan berikut: #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" Baris ini disebut parameter dalam medan gaya OPLS-AA. Tulisan tersebut tercantum pada awal isi file, mengindikasikan bahwa semua parameter diturunkan dari medan gaya ini. Baris penting selanjutnya adala [ moleculetype ], yang berisi : ; Name Protein_chain_A nrexcl 3

"Protein_chain_A" mendefinisikan nama molekul berdasarkan fakta bahwa protein dilabeli sebagai chain A dalam PDB. nrexcl yaitu neighbors exclusions for bonded, terisi sebanyak 3, artinya terdapat 3 pengecualian ikatan tetangga. Bagain selanjutnya mendefinisikan [ atoms ] dalam protein. Informasi ditampilkan dalam bentuk kolom, yaitu: [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB ; residue 1 LYS rtp LYSH q +2.0 1 opls_287 1 LYS N 1 -0.3 14.0067 ; qtot -0.3 2 opls_290 1 LYS H1 1 0.33 1.008 ; qtot 0.03 massB

Keterangan :

nr : Nomor atom tipe: tipe atom resnr: nomor residu asam amino residue: nama residu asam amino

atom: nama atom cgnr: nomor kelompok bermuatan ; kelompok bermuatan menentukan satuan muatan integer yang membantu dalam kecepatan perhitungan charge: muatan ; deskriptor qtot menjaga perhitungan berjalan pada muatan total molekul mass: massa typeB, chargeB, massB: digunakan untuk energi pertibasi Bagain selanjutnya termasuk [ bonds ], [ pairs ], [ angles ], dan [ dihedrals ]. Sisa file melibatkan penggunaan topologi, dimulai dengan pembatasan posisi. File "posre.itp" diperoleh melalui pdb2gmx; File in imendefinisikan gaya tetap yang digunakan untuk menjaga atom dalam tempatnya selama proses keseimbangan ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif Sisa file topologi diperuntukkan untuk mendefinisikan molekul lain dan menyediakan deskripsi level sistem. Molecultype selanjutnya (by default) adalah pelarut, dalam hal ini air SPC/E. Pilihan jenis air lainnya termasuk SPC, TIP3P, dan TIP4P. Dalam hal ini, pemilihan ini dilakukan dengan cara memasukkan"-water spce" ke pdb2gmx. ; Include water topology #include "oplsaa.ff/spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif Pembatasan posisi juga dapat dilakukan dalam air, dengan menggunakan gaya tetap (kpr) sebesar 1000 kJ mol-1 nm-2. Berikut ini adalah paramter ion: ; Include generic topology for ions

#include "oplsaa.ff/ions.itp" Definisi level sistem ditampilkan dalam [ system ]. [ molecules ] berisi data semua molekul dalam sistem. [ system ] ; Name LYSOZYME [ molecules ] ; Compound Protein_A

#mols 1

4.2 Minimisasi Energi (EM) Sebelum memulai proses dinamika molekular, sistem (lisozim dalam air) terlebih dulu harus dipastikan bahwa sistem tidak memiliki bentrokan sterik atau geometri yang tidak pas. Kondisi struktur yang paling stabil dapat diperoleh melalui proses yang disebut minimisasi energi(EM). Keberhasilan minimisasi energi ini ditandai dengan energi potensial (Epot) yang bernilai negatif. Pada Lisozim dalam air, diperoleh file potential.xvg yang berisi tentang nilai energi potesial (Kj/mol) terhadap waktu (Ps), tersedia pada Lampiran 1. Berikut adalah grafik yang diplot dari data potential.xvg menggunakan XMGrace.

Gambar 2. Grafik plot energi potensial terhadap waktu (http:/Bevanlab.biochem.vt.edu/)

4.3 Kesetimbangan (Equilibration) a. NVT (constant Number of particles, Volume, and Temperature) Dari proses NVT ini diperoleh file berupa energy.xvg yang terdapat pada Lampiran

2. Berikut adalah grafik yang diplot dari data potential.xvg menggunakan XMGrace.

Gambar 3. Grafik plot waktu terhadap temperature (K) (http:/Bevanlab.biochem.vt.edu/) b. NPT (Constant Number of particles, Pressure, and Temperature) Dari proses NPT ini diperoleh file berupa pressure.xvg dan density.xvg yang terdapat pada Lampiran 3 dan 4. Berikut adalah grafik yang diplot dari data potential.xvg menggunakan XMGrace.

Gambar 4. Grafik plot waktu terhadap tekanan (bar) (http:/Bevanlab.biochem.vt.edu/)

Gambar 5. Grafik plot waktu terhadap densitas (kg/m3) (http:/Bevanlab.biochem.vt.edu/)

4.4 Dinamika Molekuler (MD) dan Simulasi Protein Setlah memiliki simulasi protein, beberapa analisis dapat dijalanan pada sistem. Untuk tutorial ini diperkenalkan beberapa jenis analisi data. trjconv digunakan sebagai alat pengolahan pasca simulasi untuk menghapus koordinat, untuk periodisitas, atau secara manual mengubah lintasan (unit waktu, frekuensi frame, dll). Untuk latihan ini, trjconv akan digunakan untuk memperhitungkan periodisitas dalam sistem. Protein akan menyebar melalui sel satuan, dan mungkin tampak "melompat" menyeberang ke sisi lain dari kotak. Grafik berikut merupakan hasil dari trjconv:

Gambar 6. Grafik plot tingkat RMSD pada 1AKI Kedua plot menunjukkan tingkat RMSD sekitar 0,1 nm (1 ),mengindiasikan bahwa struktur enzim sangat stabil. Perbedaan nilai RMSD awal antar plot menunjukkan bahwa struktrur backbone pada t=0 ns dari struktur Kristal. Hal ini telah diperkirakan, karena

sistem telah mengalami minimasi energy dan karena position restraints tidak sempurna 100%

. Gambar 7. Jari-jari rotasi protein Jari-jari rotasi protein adalah ukuran kekompakan protein. Jika protein yang stabil dilipat, kemungkinan akan mempertahankan nilai Rg yang relatif stabil. Jika protein tidak terlipat, Rg akan berubah dari waktu ke waktu. Kita bisa melihat dari nilai Rg cukup tidak bervariasi bahwa protein masih sangat stabil, dalam bentuk kompak (dilipat) selama 1 ns pada 300 K. Hasil ini tidak terduga, tapi menggambarkan kapasitas lanjutan dari analisis GROMACS yang telah dibangun.