Anda di halaman 1dari 13

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA ISOLASI DNA SEDERHANA O L E H Yulia (F05109031) Kelompok : Brown

PRODI PENDIDIKAN BIOLOGI JURUSAN PENDIDIKAN MIPA FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN UNIVERSITAS TANJUNGPURA

PONTIANAK 2011

BAB I PENDAHULUAN

A.

Latar Belakang

Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp isolais DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul

komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Asris, 2010). Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: 1. Isolasi jaringan 2. Dinding dan membran sel dilisiskan 3. Diekstraksi dalam larutan 4. Dipurifikasi 5. Dipresipitasi Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm (Rizqy, 2011). Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah. Isolasi DNA dengan teknik sentrifugasi akan mengendapkan DNA. Supaya hasil isolasi berupa DNA murni yang tidak tercampur dengan molekul-molekul lain maka dalam proses isolasinya dicampurkan berbagai macam larutan (Asris, 2010).

Isolasi DNA kromosom. Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan

menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 90 oC untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase). Larutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air. Isolasi DNA plasmid. DNA plasmid merupakan wadah yang digunakan untuk kloning gen, sehingga DNA plasmid harus di pisahkan dari DNA kromosom. DNA plasmid mempunyai ukuran yang jauh lebih kecil daripada DNA kromosom. Untuk memisahkan DNA plasmid, maka memerlukan perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. Pertama, membran sel dilisis dengan penambahan detergen. Proses ini

membebaskan DNA kromosom, DNA plasmid, RNA, protein dan komponen lain. DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan potasium. DNA + protein + potasium yang mengendap dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Supernatan yang mengandung DNA plasmid, RNA dan protein yang tersisa dipisahkan. Kemudian

ditambahkan RNase dan protese untuk mendegradasi RNA dan protein. Akhirnya DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol (Anonym, 2011). Hasil isolasi DNA dikatakan baikapabila didapatkan DNA yang murni dan utuh. Prinsip isolasi DNA adalah melisiskan sel, memisahkan DNA dari protein, mengendapkan DNA, melarutkan kembali DNA, menghitung jumlah DNA yang diperoleh dan menilai kemurnian DNA.

Pengukuran serapan DNA dilakukan pada panjang gelombang 260 nm (A 260). Pada A260 = 1, konsentrasi DNA adalah 50 mg/mL. Konsentrasi DNA (mg/mL) = A260 50 mg/mL Pengenceran Kemurnian DNA ditentukan dengan indeks kemurnian. DNA dikatakan murni bila memiliki indeks kemurnian > 1,75. Indeks Kemurnian = A260 / A280 (Fauziah. 2010).

B.

Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah : 1. 2. 3. Menentukan keberhasilan isolasi DNA pada sel-sel hati ayam. Melihat bentuk DNA melalui teknik isolasi DNA sederhana. Mengidentifikasi tahap/fase isolasi DNA dan fungsinya.

BAB II METODELOGI

A.

Waktu dan Tempat

Hari/ tanggal Waktu Pelaksanaan Tempat

: Rabu 4 Januari 2012 : 13.00 WIB : Laboratorium Pendidikan Biologi FKIP Untan.

B.

Alat dan Bahan

Alat : Lumpang dan Alu batu Tabung reaksi Mikroskop Wadah hati ayam + es Pisau Beaker Glass Penggaris Pipet tetes Stopwatch Gelas ukur Kaca benda Gelas objek

Bahan : Hati ayam Air es Garam dapur Daun papaya Sabun cair Etanol 70% Kain kasa

C.

Prosedur Pembuatan Enzim Protease papain 1. 2. Daun papaya sebanyak 1 genggam ditambah dengan air es. Digerua dalam lumping dan alu hingga halus.

3. Tambahkan air es hingga volumenya setengah dari volume lumping. 4. Selanjutnya cairan daun papaya tersebut disaring menggunakan kain kasa.

Isolasi DNA dari Hati Ayam 1. Potong-potong hati ayam berukuran cukup besar, taruh dalam lumping. 2. 3. 4. 5. 6. Berikan air es ke dalam lumpang. Tambahkan 1 sdt garam. Geerus bahan-bahan tersebut menggunakan mortar hingga halus. Tambahkan 1sdt sabun cuci cair. Aduk hingga menjadi kental dan berlendir.

7. Tambahkan air es hingga menjadi lebih encer, namun tetap berlendir. 8. Diamkan selama 15 menit.

9. Pindahkan larutan ke dalam tabung reaksi hingga ketinggiannya dari dasar tabung mencapai 2 cm. 10. Preparasi dengan enzim papain dengan perbandingan volume enzim papain : volume larutan hati ayam 1:1. 11. Tambahkan etanol 70% secara perlahan melalui dinding tabung.

12. Amati bagian berwarna putih yang timbul setelah pemberian etanol. 13. 14. Ambil bagian tersebut dan lihat di bawah mikroskop. Gambar/foto dan catatlah bentuk yang Anda amati. 5

BAB III ANALISIS DATA

A.

Hasil Pengamatan

Volume ekstrak enzim papain = 55 ml. Volume ekstrak hati ayam Etanol 70% = 50 ml. = 1 ml.

Hasil : Terdapat gumpalan berwarna putih di permukan atas ekstrak papain + hati ayam setelah ditambahkan etanol 70% sebanyak 1 ml.

Gamabat 1.

Gamabr 2.

Gambar 3.

B.

Pembahasan

DNA (Deoxyribonucleic Acid, Asam Deoksiribonukleat) adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA merupakan molekul asam nukleat beruntai-ganda dan berbentuk heliks yang tersusun atas monomer-monomer nukleotida dengan gula deoksiribosa; mampu bereplikasi dan menentukan struktur terwariskan dari protein-protein suatu sel. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakkukan dengan merusak dinding dan membrane sel dan juga membrane inti. Perusakan ini dapat dilakukan dengan pemblenderan, penggerusan atau yang lainnya. Namun dalam praktikum kali ini digunakan dengan cara penggerusan. Dan DNA yang didapatkan adalah berupa benang-benang halus sehingga hanya serupa kabut putih yang sangat lembut. Praktikum ini memerlukan banyak bahan yang digunakan. Diantaranya hati ayam sebagai bahan uji yang DNA nya akan diisolasi, air es untuk menjaga tegangan membrane sel, garam dapur menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan, serta berperan menjaga pH larutan agar tetap konstan, memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Daun papaya dicampur dengan hati ayam untuk melisis sel, sabun cair menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik sabun cair dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa lipid proteinsabun cair kompleks sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam sel dan etanol 70% mengeluarkan endapan garam karena Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan negatif.

Dari hasil percobaan, terdapat gumpalan berwarna putih di permukan atas ekstrak papain + hati ayam setelah ditambahkan etanol 70% sebanyak 1 ml. Gumpalan berwarna putih btersebut adalah DNA yang terisolasi. Karena, saat larutan putih yang terbentuk karena isolasi tersebut dilihat dengan meikroskop, akan terlihat benang-benang halus berwarna putih yang merupakan DNA yang terurai dari histonnya.

BAB IV PENUTUP

A.

Kesimpulan

Kesimpulan yang didapat dari praktikum ini adalah : 1. Keberhasilan pengisolasian DNA dapat dilihat dari apakah terbentuk gumpalan seperti awan putih setelah pencampuran ekstrak papain dan ekstrak hati ayam + etanol 70%. 2. Bentuk DNA yang terlihat pada mikroskop seperti benang-benang yang terurai. 3. Penambahan air es selam penggarusan > Untuk menjaga tegangan membrane sel. Garam dapur > Menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan, serta berperan menjaga pH larutan agar tetap konstan, memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Daun papaya > Untuk melisis sel. Sabun cair > menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik sabun cair dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa lipid proteinsabun cair kompleks sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam sel. Etanol 70% > Mengeluarkan endapan garam karena Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan negatif.

B.

Saran

Adapun saran yang dapat diajukan, yaitu : 1. Ketelitian dan hati-hati saat percobaan.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2011. Pengertian DNA dan Isolasi DNA kromosom, Isolasi DNA plasmid, Isolasi RNA. http://wanenoor.blogspot.com/2011/06/pengertiandna-dan-isolasi-dna-kromosom.html. Diakses; Minggu, 8 Januari 2012. Asris. 2010. Isolasi DNA. http://asris07.student.ipb.ac.id/2010/06/19/isolasi-dna/. Diakses; Minggu, 8 Januari 2012. Fauziah, Lisna. 2010. Isolasi DNA. http://miss-

purplepharmacy.blogspot.com/2010/01/isolasi-dna.html. Diakses; Minggu, 8 Januari 2012. Rizqy. 2011. Isolasi DNA. http://duniasains-rizqy.blogspot.com/2011/11/isolasidna.html. Diakses; Minggu, 8 Januari 2012.

10

LAMPIRAN

Pertanyaan 1. Apa yang dimaksud dengan DNA? Bagaimana struktur DNA secara teoritis? Jawab : DNA (Deoxyribonucleic Acid, Asam Deoksiribonukleat) adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA merupakan molekul asam nukleat beruntai-ganda dan berbentuk heliks yang tersusun atas monomer-monomer nukleotida dengan gula deoksiribosa; mampu bereplikasi dan menentukan struktur terwariskan dari protein-protein suatu sel. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.

2.

Sebutkan masing-masing fungsi bahan yang digunakan dalam praktikum

ini dalam kaitannya dengan isolasi DNA? Jawab : Hati ayam > Sebagai bahan uji yang DNA nya akan diisolasi. Air es > Untuk menjaga tegangan membrane sel. Garam dapur > Menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang kemudian tersaring pada proses penyaringan, serta berperan menjaga pH larutan agar tetap konstan, memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Daun papaya > Untuk melisis sel. Sabun cair > menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik sabun cair dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa lipid proteinsabun cair kompleks sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam sel.

11

Etanol 70% > Mengeluarkan endapan garam karena Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan negatif.

3.

Bagaimana Anda yakin bahwa yang isolate diperoleh adalah DNA?

Jawab : Karena, saat larutan putih yang terbentuk karena isolasi tersebut dilihat dengan meikroskop, akan terlihat benang-benang halus berwarna putih yang merupakan DNA yang terurai dari histonnya.

12