Anda di halaman 1dari 3

PENGERTIAN DNA

DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua kelompok basayang berbeda yang
mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimdin. Dua purin yang paling banyak terdapat dalam
DNA adalah adenin dan guanin, dan pirimidin yang umum adalah sitosin dan timin. Purin dan
pirimidin berisi beberapa ikatan gandayang berhubungan. Molekul molekul yang berisi ikatan
demikian itu mempunyai potensi untuk hadir dalam sejumlah struktur kimia yang berbeda,
karena atom hidrogennya mempunyai kebebasan tertentu. Misalnya saja satu atom hidrogen
dapat berpindah dari suatu gugusan asam amino ( -NH2), dengan meninggalkan gugusanasam
amino (-NH) dan muatan negatif netto yang diserap oleh sistem cincin molekul yang
berkonjugasi. Fluktuasi kimia semacam itu disebut pergeserantautomer, dan struktur struktur
molekul berbeda yang dihasilkannya disebut tautomer ( Goodenough 1988 ).

ISOLASI DNA KROMOSOM
Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel
lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia.Membran sel dilisis
dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian padaekstrak sel tersebut
ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNase(yang berfungsi untuk
mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut
dipanaskan sampai suhu 90
o
C untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase).
Larutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagidengan air.Isolasi
DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel, yang dapatdilakukan baik
dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh maupun dengancara enzimatis
seperti pemberian lisozim. Langkah berikutnya adalah lisis sel. Bahan-bahan selyang relatif
lunak dapat dengan mudah diresuspensi di dalam medium bufer nonosmotik,sedangkan bahan-
bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan dengan deterjen yang kuat sepertitriton X-100 atau
dengan sodium dodesil sulfat (SDS).
Isolasi DNA adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen
sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel
dilisis dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel
tersebut ditambahkan protease (yang berIungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang
berIungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak
tersebut dipanaskan sampai suhu 90 C untuk menginaktiIasi enzim yang mendegradasi DNA
(DNase). Larutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air
(Wanenoor, 2010).
TEKNIK PEMECAHAN SEL BAKTERI
Teknik pemecahan sel dalam metode kimiawi lebih banyak digunakan untuk preparasi DNA. Sel
diperlakukan dengan pemaparan senyawa kimia yangmempengaruhi dinding sel. Dinding sel
E.coli dan bakteri sejenis dilemahkan oleh lisozim, EDTA, atau campuran keduanya. Lisozim
memotong senyawa polimer dinding sel, sedangkan EDTA mengikat ion magnesium yang
menjaga struktur dinding sel dan juga menghambat enzim yang akan memotong DNA. Dengan
caraini, cukup untuk memecahkan sel, tetapi biasanya ditambah detergen, seperti natrium dedosil
sulfat (SDS). Detergen ini membantu proses lisis dengan menghilangkan lipid pada dinding sel.
Pada preparasi DNA plasmid lisis dilakukan pada suasana alkali pH 12. Keadaan ini, molekul
DNA kromosom terfragmentasi dan terdenaturasi. Sedangkan DNA plasmid terdenaturasi
tetapimasih saling terpaut antara masing-masing untai dan tidak terpotong karena ukurannya
kecil. Jika campuran kalium asetat dan asam asetat ditambahkan sampai netral, fragmen DNA
akan membentuk gumpalan kusut bersama dengansebagian besar protein dan RNA. DNA
plasmid kembali renaturasi menjadi untai ganda dan terlarut. Setelah sel lisis, partikel yang tidak
larut seperti dinding sel, dihilangkan dengan sentrifugasi. Buffer 7.8 digunakan dalam isolasi
DNA kromosom yang mengandung lisozim untuk menghasilkan speroplas. Penambahan
detergen yang lebih lemah misalnya sarkosil dimaksudkan untuk memecah speroplas. Protein sel
dipecah dengan proteinase K semalam. Dengan cara ini DNA kromosom tidak terfragmentasi
dan jumlah protein menjadi tinggal sedikit
PURIFIKASI DNA
Tahap akhir dari isolasi DNA adalah proses pemurnian DNA. Disamping DNA, ekstrak sel
mengandung protein dan RNA dalam jumlah yang cukup besar. Umumnya cara pemurnian DNA
dilakukan dengan penambahan larutan fenol atau campuran fenol dan kloroform dengan
perbandingan 1:1, untuk mengendapkan protein dengan cara di sentrifugasikan dan dihancurkan
secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah dibersihkan dari protein masih tercampur
dengan RNA sehingga perlu ditambahkan RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA.
Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut kemudian dimurnikan dengan cara presipitasi
etanol. Dengan adanya larutan garam (kation monovalen seperti Na), pada suhu -20oC etanol
absolut dapat mengendapkan DNA dengan baik sehingga mudah dipisahkan dengan cara
sentrifugasi. (Radji, M., 2011; Thermo Scientific, 2009)

Radji, M. (2011). Rekayasa Genetika; Pengantar untuk Profesi Kesehatan. Sagung Seto: Jakarta.

Thermo Science. (2009). Thermo Scientific Pierce Cell Lysis Technical Handbook; Featuring
Cell Lysis Reagent and Detergents, Ver.2.

Susanto, Agus Hery. 2012. Bahan Ajar Biologi Molekuler. Fakultas Biologi Universitas Jenderal
Soedirman, Purwokerto.


Brolle et al. 1997. Microbiology Biotechnology. Germany : University of Tubingen.

Goodenough, ursula. 1988.Genetics.Jakarta : erlangga.
Geoffrey M. Cooper (2000). The Cell - A Molecular Approach (edisi ke-2). Sunderland (MA):
Sinauer Associates.
Fitriani, S. 2012. Metode Pemecahan Sel. Available online at
http://ml.scribd.com/doc/83502173/PPB-Paper (diakses pada 6 Oktober 2012)
Wanenoor. 2010. Isolasi DNA. Available online at http://id.shvoong.com/medicine-and-
health/genetics/2040101-isolasi-dna/ (diakses pada 6 Oktober 2012).