BIOKIMIA TRANSKRIPSI

By. ARIEF RIDHO W DEDY SETIYAWAN FUAD HARIS PRANOTO DESI NUGRAHANI PRAMUKTI CENDHANI PUTRI EKO SETYO MARSIWI HEPHI MEILINDA K4310006 K4310010 K4310032 K4310064 K4310013 K4310063 K4310025 K4310038

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA
Bab 1 Pendahuluan 1.1 Latar belakang Yang melatarbelakangi para ahli biologi berhasil megindentifikasi struktur internal dari berbagai macam sel adalah penemuan mikroskrop elektron. Berdasarkan hasil pengamatanya. Para ahli menggolongkan menjadi dua kelompok yaitu sel prokariotik dan sel eukariotik. Penggolongan indi didasarkan atas ukuran dan struktur internal dalam kandungan organel selnya. Sel prokariotik memiliki struktur yang sederhana. Misalnya bakteri, ganggang hijau biru, dan mikoplasma. Sedangkan sel eukariotik memiliki struktur yang lebih kompleks, misalnya protista, fungi, tumbuhan, dan hewan. Sel eukariotik meupakan sel yang memiliki inti dengan berbagai macam organela. Satu ciri utama sel eukariotik dan yang membedakan dengan sel prokariotik ialah system membrane internalnya yang ekstensif. Membrane ini disebut reticulum endoplasmic, meluas ke seluruh sel sitoplasma dan bagian bagian penyekat sel dengan cara melingkupi struktur struktur tertentu atau kegiatan biokimimawi. Sel prokariotik merupakan sel yang tidak memiliki selubung inti, sehingga menyebabkan bahan genetik berhubungan langsung dengan sitoplasma. Dalam sel prokariotik terdapat bahan antei jernih tercampur dalam protoplasma oleh karena tidak terdapat batas yang jelas sebagai membrane inti. Hal yang paling mendasari dalam penyusunan makalah ini adalah agar kita lebih tahu dan lebih paham dalam membedakan transkripsi yang terjadi pada organism prokariot dan eukariot. Hal tersebut melingkupi proses transkripsi secara umum. 1.2 Tujuan 1. Mahasiswa diharapkan dapat mengetahui perbedaan antara transkripsi pada sel prokariotik dan eukariotik 2. Mahasiswa dapat mengetahui proses transkripsi secara umum

3. Mahasiswa dapa mengetahui hasil dari transkripsi secara umum

Rumusan masalah : 1. Apakah pengertian transkripsi secara umum? 2. Bagaimanakah proses transkripsi secara umum? 3. Enzim apakah yang berperan dalam proses transkripsi secara umum? 4. Bagaimanakah hasil transkripsi secara umum? 5. Perbedaan antara transkripsi prokariotik dan transkripsi eukariotik

Bab II Pembahasan

a. Pengertian transkripsi Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan atau sense, sedangkan rantai DNA komplemennya disebut rantai antisense.Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. RNa dihasilkan dari aktivitas enzim RNA polimerase.Transkripsi terdiri dari tiga tahap, yaitu inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), dan terminasi (pengakhiran) rantai RNA. Pengertian ini diperjelas lagi dengan definisi transkripsi yang dijelaskan dalam Wikipedia (2010) bahwa, transkripsi adalah pembuatan RNA dengan menyalin

sebagian berkas DNA, transkripsi merupakan bagian dari rangkaian ekspresi genetik. Pengertian asli "transkripsi" adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud adalah mengubah "teks" DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang berubah hanyalah basa nitrogen timin di DNA yang pada RNA digantikan oleh urasil. Kata transkripsi berasal dari bahasa Inggris transcription atau bahasa latin transcriptio yang berarti penyalinan atau perekaman. Secara fungsional, transkripsi diartikan sebagai transfer informasi genetik yang terdapat dalam urut-urutan nukleotida DNA menuju ke urut-urutan nukleotida RNA (Ayala, 1984 dalam Corebima, 2002); atau penyalinan atau perekaman informasi genetik yang ada pada DNA (berupa urutan nukleotida) yang menghasilkan salinan atau rekaman berupa urutan nukleotida RNA dan menggunakan DNA sebagai template (cetakannya) (Corebima, 2002). Jadi dari beberapa pengertian yang di ambil dari berbagai sumber di atas menyatakan bahwa transkripsi adalah proses penyalinan DNA menjadi RNA. Dan proses tersebut yang berubah hanyalah basa nitrogen timin di DNA yang di gantikan oleh Urasil pada RNA. Penyalinan tersebut berupan urutan nukleotida DNA yang diubah menjadi urutan nukleotida RNA.

b. Proses transkripsi secara umum Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Pengenalan promoter Pengenalan promoter adalah proses pemisahan molekul DNA pada tempat terjadinya penambahan basa pada RNA agar dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di sisi 5 (upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini dinamakan promoter. Inisiasi

Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan initiation site dan sintesis RNA pun segera dimulai. Elongasi Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA cetakan Terminasi Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator

c. Proses transkripsi pada sel prokariot untuk mengetahui proses dari transkripsi prokariotik lihat gambar di bawah ini:

Berdasarkan gambar di atas, proses transkripsi pada prokaryotik terdiri atas 3 tahapan utama, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.

1. Inisiasi Transkripsi Langkah inisiasi pada transkripsi yaitu: a) Inisiasi dimulai pada saat menempelnya holoenzim RNA polymerase membentuk closed promoter complex b) RNA polymerase akan membentuk open promoter complex dan memulai inisiasi. RNA polymerase terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka membentuk struktur terbuka

c) Setelah terbentuk sekitar 10 nukleotida, maka bagian sub unit s dari RNA polymerase akan melepaskan diri dari kompleks tersebut. Pelepasan subunit s biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8 9 nukleotida. RNA polymerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. Selanjutnya subunit s dapat bergabung dengan RNA polymerase yang lain untuk melakukan proses inisiasi transkripsi selanjutnya.

2. Elongasi Transkripsi Elongasi dilakukan oleh RNA polymerase, dengan kecepatan 30-60 nukleotida perdetik, melambat pada daerah yang kaya GC (pause site) Gelembung transkripsi yang terbentuk adalah sekitar 17 nukleotida Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambahkan tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Ada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi DNA dalam proses pemanjangan transkripsi, yaitu: 1. Enzim RNA polymerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalanannya, 2. Enzim RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Dalam proses pemanjangan transkripsi RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida yang berikutnya dan ditentukan oleh keberadaan subunit b pada RNA polymerase. Transkripsi berakhir ketika RNA polymerase mencapai ujung gen (terminator).

3. Terminasi Transkripsi

Terminasi terjadi pada saat tercapai gen terminator Terdapat dua mekanisme terjadinya terminasi pada prokariotik, Rho independen o Mekanisme terminasi ini tidak memerlukan protein rho o Terjadi pembentukan hairpin loop dengan banyak ikatan GC, yang diikuti dengan 4-8 residu uridin o Terjadinya hairpin loop ini akan merusak hibrid DNA dan RNA sehingga mRNA terlepas Rho dependen o Mekanisme ini memerlukan protein rho o Terjadi pada pause site pada jarak tertentu dari promoter. Terbentuk loop, tapi tidak diikuti oleh residu uridin o Protein rho akan datang dan mendestabilisasi hibrid DNA dan RNA sehingga mRNA terlepas

Proses transkripsi eukariotik

Secara umum mekanisme transkripsi eukaryotik serupa dengan transkripsi pada prokaryotik. Di mana proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktorfaktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polymerase pada daerah promoter. Namun demikian, pada eukryotik RNA polymerase tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain yang disebut faktor transkripsi (transcription factor, TF). Faktor transkripsi dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu: 1. faktor transkripsi umum, mengarahkan RNA polymerase ke promoter dan menghasilkan transkripsi pada aras dasar (basal level). 2. faktor transkripsi khusus, pengaturan transkripsi yang lebih spesifik untuk suatu gen.

Setelah faktor-faktor transkripsi umum dan RNA polymerase menempel pada promoter, selanjutnya akan terjadi pembentukan kompleks promoter terbuka (open promoter complex). Transkripsi dimulai pada titik aawal transkripsi (RNA initiation, RIS) yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon awal ATG. Selain itu, pada eukaryotic terdapat tiga kelas gen, yaitu gen kelas I, kelas II, dan kelas II yang masing-masing dikatalisis oleh RNA polymerase dan faktro transkripsi yang berbeda Mekanisme Transkripsi pada eukariot Pada eukariot RNA polimerasenya berda-beda ada RNA polimerase I, II dan III. Sebelum RNA polimerase nempel di promotor, ada faktor transkripsi yang membantu menjadi perantara RNA polimerase. Pada RNA polimerase I perantaranya SL1 dan UBF, RNA polimerase II dipandu dengan TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ. kalo RNA polimerase III dipandu dengan TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC dan protein TBP. Faktor TBP merupakan protein yg diperlukan jika gen-gen tidak punya TATA box. Setelah RNA polimerase dibantu dengan faktor transkripsi (TF) ke TATA box baru terjadi proses elongasi dan berhenti sampai ke terminator. Dalam penjelasan proses transkripsi eukaryotic ini, hanya akan menjelaskan proses transkripsi pada gen II. Proses transkripsi pada eukaryotic pada gen II dapat ditunjukkan pada gambar di bawah ini:

Berdasarkan gambar di atas proses transkripsi pada eukaryotic terdiri atas 3 tahapan, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.

Inisiasi Transkripsi

- Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polymerase II yang dibantu oleh beberapa faktro transkripsi umum.

membentuk kompleks pra-inisiasi yang akan segera mengawali trasnkripsi jika ada nukleotida. Pembentukan kompleks prainisiasi yaitu penyusunan kompleks transkripsi umum (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, dan TFIIJI) dan RNA polymerase II pada daerah promoter. Faktor transkripsi umum akan menempel secara bertahap sebagai berikut:

1. TFIID menempel pada bagian kotak TATA pada promoter yang dibantu oleh faktor TFIIA sehingga membentuk kompleks DA. 2. Penempelan TFIIB

3. TFIIF menempel dan diikuti oleh penempelan RNA polymerase II. 4. Faktor TFIIE akan menempel diikuti oleh TFIIH dan TFIIJ. Dari penempelan diatas terbentuklah kompleks prainisiasi yakni kompleks DABPoIFEH. Dengan demikian, RNA polymerase II pada eukaryotic tidak menempel secara langsung pada DNA, melainkan melalui perantaraan faktor transkripsi.

Proses pengenalan promoter diarahkan oleh ikatan TFIID dengan kotak TATA, sedangkan TFIIA meningkatkan daya ikat TFIID dengan kotak TATA. RNA polymerase dan TFIIH menutupi daerah promoter mulai dari posisi -34 sampai +17.

TBP, TFIIB, TFIIF dan RNA polymerase II, membentuk kompleks inisiasi sehingga terjadi pembukaan DNA secara local dan pembentukan ikatan fosfodiester pertama.

TFIIE dan TFIIH melakukan proses pelepasan dari promoter dengan dikatalisis oleh DNA helikase sehingga DNA pada daerah promoter terbuka. Di mana DNA dipuntir pada daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan faktor transkripsi yang lain dan membentuk gelembung transkripsi. Transkripsi dimulai dan bergerak ke arah hilir sepanjang 10-12 nukleotida.

Fosforilasi RNA polymerase II oleh faktor TFIIH menjadi bentuk IIO, menyebabkan ikatan antara CTD dengan TBP menjadi lemah, sehingga terjadi perubahan konformasi kompleks inisiasi menjadi bentuk yang siap melakukan pemanjangan transkrip.

Elongasi Transkripsi

Pada dasarnya, proses pemanjangan transkripsi pada eukaryotic sama pada prokaryotic, namun terdapat hal-hal spesifik yang dapat dijelaskan sebagai berikut: 1. Pemanjangan dilakukan oleh RNA polymerase dengan distimulasi oleh faktor TFIIS dan TFIIF. 2. Aktivitas RNA polymerase dalam proses transkripsi tidak selalu dalam keadaan tetap , kadang-kadang terjadi jeda pada suatu daerah yang disebut sisi jeda (pausing site). TFIIS berperan dalam mengurangi waktu jeda proses transkripsi pada sisi DNA yang

cukup panjang, sedangkan TFIIF mengurangi waktu jeda pada daerah DNA yang acak. 3. Proses pemanjangan transkrip akan berjalan sampai RNA polymerase II mencapai daerah terminator. Terminasi Transkripsi

Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas fosfatase yang spesifik untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polymerase II menjadi bentuk yang tidak dapat mengalami fosforilasi. Dalam keadaan tidak mengalami fosforilasi, RNA polymerase II dapat digunakan lagi dalam proses transkripsi berikutnya (RNA polymerase cycling). Hasil

Hasil transkripsi adalah berkas RNA yang masih "mentah". Di dalamnya terdapat fragmen berkas untuk protein yang mengatur dan membantu sintesis protein (translasi) selain fragmen untuk dilanjutkan dalam translasi sendiri, ditambah dengan bagian yang nantinya akan dipotong (intron). Berkas RNA ini selanjutnya akan mengalami proses yang disebut sebagai proses pascatranskripsi (post-transcriptional process).

KESIMPULAN Transkripsi adalah proses pembuatan RNA dengan menyalin sebagian berkas DNA. Untuk transkripsi suatu gen, hanya salah satu rantai DNA yang digunakan sebagai cetakan atau templat. Transkripsi dikatalis oleh enzim RNA polimerase. Sintesis RNA selalu bergerak ke satu arah, yaitu dari ujung 5 ke ujung 3 dari molekul RNA. Sebenarnya dalam transkripsi ini yang berubah hanyalah basa nitrogen Timin yang ada pada DNA di gantikan oleh Urasil pada RNA. Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi Pada prokariot translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya selesai. Hal ini terjadi karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari ujung 5 ke

ujung 3. Selain itu pada prokariot juga tidak memiliki membrane inti yang memisahkan transkripsi dan translasi. Sedangkan pada eukariot transkripsi dan translasi dapat dibedakan tempatnya, transkripsi terjadi di dalam inti sedangkan translasi terjadi di sitoplasma. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada prokariot.

REFERENSI

Annonymus.2012. http://denikrisna.wordpress.com/2010/10/29/biomoltranskripsi/. Diakses 28 april 2012

Annonymus.2012. http://kamriantiramli.wordpress.com/2011/04/28/transkripsi-padaeukariotik/. Diakses 28 april 2012 Annonymus.2012. http://www.inforedia.com/2009/11/trankripsi-dan-translasi-padaeukariot.html. Diakes 29 april 2012 Annonymus.2012. http://www.johnkyrk.com/DNAtranscription.html. Diakses 29 april 2012

JAWABAN DISKUSI 1. Mengapa pada pause site proses elongasi melambat? Jawaban : karena pause site merupakan pada daerah yang kaya GC. Pada fase sitosin (C) selalu berpasangan dengan guanin (G) dan membentuk 3 ikatan hirogen (C = G), sehingga energy ikatan tersebut sangat kuat sehingga dibutuhkan tenaga yang kuat untuk melepaskan ikatan tersebut . Olehsebab itu di daerah tersebut mengalami perlambatan, setelah itu akan normal kembali. 2. .Apa yang dimaksud dengan intron dan ekstron?

Jawaban : Ekstron merupakan bagian RNA yang akan dikodekan atau diterjemahkan menjadi asam amino, sedangkan intron sendiri merupakan bangian dari RNA yang tidak dikodekan menjadi asam amino

3. Mengapa pada transkripsi prokariotik RNA Polimerase masih dibantu oleh protein

pembawa? Jawaban : karena didalam proses pemanjangan transkripsi oleh RNA polymerase keadaan RNA polymerase tidak selalu dalam keadaan stabil sehingga perlu distimulasi atau dituntun oleh factor protein yang ada supaya penempelan sesuai dengan kode yang ada,dan untuk mempercepat waktu jeda saat terjadi pemanjangan transkripsi.

4. Proses transkripsi terjadi di rantai sense atau antisense? Jawaban : Rantai yang ditranskripsi dinamakan DNA sense atau template dan kode genetik yang dikode disebut kodogen. Sedangkan yang tidak ditranskripsi disebut DNA antisense/komplementer.