Pendahuluan
Sifat universal protein ditentukan adanya ikatan kovalen dan non kovalen.  Terbatas dalam konformasi dan susunan spasial  Kekuatan yg menstabilkan struktur: heliks alfa lembaran beta belokan beta gelung ( loop)

Hubungan erat struktur dg fungsi  Kolagen  Fibroin  Hemoglobin  Mioglobin  Protein katalitik (enzim) .

 Gen bertugas mengkode protein. defisiensi ko faktor pd maturasi protein  .cacat genetik pada maturasi protein Scorbut .Kepentingan biomedis Ribuan protein dalam tubuh melaksanakan bbg fungsi. Mutasi gen terutama pada regioDNA yg mengendalikan ekspressi gen akan terjadi akibat serius Dapat pula terjadi defisiensi ko faktor pd maturasi protein Sidrom Ehlers Danlos.

Jakob Encephalophati Spongiformis Bovinum ( peny.tertier peny. Sapi gila). Creutzfeldt. Prion peny.Kepentingan biomedis Gangguan pd struktur sekunder. disebabkan penimbunan protein tak larut dl fibril amiloid pd lembaran beta protein .

Klassifikasi protein  Berdasarkan kelarutan bentuk fungsi struktur 3 dimensi Dalam biokimia/biologi molekuler dikenal albumin. globulin. histon .

DNA. rasi > 10 Berdasar fungsi Enzim Protein p enyimpan.Klassifikasi protein Berdasar bentuk globular. immunoglobulin. hormon peptida P. pelindung. enzim. protein pembeku darah  . protein glikan P. berlipat padat. struktur. rasio pj/lb: 4-10 fibrous. rantai polipeptida berpilin. mioglobin P. pengatur. kolagen. ferritin.

D. LDL. VLDL. HDL Immunologi Apoprotein A. E. F  .Klassifikasi khusus Membedakan protein kompleks bidang medis  Lipoprotein plasma Elektroforesa pd pH 8. C. beta Sedimentasi pd ultrasentrifuga khilomokron. alfa2.6 lipoprotein alfa 1. B.

bisa diakses lewat internet .Struktur Primer protein Susunan atau urutan asam amino dalam mol protein. lokasi ikatan disulfida  Jumlah rangkaian protein yg diketahui sedemikian besar dan terus bertambah dg cepat  Tak bisa dismpan dalam cetakan. tetapi dalam data base elektronik.

di eksess ke  European Molecular Biology Laboratory and Library (EMBL)  Genetic Sequence Databank (GenBank)  Protein Identification Resource Sequence Database(PIR) . Data base rangkaian protein terus diperbarui.

interaksi hidrofobik).Struktur sekunder Konfiguasi dan konformasi  Konfiguasi mengatur hbg geometrik diantara sekumpulan atom tertentu. . hubungan spasial semua atom terhadap semua atom lain . Interkonversi antara konfigurasional ( konversi D-alanin menjadi L-alanin  Konformasi. mengacu pd arsitektur tiga dimensi struktur protein. ik garam.  Hbg kovalen maupun non-kovalen ( ik hidrogen..  .

terjadi krn pemutusan ik.Kovalen pemutusan dan pembentukan kembali gaya non-kovalen yg menstabilkan konformasi Rotasi bebas duapertiga bagian ikatan kovalen dalam struktur protein akan menghasilkan konformasi yg jauh lebih besar .Interkonversi Interkonversi antara atom yg membentuk konfigurasi .

repulsive force . attractive force .gaya menolak.Gaya utk kestabilan struktur Bbg gaya menstabilkan struktur protein ikatan hidrofobik ikatan hidrogen interaksi elektrostatik interaksi van der Waals -gaya menarik.

Heliks alfa  Terjadi thd rangka dasar polipeptida  Lebih menonjol putar kanan  Mengandung 4 – 30 ( rerata 12) residu AA  Distabilkan oleh : ikatan hidrogen gaya van der Waals Dapat bersifat amfipatik .

berciri  Konformasi reguler  Konformasi irregular .Struktur sekunder .

Lembaran beta  Dibentuk oleh AA dari regio yang berbeda  Dapat terlipat: paralel anti paralel .

loop  Membentuk tapak pengikatan antigen .Regio gelungan .

Struktur tertier       Merupakan struktur sepersekunder Polipeptida besar mempunyai domain-domain yg berbeda Ikatan elektrostatik menghubungkan residu permukaan Ikatan disulfida utk stabilitas tambahan Interaksi hidrofobik menghubungkan residu interior Kristalografi sunar X utk menentukan struktur tiga dimensi .

Rantai polipeptida multipel Tiap rantai polipeptida dsbut protomer atau subunit Ikatan antar subunit distabilkan oleh ikatan hidrogen. ikatan elektrostatik residu permukaan Dimerik.Struktur kuatener    Protein oligomerik memp. tetramerik .

Struktur kuatener  Homodimer. Melaksanakan fungsi yg berbeda  Satu subunit atau set subunit identik dapat berfungsi katalisis. tersusun dari subunit yg tidak sama. Set subunit lain melakukan pengenalan ligand atau peran regulasi . bila kedua protomer identik  Hetero oligomer.

elektrostatik. sulfida . tapi bukan ikatan peptida.ringan menghancurkan ik. . sodium duodenil sulfat (SDS) H+ dan OH. Hidrogen. tertier dan kuatener Disebabkan oleh reagen urea.Denaturasi protein Menghancurkan struktur sekunder.