SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

AMALI 6 MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK (Measuring Genetic Diversity)

Pendahuluan

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria. Istilah "genetik" pertama kali diperkenalkan oleh pakar genetik British William Bateson. Beliau juga bertanggungjawab dalam memperkembangkan penemuan kajian Gregor Mendel. Dalam organisma hidup, maklumat genetik disimpan dalam kromosom yang dibentuk daripada molekul DNA dan sejenis protein yang dikenali sebagai histon. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan. Kini bidang genetik boleh dibahagikan kepada dua peringkat: genetik klasik dan genetik molekul. Sebahagian besar genetik klasik merupakan sumbangan ujikaji Gregor Mendel dan penemuan gen-gen terangkai. Genetik molekul terbit daripada penemuan kod genetik dan perkembangan teknik pengklonan. Walaupun genetik molekul lebih berguna dari segi aplikasinya dalam perubatan dan forensik, genetik klasik masih digunapakai. Kepelbagaian biologi yang meliputi keanekaan organisma di peringkat genetik, spesies dan ekosistem, wajar dianggap sebagai harta pusaka sesebuah negara berdaulat. Khazanah ini seharusnya dipulihara untuk generasi sekarang dan sebagai warisan generasi-generasi yang akan datang. Imperatif ini lebih ketara kini kerana kepalbagaian biologi sedang menuju ke tahap kemerosotan, kalau tidak pun pempupusan spesies, yang sebahagian besarnya belum dikenal pasti oleh sains. Laporan mutakhir menyebut sebanyak 1.7 juta spesies telah diberikan deskripsi, tetapi anggaran jumlah sebenar bilangan spesies yang hidup di muka bumi ini berbeza-beza di antara 5 hingga 100 juta. Penaksiran tentang aras kepelbagaian genetik spesiesspesies tropika masih di peringkat preliminer. Lebih daripada 90% spesies hidup di kawasan hutan tropika lembab yang luasnya hanyalah 7% daripada jumlah permukaan ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 1

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

dunia. Punca-punca yang menyebabkan kadar kepelbagaian biologi di kawasan ini tinggi belum lagi disingkap sepenuhnya. Malaysia dianggarkan mengandungi lebih kurang 10% kepelbagaian spesies flora dan 6.5% spesies fauna dan dikelaskan sebagai salah satu daripada kawasan megakepelbagaian dunia. Pemuliharaan kepelbagaian biologi dapat dibantu dengan kaedah-kaedah bioteknologi seperti penyelamat embrio, perlakuran protoplas, kriopengawetan dan perpustakaan DNA. Bioteknologi juga boleh digunakan untuk menilai variasi genetik yang terpendam, iaitu melalui teknik RFLP dan elektroforesis gel. Kepelbagaian biologi juga adalah sumber kepada keperluan asas manusia seperti bahan binaan dan pakaian, makanan dan ubatubatan. Biakbaka tumbuhan adalah satu disiplin tradisional dan moden yang menggunakan unsur-unsur bioteknologi untuk menghasilkan varieti, berhasil tinggi dan yang mempunyai daya adaptasi yang luas. Bioteknologi moden yang meluputi teknikteknik dari kultur tisu ke kejuruteraan genetik boleh memberi sumbangan dalam usaha mempertingkatkan taraf sosioekonomi penduduk negara-negara Selatan. Tahap kemahiran dalam bioteknologi di kalangan negara-negara Selatan amat berbeza, ada yang maju dan ada yang masih terkebelakang. Walau bagaimanapun semua negara wajar turut serta kerana potensinya lumayan. Pada masa ini kemajuan bidang bioteknologi masih dikuasai oleh negara-negara Utara. Industri bioteknologi yang berasaskan kepelbagaian biologi boleh membawa pulangan yang berjuta ringgit kepada bidang pertanian dan farmaseutik. Oleh kerana kepelbagaianbiologi itu banyak terletak di negara-negara Selatan, pampasan yang sewajarnya haruslah diberikan kepada negara-negara ini semulajadinya. Mengukur kepelbagaian generik ini boleh dibahagikan kepada dua iaitu ciri-ciri kuantitatif (quantitative traits) dan ciri-ciri molecular (molecular traits). Mengukur kepelbagaian genetic dengan ciri-ciri kuantitatif adalah sesuatu cara yang rumit kerana phenotype boleh dipengaruhi oleh faktor persekitaran. Dalam persekitaran yang seragam perbezaan antara populasi menunjukkan perbezaan generik.Langkah-langkah molekul kepelbagaian genetik hanya keupayaan yang terhad untuk meramalkan genetik kuantitatif kebolehubahan. Apabila maklumat mengenai seorang penduduk potensi evolusi jangka pendek atau anggaran penyesuaian tempatan yang diperlukan,perubahan generik kuantitatif perlu diukur secara langsung.Mengukur ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 2 oleh pihak-pihak yang meraih untung daripada kekayaan

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

kepelbagaian genetik ini amat penting untuk bertindak sebagai bahan mentah(raw material) di mana pemilihan boleh bertindak dan dengan itu spesies boleh bertindak balas terhadap selective pressure. Majoriti alel frekuensi rendah wujud dalam bentuk heterozygous.Selain itu, kepelbagaian generik juga memainkan peranan yang amat penting dalam menentukan kategori IUCN. Sekiranya kepelbagaian genetik yang kurang membawa risiko ancaman yang tinggi. Sebenarnya,langkah-langkah mengukur kepelbagaian diversiti bergantung pada dataatau maklumat yang dianalisasi. Dalam proses mengukur kepelbagaian diversiti, satu data set memberi tumpuan kepada mengukur heterozygosity dan ia berdasarkan dipoid, penanda bersama dominan. Set ukuran yang lain pula memberi tumpuan kepada maklumat allelic. Untuk mengisi Fst, yang pertama mengira heterozyosis dijangka bagi setiap spesies Hs. Pengiraan ini berlaku dengan mendarab 2pq bagi setiap populasi.

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 3

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

TUGASAN Anda bertugas dengan satu agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu masalah iaitu enam lot tanah lembab yang berbeza jenis tanahnya dan ditumbuhi oleh dua jenis orkid liar. Lot-lot tersebut sedang dibangunkan untuk menjadi kawasan perindustrian. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat lot tanah sahaja. Lot manakah yang harus dijaga? Tiga lot adalah paya mengandungi populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan habitat populasi spesis Pterostylis polyzymous . Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. Lokus tersebut mempunyai dua allel, Cepat dan Perlahan kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan. Langkah 1 Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan. Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 4

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

x 15 = 30. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu). Pterostylis isozymus, Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 1 Slo w Fast 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 Jum 23 7

Pterostylis isozymus, Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 1 Slo w Fast 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 12 18 Jum

Pterostylis isozymus, Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 1 Slo w Fast 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 4 26 Jum

Pterostylis polyzymus, Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 1 Slo w Fast 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 12 18 Jum

Pterostylis polyzymus, Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 1 1 1 1 1 Jum ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 5

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

Slo w Fast

5 14 16

Pterostylis polyzymus, Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 1 Slo w Fast 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 8 22 Jum

Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wrights Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan Fst, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesis ( Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis. Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus, Allele perlahan, q 0.23 0.60 0.87 23/30 12/30 4/30 0.77 0.40 0.13 Purata 2 (0.23) (0.77) = 0.35 2 (0.60) (0.40) = 0.48 2 (0.87) (0.13) = 0.23 = 1.06/3 2xpxq

Allele cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 7/30 18/30 26/30

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 6

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

(Hs)

= 0.35

Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus, Allele perlahan, q 0.6 0.5 0.7 12/30 14/30 8/30 0.4 0.5 0.3 2 (0.6) (0.4) = 0.48 2 (0.5) (0.5) = 0.50 2 (0.7) (0.3) = 0.42 = 1.4/3 = 0.46 2xpxq

Allele cepat, p Populasi 1 18/30 Populasi 2 16/30 Populasi 3 22/30

Purata (Hs)

Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, ( Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa. Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus Allele cepat, p Populasi 1 7/30 0.23 23/30 Allele perlahan, q 0.77

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 7

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele

18/30 26/30

0.60 0.87 1.70/3 = 0.57

12/30 4/30

0.40 0.13 1.3/3 = 0.43

(Ht).= 2 x purata p x purata q = 2 x 0.57 x 0.43 = 0.49 Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Allele cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele 18/30 16/30 22/30 0.60 0.53 0.73 1.86/3 = 0.62 12/30 14/30 8/30 Allele perlahan, q 0.40 0.47 0.27 1.14/3 = 0.38

(Ht).= 2 x purata p x purata q (Ht) = 2 x 0.62 x 0.38 = 0.47

Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, ( Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, ( Ht), sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, di mana nilai Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik. RUMUSAN ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 8

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

Pterostylis isozymus

Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29 Fst > 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus.

Pterostylis polyzymus

Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.47 - 0.46 / 0.47 = 0.02 Fst <0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymous. Oleh itu, populasi Pterostylis polyzymous, adalah sama secara genetik antara satu sama lain.

Laporan Anda

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 9

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Berdasarkan data yang telah dikumpul, terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain. Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi, Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi. 2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies. Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan populasi yang lebih baik. . 3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? Selain daripada faktor genetik, saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam habitat sedia ada. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran, ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak besar jika kehilangannya. Selain itu, saya juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan, saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem.

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 10

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

4. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi? Biasanya, bagi setiap satu populasi spesis, mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain, dan mungkin terdapat variasi antaranya. Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup. 5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk Trouble in Paradise, bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat, saintis memaksimakan diversity genetik bagi re-introduce population, dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih, ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati.

Rujukan

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 11

SCE 3107 EKOSISTEM DAN BIODIVERSITI

Wikipedia Ensiklopedia Bebas. Genetik. Diperolehi pada 13 Mac 2013, daripada http://ms.wikipedia.org/wiki/Genetik Zakri A. Hamid. Kepelbagaian Biologi Biakbaka Tumbuhan dan Bioteknologi Implikasi kepada Dunia Selatan. Diperolehi pada 13 Mac 2013, daripada http://www.ukm.my/penerbit/f280-1.htm

ZURIATUN ASHIKIN SCE 4Q | MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK 12