Mikrobiologi Farmasi

Nita Rusdiana M.Sc., Apt

PERTEMUAN 5 Genetika mikroorganisme

Aliran informasi genetik Mutasi gen Bahan mutagenik Frekuensi mutasi Identifikasi mutan dan karsinogen kimiawi Mekanisme pertukaran gen dan rekombinasi Plasmid dan transposon

genetika
Adalah ilmu pewarisan faktor keturunan (hereditas).
Informasi genetik di dalam sel disebut genom.

Kromosom adalah suatu struktur yang mengandung DNA, dimana DNA secara fisik membawa informasi herediter.
Gen adalah segmen dari DNA, dimana gen mengkode protein. DNA adalah makromolekul yang tersusun atas unit berulang yang disebut nukleotida.

Setia nukleotida terdiri atas basa nitrogen adenin (A), timin (T), sitosin (S) atau guanin (G).

DNA Model

DNA Structure

Perbedaan DNA dengan RNA

DNA Replication

Aliran informasi genetik

Mengikuti dogma sentral dalam genetika. Pada dogma genetika dikenal tiga proses, yaitu:
1) Proses replikasi, yaitu proses penggandaan bahan informasi genetik.

2) Proses transkripsi, yaitu proses sintesis RNA dengan menggunakan DNA sebagai cetakan.
3) Proses translasi, yaitu proses penerjemahan kode genetik pada mRNA menjadi urutan asam amino dalam sintesis protein.

Dogma genetik
Konsep dasar menurunnya sifat secara molekuler adalah merupakan aliran informasi dari DNA ke RNA ke urutan asam amino.

Dogma genetik ini bersifat universal yang berlaku baik bagi prokariot maupun eukariot.

TAHAP REPLIKASI DNA

Replikasi DNA terjadi secara semikonservatif Hal ini menyebabkan DNA baru membawa informasi yang persis sama dengan DNA induk/cetakan

 Replikasi DNA pada cetakan 3 5 terjadi seutas demi seutas dengan arah 5 3 Replikasi berjalan meninggalkan replication fork.

Utas-utas pendek tersebut dihubungkan oleh enzim ligase DNA. Terdapat utas DNA yang disintesis secara kontinu disebut utas utama atau leading strand. Sedangkan utas DNA baru yang disintesis pendekpendek seutas-demi seutas disebut utas lambat atau lagging strand.

Replikasi DNA melibatkan :

1. Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotida-nukleotida. 2. Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging. 3. Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand. 4. Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double heliks. 5. Single strand DNA-binding protein : menstabilkan DNA induk yang terbuka

Garpu replikasi/Growing Fork

Leading strand: sintesis DNA terjadi secara kontinu Lagging strand: sintesis DNA terjadi melalui pembentukan utas-utas pendek

Origin meninisiasi replikasi DNA pada waktu yang berbeda

 Replikasi dimulai dari tempat-tempat spesifik, yang menyebabkan kedua utas DNA induk berpisah dan membentuk gelembung replikasi.
Pada eukariota, terdapat ratusan atau bahkan ribuan origin of replication di sepanjang molekul DNA. Gelembung replikasi terentang secara lateral dan replikasi terjadi ke dua arah. Selanjutnya gelembung replikasi akan bertemu, dan sintesis DNA anak selesai

Transkripsi
Proses pengkopian/penyalinan molekul DNA menjadi utas RNA yang komplementer. Melibatkan RNA Polymerase

Tahap Transkripsi
1. Inisiasi 2. Elongasi 3. terminasi

Tahap Transkripsi
1.Inisiasi :

enzim RNA polymerase menyalin gen. Pengikatan RNA polymerase terjadi pada tempat tertentu yaitu tepat didepan gen yang akan ditranskripsi. Tempat pertemuan antara gen (DNA) dengan RNA polymerase disebut promoter. Kemudian RNA polymerase membuka double heliks DNA. Salah satu utas DNA berfungsi sebagai cetakan.

 Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA. Penempelan terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5-AGGAGGU-3, sedang pada eukariot terjadi pada struktur tudung. Nukleotida promoter pada eukariot adalah 5GNNCAATCT-3 dan 5- TATAAAT-3. Simbol N menunjukkan nukleotida (bisa berupa A, T, G, C). Pada prokariot, urutan promotornya adalah 5-TTGACA-3 dan 5-TATAAT-3. Ribosom bergeser ke arah 3 sampai bertemu dengan kodon AUG. Kodon ini menjadi kodon awal. Asam amino yang dibawa oleh tRNA awal adalah metionin.

2. Elongasi : Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil menghasilkan dua tempat yang terpisah . Tempat pertama adalah tempat P (peptidil) yang ditempati oleh tRA yang membawa metionin.

Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka double heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3 dari RNA yang sedang tumbuh. Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua dan kosong

 Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan asam amino yang tepat masuk ke tempat A. Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi, lalu terjadi ikatan peptide antara kedua asam amino Ikatan tRNA dengan metionin lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada tempat A. Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada pada tempat P dan tempat A menjadi kosong. Selanjutnya tRNA dengan antikodon yang tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses berlanjut seperti sebelumnya.

3. Terminasi :
Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu UAA, UAG, UGA. Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa antikodon yang sesuai. Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai polipeptida yang terbentuk dari tRNA yang terakhir. Kemudian ribosom pecah menjadi sub unit kecil dan besar.

 Bagian dari molekul DNA (gene) terbuka pilinannya sehingga basa-basanya terekspos.

Nukleotida mRNA bebas, di dalam nukleus berpasangan basa-basanya dengan satu utas molekul DNA yang telah terbuka pilinannya.

 mRNA dibuat dengan bantuan RNA polymerase. Enzim ini menyatukan nukleotida mRNA untuk membuat utas mRNA. Utas mRNA ini bersifat komplementer terhadap DNA (gen).
mRNA meninggalkan nukleus menuju sitoplasma melalui pori nuklear

Translasi / sintesis protein

Proses penerjemahan kodon-kodon pada mRNA menjadi polipeptida. Kode genetik merupakan aturan yang penting. Urutan nukleotida mRNA dibawa dalam gugus tiga tiga. Setiap gugus tiga disebut kodon. Dalam translasi, kodon dikenali oleh lengan antikodon yang terdapat pada tRNA

Translation

Translation Stages

1. Initiation

2 . Elongation

2 . Elongation

3. Termination

Ala: Alanine

Cys: Cysteine

Asp: Aspartic acid His: Histidine

Glu: Glutamic acid Ile: Isoleucine

Phe: Phenylalanine Gly: Glycine

Lys: Lysine
Pro: Proline Thr: Threonine

Leu: Leucine
Gln: Glutamine Val: Valine

Met: Methionine
Arg: Arginine Trp: Tryptophane

Asn: Asparagine
Ser: Serine Tyr: Tyrosisne

Kode genetik (RNA codon)

or start

A Close up View of transcription And Its animation process

Ay

The steps of pre-mRNA splicing (intron removal) page 1/2

Discribed at Next

Continued

The steps of pre-mRNA splicing (intron removal) page 2/2

tRNA Structure

Ribosom Structure

Perubahan kesatuan kimia gen yang menyebabkan berubahnya sifat mahluk hidup yang bersifat menurun Berdasarkan tempat terjadinya : mutasi somatik dan mutasi autosom Berdasarkan Tingkat Mutasi: A. Mutasi besar (gross mutation) yaitu perubahan jumlah

kromosom dan perubahan struktur atau susunan DNA pada kromosom (MUTASI KROMOSOM)

B. Mutasi Kecil (mutasi titik/point mutation) yaitu perubahan yang terjadi pada susunan kimia molekul DNA (MUTASI GEN)

Macam macam Mutasi Kromosom

1. Perubahan Set (Euploidi)
a. Autopolipploidi yaitu genom mengganda sendiri, karena gannguan meiosis

b. Allopoliploidi terjadi karena hibrid antar spesies yang set kromosomnya berbeda

Monoploidi

Diploidi Triploidi

Tetraploidi

Perubahan set (Euploidii) ini dilakukan dengan menghambat perpisahan kromosom antara lain :

Pada Tumbuhan
a.Induksi kolkisin :menghalangi pembentukan gelendong pembelahandan menghambat anafase b.Pada jagung dapat dilakukan dengan mengggunakan suhu tinggi c.Pada tomat dengan dekapitasi yaitu pemotongan tunas, menyebabkan kumpulan sel 4n Pada Manusia a.Digini : dua inti sel telur yang tetap terlindung satu plasma dibuahi oleh 1 sperma b.Diandri : satu sel telur dibuahi oleh 2 sperma

2. Perubahan Penggandaa (Aneuploidi)

Aneuploidi dapat terjadi karena beberapa hal, al;

a. Anafase lag : tidak melekatnya kromatid pada gelendong (meiosisi I) b. Nondisjungtion Beberapa Aneuploidi pada manusia 1. Sindrom Turner 22Aa+ XO

2. Sindrom Klinefelter 22AA+ XXY

3. Sindrom Edwards 17 atau 18 45A + XX atau 45A + XY trisomi kromosom no 16,

4. Sindrom Patau no 13, 14 atau 15

5. Sindrom Down no 21

45A + XX atau 45A + XY trisomi kromosom

45A + XX atau 45A + XY trisomi kromosom

Sindrom Down

Aneuploidi pada Lalat Buah

3. Kerusakan Kromosom a. Inversi: perisentrik dan parasentrik

b. Duplikasi dan Delesi

c. Translokasi

d. katenasi

Beberapa kerusakan kromosom pada manusia

1. Sindrom Cri du chat delesi pada kromosom nomor 5

2. Chronic Myelogenous Leukemia nomor 22 dengan nomor 9

translokasi resiprok kromosom

Tipe-tipe Mutasi Gen

A. Substitusi: Pertukaran satu nukleotida pada unati DNA komplementer dengan pasangan nujkleotida lain a. Transisi : pertukaran antara pasangan basa yang sama

b. Transversi : pertukaran antara pasangan basa yang berbeda

Substitusi menghasilkan: 1. Mutasi diam : mutasi yang tidak mempengaruhi pengkodean protein

2. Mutasi salah arti :kodon yang berubah tetap mengkode asam amino yang berbeda dari normalnya

3. Mutasi tanpa arti: perubahan yang mengubah kodon asam amino menjadi sinyal stop

B. Insersi dan Delesi: penambahan atau pengurangan satu atau lebih pasangan nukleotida pada suatu gen , menyebabkan juga pergeseran kerangka baca.

Frekuensi mutasi

Kecepatan mutasi adalah kemungkinan gen mengalami mutasi ada setiap pembelahan sel. Kecepatan mutasi adalah 1/10.000 per pembelahan sel. Mutasi spontan jarang terjadi, tapi adanya bahan mutagenik dapat mempercepat pembelahan sel.

Mekanisme pertukaran gen dan Faktor F (faktor fertilitas) rekombinasi

merupakan plasmid yang pertama kali diteliti untuk dipindahkan melalui proses konjugasi. Faktor F terintegrasi di dalam kromosom dan mengubah sel F me jadi sel Hfr (high frequency of recombination). Replikasi kromosom sel Hfr dimulai dari bagian tengah faktor F yang terintegrasi. Tranfer gen dapat pula dilakukan oleh faktor F, yaitu faktor yang membawa potongan kecil DNA kromosomal.

Proses transduksi umum

Proses transduksi umum dapat mentransfer bagian manapun dari DNA donor. Fag melekat pada permukaan sel bakteri dan menyuntikkan DNA fag kedalam sel bakteri.

Proses transduksi khusus

Proses transduksi khusus diperantarai oleh fag lisogenik.

Resistensi mikroorga nisme terhadap antibiotik