Anda di halaman 1dari 8

KAJIAN BEBERAPA SENYAWA ANTIINFLAMASI : DOCKING TERHADAP SIKLOOKSIGENASE-2 SECARA IN SILICO

Mukhtasyam Zukhrullah, Muhammad Aswad, dan Subehan Fakultas Farmasi Universitas Hasanuddin, Makassar
ABSTRAK Dewasa ini telah ditemukan banyak senyawa antiinflamasi dari bahan alam. Penelitian ini telah dilakukan untuk memprediksi mekanisme kerja senyawa-senyawa anti-inflamasi dari bahan alam pada tingkat molekuler sebagai inhibitor COX-2 dengan menggunakan metode Molecular Docking Simulation. Target yang dievaluasi adalah interaksi ikatan hydrogen antara protein and ligan. Simulasi docking ini menggunakan program PLANTS (Protein Ligand Ant System) dengan menggunakan 10 konformasi ligan. Hasil penelitian dari 22 senyawa bahan alam dapat mengikat COX-2 ditunjukkan dengan energi dan interaksi ikatan hidrogen (G). Hasil menunjukkan bahwa ikatan hidrogen (G) terbaik yaitu senyawa barbaloin (-17,8976 kkal/mol), Interaksi antara barbaloin dengan COX-2 ditandai dengan adanya 11 ikatan hidrogen yang terjadi dengan residu-residu yang ada didalam binding site dalam hal ini adalah 2 ikatan hidrogen pada Arg120 (gugus yang terikat adalah Hidroksil {OH} dan gugus karbonil {=O}, 3 ikatan hidrogen pada Tyr355 (gugus hidroksil), 2 ikatan hidrogen pada Met522 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Val523 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Ala527 (gugus hidroksil), dan 2 ikatan hidrogen pada Ser530 (gugus hidroksil) yang berarti bahwa barbaloin mampu mengikat daerah katalitik residu pada COX-2. Dari hasil ini dapat disimpulkan bahwa senyawa barbaloin memiliki potensi yang baik untuk menghambat COX-2. Kata kunci : antiinflamasi, docking, inhibitor COX-2, in silico

PENDAHULUAN Obat analgesik antipiretik serta obat antiinflamasi non steroid (AINS) merupakan salah satu kelompok obat yang banyak diresepkan dan juga digunakan tanpa resep dokter. Obat-obat ini merupakan suatu kelompok obat yang heterogen, secara kimia. Walaupun demikian obat-obat ini ternyata memiliki banyak persamaan dalam efek terapi maupun efek samping. (1) Golongan obat AINS menghambat enzim siklooksigenase sehingga konversi asam arakidonat menjadi PGG2 terganggu. Setiap obat AINS menghambat siklooksigenase dengan kekuatan dan selektivitas yang berbeda. Obat-obat kelompok AINS ini termasuk rofekoksib, selekoksib, eterokoksib, lumirakoksib, dan meloksikam. (1) Enzim siklooksigenase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan prostaglandin, suatu mediator inflamasi, dan produk metabolisme asam arakidonat. Enzim COX terdiri dari 2 isoenzim yaitu COX-1 dan COX-2. Enzim COX-1 bersifat konstitutif untuk memelihara fisiologi normal dan homeostasis, sedangkan COX-2 merupakan enzim yang terinduksi pada sel yang mengalami inflamasi oleh sitokin, endotoksin, dan faktor pertumbuhan (growth factors). COX-2 juga berperan dalam proliferasi sel kanker. Ekspresi berlebihan COX-2 ditemukan pada kebanyakan tumor (2). Penemuan isoform COX-2 membuka lembaran baru penelitian yang didasarkan pada asum-

si bahwa patologis prostaglandin (PG) diproduksi oleh induktif yang isoform, sedangkan fisiologis prostaglandin diproduksi oleh konstitutif COX-1 (3). Mengingat besarnya peran COX-2 dalam proses inflamasi dan kanker, maka perlu dilakukan pencarian ikatan obat-obat AINS yang sesuai dengan reseptor tertentu yang berikatan dengan enzim COX-2. Oleh karena itu, diperlukan suatu studi mengenai senyawa-senyawa yang dapat menghambat COX-2, yang dengan teknologi komputasi hal ini dapat dilakukan dengan lebih mudah. Studi komputasi dikenal dengan terminologi in silico merupakan analog in vivo dan in vitro, yang menggunakan aplikasi komputer sehingga waktu dan biaya menjadi lebih efisien (4,5). Terminologi in silico di antaranya dikenal sebagai penapisan virtual. Untuk melakukan penapisan senyawa biologis terhadap milyaran senyawa masih sangat sulit, oleh karena itu pendekatan secara virtual menjadi alternatif. Karena metode ini relatif lebih cepat bahkan mampu menangani ribuan senyawa dalam satu hari dan bergantung pada senyawa yang diuji dan kecepatan komputer. Kini, penapisan virtual telah mencapai status sebagai teknologi yang dinamis dan menguntungkan dalam penemuan senyawa obat (6,7). Proses penapisan virtual digunakan untuk membantu menemukan senyawa senyawa yang kemungkinan besar berpotensi sebagai obat, dengan membutuhkan waktu yang relatif singkat. Jika target telah diketahui, algoritma docking dapat di-

37

38

Majalah Farmasi dan Farmakologi , Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm. 37 44

gunakan untuk menempatkan kandidat obat ke dalam sisi aktif dari target seperti enzim atau reseptor. Kemudian interaksi senyawa-senyawa yang telah diikatkan kemudian diurutkan berdasarkan hasil analisis secara komputasi komponen sterik dan elektrostatiknya. (8,9,10,11) Dewasa ini telah banyak ditemukan senyawa antiinflamasi dari bahan alam. Tetapi, belum diketahui senyawa-senyawa yang selektif menghambat COX-2. Berdasarkan uraian di atas, maka dilakukan penelitian yang secara khusus memodelkan interaksi beberapa senyawa yang diketahui diketahui memiliki aktivitas antiinflamasi melalui penghambatan COX-2. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah studi interaksi beberapa senyawa bahan alam yang diketahui dapat menghambat COX-2 dengan menggunakan aplikasi komputer secara in silico pada tingkat molekuler atau yang dikenal dengan metode Simulasi Penambatan Molekul (molecular docking simulation) dengan menggunakan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligan dapat dilakukan skrining melalui uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui dapat menghambat COX-2 pada sisi aktifnya. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi mekanisme kerja senyawa-senyawa antiinflamasi dari bahan alam pada tingkat molekuler, sebagai inhibitor COX-2 dengan menggunakan metode Molecular Docking Simulation. Manfaat penelitian ini adalah memperlihatkan interaksi senyawa-senyawa antiinflamasi dari bahan alam yang diketahui selektif menghambat COX-2, sehingga mekanisme kerja senyawa tersebut dapat diprediksi sebagai penghambat COX-2 pada tingkat molekuler. METODE PENELITIAN Data yang digunakan Untuk melaksanakan penelitian, digunakan data struktur COX-2 yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan PDB ID : 6COX, dari hasil penelitian sebelumnya (11), seperti yang terlihat pada gambar 1. Selain itu, diperlukan juga data struktur senyawa-senyawa bahan alam yang geometrinya telah dioptimasi, seperti yang disajikan pada tabel 1. Alat yang digunakan Perangkat yang digunakan pada penelitian ini adalah AMD Athlon (tm) Neo X2 Dual Core Processor L335 1.66 GHZ, 2.0 RAM, Sistem Operasi Linux Ubuntu Versi 10.10, PLANTS (Protein Ligand ANT System) versi 1.2. MarvinSketch 5.6.2 dari YASARA versi 6. MMV (Molegro Molecular Viewer) versi 2.0, dan VMD (Visual Molecular Dinamic) versi 1.9

Gambar 1. Struktur Enzim COX-2 dengan PDB ID : 6COX. Sumber : Kurumbail, R.G.,et al. Cyclooxygenase2 (Prostaglandin Synthase-2 Complexed with a Selective Inhibittor), SC-558 IN I222 Space Goup.1996. Available from:http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structur eId=6COX. Accessed at may, 16,2011 (11) Tabel 1. Data senyawa-senyawa bahan alam yang telah dioptimasi
No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 Nama Senyawa
Androgafolid Kurkumin Alizarin Serumbon Luteolin Diosmin Ortosiponin Kaemferol Barbaloin Kuersetin Pisalin Lucidone Diosgenin Mollugin Chrysin Sedanolid Isoliquiritin apiosid Mangostin- Mangostin- Mangostin- Gertanin Emodin

Rumus umum C20H30O5 C21H20O6 C14H8O4 C15H22O C15H10O6 C28H32O15 C12H12O5 C15H10O6 C21H22O9 C15H10O7 C28H30O10 C24H34O5 C27H42O3 C17H16O4 C15H10O4 C12H18O2 C21H22O9 C24H26O6 C25H28O6 C23H24O6 C23H24O6 C15H10O5

Golongan senyawa Diterpenoid Kurkuminoid Kuinon Seskuiterpen Flavonoid Flavonoid Glikosida saponin Flavonoid Antrakuinon Flavonoid Steroid Diterpen Steroid sapogenin Xantopurpurin Flavonoid Lakton Flavonoid Xantonoid Xantonoid Xantonoid Xantonoid Antrakuinon

Tanaman Asal
Andrographis paniculata Curcuma longa Rubia cordifolia L. Zingiber zerumbet Lindera erythrocarpa Citrus aurantifolia Orthosiphon stamineus Glycyrrhiza glabra L. Aloe vera Linn. Ruta angustifolia (L.)Pers. Physalis angulata L. Lindera erythrocarpa Solanum nigrum L Rubia cordifolia L. Lindera erythrocarpa Apium graveolens L. Glycyrrhiza glabra L. Garcinia mangostana Garcinia mangostana Garcinia mangostana Garcinia mangostana Garcinia mangostana

Mukhtasyam Zukhrullah , Kajian Beberapa Senyawa Antiinflamasi : Docking Terhadap COX-2 secara in silico

39

Pengambilan Data Dalam penelitian ini, data struktur protein target diambil melalui Protein Data Bank (PDB) dengan PDB ID: 6COX dan digunakan sebagai target docking. Data ini merupakan hasil teknik biofisika seperti kristalografi X-ray maupun spektroskopi NMR dari COX-2 yang meliputi struktur, sisi aktif dan sekuens. Pemodelan Molekul Senyawa Antiinflamasi dari Bahan Alam Data struktur semua sampel dari bahan alam digambar dengan mengunakan MarvinSketch v. 5.6 (disimpan dalam format file ligand_2D.mrv). Kemudian setiap senyawa di protonasi pada pH = 7.4, kemudian dilanjutkan mencari konformasi dengan menggunakan program yang sama untuk yang diperlihatkan dalam bentuk 3-dimensi. Kemudian berkas disimpan dalam bentuk mol2. Preparasi Protein Target Protein target dipreparasi dengan menggunakan YASARA, yaitu berkas protein dalam format #.pdb, kemudian dihapus salah satu rantai protein (rantai B) untuk meminimisasi wilayah docking, dilanjutkan dengan menghapus NAG dan air apabila diperlukan sehingga hanya tersisa molekul asam amino. Hidrogen ditambahkan, hasilnya disimpan dalam bentuk berkas mol2 yang kemudian digunakan sebagai protokol docking untuk penapisan virtual senyawa COX-2. Simulasi dan Validasi Docking File input ligan dan file protein target disimpan bersama dalam sebuah folder bersama PLANTS versi 1.2, kemudian ditentukan pose konfigurasi dan konfigurasi docking (plantsconfig) yang merupakan modifikasi dari konfigurasi standar dari PLANTS. Definisi konfigurasi diubah menjadi 5 dari koordinat lokasi SC558 terikat pada COX-2. Pose yang memiliki nilai skoring terbaik dipilih sebagai sebagai tempat sampel diperkirakan berikatan. Kemudian docking ligan asli (SC558), setelah itu dilakukan pehitungan RMSD (Root Mean Square Deviance) dengan menggunakan YASARA (RMSD dinyatakan valid apabila lebih rendah dari 2). Apabila nilainya kurang dari 2, maka dapat digunakan sebagai protokol docking untuk skrining virtual sampel berikutnya. Analisis Data Dilakukan analisis data nilai skoring dan pose pada sisi binding pocket serta analisis ikatan hidrogen ligand-sekuens asam amino dengan menggunakan MMV. Molekul dengan nilai skoring terendah menunjukkan afinitas kestabilan yang baik, setelah itu visualisasi interaksi dengan menggunakan program VMD.

HASIL DAN PEMBAHASAN Dalam penelitian ini dipelajari interaksi sekelompok senyawa-senyawa antiinflamasi dari beberapa golongan senyawa yang telah diisolasi dan diidentifikasi oleh para peneliti terdahulu dari berbagai referensi. Metode yang digunakan dalam mempelajari interaksi tersebut yakni molecular docking. Docking merupakan suatu perlakuan dimana suatu senyawa lainnya dan pada saat yang bersamaan dilakukan perhitungan energi interaksi dari beberapa orientasi yang sama dari keduannya. Suatu prosedur docking digunakan sebagai acuan untuk menentukan orientasi yang baik dari senyawa terhadap senyawa lainnya yang bersifat relatif. Senyawa target atau reseptor yaitu siklooksigenase-2 (COX-2). Sebelum docking dilakukan, senyawa target harus dipreparasi terlebh dahulu. Senyawa yang telah diunduh dari situs RCSB PDB ditampilkan dalam jendela YASARA, senyawa-senyawa air sebaiknya dihilangkan sehingga dipastikan yang berantaraksi adalah senyawa uji dan senyawa target. Selanjutnya dilakukan protonasi 3 dimensi untuk menambahkan muatan atom dan hidrogen pada senyawa. Untuk memastikan telah dilakukan protonasi 3 dimensi dilakukan pengecekan hingga tiap atom dipastikan memiliki nilai muatan (q). Data disimpan dalam file format mol2 (12). Seperti halnya senyawa target, senyawa uji juga harus dipreparasi terlegih dahulu dengan cara membuat struktur 2 dimensi dari senyawasenyawa tersebut dengan marvinsketch. Dalam membuat model senyawa harus dipastikan struktur yang dibuat adalah benar dan tidak terdapat kesalahan sama sekali dengan melakukan pengecekan pada marvinsketch pada perintah check structure. Seperti halnya pada reseptor senyawa uji juga dilakukan protonasi 3 dimensi untuk menambahkan muatan atom dan hidrogen pada senyawa uji. Kemudian dilakukan pencarian konformasi senyawa yang telah melewati proses minimisasi energi dengan metode AM1 dengan gradien 0,01. Dalam hal ini didapatkan 10 konformasi senyawa terbaik. Model senyawa ini disimpan dalam file format mol2. Docking (redocking) dilakukan dengan melakukan docking native ligand pada reseptor. Native ligand dibuat seperti halnya pada preparasi senyawa uji di atas. Validasi metode docking yang dilakukan dengan re-docking native ligand pada binding site. Kemudian didapatkan nilai RMSD (root mean square deviation) sebesar 1,0410 yang berarti metode tersebut memiliki nilai validitas yang tinggi yang dibuktikan dengan nilai RMSD < 2, artinya posisi ligand copy mirip dengan native ligand. Dalam hal ini diperlihatkan pada gambar 2. Proses re-docking native ligand terhadap COX-2 dapat digunakan untuk mengidentifikasi binding site dari enzim tersebut. Binding site tersebut teridentifikasi berupa residu-residu asam

40

Majalah Farmasi dan Farmakologi , Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm. 37 44

amino yang berada pada jarak 5 dari native ligand. Binding site ini ditentukan dengan menentukan koordinat dimana letak native ligand berada yaitu pada radius 5 dengan koordinat x=23.6651, y=23.3126, z= 47.8265 dan pada binding radius=11.3323.

Gambar 3. Interaksi SC558 (bola dan batang) dengan residu siklooksigenase-2 Ser353 dan His90 (batang)

Gambar 2. Pose native ligand S558 dan pose prediksi docking dari simulasi docking. Native ligand (atom karbon diperlihatkan dengan warna biru muda), pose prediksi docking dari simulasi docking (atom karbon diperlihatkan dengan warna ungu). Atom Nitrogen diperlihatkan dengan warna biru, atom oksigen diperlihatkan pada warna merah ,atom Sulfur diperlihatkan dengan warna hijau dan atom Hidrogen diperlihatkan dengan warna putih. Dengan nilai RMSD = 1.0410

Hasil menunjukkan bahwa SC558 dapat mengikat 2 katalitik residu dari siklooksigenase-2, yakni His90 dan Ser353 melalui ikatan hidrogen. Hasil redocking SC558 dibandingkan dengan interaksi yang terjadi antara native ligand dengan COX-2 (gambar 3) meskipun memiliki struktur yang berbeda dengan native ligand, tetapi ikatan hidrogen yang terjadi antara re-docking SC558 dengan COX-2 juga terjadi pada interaksi native ligand dengan COX-2. Hal ini menunjukkan bahwa re-docking SC558 mampu menempati posisi yang sama dengan native ligand.

Sekuens-sekuens asam amino yang terdapat pada binding site yang telah dipreparasi adalah Pro86, Asn87, Val89, His90, Leu93, Thr94, Met113, Val116, Leu117, Arg120, Gln192, Ser194, Phe198, Val344, Ile345, Glu346, Asp347, Tyr348, Val349, Gln350, His351, Leu352, Ser353, Gly354, Tyr355, His356, Phe357, Leu359, Phe381, Leu384, Tyr385, Trp387, Val434, Ala435, Leu507, Arg513, Ala516, Ile517, Phe518, Gly519, Glu520, Thr521, Met522, Val523, Hlu524, Leu525, Gly526, Ala527, Pro528, Phe529, Ser530, Leu531, Lys532, Lu534. Dengan yang teridentifikasi sebagai binding pocket adalah His90, Leu117, Val349, Leu352, Ser353, Trp387, Ala516, Phe518, Met522, Val523, Gly526, Ala527, Ser530, dan Leu534. Serta Asam amino yang membentuk ikatan hidrogen yaitu Arg120, Leu352 dan dengan Arg513 yang memiliki energi yang rendah dalam binding pocket dari native ligand. Dengan demikian binding site yang telah dilakukan preparasi memenuhi syarat untuk dilakukan docking untuk senyawa-senyawa uji selanjutnya (13). Hasil docking terhadap COX-2 menunjukkan terjadinya interaksi dengan binding pocket dari model enzim tersebut. Hal ini dapat dibuktikan dengan melihat adanya interaksi oleh hampir semua senyawa uji yang ditandai dengan adanya ikatan hidrogen dengan salah satu residu asam amino yang terdapat pada binding pocket. Hasil docking ini diperlihatkan pada tabel 2 dan tabel 3. Gambaran interaksi hasil re-docking SC558 diperlihatkan pada gambar 3.

Gambar 3. Interaksi native ligand (SC558) dengan residu siklooksigenase-2 (PDB ID=6COX) (sumber : Kurumbail, R.G, et all. Ligand S58-1-phenylsulfonamide3-trifluoromethyl-5-parabromophenylpyrazole.1996. From:http://www.ebi.ac.uk/thorntonsrv/databases/cgibin/ pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=6cox&template=ligands.h tml&l=3.1)

Mukhtasyam Zukhrullah , Kajian Beberapa Senyawa Antiinflamasi : Docking Terhadap COX-2 secara in silico

41

Tabel 2. Hasil docking skoring docking)


No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Nama Sampel SC 58 Androgafolide Kurkumin Alizarin Serumbone Luteolin Diosmin Ortosiponin Kaemferol Barbaloin Kuersetin Pisalin Lucidone Diosgenin Mollugin Chrysin Sedanolide Isoliquiritin apioside Mangostin- Mangostin- Mangostin- Gertanin Emodin Konformasi Urutan 09 Urutan 04 Urutan 02 Urutan 06 Urutan 05 Urutan 09 Urutan 01 Urutan 09 Urutan 03 Urutan 01 Urutan 05 Urutan 05 Urutan 01 Urutan 09 Urutan 09 Urutan 03 Urutan 07 Urutan 10 Urutan 08 Urutan 03 Urutan 09 Urutan 08 Urutan 10

(konformasi tebaik dengan


Konformasi hasil docking Konformer 1 Konformer 1 konformer 1 konformer 1 konformer 1 konformer 1 konformer 1 konformer 1 konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 konformer 1 konformer 1 konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 Konformer 1 PLANTSchemPL P Score (Kkal/mol) -85.35 -81.19 -84.44 -80.93 -74.76 -84.52 -65.89 -81.79 -83.46 -84.77 -81.07 -22.78 -67.63 -46.85 -80.99 -80.63 -74.28

Val523 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Ala527 (gugus hidroksil), dan 2 ikatan hidrogen pada Ser530 (gugus hidroksil). Yang berarti bahwa barbaloin mampu mengikat daerah katalitik residu seperti yang ditampilkan pada gambar 27 di atas. Dengan ini dapat diambil kesimpulan bahwa senyawa barbaloin mempunyai kemungkinan memiliki aktivitas penghambatan COX-2 yang lebih baik dari yang lainnya. Interaksi antara barbaloin dengan residu-residu asam amino pada COX-2 diperlihatkan pada gambar 4.

Gambar 4. Ikatan hidrogen antara barbaloin (bola dan batang) dengan asam amino Arg120, Tyr355, Ser530 dan Met522 (batang)

KESIMPULAN
-73.83 -67.07 -61.47 -77.32 -85.99 -84.08

Interaksi yang terjadi antara senyawasenyawa antiinflamasi dengan enzim siklooksigenase-2 ditandai dengan docking score dan interaksi pose ikatan. Dalam hal ini diambil parameter hasil pengikatan energi Gibbs (G) sebagai acuan, dan docking score hanyalah digunakan sebagai parameter untuk menilai pose pada konformasi yang memiliki nilai energi Gibbs yang terbaik (14). Dalam hal ini diambil nilai terendah yaitu barbaloin dengan nilai energi gibs (G=-17.8976 kkal/mol). Interaksi antara barbaloin dengan COX-2 ditandai dengan adanya 11 ikatan hidrogen yang terjadi dengan residu-residu yang ada didalam binding site dalam hal ini adalah 2 ikatan hidrogen pada Arg120 (gugus yang terikat adalah Hidroksil {OH} dan gugus karbonil {=O}, 3 ikatan hidrogen pada Tyr355 (gugus hidroksil), 2 ikatan hidrogen pada Met522 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada

Hasil penelitian dari 22 senyawa bahan alam dapat mengikat COX-2 ditunjukkan dengan energi dan interaksi ikatan hidrogen (G). Hasil menunjukkan bahwa ikatan hidrogen (G) terbaik yaitu senyawa barbaloin (-17,8976 kkal/mol), Interaksi antara barbaloin dengan COX-2 ditandai dengan adanya 11 ikatan hidrogen yang terjadi dengan residu-residu yang ada didalam binding site dalam hal ini adalah 2 ikatan hidrogen pada Arg120 (gugus yang terikat adalah Hidroksil {OH} dan gugus karbonil {=O}, 3 ikatan hidrogen pada Tyr355 (gugus hidroksil), 2 ikatan hidrogen pada Met522 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Val523 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Ala527 (gugus hidroksil), dan 2 ikatan hidrogen pada Ser530 (gugus hidroksil) yang berarti bahwa barbaloin mampu mengikat daerah katalitik residu pada COX-2. Dari hasil ini dapat disimpulkan bahwa senyawa barbaloin memiliki potensi yang baik terhadap penghambatan COX-2. SARAN Docking protein-ligan dengan menggunakan PLANTS dapat dilanjutkan dengan membatasi docking pada asam amino yang penting dalam interaksi dengan cara chemPLP_hb_constraints pada atom NH 7808 6 pada Arg513, di mana Arg513 mempunyai peranan penting dalam penghambatan COX-2.

42

Majalah Farmasi dan Farmakologi , Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm. 37 44

Tabel 3. Data analisis hasil docking konformasi terbaik senyawa-senyawa menggunakan MMV 2.0, pilihan PLANTS Score.
No. Nama senyawa Ikatan Hidrogen ( ) 2.9773 1 SC558 3.0264 2.8727 2.8138 2.4167 2 Androgafolid 3.2014 2.5351 3.2139 3.0265 2.8391 2.8602 3 Kurkumin 3.3222 2.9765 3.3512 3.1243 4 Alizarin 2.7801 3.0421 2.9748 5 Serumbon 2.8518 2.7218 3.3962 2.6259 6 Luteolin 2.9857 3.0678 2.7085 3.1233 2.4891 2.9935 3.2530 2.7983 7 Diosmin 2.9479 2.5470 2.7813 3.2285 2.9690 2.9901 8 Ortosiponin 2.9063 2.9805 3.1265 2.7880 9 Kaemferol 3.1660 3.0552 2.4193 Met522 Ser530 Gln192 Tyr385 Phe518 Gly526 Ser530 Ligan Ligan Ligan Ligan Target Ligan Ligan -OH pada C9 -OH pada C13 -OH pada C2 -OH pada C16 -OH pada C2 -OH pada C15 -OH pada C16 O4 O2 O 18 O 12 O 18 O 11 O 12 O 704 O 826 O 183 O 520 N 643 O 772 O 826 -2.0000 -2.0000 -1.8230 -2.0000 -1.5599 -2.0000 -0.7953 -8.1782 Arg513 Val523 Ala527 Ser530 Tyr355 Tyr385 Target Ligan Target Ligan Ligan Ligan -OH pada C36 -OH pada C24 -OH pada C24 -OH pada C23 -OH pada C15 -OH pada C13 O 40 O 28 O 28 O 27 O1 O2 N 608 O 721 N 773 O 826 O 405 O 520 -2.0000 -1.6468 -2.0000 -1.1432 -2.0000 -2.0000 -8.0000 Ser530 His90 Arg120 Arg120 Arg120 Gln192 Tyr355 Phe518 His90 Arg120 Arg120 Ser353 Target Ligan Target Target Ligan Ligan Ligan Target Ligan Target Target Ligan -OAc pada C2 -OH pada C15 -OH pada C1 -OH pada C7 -OH pada C1 -OH pada C16 -OH pada C7 -OH pada C16 -OH pada C36 -O (piran) -O (piran) -OH pada C37 O 10 O 20 O 11 O 12 O 11 O 19 O 11 O 19 O 40 O7 O7 O 39 O 826 N 60 N 164 N 164 N 167 O 183 O 405 N 643 N 60 N 164 N 167 O 374 -2.0000 -2.0000 -0.0251 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -1.8449 -1.2604 -2.0000 -0.9802 -2.0000 -13.0306 -11.8700 Leu352 Lue352 Tyr385 Ligan Ligan Target -OH pada C2 -OH pada C12 -OAc pada C2 O 16 O 17 O 10 O 355 O 355 O 520 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -4.0000 Arg120 Ser353 Arg120 Arg120 Target Ligan Target Target -OCH3 pada C20 -OH pada C2 -OAc pada C6 -OAc pada C6 O 21 O 24 O 18 O 18 N 167 O 374 N 164 N 167 -0.5188 -2.0000 -0.3254 -1.8381 -6.1635 Ser353 Arg120 Arg120 Arg120 Tyr385 Met522 Val523 Ser530 His90 Arg120 Ligan Target Target Target Ligan Ligan Ligan Ligan Ligan Target -NH pada S -OAc pada C21 -OAc pada C21 -O (furan) -OH pada C3 -OH pada C4 -OH pada C4 -OH pada C3 -OH pada C2 -OCH3 pada C20 N 18 O 17 O 23 O 23 O 19 O 22 O 22 O 19 O 24 O 21 O 374 N 164 N 164 N 164 H1 O 704 O 721 O 826 N 60 N 164 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -0.7782 -1.3238 -1.5672 -1.2407 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -6.5188 -10.9099 Atom ID Asam Amino Donor Gugus yang terikat ligan His90 Ligan -NH pada S N 18 residu N 60 Energi ikatan (Kkal/mol) Energi ikatan -2.0000 -4.0000 Total energi (G)

Mukhtasyam Zukhrullah , Kajian Beberapa Senyawa Antiinflamasi : Docking Terhadap COX-2 secara in silico

43

Atom ID No. Nama senyawa Ikatan Hidrogen ( ) Asam Amino Donor Gugus yang terikat ligan residu

Energi ikatan (Kkal/mol) Energi ikatan -2.0000 -1.3714 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -1.3410 -1.8217 -0.0513 -1.3122 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -1.8450 -1.8450 -2.0000 -1.7809 -2.0000 -6.9411 -2.0000 -1.1602 -2.0000 -0.6087 -2.0000 -2.0000 -0.2468 -2.0000 -2.0000 -2.4602 -0.4602 -2.0000 -4.0000 -2.0000 -2.0000 -4.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -1.1886 -2.0000 -1.1478 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -1.6410 -3.0427 -1.4017 -9.1478 -9.1890 -4.2468 -4.6087 -7.8450 -17.8976 Total energi (G)

2.6116 3.1943 2.9986 2.8859 2.8556 10 Barbaloin 2.5011 3.1267 2.3077 3.2032 2.9566 2.7006 2.7808 3.0721 11 Kuersetin 3.1232 3.1232 2.9675 3.1329 2.8452 12 Pisalin 2.9987 3.2260 2.9253 13 Lucidon 3.3087 2.8084 3.0007 14 Diosgenin 3.3630 3.0299 2.8370 15 Mollugin 3.3310 3.0460 16 Chrysin 3.0049 2.7552 17 Sedanoline 2.8314 2.8514 2.8487 18 Isoliquiritin apioside 2.9057 3.2217 3.0105 3.2278 2.9190 19 Mangostin- 2.8204 3.0768 3.0037 2.5462 20 Mangostin- 3.1898

Arg120 Arg120 Tyr355 Tyr355 Tyr385 Met522 Met522 Val523 Ala527 Ser530 Ser530 His90 Gln192 Phe518 Phe518 Ser530 Arg120 Arg120 Tyr355 Arg513 Val349 Ser353 Met522 Arg120 Arg120 Trp387 Tyr355 Arg120 Tyr385 Ser530 Tyr385 Ser530 Arg120 Tyr385 Met522 Ala527 Ser530 Arg120 Arg120 Tyr355 Tyr385 Ser530 Tyr355 Met522

Target Target Ligan Ligan Ligan Ligan Ligan Ligan Target Ligan Ligan Ligan Ligan Target Target Ligan Target Target Target Ligan Ligan Target Ligan Target Target Target target either Target Target Target Target Target Ligan Ligan Ligan Ligan Target Target Ligan Ligan Ligan Ligan Ligan

-OH pada C16 -OAc pada C10 -OH pada C4 -OH pada C4 -OH pada C20 -OH pada C22 -OH pada C19 -OH pada C23 -OH pada C23 -OH pada C20 -OH pada C12 -OH pada C13 -OH pada C12 -OH pada C12 -OH pada C12 -OH pada C8 -OH pada C24 -OH pada C17 -O (piran) -OAc pada C12 -OH pada C10 -OAc pada C1 -OH pada C21 -O (piran) -O (piran) -OH pada C27 -OH pada C1 -OH pada C1 -OH pada C13 -OH pada C13 -OAc pada C8 -OAc pada C8 -OH pada C11 -OH pada C31 -OH pada C21 -OH pada C12 -OH pada C31 -OH pada C12 -OH pada C12 -OH pada C12 -OH pada C8 -OH pada C8 -OH pada C1 -OH pada C14

O6 O5 O5 O7 O4 O1 O3 O1 O1 O4 O8 O 21 O 20 O 20 O 20 O 17 O9 O9 O5 H 59 O (8) O (8) O1 O1 O1 O2 O 18 O 15 O 17 O 17 O9 O9 O 26 O 36 O 34 O 25 O 36 O 14 O 14 O 14 O 22 O 22 O 21 O 20

N 164 N 167 O 405 O 405 O 520 O 704 O 704 O 721 N 773 O 826 O 826 N 60 O 183 N 38 N 38 O 826 N 164 N 167 N 773 O 826 O 305 N 369 N 704 N 164 N 167 N 534 O 405 N 164 O 520 O 826 O 520 O 826 N 164 O 520 O 704 O 778 O 826 N 164 N 167 O 405 O 520 O 826 O 405 O 704

44

Majalah Farmasi dan Farmakologi , Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm. 37 44

No.

Nama senyawa

Ikatan Hidrogen ( ) 3.2124 2.8601

Atom ID Asam Amino Donor Gugus yang terikat ligan O1 O1 O1 O5 O5 O 23 O 21 O 28 O 17 O 16 O 14 O 19 residu O 164 O 167 O 405 O 520 O 826 N 164 O 405 O 826 N 164 N 167 O 355 O 405

Energi ikatan (Kkal/mol) Total Energi energi ikatan (G) -1.2572 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -2.0000 -1.3944 -2.0000 -2.0000 -0.6305 -5.8025 -1.1715 -2.0000 -5.9344 -9.2572

Arg120 Arg120 Tyr355 Tyr385 Ser530 Arg120 Tyr355 Ser530 Arg120 Arg120 Leu352 Tyr355

Target Target Ligan Ligan Ligan Target Ligan Ligan Target Target Ligan Ligan

-OH pada C11 -OH pada C11 -OH pada C11 -OH pada C3 -OH pada C3 -OH pada C4 -OAc pada C8 -OH pada C1 -OH pada C1 -OAc pada C7 -OH pada C13 -OH pada C5

21

Mangostin-

2.8046 2.9155 3.0314 3.0948

22

Gertanin

2.5092 2.9180 2.9789 3.3054

23

Emodin 2.4757 2.7252

DAFTAR PUSTAKA 1. Ganiswarna, S.G., 2007, Farmakologi dan Terapi. ed. 7. Universitas Indonesia Press. Jakarta, hal. 230 2. Zullies, I., Agung, E.N., dan Widyah, A., 2006. Penekanan Ekspresi Enzim COX-2 pada Kultur Sel Raji oleh Ekstrak Kloroform Daun Cangkring (Erythrinafusca Lour.), Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta. 17 (2). hal. 85-90 3. Gehan, H.H., Ghaneya, S.H., Nahla, A.F., and Amal, Y., 2011, Design, Synthesis, and Docking Studies of Novel Diarylpyrazoline and Diarylsoxazoline Derivatives of Expected Antiinflammatory, and Analgesic Activities. Life Science Journal. Vol 8(1).pp.487-496 4. Quinion, M., 2011, World Wide Words : In Silico. [Serial on the internet]. 2006. Available from:http://www.worldwidewords.org/weirdword s/ww-ins1.html.accessed at 1 May 2011. 5. Kroemer R.T., 2003, Molecular Modelling Probes : Docking and Scoring. J. Biochemical Society, 31(5). pp.980-981. 6. Shoichet, B.K., 2004, Virtual screening of Chemical Libraries. Nature. Vol.432. pp. 862-865 7. Schapira, M., et al., 2003, Making virtual screening a reality. PNAS. Vol. 100.pp.7354 7359 8. Bissantz, C., Folkers, G., Rognan, D., 2000, Protein-based virtual screening of chemical databases. Evaluation of different docking/ scoring combination. J. Med. Chem. Vol. 43. pp.4759-4767

9. Barnard, M.J., and Drowns, M.G., 1998, Modelling scene illumination colour for computer vision and image reproduction: A survey of computational approach. J. Chem. Inf. Comput. Sci. Vol. 38. pp.983-996 10. Bender, A., and Glen, C.R., 2005, A discussion of measure of enrichment in virtual screening: Comparing the information content of descriptors with increasing levels of sophistication. J. Chem. Inf. Model. 2005. Vol 45. pp. 1369-1375 11. Kurumbail, R.G., et al.,1996, Cyclooxygenase-2 (Prostaglandin Synthase-2 Complexed with a Selective Inhibittor), SC-558 IN I222 Space Goup.1996. Available from: http://www.pdb.org/ pdb/explore/explore.do?structureId=6COX Accessed at 1 may 2011 12. Prasojo, S.L., et al., 2010, Docking of 1-phenilsulfonamide-3-trifluoromethyl-5-parabromophenyl-pyrazole to cyclooxygenase-2 using PLANTS. Indo J. chem. Vol 10 (3). pp 348-351 13. Jutti, L., Asari N., Abdul, M., and Slamet, I., 2010, Andrograpolide Inhibits COX-2 Expression in Human Fibroblast Cell Due to its Interaction with Arginine and Histidine in Cyclooxygenase Site. Asian Network For Scientific Information. Indonesia. Vol. 10.pp.1481-1484 14. Bissantz, C., et al., 2010, A Medicinal Chemists Guide to Molecular Interactions. J. Med. Chem. 2010. XXXX, XXX, 000000