Anda di halaman 1dari 155

APLIKASI MIKROBA PADA TANAMAN PAKAN (PERTANIAN ORGANIK)

An Overview metabolism metabolism


the sum total of all chemical reactions occurring in the cell
Metabolism: The processes of catabolism and anabolism Catabolism: The processes by which a living organism

obtains its energy and raw materials from nutrients Anabolism: The processes by which energy and raw materials are used to build macromolecules and cellular structures (biosynthesis)
catabolism
Complex molecules Simple molecules

ATP

[H]

anabolism

Microbial Metabolism
A.

Basic Concepts of Metabolism (redox, enzymatic


pathway, cofactor, hydrolitic, atp )

B.

C.
D. E. F.

Glycolytic Pathways Fermentation Respiration Photosynthesis Chemolithotrophy

EKOSISTEM TANAH DAN TANAMAN A. Rantai Makanan Dalam Ekosistem


Lintasan Energi

Cahaya

Ekosistem Tanah - Tanaman

Panas/E

Lintasan Substansi

Bahan

Ekosistem Tanah Tanaman


Biotik Abiotik

Bahan

Produsen & Penghancur


Mikrobiol/S1/SAN

Padat (mik+bo) Cair (air tnh) Gas (pori tnh)

(MIKROBA) ~ (TANAH-TANAMAN-UDARA)

1. BIOCOMPOSTING BIOCONVERTION, BIODEGRADATION 2. BIOFERTILIZER BIOCONVERTION, ENZYMETRIC 3. BIOCONTROL AGENT PATHOGENICS ENEMY 4. BIONUTRICONVERTION BIOCONVERTION 5. BIOREMEDIATION BIOCONVERTION
_ _

BIOCOMPOSTING (KOMPOS HAYATI)


CONCEPT: BIOCONVERTION & BIODEGRADATION

BIOFERTILIZER (PUPUK HAYATI)

Peranan Mikroba dalam Siklus N


Siklus Nitrogen dalam Tanah
A = Amoniasi dan Mineralisasi, B = Imobilisasi, C = Nitrifikasi, D = reduksi Nitrat dan Imobilisasi, E = Denitrifikasi, F = Fiksasi N Simbiotik, G = Fiksasi N Non Simbiotik, H = Pengeluaran N Humus, Sel Mikrobia
H H F H Khewan A

N2 E NO3-

Tanaman

G D
C NH3

Mikrobiol/S1/SAN

C.3. Peranan Mikroba dalam Siklus N


Siklus Nitrogen dalam Tanah
Amoniasi = proses pembentukan amoniak Mineralisasi = dekomposisi senyawa N-0rg menjadi senyawa Ninorg Nitrifikasi = proses okdisasi mikrobial NH4+ dan N-org menjadi NO2- dan NOMineralisasi = fiksasi N-inorg menjadi bahan mineral dan BO, mis. Humus dll. Denitrifikasi = pengubahan nitrat kembali menjadi bentuk inorg Fiksasi N Simbiotik = fiksasi N2 langsung oleh mikroba simbiotik Fiksasi N Non Simbiotik = fiksasi N2 langsung oleh mikroba non simbiotik

Mikrobiol/S1/SAN

PENAMBATAN (FIKSASI) N SECARA BIOLOGI (NONSIMBIOTIK DAN SIMBIOTIK)


INPUT OUTPUT NITROGEN TANAH
Hujan (NO3- dan NH4+) Pupuk (Organik dan Inorganik)
INPUT

Lucutan Listrik
Fiksasi N Sec.Biologi

NITROGEN TANAH
OUTPUT

Pencucian
Mikrobiol/S1/SAN

Diambil Tanaman

Denitrifikasi

1. Penambatan N Nonsimbiotik
SUMBER ENERGI
Organotrof

KELOMPOK
- Aerobik -Aerobik Fakultatif - Anaerobik - Genetically E. - Rhizosfer
-Ungu Nonsulfur - Sulfur Ungu - Sulfur Hijau - Sianobakteria

GENUS
- Azotobacter, Beijerinchia, Derxia, Rhizobium - Bacillus, Klebsiella, Azospirillum, Thiobacillus - Clostridium, Desulfofibrio -Salmonella, Escherichia, Serratia - Azospirillum, Azotobacter, Bacillus -Rhodopsudomonas, Rhodomicrobium - Chromatium, Ectothiorhospira - Chlorobium - Nostoc, Trichodesmium, Anabaena, Gloeothece -Klebsiella, Beijerinchia - Rhizobium -Rhizobium, Frankia, Nostoc -Nostoc, Stignonema, Colotrix - Nostoc -Halosiphon - Nostoc - Anabaena - Nostoc
Mikrobiol/S1/SAN

Fotosintetik (Free Living)

Non Nodule

Fotosintetik (Berasosiasi)

-Phyllofer - Legume - Nonlegume -Lichens - Liverworts - Mosses - Gymnosperm/Cucas - Watersperm/Azolla -Endocymoses/Oocystic

1. Penambatan N Nonsimbiotik (Reaksi Kimia)


a. Amonifikasi = Proses pembentukan amonium oleh mikrobiota b. Nitrifikasi = Proses pembentukan nitrat dan atau nitrit secara hayati dari senyawa-senyawa yang mengandung N tereduksi
NH4+ + 1.5 O2 NO2- + 1.5 O2
Nitrozomonas
Nitrobacter

NO2- + 2H+ + H2O + 66 kal NO3- + 17.5 kal


Nitrospira,

Nitrosococcus, Nitrosocystis, dsb.

c. Denitrifikasi = Proses reduksi nitrat menjadi amonium atau N2


Pseudomonas, Bacillus, Paracoccus, Thiobacillus denitrificaus, Chromobacterium, Serratia

NO3-

NO2NO2-

NO

N2O

NO2N2
Mikrobiol/S1/SAN

Uji Aktivitas Mikrobiota by Ukur Produk N2 (C2H2)


a. Metode Kjeldahl (Penentuan kadar N media), kelamahannya = tidak mampu mendeteksi kadar N rendah.

b. Metode Gasometrik (mengukur kadar gas N2 yang timbul) c. Metode Radioisotop


15N

(sangat sensitif, tetapi mahal)

d. Uji Reduksi Asetelena, dengan prinsip bahwa : Mikroorganisme yang dapat mereduksi N2 (N=N, ikatan tiga) juga dapat mereduksi asetelina (HC= CH), lalu dikuantifikasikan dengan metode kromatografi gas.

N= N

Reduksi

2 NH3; HC = CH
Asetelina

Reduksi

H2C = CH2

Faktor yang mempengaruhi Fiksasi N2


Fisik & Kimia Tanah ~ Ketersediaan N2 dan Nutrien Anorganik (NH4 & NO3), ~ Sumber energi, pH, Kelembaban dan Suhu

2. Penambatan Nitrogen Simbiotik


Fiksasi N2 Simbiotik = Penambatan nitrogen melalui simbiosis antara tanaman dengan mikrobiota (enzim nitrogenase, biasanya golongan bakteri Rhizobium dan Bradyrhizobium) dengan/tanpa membentuk nodule/bintil akar (famili leguminoceae/non legum) CIRI PEMBEDA
1. 2. 3. 4. Tanaman inang utama yang diinokulasi Kecepatan tumbuh pada media agar-manitol-kamir Reaksi metabolisme dalam manitol-garam % G-C dalam DNA-nya

Rhizobium
-Pepolongan subtropis - Cepat - Asam -60

Bradyrhizobium
-Pepolongan tropis - Lambat - Basa -M - 63

Mikrobiol/S1/SAN

2. Penambatan Nitrogen Simbiotik (Proses Infeksi)


1.
2.

3.

4. 5.

Kemotaksis non spesifik Rhizobium ke arah risosfer, disebabkan oleh eksudat akar, selanjutnya Rhizobium berkembang disini. Melekatnya Rhizobium (attachment) pada akar pepolongan, melalui situs-situs reseptor komplementor pada ujung akar tanaman-denganheteropolisakarida homolog bakteri. Disinilah kunci kekhususan jenis Rhizobium dengan inang, artinya setiap tanaman biasanya diinfeksi oleh jenis Rhizobium tertentu pula. Penyimpangan bentuk akar (pertumbuhan akar sedikit dihambat dengan meblok proses mitosis, sehingga akar melengkung), dan poripori akar membesar, dan Rhizobium siap menginfeksi. Rhizobium menginfeksi pada lapisan cortex (ujung akar tumbuh melengkung seperti tongkat gembala). Rhizobium membentuk bakteroid, dan siap bersimbiosis dengan tanaman inang dalam membantu fiksasi N2 secara langsung dari udara (tanah).

Mikrobiol/S1/SAN

Vascular Bundles

Nodule Cortex

Sclerenchyma

Rhizobium Filled Cells >25,000 per cell

Nodule Cross-Section

Nodule Formation
1. Rhizobia attracted to root
2. Rhizobia attach to root hairs 3. Root hair curling

4. Infection thread formation

Nodule Formation
5. Root cortical cell division 6. Rhizobia invade cortical cells 7. The nodule grows
8. Fully functional nodule

1: Rhizobia attracted to root

1. Rhizobia attracted to root

Legume roots exude flavonoids (Soybean exudes the isoflavone genistein) Rhizobia are attracted to flavonoids

Petri dish contains a bacterial lawn

Bacteria turn blue when a reporter gene is switched on by plant exudates (flavonoids)

2. Rhizobia attach to root hairs


Rhizobia

Root Hair
10 mm

2. Rhizobia attach to root hairs


Deformed root hairs Curled root hair

Vascular bundle

3. Root hair curling

50 mm

4. Rhizobia infect root hair


Root Hair

Root Hair Curling Rhizobia

Infection Thread Infection Pocket

Legume Root

Vascular Bundle

4. Rhizobia infect root hair

50 mm

5. Root cortical cells divide

100 mm

5. Root cortical cells divide

100 mm

6. Rhizobia invade cortical cells

50 mm

7. The nodule grows

2-4 mm

Nodulation Timeline

Roots

Inoculation (day 0)

1-2 days post inoculation (dpi)

4 dpi

4-6 dpi

10 dpi

3 weeks pi

2. Penambatan Nitrogen Simbiotik (Reaksi Kimia)


Infektifitas = kemampuan suatu bakteri bintil akar untuk menodulasi suatu inang tertentu (diukur dengan banyaknya bintil akar /nodul yang terbentuk). Efektifitas = kemampuan relatif suatu asosiasi antara tumbuhan dan bakteri untuk mengassimilasi N2 (diukur antara lain : (1) kadar heme (pengikat O2 di bakteroid), (2) jumlah N2 yang difiksasi, (3) rasio antara jumlah bintil akar dengan dengan dengan N2 yang difiksasi dan (4) jumlah legH. Reaksi kimia fiksasi (gabungan aktivitas (a) nitrogenase dan (b) hidrogenase pada bakteroid)

(a). N2 + 6 + 12 ATP + 8 H (b). 2 H + + 2 e - + 4 ATP N2 + 8 e - + 16 ATP + 10 H +

e-

Mg+2 Mg+2 Mg+2

2 NH4 + + 12 ADP + 12 Pi H2 + 4 ADP + 4 Pi 2 NH4 + H2 + 16 ADP +16 Pi

Mikrobiol/S1/SAN

2. Penambatan N2 Selain Legum/Polong-polongan (Membentuk Nodul Juga)


BEBERAPA TUMBUKAN BUKAN POLONG/LEGUM YANG MENAMBAT NITROGEN MAMPU

ORDO
-Corialiales - Rosales

FAMILI
-Coriariaceae - Rasaceae

GENUS
-Coriaria - Cercocarpus, Dryas dan Purshia - Comptonia, Gale dan Myrica - Alnus -Casuarina - Elaeagnus, Hippophae dan Sherpherdia

- Myricales - Fagales - Casuarinales - Rhamales

- Myricaceae - Betulaceae - Casuarinaceae - Elaeagnaceae


- Rhmaceae

- Ceanothus dan Discaria


Mikrobiol/S1/SAN

Peranan Mikroba dalam Siklus FOSFOR


Siklus Fosfor dalam Tanah
A = Pemanfaatan oleh mikrobia, B = Lisis/Enzimatik, C = Pelepasan dari Residu TanKhewan, D = Transfer oleh mikoriza, E = transfer karena pencucian, F = Pengambilan oleh Tan-Khewan, G = Pelarutan non biologik, H = Pengendapan nonbiologik

P Inorganik Padat (Terjerap atau Mineral) G H

P Inorganik Larutan (H3PO4, HPO4, H2PO4, PO4, Kompleks Fe-P dan Al-P) A
B F E D C P Tanaman dan khewan (Organik atau Iorganik)
Mikrobiol/S1/SAN

P dalam Mikrobia, Organik, Iorganik, Humus

C.4. Peranan Mikroba dalam Siklus FOSFOR


Siklus Fosfor dalam Tanah

Mikrobiol/S1/SAN

MIKORIZA DAN PERANANNYA PADA TANAMAN PAKAN


Mikoriza = bentuk hubungan simbiosis mutualisme antara cendawan (mykes) dengan perakaran (rhiza) tanaman
MACAM
Ektomikoriza

CARA INFEKSI
Menempel pada permukaan dinding sel akar sampai intraselluler korteks Masuk ke dalam protoplasma sel jaringan korteks inang Gabungan Endomikoriza dan Ektomikoriza

STRUKTUR
Hifa membentuk jaring-jaring hartig, kadang menonjol sbg rhizomorphs Struktur khusus: Arbuskula dan Vesikula (ukuran lebih besar & sbg tempat simpan) Gabungan Endomikoriza dan Ektomikoriza

Endomikoriza

Ektendomikoriza

Mikrobiol/S1/SAN

EKTOMIKORIZA DAN PERANANNYA PADA TANAMAN PAKAN


Terdiri dari golongan Basidiomiseta (Boletus & Lactarus) dan golongan Hymenomiseta (Pisolithus, Rhizopogon dan Scleroderma) Bukan simbion obligat (artinya dapat tumbuh tanpa adanya inang), zat-zat yang dibutuhkan untuk hidupnya antara lain berupa gula sederhana, Vit-B, Biotin dan senyawa organik sederhana (as.sitrat, malat, fumarat dll.).
Proses infeksi tergantung pada infeksifitas dan efektifitas serta kondisi fisiologis akar: (1) terjadi karena adanya persaingan antara akar yang bermikoriza dengan yang tidak dan (2) terjadi pada anakan/semaian tanaman pada tanah yang mengandung hifa/spora mikoriza.
Mikrobiol/S1/SAN

EKTOMIKORIZA DAN PERANANNYA PADA TANAMAN PAKAN


1. Meningkatkan serapan unsur hara (makro dan mikro), khususnya P karena: (a) hifa mikoriza meningkatkan permukaan absorpsi akar, (b) meningkatkan konsumsi oksigen inang dan (c) mempunyai enzim phosphatase yang dapat membantu serapan P.

2.

Meningkatkan ketahanan terhadap kekeringan, karena hifa mikoriza meningkatkan luas permukaan basorpsi air

3. Meningkatkan inang terhadap serangan patogen, karena: (a) hifa berfungsi sebagai pelindung fisik untuk masuknya patogen, (b) hampir kelebihan/eksudasi akar dimanfaatkan oleh mikoriza sehingga tidak cocok untuk hidupnya patogen, (c) Mikoriza mampu melepas antibiotika yang dapat mematikan patogen.

4. Memproduksi hormon tumbuh (auksin, sitokinin dan gibberelin).


5. Penyeimbang lingkungan (rantai makanan terjamin)
Mikrobiol/S1/SAN

TEKNIK INOKULASI DAN APLIKASI EKTOMIKORIZA PADA TANAMAN PAKAN


Teknik Inokulum Tanah : (a) menggunakan tanah yang telah terinfeksi mikoriza dengan perbandingan 1:4 sampai 1:10 terhadap tanah yang tidak terinfeksi; (b) tanah harus dijaga kelembabannya dan secepatnya digunakan.
Teknik Inokulum Dari Anakan Yang Bermikoriza (mother trees technique) dengan cara menumbuhkan anakan bermikoriza berdampingan dengan anakan yang belum bermikoriza (1-2m). Teknik Inokulum Dari Akar Yang Bermikoriza (rhizos technique) dengan cara mencampurkan 1 kg akar bermikoriza dengan 1 m3 tanah/media tanam. Teknik Inokulum dengan Biakan Murni (isolat-isolat mikoriza) melalui : (a) suspensi spora mikoriza dan (b) kapsul mikoriza (spora kering+tepung kayu diselimuti gelatin kapsul)
Mikrobiol/S1/SAN

ENDOMIKORIZA DAN PERANANNYA PADA TANAMAN PAKAN


Terdiri dari golongan hifa bersekat (Basidiomiseta atau Ascomiseta) dan golongan tak bersekat (Zygomiseta, golongan terbesar dan dikenal sebagai VAM). Bukan simbion obligat (artinya dapat tumbuh tanpa adanya inang), zat-zat yang dibutuhkan untuk hidupnya antara lain berupa gula sederhana, Vit-B, Biotin dan senyawa organik sederhana (as.sitrat, malat, fumarat dll.).
Proses infeksi tergantung pada infeksifitas dan efektifitas serta kondisi fisiologis akar: (1) terjadi karena adanya persaingan antara akar yang bermikoriza dengan yang tidak dan (2) terjadi pada anakan/semaian tanaman pada tanah yang mengandung hifa/spora mikoriza.
Mikrobiol/S1/SAN

Vesikula Arbuskula Mikoriza DAN SEBARANNYA PADA TANAMAN PAKAN


Golongan tumbuhan/tanaman Graminae (rumput pakan) dan Legume (Centrocema, Stylosanthes, Trifolium, Leucaena dll.) umumnya bermikoriza.
Diklasifikasikan ke dalam 4 genus berdasarkan ciri-ciri bentuk spora yang dibentuknya dan susunan spora dalam sporokarpnya : (a) Glomus, (b) Gigaspora, (c) Acaulospora dan (d) Sclerocystis.

Diagram interaksi (tanah-tanaman-mikoriza) kontribusi mikoriza terhadap pengambilan fosfor, sebagai bukti simbiosis mutualisme antara mikoriza dengan tanaman dan lingkungannya
Mikrobiol/S1/SAN

INTERAKSI MIKORIZA-TANAMAN-TANAH
TANAMAN
E F

CENDAWAN
C

TANAH

A = Serasah dan eksudasi; B,C, E = Fosfor dan hara lainnya, D = Agregasi tanah (fisik tanah), F = Gula sederhana, Vit-B, Biotin dan senyawa organik sederhana (as. Sitrat, malat, fumarat, fulfat dll.
Mikrobiol/S1/SAN

Vesikula Arbuskula Mikoriza DAN PERANANNYA PADA TANAMAN PAKAN


1. Meningkatkan serapan unsur hara (makro dan mikro), khususnya P karena: (a) hifa mikoriza meningkatkan permukaan absorpsi akar, (b) meningkatkan konsumsi oksigen inang dan (c) mempunyai enzim phosphatase yang dapat membantu serapan P.

2.

Meningkatkan ketahanan terhadap kekeringan, karena hifa mikoriza meningkatkan luas permukaan basorpsi air

3. Meningkatkan inang terhadap serangan patogen, karena: (a) hifa berfungsi sebagai pelindung fisik untuk masuknya patogen, (b) hampir kelebihan/eksudasi akar dimanfaatkan oleh mikoriza sehingga tidak cocok untuk hidupnya patogen, (c) Mikoriza mampu melepas antibiotika yang dapat mematikan patogen.

4. Memproduksi hormon tumbuh (auksin, sitokinin dan gibberelin).


5. Penyeimbang lingkungan (rantai makanan terjamin)
Mikrobiol/S1/SAN

BIOCONTROL (BIOPESTICIDES/PESTISIDA HAYATI)

par

pre

par

par

pre

pat

pat

par

pat

pre

pat

pre

BIONUTRICONVERSION (KONVERSI HARA HAYATI)

PERANAN MIKROBA TANAH DALAM SIKLUS MINERAL


A. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus SULFUR B. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus FOSFOR C. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus BESI dan MANGAN D. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus NITROGEN E. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus KARBON Pengaruh Mikroba Tanah yang ASOSIATIF dan ANTAGONISTIK G. DETERIORASI dan KOROSI

F.

Mikrobiol/S1/SAN

1. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus S


Reaksi-Reaksi dalam Siklus S
* BENTUK SENYAWA ORGANIK S DALAM TANAH: Sulfat (SO42-); Sulfit (SO32-); Thiosulfat (S2O32-); S (unsur sulfur) dan S2- (sulfida) 1. Transformasi Inorganik:

SO4

2-

Anaerobik, Reduksi Aerobik, Oksidasi

S2S-OS + R-SH

2. Transformasi Organik: 3. Transformasi Fotosintetik:

SO42-

H2S + CO2

S + (CH2O)n

4. Mineralisasi = pengubahan s.organik menjadi s.inorganik 5. Reduksi = Desulfuromonas acetoxidans, Desulfobacter curvatus, Desulfobacterium
thermoautotrophicum, D. vacuolatum, Desulfococcus multivorans, Desulfosarcina variabilis, Desulfovibrio gigas, D. vulgaris dan Desulfomonas pigra

6. Oksidasi = Bakteri sulfur ungu (Rhodospirillum, Rhodopseudomonas), Bakteri sulfur

hijau (Chlorobium), Bakteri mesofil (Thiobacillus ferrooxidans, Leptospirillum ferrooxidans).

Mikrobiol/S1/SAN

1. Peranan Mikroba Tanah dalam Siklus S


Peranan Mikroba dalam Siklus Sulfur

Mikrobiol/S1/SAN

2. Peranan Mikroba dalam Siklus FOSFOR


Siklus Fosfor dalam Tanah
A = Pemanfaatan oleh mikrobia, B = Lisis/Enzimatik, C = Pelepasan dari Residu TanKhewan, D = Transfer oleh mikoriza, E = transfer karena pencucian, F = Pengambilan oleh Tan-Khewan, G = Pelarutan non biologik, H = Pengendapan nonbiologik

P Inorganik Padat (Terjerap atau Mineral) G H

P Inorganik Larutan (H3PO4, HPO4, H2PO4, PO4, Kompleks Fe-P dan Al-P) A
B F E D C P Tanaman dan khewan (Organik atau Iorganik)
Mikrobiol/S1/SAN

P dalam Mikrobia, Organik, Iorganik, Humus

2. Peranan Mikroba dalam Siklus FOSFOR


Siklus Fosfor dalam Tanah

Mikrobiol/S1/SAN

3. Peranan Mikroba dalam Siklus C+O


Reaksi Karbon dan Oksigen dalam Tanah
A = Fotosintetik, B = Respirasi, C = Fiksasi Mikroba Autotrof, D = Dicerna, Dekomposisi Substansi Mati dan F = Transfer C oleh Mikrobia E=

CO2 Atmosfer (Teoksidasi)


C B

A
B E F

C Tanah (teroksidasi Sebagian) Sel Mikrobia, Residu Terlapuk (Teroksidasi Sebagian) E D

C-Tanaman (tereduksi)

C-Khewan (Tereduksi)

Mikrobiol/S1/SAN

3. Peranan Mikroba dalam Siklus C+O


Peranan Mikroba dalam Siklus Karbon dan Oksigen

Mikrobiol/S1/SAN

4. Peranan Mikroba Penghasil Enzim


Jenis Mikroba dalam Konversi Senyawa Organik (Enzimatis)
ENZIM SUMBER MIKROBIA Aspergillus niger, Bacillus substilis, Bacillus. Licheniformis

- Amilase

- Glukonase
Selulase

Aspergillus sp., Bacillus amyloliquefaciens


Aspergillus sp., Trichoderma reesei

Dekstranase
Glukoamilase

Penicillin sp.
Aspergillus niger, Rhizopus sp.

Hemiselulase
Laktase

Aspergillus niger
Aspergillus niger

Lipase Mutanase
Pektinase

Aspergillus sp., Candida cylindraceae, Mucor miechei, Rhizopus sp. Trichoderma sp.
Aspergillus sp., Rhizopus sp.

Protease Pululanase

Aspergilus niger, A. oryzae, Rhizopus sp., B. substilis, B. alkalophilie Klebsiella aerogenes

5. Peranan Mikroba dalam Siklus N


Siklus Nitrogen dalam Tanah
A = Amoniasi dan Mineralisasi, B = Imobilisasi, C = Nitrifikasi, D = reduksi Nitrat dan Imobilisasi, E = Denitrifikasi, F = Fiksasi N Simbiotik, G = Fiksasi N Non Simbiotik, H = Pengeluaran N Humus, Sel Mikrobia
H H F H Khewan A

N2 E NO3-

Tanaman

G D
C NH3

Mikrobiol/S1/SAN

5. Penambatan N Nonsimbiotik (Reaksi Kimia)


a. Amonifikasi = Proses pembentukan amonium oleh mikrobiota b. Nitrifikasi = Proses pembentukan nitrat dan atau nitrit secara hayati dari senyawa-senyawa yang mengandung N tereduksi
NH4+ + 1.5 O2 NO2- + 1.5 O2
Nitrozomonas
Nitrobacter

NO2- + 2H+ + H2O + 66 kal NO3- + 17.5 kal


Nitrospira,

Nitrosococcus, Nitrosocystis, dsb.

c. Denitrifikasi = Proses reduksi nitrat menjadi amonium atau N2


Pseudomonas, Bacillus, Paracoccus, Thiobacillus denitrificaus, Chromobacterium, Serratia

NO3-

NO2NO2-

NO

N2O

NO2N2
Mikrobiol/S1/SAN

51. Penambatan N Nonsimbiotik


SUMBER ENERGI
Organotrof

KELOMPOK
- Aerobik -Aerobik Fakultatif - Anaerobik - Genetically E. - Rhizosfer
-Ungu Nonsulfur - Sulfur Ungu - Sulfur Hijau - Sianobakteria

GENUS
- Azotobacter, Beijerinchia, Derxia, Rhizobium - Bacillus, Klebsiella, Azospirillum, Thiobacillus - Clostridium, Desulfofibrio -Salmonella, Escherichia, Serratia - Azospirillum, Azotobacter, Bacillus -Rhodopsudomonas, Rhodomicrobium - Chromatium, Ectothiorhospira - Chlorobium - Nostoc, Trichodesmium, Anabaena, Gloeothece -Klebsiella, Beijerinchia - Rhizobium -Rhizobium, Frankia, Nostoc -Nostoc, Stignonema, Colotrix - Nostoc -Halosiphon - Nostoc - Anabaena - Nostoc
Mikrobiol/S1/SAN

Fotosintetik (Free Living)

Non Nodule

Fotosintetik (Berasosiasi)

-Phyllofer - Legume - Nonlegume -Lichens - Liverworts - Mosses - Gymnosperm/Cucas - Watersperm/Azolla -Endocymoses/Oocystic

BIOREMEDIATION (PEMULIHAN HAYATI)

BIOREMIDIASI SENYAWA HIDROKARBON oleh MIKROBIA

SENYAWA ORGANIK
Senyawa bukan siklik (hidrokarbon alifatik)
Senyawa siklik - hidrokarbon alisiklik - hidrokarbon aromatik

Senyawa heterosiklik

KLASIFIKASI SENYAWA HIDROKARBON (1)

Hidrokarbon hidrokarbon alifatik, jenuh dan tak jenuh hidrokarbon alisiklik hidrokarbon aromatik hidrokarbon polisiklik aromatic (PAHs)
Senyawa terhalogenasi senyawa alifatik terhalogenasi senyawa aromatik terhalogenasi eter terhalogenasi senyawa terhalogenasi lainnya

KLASIFIKASI SENYAWA HIDROKARBON (2)

Asam dan Ester - asam-asam karboksilat - ester dari asam-asam karboksilat


Senyawa-senyawa lain yang mengandung Oxygen - keton - aldehida - eter - alkohol

Senyawa-senyawa lain

CONTOH STRUKTUR SENYAWA ORGANIK

Hidrokarbon aromatik Alkana

Hidrokarbon polisiklik aromatik

Cincin benzenoid tipe bifenil

Senyawa nitro

Organohalida

KECEPATAN DEGRADASI SENYAWA ORGANIK Kondisi


Aerobic 1 1 1 Anaerobic 1 2 to 4 3 to 4

Senyawa
Acetone BTEX PAHs

1. Cepat terdegradasi 3. Lambat terdegradasi

2. Agak lambat terdegradasi 4. Tidak terdegradasi

HIDROKARBON ALIFATIK

DEGRADASI HIDROKARBON ALIFATIK (JENUH MAUPUN TAK JENUH) DAN ALISIKLIK (1)

Senyawa alisiklik diubah menjadi senyawa alifatik Senyawa alifatik dioksidasi secara terminal maupun subterminal Oksidasi secara terminal menghasilkan alkohol primer (1-alkohol) Oksidasi secara subterminal menghasilkan alkohol sekunder (2-alkohol)

DEGRADASI HIDROKARBON ALIFATIK (JENUH MAUPUN TAK JENUH) DAN ALISIKLIK (2)

Oksidasi selanjutnya mengubah alkohol primer menjadi asam alkanoat (asam lemak) Asam alkanoat didegradasi melalui oksidasi seperti halnya asam lemak

OKSIDASI (BETA)

BTEX
Benzene, Toluene, Ethylbenzene, Xylene Hidrokarbon monoaromatik volatil Sering ditemukan bersama-sama dalam minyak bumi
Penyebab utama pencemaran lingkungan

OKSIDASI BTEX

MIKROBIOLOGI DEGRADASI BTEX SECARA AEROBIK


Genera utama: Pseudomonas, Burkhoderia, dan Xanthomonas Pseudomonas: kemoorganotrof, aerobik, bakteri berbentuk batang Diisolasi dari lingkungan tercmar Beberapa bersifat patogen 1968: Telah diisolasi beberapa galur Pseudomonas putida yang Tumbuh di etilbenzena, benzena, dan toluena Memiliki enzim toluena dioksigenase!

TOLUENE DIOXYGENASE

Mengkatalisis lebih dari 108 macam reaksi, termasuk

1. Senyawa aromatik monosiklik 2. Senyawa polisiklik aromatik 3. Senyawa aromatik terhubung (bifenil) 4. Senyawa lainnya

MIKROBIOLOGI DEGRADASI BTEX SECARA ANAEROBIK


Mikroorganisme yang mampu mendegradasi BTEX secara anaerobik
1. Pendenitrifikasi, misalnya Thauera aromatica 2. Pereduksi besi

3. Pereduksi sulfat, misalnya Desulfovibrio, Desulfobacter


4. Penghasil metana Biasanya memerlukan kerjasama beberapa jenis mikroorganisme

DEGRADASI BTEX SECARA ANAEROBIK

MINYAK BUMI DAN HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK LAINNYA


Karsinogen, mutagen
Proses degradasi lambat karena

Sifatnya hidrofobik, atau kelarutannya dalam air rendah


Terjerap kuat pada partikel tanah

acenaphthene

acenaphthylene
OH

fluoranthene

1)

1-acenaphthenol

PEMECAHAN HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK SECARA BERTAHAP MELALUI OXIDASI

acenaphthenol dehydrogenase

NAD+ NADH
O

1-acenaphthenone

acenaphthenequinone

*
O O O

HOOC

COOH abiotically (only in extraction process)

1,8-naphthalenedicarboxylic acid

1,8-naphthalenedicarboxylic acid anhydride


HOOC HO COOH

?
3-hydroxy-o-phthalic acid

MIKROBIOLOGI DEGRADASI HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK

Bakteri
Pseudomonas

Jamur
Phanerochaete Cunninghamella

Achromobacter
Arthrobacter Mycobacterium Flavobacterium Corneybacterium

Penicillium
Candida

Sporobolomyces
Cladosporium

Aeromonas
Anthrobacter

Rhodoccus
Acinetobacter

TIDAK SATUPUN MIKROORGANISME MAMPU MENGATASI SEMUA

Fenantrena Arthrobacter polychromogens, Mycobacterium sp., Phanerochaete chrysosporium dan Bacillus sp. Naftalena Bacillus sp., dan Phanerochaete chrysosporium Fluorantena dan pirena yang telah terdegradasi secara parsial Mycobacterium sp.

PEMECAHAN BERTAHAP HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK

Oksidasi parsial oleh jamur busuk putih (white rot fungi), mengubah hidrokarbon polisiklik aromatik menjadi lebih larut air dan tersedia bagi jasad hidup, bakteri kemudian melanjutkan proses degradasinya

JAMUR BUSUK PUTIH (White Rot fungi, Basidiomycota)

Merasmiellus troyanus, Pleurotus spp., Phanerochaete spp., Trametes versicolor Memiliki sistem ligninolitik Pembusukan dipercepat oleh adanya media tumbuh padat, misalnya seresah, yang berfungsi sebagai sumber karbon Penambahan surfaktan (Tween 80) Akan tetapi memunculkan masalah pembuangan limbahnya

STUDI KASUS: Phanerochaete chrysosporium

Mampu mendegradasi berbagai senyawa hidrofobik pencemar tanah yang persisten Kemampuan degradasi yang luas ditemukan di tahun 1980an Bukan mikroorganisme tanah sehingga tidak dikhawatirkan akan merajai lingkungan tanah Membutuhkan tambahan sumber C, misalnya tongkol jagung, gambut, cacahan kayu atau jerami Nisbah C:N=80:1 (jerami) hingg 350:1 (cacahan kayu) Peningkatan nisbah C:N di tanah kaya N mengubah lingkungan yang menguntungkan bagi P. chryososporium

OKSIDASI DAN PELARUTAN HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK OLEH Phanerochaete chrysosporium :

Peroksidase: lignin peroksidase (LiP), manganese-dependent peroksidase (MnP) and laccase (L) Reaksi keseluruhan: oksidasi hidrokarbon polisiklik aromatik oleh peroksidase menjadi quinon; dan dilanjutkan menjadi CO2 Hasil metabolisme seperti quinon 1000- to 100,000 x lebih larut daripada senyawa asalnya Antrasena dioksidasi menjadi 9,10-antraquinon kemudian menjadi asam ftalat Fenantrena dioksidasi menjadi 9,10-fenantrena quinon kemudian menjadi asam 1'1'-bifenil-2,2'-dikarboksilat (asam bifenit) Pirena dan benzo[]pirena dioksidasi secara parsial menjadi beberapa jenis isomer quinon

Dix and Webster, 1995

Dix and Webster, 1995

Dix and Webster, 1995

PERANAN JAMUR DALAM BIOREMEDIASI

Senyawa terklorinasi atau termetilasi dapat didegradasi oleh jamur terutama jamur pendegradasio lignin Dapat mendegradasi senyawa rekalsitran Mekanisme demetilasi dan/atau reduktif deklorinasi pemecahan cincin aromatic CO2 dan/atau CH4 dan CO2 sebagai hasil oksidasi akhir

JAMUR BUKAN PEMBUSUK PUTIH

Deuteromycota
Aspergillus

niger, Penicillium glabrum, P. janthinellum, zygomycete, Cunninghamella elegans stipitaria

Basidiomycete
Crinipellis

MEKANISME DEGRADASI HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK PADA JAMUR BUKAN PEMBUSUK PUTIH
Sistem enzim monooksigenase Sitokrom P-450 pada jamur bukan pembusuk putih memiliki kemiripan dengan sistem yang dimiliki mamalia langkah 1. pembentukan monofenol, difenol, dihidrodiol dan quinon langkah 2. terbentuk gugus tambahan yang larut air (misalnya sulfat, glukuronida, ksilosida, glukosida). Senyawa ini merupakan hasil detoksikasi pada jamur dan mamalia.

CONTOH DEGRADASI HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK OLEH JAMUR BUKAN PEMBUSUK PUTIH

bahan peledak pirena Crinipellis stipitaria 2,4,6-trinitrotoluena (TNT) Galur basidiomycetes pembusuk kayu dan seresah, misalnya Clitocybula dusenii, Stropharia rugosaannulata, Phanerochaete chrysosporium Gliseril trinitrat (nitrogliserin-1,2,3-propanatriol trinitrat) bahan mesiu Penicillum corylophilum

STRUKTUR KIMIA PESTISIDA AROMATIK TERKLORINASI

KECEPATAN DEGRADASI SENYAWA ORGANIK TERKLORINASI


Senyawa
PCB sangat tersubstitusi

Kondisi

Aerobik
4 2 4
3 3

Anaerobik
2 4 1-2
1-2 2-3

Kurang tersubstitusi
Etena terklorinasi

PCE
TCE DCEs

Vinil klorida
1. Highly biodegradable 3. Slow biodegradation

1-2
2. Moderately biodegradable 4. Not biodegraded

3-4

DEKLORINASI DAN DEMETILASI DECAMBA SECARA REDUKTIF

2,4-D DAN 2,4,5-T


(2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid)

Dapat didegradasi oleh jamur pendegradasi lignin Diachromitus squalens

PENTACHLOROPHENOL (PCP)

Herbisida yang digunakan sejak 1920an Lebih meracun dibandingkan DDT Dapat didegradasi oleh Lentinus edodes (shiitake mushroom)

ATRAZIN
(2-chloro-4-ethylamino-6-sopropyldiamino-1,3,5triazine)

Herbisida yang sering digunakan Sering mencemari air tanah Dapat didegradsi oleh Pleurotus pulmonarius

BIFENIL TERPOLIKLORINASI (POLYCHORINATED BIPHENYLS, PCBS)

Cairan hidraulik, pembunuh api, pemlastik, pelarut organik, busa karet, serat gelas, senyawa penahan air, bahan penahan suara Diakumulasi di jaringan adipose
Mengakibatkan

iritasi, gangguan reproduksi dan cacat lahir, dan merusak jaringan ginjal, syaraf, dan sistem imun

Sangat stabil

DEGRADASI PCB

Pemanasan (1200oC) Hasil degradasi (dioxin) lebih berbahaya daripada PCB Tahan transformasi biologis kecepatan biodegradasi menurun dengan bertambahnya jumlah atom Cl karbazol dan katekol dioksigenase Monooksigenase sitokrom P450 tertentu Enzim yang diproduksi oleh jamur pendegradasi lignin: laccase dan peroksidase lainnya Pendegradasi PCB: Phanerochaete chrysosporium, Nocardia, Pseudomonas, Alcaligenes, Acinetobacter.

PROSES DEGRADASI PCB:


1. DEHALOGENASI OLEH BAKTERI ANAEROBIK: DEKLORINASI REDUKTIF

Penggantian Cl oleh H Hasil akhir bifenil Dapat dimetabolisme oleh berbagai spesies bakteri Pelarutan dipacu oleh produksi biosurfaktant sebelum proses deklorinasi Hasil akhir: degradasi PCBs menjadi CBAs

PROSES DEGRADASI PCB:


2. DEGRADASI OKSIDATIF SENYAWA YANG KURANG BERHALOGEN

Aerobik: molekul oksigen atau radikal perioksida (OOH) seperti hidrogen perioksida) hingga degradasi menyeluruh dari PCB Hasil: asam dan alkohol berstruktur cincin tunggal seperti katekol, asam salisilat, dan asam benzoat Beberapa hasil antara dapat lebih toksik daripada senyawa asalnya Galur: Burkholderia cepacia LB400 , Pseudomonas pseudoalacalignes KF707 lanjutan deklorinasi, pemutusan struktur cincin C, dan mineralisasi lanjut hingga sangat menurunkan toksisitas Hasil akhir: mineralisasi CBAs menjadi CO2

BENZO[a] PIRENE, BENZ[a]ANTRASENA, BENZO[b]FLUORANTENA DAN KRISENA

Membutuhkan sumber karbon tambahan, cometabolism

Terima Kasih

SEE OTHER SLIDE BEFORE

Anda mungkin juga menyukai