FaKtA Vol. 3 No.

5, Desember2007

FLOKULASI PADA MIKROORGANISME DAN PENERAPANNYA PADA

BIOTEKNOLOGI
Flocculation on Microbes and its Application in Biotechnology

Priyo Wahyudi
Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi
Naskah diterima bulan Januari 2007

ABSTRACT

Flocculation, well known phenomena, is a clumping of number unicellular microbes (bacteria,

yeast and micro-algae). This interesting phenomenon is one of biotechnology application. In
one condition flocculation is needed, but in other it is avoid because will lead to the lost of
product. Direct effect of flocculation is sedimentation, which makes easier for separation and
recovery product. Flocculation depends on genetic, physiological and bio-chemo-physic
environmental factors. Several application of flocculation applied by single cell protein and
fermentation industries in around the world, as one of cheaper and easier technology in
downstream process.

Keywords: flocculation, sedimentation, separation, fermentation

PENDAHULUAN seksual. Proses flokulasi juga dapat dikelompokkan

Istilah flokulasi mikroorganisme didefinisikan
sebagai suatu agregasi sejumlah sel-sel tunggal ke
dalam flok ketika disuspensikan di dalam suatu
medium cair yang diikuti dengan pengambangan atau
sedimentasi. Fenomena flokulasi mikroorganisme ini
pertama kali ditemukan pada yeast oleh Louis Pasteur
pada tahun 1875 (Esser & Kues 1983). Sejak saat itu
kajian mengenai flokulasi sel terus berkembang dan
hanya 2 tahun kemudian ditemukan fenomena
flokulasi tersebut pada bakteri. Perkembangan yang
begitu pesat mengenai kajian flokulasi sel disebabkan
faktor manfaatnya yang sangat besar pada pemisahan
mikroba dari medium kultur pada industri fermentasi.
Penguasaan teknologi flokulasi
mikroorganisme sebetulnya telah dikenal lama
terutama pada industri fermentasi bir. Sejauh ini
fenomena flokulasi ini hanya ditemukan pada yeast,
bakteri, mikroalgae, dan belum ada laporan terjadinya
flokulasi pada fungi. Meskipun fenomena ini telah
dikenal lama, namun mekanismenya sampai saat ini
belum dikuasai sepenuhnya. Bahkan istilah flokulasi
itu sendiri masih banyak kerancuan mengenai
kesamaan dan perbedaannya dengan : agregasi,
agglutinasi, clumping, koagulasi, adesi, aglomerasi,
asosiasi dan pembentukan flok (Windisch 1968 ; Esser
& Kues 1983). Dilihat dari hasil proses-proses tersebut
di atas bisa jadi hampir serupa, namun sebetulnya
mekanisme yang terjadi sangat berbeda. Hal inilah
yang menarik untuk terus dilakukan pengkajian
mekanismenya.
Flokulasi dapat dikelompokkan berdasar fase
selnya: (1) flokulasi vegetatif, didapatkan secara umum
pada yeast, bakteri dan alga. (2) flokulasi seksual,
ditemukan pada jenis yeast tertentu dimana terjadinya
flokulasi merupakan prasarat terbentuknya sel-sel
Alamat korespondensi:
Gedung BPPT II Lt. 15 Jl. MH Thamrin No. 8 Jakarta 10340
email: wahyudi@bppt.go.id
berdasarkan jenis selnya: (1) autoflokulasi, yaitu
flokulasi yang terjadi pada satu jenis sel yang sama.
(2) koflokulasi, yaitu flokulasi yang terjadi pada dua
atau lebih jenis (strain) sel yang berbeda.
Hal-hal yang perlu mendapat perhatian dalam
pembahasan flokulasi sel (baik itu bakteri, yeast
maupun algae) adalah sebagai berikut :
Flokulasi sel mikroorganisme merupakan
kemampuan yang dikendalikan pada tingkat genetika,
sehingga kita dapat menjumpai jenis yang flokulen
(mampu berflokulasi) dan jenis nonflokulen.
Gen yang mengatur flokulasi sampai saat ini
diketahui ada 3 macam, meskipun untuk tiap-tiap jenis
mikroorganisme saling berbeda cara pengaturannya.
Faktor lingkungan ternyata memegang
peranan yang sangat penting terhadap terjadinya
flokulasi sel mikroorganisme (akan dibahas kemudian)
Mekanisme flokulasi untuk tiap-tiap jenis
mikroorganisme saling berbeda (spesifik jenis).
Berbagai teori dan studi yang dilakukan untuk
menjelaskan mekanisme flokulasi terus mengalami
perkembangan, namun belum mencapai suatu titik
temu yang sifatnya meng-generalisasi-kan terjadinya
proses tersebut.
Tujuan dari penulisan makalah ini adalah
untuk mengetahui fenomena flokulasi yang terjadi
pada sel yeast, bakteri dan alga, dan faktor-faktor yang
mempengaruhinya, serta aplikasinya di bidang
bioteknologi.
MEKANISME FLOKULASI
Berbeda halnya dengan proses flokulasi
bahan kimia biasa, maka sampai saat ini fenomena
flokulasi yang terjadi pada bakteri dan algae masih
jauh dari cukup dimengerti. Sementara flokulasi pada
yeast meski belum sempurna, namun telah jauh lebih
banyak informasi yang dimengerti dibandingkan pada
bakteri dan algae, khususnya jenis yeast yang

185
Flokulasi pada Mikroorganisme... (Priyo Wahyudi)
berperan dalam fermentasi anggur dan alkohol
(brewing yeast).
Flokulasi pada Bakteri
Terjadinya flokulasi pada sel bakteri melalui
dengan suatu pemahaman bahwa permukaan luar sel
bakteri bermuatan negatif. Adanya suatu usaha untuk
menolak atau menetralkan muatan yang mengganggu
dirinya, maka sel bakteri tersebut akan berflokulasi.
Terbentuknya polimer-polimer seperti protein, selulosa,
mukopolisakarida dan asam-asam amino
kemungkinan besar juga berperan dalam terjadinya
flokulasi pada bakteri (Esser & Kues 1983).
Melalui percobaannya dengan menggunakan
bakteri Methylomonas sp., Eggset et al. (1983)
melaporkan bahwa protein pada permukaan sel ikut
berperan dalam terjadinya flokulasi pada bakteri
tersebut. Burdman et al. (1999) juga melaporkan
mengenai keterlibatan protein pada membran luar
bakteri Azospirillium brasiliense dalam proses
agregasi.
Olofsson et al. (1998) memberikan sebuah
teori baru mengenai terjadinya flokulasi bakteri
khususnya pada instalasi pengolahan air limbah sistem
lumpur aktif (activated sludge). Dalam penelitiannya
dia menemukan bahwa penyebab flokulasi sel bakteri
adalah terjadinya proses adhesi antara sel bakteri
dengan flok lumpur aktif. Hidrofobisitas permukaan sel
bakteri (cell surface hidrophobicity) dalam hal ini
memegang peranan yang sangat menentukan
terhadap kemampuan adhesi bakteri.
Flokulasi pada Algae
Sangat sedikit informasi mengenai flokulasi
yang terjadi pada algae bersel tunggal. Namun sedikit
informasi yang diperoleh adalah bahwa sebagian besar
jenis alga tersebut mengekskresikan sejumlah besar
polisakarida dan polimer lainnya sehingga bisa terjadi
flokulasi (Esser & Kues 1983). Walau bisa jadi
teknologi flokulasi algae telah banyak dikuasai oleh
produsen protein sel tunggal yang berasal dari algae
seperti Spirullina dan Chlorella, namun mekanismenya
secara penuh sampai saat ini masih belum lengkap.
Flokulasi pada Yeast
Usaha penguasaan teknologi flokulasi pada
yeast sepanjang sejarah perkembangan mikrobiologi
dan bioteknologi moderen telah mengalami
perkembangan yang paling maju. Hal ini terkait dengan
digunakannya yeast sebagai agen biologis pada
pembuatan bir dan alkohol. Industri-industri bir di eropa
berlomba untuk menguasai teknologi flokulasi yeast
untuk menghemat biaya yang diperlukan pada saat
pemanenan hasil fermentasi.
Tetapi kembali lagi seperti yang telah
disampaikan di depan bahwa mekasnisme flokulasi
yeast sangat spesifik strain. Artinya mekanisme
flokulasi pada Saccharomyces cerevisiae mungkin
berbeda dengan Kluyveromyces sp. ataupun Candida
albicans. Begitupun dengan karakter genetis dari jenis
yeast itu sendiri yang bersifat flokulen atau nonflokulen,
karakter prosesnya dalam fermentasi sebagai top-
fermenting strain atau bottom-fermenting strain (Esser
& Kues 1983; Stewart & Russel 1981; Dengis et al.
186
1995; Al-Mahmood 1988; Smit et al. 1992; Calera &
Calderone 1999) .
Meski banyak sekali kontroversi tentang
tepatnya mekanisme flokulasi pada yeast namun
disepakati terdapat beberapa hal yang umum terlibat/
menentukan flokulasi, diantaranya :
Dinding sel yeast memegang peran kunci
dalam flokulasi. Kita ketahui bahwa dinding sel yeast
terdiri atas 2 lapisan (lapisan dalam: glucan , lapisan
luar: fosfomannan), dimana dinding bagian luar yang
tersusun atas fosfomannan mempunyai afinitas yang
tinggi terhadap protein. Terbentuknya kompleks antara
protein dengan fosfamannan inilah yang merupakan
bahan esensial terjadinya flokulasi sel (Esser & Kues
1983; Stewart & Russel 1981; Shankar & Umesh-
Kumar 1994).
Faktor kedua yang disepakati secara umum
pada flokulasi yeast adalah peranan kation bivalen,
terutama Ca2+. Kaitan yang erat peranan Ca2+ adalah
dengan senyawa glikoprotein spesifik yang lebih
dikenal dengan sebutan lectin. Hipotesis yang
dikembangkan dari perlunya Ca2+ adalah bahwa ion
kalsium tersebut menjadi ko-faktor dalam mengaktifasi
kemampuan pengikatan dari lectin terhadap
karbohidrat (Esser & Kues 1983; Stewart & Russel
1981; Shankar & Umesh-Kumar 1994).
FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI
FLOKULASI
Terdapat banyak sekali faktor yang
mempengaruhi flokulasi dan oleh Esser & Kues (1983)
(gambar 1).
Pada gambar 1 kita dapat melihat bahwa yang
mempengaruhi flokulasi sel dari tingkat genetik dan
fisiologis, sampai pada nutrisi, metabolisme, dinding
sel serta faktor lingkungan eksternal sel. Terlihat bahwa
untuk faktor fisiologis dan genetik, pengaruh terhadap
flokulasi bersifat tidak langsung, karena dia akan
mempengaruhi metabolisme atau dinding sel, baru
terjadi flokulasi. Sementara faktor lingkungan dia dapat
mempengaruhi secara tidak langsung melalui
metabolisme dan dinding sel, tetapi beberapa faktor
lingkungan juga dapat secara langsung mempengaruhi
flokulasi.
Faktor-faktor yang mempengaruhi flokulasi
adalah.
Faktor genetik
Studi tentang faktor genetika flokulasi yeast
telah lama dilakukan kurang lebih sejak tahun 1950-
an. Studi yang dilakukan antara tahun 1975—1976 oleh
Lewis et al. (lihat dalam Stewart & Russel 1981)
menyimpulkan bahwa flokulasi pada yeast
dikendalikan oleh gen FLO. Gen FLO yang
mengendalikan flokulasi pada yeast itu berjumlah 3
buah yaitu dua gen dominan FLO1 dan FLO2 dan satu
gen resesif flo3. Fenomena yang unik adalah bahwa
untuk memungkinkan terjadinya flokulasi suatu sel
hanya perlu kehadiran salah satu dari ketiga gen
tersebut. Artinya bila suatu yeast mempunyai satu dari
ketiga gen FLO tersebut (baik yang dominan atau
resesif) sudah cukup untuk mengekspresikan
terjadinya flokulasi sel.
 FaKtA Vol. 3 No. 5, Desember2007

Genetika / Faktor fisiologis

Nutrisi Metabolisme Dinding sel Flokulasi

Faktor Lingkungan

Gambar 1. Faktor-faktor yang mempengaruhi flokulasi sel mikroorganisme secara

langsung maupun tidak langsung

Selain gen-gen yang telah dikenal (gen FLO)
maka banyak peneliti yang melaporkan gen-gen lain
yang berperan dalam flokulasi yeast. Satu diantaranya
adalah Shankar et al. (1996) yang melaporkan bahwa
flokulasi pada Saccharomyces cerevisiae ternyata
dipengaruhi oleh over-ekspresi dari gen MIG1 yang
mengkodekan suatu protein represor dari C2H2 zinc-
finger, yang terlibat dalam represi katabolisme karbon.
Terjadinya gangguan pada gen MIG1 ini dapat
mengakibatkan strain yeast yang flokulen menjadi
tidak bisa berflokulasi lagi (berubah menjadi strain
nonflokulen).
Pada perkembangannya Bony et al. (1997)
melaporkan bahwa flokulasi pada yeast dikendalikan
oleh gen FLO1, FLO5 dan FLO8. Dari analisa sekuens
genom yeast ditemukan beberapa open reading frame
(orf) baru yang nampaknya homolog terhadap gen
FLO1. Dua diantara orf baru tersebut ada
hubungannya dengan gen FLO5 dan FLO8 yang telah
dikenal, sementara yang lainnya merupakan gen
flokulasi yang mungkin baru sama sekali.
Hasil penelitian Calera & Calderone (1999)
terhadap Candida albicans melaporkan bahwa
mekanisme flokulasi pada C. albicans ternyata
disebabkan oleh delesi gen CaHK1 yang diduga
mengkodekan ensim histidin kinase yang berperan
dalam osmoregulasi dan morfogenesis. Zhang et al.
Tabel I. Senyawa-senyawa penginduksi flokulasi mikroorganisme
(1999: 309-316) melaporkan bahwa dua buah gen
yang berperan dalam integritas dinding sel S.
cerevisiae yaitu PK1 dan SRB1/PSA1/VIG9 juga
berperan dalam flokulasi sel.
Faktor fisiologis
Secara umum disepakati bahwa flokulasi sel
mikroorganisme ditentukan oleh umur sel.
Mikroorganisme baru akan mengalami flokulasi saat
telah melewati fase logaritmik dan mencapai fase
stasioner. Pada bakteri, terjadinya flokulasi erat
kaitannya dengan terbentuknya polimer-polimer
ekstraselular, yang terbentuk pada saat fase log. Oleh
karenanya dapat disimpulkan bahwa terjadinya awal
flokulasi pada bakteri adalah sesaat setelah
terbentuknya polimer-polimer ekstraselular tersebut
pada fase log. Pada yeast kemampuan flokulasi
meningkat pada fase log dan mencapai tingkat
maksimal saat mencapai fase akhir fermentasi (Esser
& Kues 1983).
Faktor lingkungan, dapat kita pilah menjadi:
Faktor fisika
Prinsip yang umum tentang pengaruh
temperatur terhadap flokulasi adalah bahwa terjadinya
penurunan suhu optimal pada kisaran tertentu akan
menyebabkan flokulasi. Usaha manusia dalam
merangsang terjadinya flokulasi pada mikroorganisme
diantaranya dengan melakukan pendinginan (cooling).

Senyawa Organisme
Polimer :
Poliakrilamid, polietilenimin, dekstran, protein, polisakarida, Bakteri
asam nukleat

Polistiren sulfonat, selulosa Yeast

Senyawa organik lain :
Etanol, metanol, propanol, aceton, humic acid, melanoidin, Yeast
phlobafen
Senyawa anorganik :
Ca2+, Mg2+, Na+ Bakteri

Bentonit, Al3+ Algae

Bentonit, Fe, Ni, Al3+, Ca2+ Yeast

187
Flokulasi pada Mikroorganisme... (Priyo Wahyudi)
Pada kebanyakan yeast flokulasi terjadi pada suhu di
bawah 20°C, dan di atas suhu 25°C flokulasi tidak akan
terjadi. Sementara pada bakteri contohnya
Corynebacterium sp. yang dikultur pada suhu 40°C,
akan segera berflokulasi apabila suhunya diturunkan
sampai 15°C (Esser & Kues 1983). Adanya agitasi
yang ringan juga merupakan faktor fisik yang dapat
mempercepat terjadinya flokulasi sel.
Faktor kimia
Faktor kimia yang sangat menentukan proses
flokulasi adalah pH dan senyawa-senyawa kimia
penginduksi flokulasi. Faktor pH memegang peranan
yang esensial karena sifatnya yang spesifik strain.
Tiap-tiap strain mempunyai kisaran pH optimal untuk
terjadinya proses flokulasi.
Sementara untuk senyawa-senyawa kimia
yang merangsang (induce) terjadinya flokulasi dapat
disarikan pada tabel 1 di bawah ini.
Faktor biologi
Dalam hal ini faktor biologi yang menentukan
flokulasi adalah konsentrasi sel di dalam suspensi.
Menurut (Esser & Kues 1983) flokulasi pada S.
cerevisiae baru terjadi bila konsentrasi selnya telah
mencapai 3—5 x 108 sel/ml. Selain konsentrasi sel,
faktor biologi lainnya yang cukup berpengaruh
terhadap flokulasi adalah terdapatnya strain lain di
dalam fermentor. Kehadiran strain lain dapat bersifat
meningkatkan atau menghambat proses flokulasi.
APLIKASI FLOKULASI MIKROORGANISME DI
BIDANG BIOTEKNOLOGI
Beberapa industri bioteknologi yang sangat
berkepentingan dengan penguasaan teknologi
flokulasi sel baik bakteri, algae maupun yeast adalah:
1. Instalasi pengolahan air limbah (IPAL); IPAL pabrik
maupun rumah tangga mekanisme flokulasi
memudahkan sistem untuk memisahkan mikroba
sehingga didapatkan effluen dengan kandungan
mikroba yang rendah.
2. Industri produksi etanol; Pada fermentor skala
besar, mekanisme flokulasi yeast akan
memudahkan tahapan pemisahan fase cair
dengan padatan, sehingga proses destilasi untuk
memisahkan etanol dari air akan lebih efektif dan
efisien.
3. Industri minuman beralkohol (bir); Mekanisme
flokulasi sel Saccharomyces cerevisiae
menjadikan produk yang jernih.
4. Industri baking yeast; Pemanenan biomassa S.
cerevisiae hasil fermentasi cair menjadi lebih
mudah.
5. Industri protein sel tunggal, dan
6. Industri-industri fermentasi lainnya.
Penerapan teknologi flokulasi sel
mikroorganisme ini umumnya digunakan untuk proses
pemanenan atau akhir proses pengolahan. Prinsip
dasar yang harus kita ingat adalah bahwa flokulasi
sel mikroorganisme membantu kita dalam
memisahkan mikroorganisme dari mediumnya.
Flokulasi sel ini pada era bioindustri sekarang dan
masa yang akan datang akan sangat bermanfaat
188
terutama dalam menekan biaya produksi produk-
produk fermentasi.
DAFTAR PUSTAKA
Al-Mahmood, S., P. Glummelly, R. Bonaly, F. Delmotte
& M. Monsigny. 1988. Kluyveromyces
bulgaricus yeast lectins, isolation of N-
acetylglucosamine and galactose-specific
lectins: Their relation with flocculation. J. Biol.
Chem. 263(8): 3930—3934.
Bony, M., D. Thines-Sempoux, P. Barre & B. Blondin.
1997. Localization and cell surface anchoring
of Saccharomyces cerevisiae flocculation
protein Flo1p. J. Bacteriol. 179(15): 4929—
4936.
Burdman, S., E. Jurkevitch, B. Schwartsburd & Y.
Okon. 1999. Involvement of outer-membrane
proteins in the aggregation of Azospirillum
brasilense. Microbiology 145(5): 1145—1152.
Calera, J.A. & R. Calderone. 1999. Flocculation of
hyphae is associated with a deletion in the
putative CaHK1 two-component histidine
kinase gene from Candida albicans.
Microbiology 145 (6): 1431—1442.
Dengis, P.B., L.R. Nelissen & P.G. Rouxhet. 1995.
Mechanism of yeast flocculation: Comparison
of top- and bottom-fermenting strains. Appl.
Environ. Microbiol. 61(2): 718—728.
Eggset, G., E.Stenberg & J. Kjosbakken. 1983.
Flocculation of Methylomonas sp.: Possible
involment of a surface protein. Journal of
General Microbiology 129: 3611—3617.
Esser, K. & U. Kues. 1983. Flocculation and its
implication for Biotechnology. Process
Biochemistry-December 1983: 21—23.
Olofsson, A.C., A. Zita & M. Hermansson. 1998. Floc
stability and adhesion of green-fluorescent-
protein-marked bacteria to flocs in activated
sludge. Microbiology 144(2): 519—528.
Shankar, C.S. & S. Umesh-Kumar. 1994. A surface
lectin associated with flocculation in brewing
strains of Saccharomyces cerevisiae.
Microbiology 140(5): 1097—1101.
Shankar, C.S. , M.S. Ramakrishnan & S. Umesh-
Kumar. 1996. MIG1 overexpression causes
flocculation in Saccharomyces cerevisiae.
Microbiology 142(9): 2663—2667.
Smit, G., M.H. Straver, B.J. Lugtenberg & J.W. Kijne.
1992. Flocculence of Saccharomyces
cerevisiae cells is induced by nutrient limitation
with cell surface hydrophobicity as a major
dominant. Appl. Environ. Microbiol. 58(11):
3709—3714.
Stewart, G.G. & I. Russel. 1981. Yeast flocculation.
Brew. Science: 61-92.
Windisch, S. 1968. Flocculation of brewing yeast. The
Brewers Digest-November 1968: 62-66.
Zhang, N., D.C. Gardner, S.G. Oliver & L.I. Stateva.
1999. Down-regulation of the expression of
PCK1 and SRB1/PSA1/VIG9, two genes
involved in cell wall integrity in Saccharomyces
cerevisiae, causes flocculation. Microbiology
145(2): 309—316.