RESUME KULIAH UMUM BIODIVERSITAS

Oleh: Yeni Nur Rusdwitasari 103234004 Kimia A 2010

Jurusan Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Surabaya 2013

PROTEIN- BASIC N FUTURE

Keanekaragaman hayati (biodiversitas) adalah berbagai macam makhluk hidup, baik dalam spesies, ekosistem, dan genetika yang hidup di permukaan bumi. Sedangkan megabiodiversitas adalah tempat berkumpulnya makhluk hidup ( 1 jenis ) dalam jumlah besar. atau bisa juga disebut dengan wilayah yang memiiki keanekaragaman hayati sangat tinggi. Indonesia dikenal sebagai negara megabiodiversitas karena tingginya potensi keanekaragaman genetik, spesies dan ekosistemnya. Oleh karena itu, banyak potensi yang dimiliki Indonesia yang dapat dimanfaatkan untuk mendapat sebuah inovasi yang beru (NOVEL). Kandidiasis Kandidiasis adalah penyakit jamur yang bersifat akut atau subakut disebabkan oleh spesies Candida, biasanya oleh Candida albicans. Pertumbuhan candida yang terlalu pesat di dalam tubuh memiliki andil mendorong munculnya beragam penyakit kronis seperti AIDS. Selain itu, autis juga merupakan salah satu jenis kandidiasis. Penyakit autis merupakan salah satu penyakit keturunan yang disebabkan oleh adanya faktor genetik. C. albicans dapat membentuk biofilm yang dipercaya terlibat dalam penyerangan sel inang dan berhubungan dengan resistansi terhadap antifungi. Biofilm ini akan membentuk suatu perlindungan bagi mikroorganisme dan menghindar dari sel-sel imunitas inang. Di dalam perlindungan yang dibentuk terjadi suatu mutasi sehingga meningkatkan resistensi terhadap antibiotik. Dengan memahami mekanisme infeksi C. albicans akan membantu memperbaiki diagnosis laboratorium dan terapi terhadap C. albicans. Adanya penyakit candidiasis ini mengakibatkan munculnya penelitian untuk menciptakan suatu enzim BPL2 yang mempunyai sisi aktif berupa glukosa. Penelitian ini bertujuan untuk meneliti bagaimana agar candida tidak menghasilkan suatu matriks (perlindungan). Berdasarkan penilitian ini dihasilkan suatu obat dengan energi paling kecil yaitu Kanamyan. Kanamyan merupakan suatu obat untuk menghalangi candida agar tidak membentuk suatu perlindungan (biofilm) sehingga dapat diobati.

Streptococcus mutans Bakteri yang paling berperan menyebabkan karies adalah bakteri Streptococcus mutans. Mulanya bakteri ini berkelompok, sehingga menyebabkan plak terkumpul pada rongga gigi dan menghasilkan asam. Kumpulan asam pada rongga gigi menyebabkan lapisan enamel gigi larut, dan membentuk lubang pada gigi. Melalui penelitian, maka dapat dibuat vaksin DNA pencegah karies pada gigi. Gen dari S. mutans yakni jenis gen yang berfungsi memperbanyak plak pada gigi diambil kemudian gen yang sudah dalam bentuk DNA vaksin yang ada di dalam tubuh manusia akan secara alami membuat tubuh memproduksi antibodi. Setelah terbentuk, antibodi ini akan menyebar ke seluruh tubuh, termasuk ke rongga gigi dan mulut dan memblok Streptococcus mutans untuk berkumpul sehingga gigi dapat terhindar dari lubang-lubang yang membahayakan. Antigen adalah zat-zat asing yang pada umumnya merupakan protein yang berkaitan dengan bakteri dan virus yang masuk ke dalam tubuh. Antibodi merupakan protein-protein yang terbentuk sebagai respon terhadap antigen yang masuk ke tubuh, yang bereaksi secara spesifik dengan antigen tersebut. Antigen dapat berupa biomarker (biosensor) yang dapat digunakan untuk mendeteksi carries pada gigi atau tidak. Jika muncul sensor maka membuktikan positif mempunyai penyakit carries pada gigi. Enzim Luciferase Sel-sel di bagian ekor kunang-kunang menghasilkan enzim luciferase. Luciferase adalah nama sebuah enzim yang bisa memendarkan cahaya. Enzim Luciferase mengatur reaksi-reaksi kimia untuk menghasilkan sinar Produksi cahaya pada kunang-kunang merupakan reaksi kimia yang terjadi pada organ pemancar cahaya, yang terletak pada bagian bawah abdomen (perut). Pada bagian ini, enzim luciferase menggunakan luciferin sebagai substrat untuk merangsang pemancaran cahaya. Reaksi yang terjadi tersebut tergolong sangat efisien karena dari total reaksi, 96% substrat diubah menjadi energi cahaya berbeda halnya dengan lampu yang mengeluarkan energi dalam bentuk cahaya dan panas. FUTURE : CLEC, mutagenesis sehingga bisa mencapai BIODIVERSITAS. Dimasa depan diharapkan dengan berbasis protein akan menciptakan suatu penemuanpenemuan baru dengan novel properties.

Cross-Linked Enzym Crystal (CLEC) Cross-Linked Enzym Crystal adalah suatu enzim yang mempunyai produktivitas tinggi. CLEC merupakan imobilize enzyme dengan materi pendukung maupun tanpa materi pendukung Kristal Enzim memiliki kestabilan yang tingi karena strukturnya yang teratur serta sangat rapat dan sangat terlindungi. Pembuatan CLEC Crystalization Pure Enzym Enzym Crystals Contoh : Thiol cross linking. DNA Cloning dikeluarkan diotak atik dimasukkan kembali Chemical Cros linking CLEC

Novel : protein baru Protein dan Enzim Enzim merupakan salah satu jenis protein yang larut dalam air. Kolagen merupakan protein yang tidak larut dalam air. Berdasarkan bentuknya protein dibedakan atas protein globular dan protein serabut. Pada protein globular rantai atau rantai-rantai polipeptidanya berlipat rapat menjadi bentuk globular atau bulat padat. Saat terjadi pelipatan pada protein globular, asam amino hidrofob berlindung di dalam molekul sehingga protein globular dapat larut dalam air. Protein globular biasanya larut dalam air dan mudah berdifusi. Hampir semua protein globular mempunyai fungsi gerak atau dinamik, seperti enzim, protein transpor darah,dan antibodi. Contoh protein globular adalah albumin. Protein serabut tidak larut dalam air. Hampir semua protein serabut mempunyai fungsi struktural atau pelindung. Contohnya adalah -keratin pada rambut dan wol,fibroin dari sutera, dan kolagen dari urat. Protein memiliki struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer

merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-urutan asam amino yang tersusun secara

linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai. Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus amino dengan gugus karboksil. Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida atau ikatan amida. Struktur sekunder merupakan kombinasi antara struktur primer yang linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di sepanjang tulang belakang polipeptida. Struktur tersier dari suatu protein adalah lapisan yang tumpang tindih di atas pola struktur sekunder yang terdiri atas pemutarbalikan tak beraturan dari ikatan antara rantai samping (gugus R) berbagai asam amino. Struktur ini distabilkan oleh empat macam ikatan, yakni ikatan hidrogen, ikatan ionik, ikatan kovalen, dan ikatan hidrofobik. Dalam struktur ini, ikatan hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam amino yang memiliki sifat hidrofobik akan berikatan di bagian dalam protein globuler yang tidak berikatan dengan air, sementara asam amino yang bersifat hodrofilik secara umum akan berada di sisi permukaan luar yang berikatan dengan air di sekelilingnya. Struktur kuarterner adalah gambaran dari pengaturan sub-unit atau promoter protein dalam ruang. Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub-unit protein dengan struktur tersier yang akan membentuk protein kompleks yang fungsional. ikatan yang berperan dalam struktur ini adalah ikatan nonkovalen, yakni interaksi elektrostatis, hidrogen, dan hidrofobik.

Enzim Thermostabil Termofilik secara umum diartikan sebagai organisme yang hidup padasuhu di atas 45C. Bakteri termofil tumbuh pada suhu 45-65C. Bakteri hipertermofil hidup pada suhu pada suhu di atas 90C dan maksimal pada suhu 100C. Indonesia sebagai negara tropis mempunyai banyak daerah dengan aktivitas geoternal, seperti daerah pegunungan berapi, sumber air panas dan cadangan minyak bumi dan batubara. Beberapa kondisi lingkungan yang berbeda dalam setiap lokasi memungkinkan adanya heterogenitas bakteri termofil yang tinggi. Bakteri termofil menghasilkan enzim termostabil yang sangat penting dalam proses industri dan bioteknologi, seperti dalam teknik-teknik biologi molekuler untuk kegunaan penelitian dan diagnostik (enzim yang memproses DNA dan RNA) dan kemampuan enzim untuk mengubah tepung, makanan, pengelolahan sampah, pembuatan kertas dan sintesis zat-zat organik.

Sifat untuk enzim thermostabil

1. Peningkatan kekompakan dan kemasan yang lebih baik 2. Peningkatan interaksi elektrostatik (penambahan pasangan ion positif)

3. Penambahan ikatan H 4. Penambahan jembatan disulfide 5. Meningkatkan interaksi hidrofobik internal yang

Berbagai macam enzim dishuffling untuk dipilih enzim yang diinginkan dengan aktivitas terbaik. DNA shuffling Berbagai sumber DNA Fragmentasi DNA PCR tanpa primer Seleksi/ screening Dalam sebuah penelitian, apabila ternyata bakteri yang didapatkan dalam sebuah penelitian merupakan bakteri gram negatif maka, bakteri tersebut tidak boleh langsung dimanfaatkan untuk mendapatkan enzim yang diinginkan tetapi harus mengkloning gen DNA dari bakteri gram negatif tersebut baru dapat dimanfaatkan.

DIRECTED MUTAGENESIS AND PROTEIN ENGINEERING Dinamakan directed mutagenesis karena mutagenesis dilakukan secara langsung menuju sel targetnya. Mutagenesis yaitu nemodifikasi gen pada organisme dengan mengganti sekuen basa nitrogen pada DNA yang ada untuk diganti dengan basa nitrogen lain sehingga terjadi perubahan sifat pada organisme tersebut.

Mutagenesis dapat diartikan sebagai perubahan DNA sequence (urutan DNA). Hasil dari suatu proses mutasi akan mendapatkan produk yang banyak. Produk yang dihasilkan dinamakan mutan. Mutan ini menghasilkan protein tertentu yang diharapkan oleh peneliti. Sel hasil mutasi yang telah didapatkan tidak akan dikembalikan ke dalam sel awal tetapi dimasukkan kedalam sebuah sel house. Sel house yang akan digunakan disiapkan secara genetik. Sel house yeng digunakan dapat berupa sel eukariotik maupun sel prokariotik. Sel prokariotik yang biasanya digunakan yaitu E. Coli atau spesies dari Basilus. Salah satu penerapan mutagenesis yaitu pada biodeterjen. Biodeterjen merupakan deterjen ramah lingkungan dinama didalamnya terkandung enzim yang tahan terhadap oksidator. Di dalam deterjen terdapat suatu senyawa pemutih yang merupakan senyawa pengoksidator. Dalam enzim yang terkandung dalam deterjen terdapat serin dan mmetionin 222. Metionin 222 ini dapat diganti dengan alanin sehingga menghasilkan suatu enzim yang tahan terhadap senyawa oksidator. Protein engginering yaitu rekayasa protein. Beberapa contoh protein engginering adalah sebagai berikut. 1. Genetic Engginering 2. PCR technology 3. Structural Proteomic Rekayasa protein (protein engginering) adalah proses pengembangan protein yang berguna atau berharga. Adanya protein engginering akan menghasilkan suatu protein baru (novel properties). Novel adalah suatu penemuan baru.

Random Random mutagenesis mutagenesis

Protein with Protein with novel properties novel properties Rational Protein Rational Protein Design Design

Nature Nature

Salah satu novel protein yaitu sebuah penemuan yang dilakukan oleh seorang mahasiswa yang menemukan bakteri penghancur limbah plastik yang dilakukan melalui teknik shuffling. Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR mengisolasi DNA tertentu dari DNA rantai panjang. DNA yang diisolasi dapat berupa plasmid atau kromosom. Pada PCR terdapat pengaturan suhu yang dapat berubah-ubah dengan sangat cepat. Pada suhu yang mencapai 95C, DNA akan menjadi single standred. Suhu kemudian dapat turun dengan cepat agar proses penempelan primer dapat terjadi.