Anda di halaman 1dari 5

1. What are differences between prokaryotic and eukayotic gene? 2.

Explain the specific step of transcription of eukaryotic gene than prokaryotic is differ? 3. What kind of synthesis when the elongation of transcription and translation done? Jawaban 1. Sel prokariotik adalah sel yang tidak memiliki membraninti.Definisi yang lebih jelasnya, sel prokariotik adalah sel yang tidak memiliki system membrane sehingga sel tipe ini memiliki materi inti yang tidak dibatasi oleh sistem membran, tidak memiliki organel yang dibatasi oleh system membran. Sedangkan sel eukariotik adalah sel yang memiliki membrane inti. Definisi yang lebih lengkapnya, sel eukriotik merupakan tipe sel yang memiliki system endomembran. Pada sel eukariotik, inti tampak jelas karena dibatasi oleh system membran. Pada sel ini, sitoplasmamemilikiberbagaijenisorganelsepertiantara lain: badan Golgi, reticulum endoplasma (RE), kloroplas (kuhusus pada tumbuhan), mitokondria, badanmikro, dan lisosom. 2. Perbedaan Transkripsi Pada Prokariot Dan Transkripsi Pada Eukariot Transkripsi Pada Prokariot Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter); bagian structural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5. Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktur adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagianilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kodegenetik) yg akan ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian structural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalahmemberikansinyalpdenzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu: 1) terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolism laktosa pada bakteri Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promoter mengendalikan seluruh gen struktural. Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode gene 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama. Ciri utama gen structural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, jika gen structural terdiriatas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.

Pada prokariot, RNA polymerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot) Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hamper secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan cetakannya. Misal :urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya Tahapan transkripsi pada prokario tmeliputi: o Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi), o pemanjangan o terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Transkripsi pada eukariot Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode 18 Sr RNA, 28 Sr RNA dan 5,8 Sr RNA (ditranskripsi oleh RNA polimeraseI); Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputisemua gen yg mengkode protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promoter mengendalikan seluruh gen struktural. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida). gen struktural eukariot, keberadaan intron merupaka nhal yang sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polymerase pd daerah promoter. RNA polymerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkanmelaluiperantaraan protein-protein lain, yg disebut factor transkripsi (transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu: (1) TF umum dan (2) TF yg khusus untuks uatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus ,sedangkan translasi berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fasepasca-transkripsi. Pada fase ini, terjadi proses : o Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing); o Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA); o Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA dan Penyuntingan mRNA

Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron).

3. Proses PemanjanganTranskrip Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hybrid dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida.Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebabs etelah RNA polimerasenya berjalan, maka hybrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA polymerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses pemanjangan (elogation) untaian RNA. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA sekitar anatara 30 samapai 60 nukleotida perdetik, meskipun laju rataratanya dapat lebih rendah dari nilai ini. Secara umum, berdasarkan atas nilai laju semacam ini, suatu gen yang mengkode protein akan disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun demikian, laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1nekleotida perdetik) jika RNA polymerase melewati sisi jeda (pause site) yang biasanya mengandung banyak basa GC. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh antibiotic streptoligin. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh subunit pada RNA polimerase. Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Sebagaicontoh, jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U.

Dalam proses pemanjangan transkri pada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polymerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalananya. Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada stuktur DNA, tetapi untaian RNA hasil transkripnya akan melintir sepanjang untaian DNA. Sebaliknya, hipotesis kedua menyatakan bahwa enzim RNA polymerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Untaian DNA yang ada di depan RNA polymerase akan membuka sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memutir kembali untuk menutup. Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi sintesis RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh keberadaan subunit pada RNA polimerase. Transkripsi akan berakir pada saat RNA polymerase mencapai ujung gen yang disebut terminator. Pada bakteri E. coli ada dua macam terminator yaitu: (1) terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-dependent terminator),dan (2) terminator yang tergantung pada protein rho (rho-independent terminator). Proses pemanjangan translasi Diperlukan : FE (elongation factor), enzim peptidil transferase, GTP Pada ribosom sempurna ,tersedia dua situs aminoasil tRNA (situs P dan A), dimana situs P di tempati aminoasil- tRNA inisiator Pepanjangan polipeptidadi mulai dengan masuknya aminoasil- tRNA yang kedua menempati situs A Apabila antikodon pada aminoasil-tRNA cocock dengan kodon pada situs A maka peptidil transferase akan menggabungkan dua asam amino yang dibawa oleh kedua aminoasil-tRNA yang berdampingan pada ribosom tersebut Peptidil transferase akan melepaskan asam amino dari tRNA yang menempati situs P ,dan menggabungkannya pada AA yang ada pada situs A menghasilkan peptidil tRNA pada situs A tRNA yang telah terdeasilasi dikeluarkan dari situs P, dan peptidil tRNA yang terdapat pada situs A akan pindah ke situs P , yang terjadi bersamaan dengan pergerakan ke arah ribosom kearah ujung 3, membaca kodon berikutmya siklus akan berulang, aminoasil- tRNA baru akan masuk situs A, diikuti transferase peptidil melakukan reaksi AA membentuk peptidil baru, translokasi peptidil tRNA dari situs A ke P , berulang terus sampai di temukan kodon akhir / stop kodon (UAA,UAG atauUGA)