semua agama adalah sama (pluralisme) tidak diperkenankan, dengan kata lain tidak menganggap bahwa Tuhan yang kami (Islam) sembah adalah Tuhan yang kalian (non-Islam) sembah. Pada 28 Juli 2005, Majelis Ulama Indonesia (MUI) menerbitkan fatwa melarang paham pluralisme dalam agama Islam.Dalam fatwa tersebut, pluralisme didefiniskan sebagai ""Suatu paham yang mengajarkan bahwa semua agama adalah sama dan karenanya kebenaran setiap agama adalah relatif; oleh sebab itu, setiap pemeluk agama tidak boleh mengklaim bahwa hanya agamanya saja yang benar sedangkan agama yang lain salah. Pluralisme juga mengajarkan bahwa semua pemeluk agama akan masuk dan hidup dan berdampingan di surga". Namun demikian, paham pluralisme ini banyak dijalankan dan kian disebarkan oleh kalangan Muslim itu sendiri. Solusi Islam terhadap adanya pluralisme agama adalah dengan mengakui perbedaan dan identitas agama masing-masing (lakum diinukum wa liya diin). Tapi solusi paham pluralisme agama diorientasikan untuk menghilangkan konflik dan sekaligus menghilangkan perbedaan dan identitas agama-agama yang ada. Di Indonesia, salah satu kelompok Islam yang dianggap mendukung pluralisme agama adalah Jaringan Islam Liberal. Di halaman utama situsnya terulis: "Dengan nama Allah, Tuhan Pengasih, Tuhan Penyayang, Tuhan segala agama. Organisasi-organisasi Islam sejenis ini di Indonesia sangat banyak. Di antaranya adalah Persyarikatan Muhamadiyyah, Al Irsyad, Persis, Nahdlatul Ulama, al-Washliyyah, Perti, Darud Da'wah wal Irsyad, Nahdlatul Wathan, Mathla'ul Anwar, dan lain-lain. Organisasi-organisasi Islam ini adalah bagian dari peradaban dan kekayaan intelektual "Islam Indonesia." Inilah Islam Nusantara yang membentuk kepribadian masyarakat Indonesia yang secara umum sangat toleran, dapat hidup rukun dengan agama-agama lain, menerima dasar negara Pancasila, menghargai kebudayaan lokal dan kebhinekaan, dan memiliki ikatan sosial yang sangat kuat. Munculnya isu terorisme, "Islam garis keras", "Islam ekstrim", dan "Islam fundamentalis", yang merongrong dasar negara Pancasila, menggunakan kekerasan dalam menegakkan Syari'at Islam, menyuarakan negara Islam dan khilafah Islamiyah secara simbolik, sesungguhnya bukan produksi asli Islam-Indonesia. Itu adalah gerakan Islam transnasional yang diimpor dari negaranegara Timur Tengah. Gejala ini muncul sepuluh tahun terakhir saja, setelah rezim Orde Baru tumbang. Gerakan Islam transnasional ini sesungguhnya tidak memperoleh dukungan kuat dari mayoritas Muslim Indonesia. Hanya saja, karena suara mereka nyaring dan keras, sehingga memperoleh perhatian media massa dan membuat ketakutan sebagian pemerintah, politisi, dan aparat negara lainnya. Atas ketakutan ini, seolah-olah mereka memperoleh dukungan politik. Gus Dur adalah tokoh Muslim terdepan yang menentang negara Islam simbolik di Indonesia. Pancasila adalah kompromi politik yang memungkinkan semua orang Indonesia hidup bersama-sama dalam sebuah negara kesatuan nasional Indonesia. tanpa Pancasila, Indonesia akan berhenti sebagai negara. Douglas E. Ramage mencatat bahwa penafsiran Gus Dur dan rujukannya yang sering pada Pancasila erat kaitannya dengan peranannya sebagai ulama-pesantren, yang memiliki komitmen kuat pada pluralisme dan nilai-nilai inti demokrasi. Telah lama ia berpendapat bahwa umat Islam harus berpegang pada Pancasila. Ia memahami Pancasila sebagai syarat bagi demokratisasi dan perkembangan Islam spiritual yang sehat dalam konteks nasional. Di matanya, Indonesia adalah sebuah negara yang didasarkan pada konsensus dan kompromi dan kompromi itu inheren dalam Pancasila. Dengan penuh keyakinan, Gus Dur berpendapat bahwa pemerintahan yang berideologi Pancasila, termasuk negara damai ( dar
al-shulh) yang harus dipertahankan. Menurutnya, hal ini adalah cara yang paling realistik secara politik jika dilihat dari pluralitas agama di Indonesia. kekuasaan, ternyata Islam tidak memiliki sistem yang baku; terkadang memakai istikhlf, bai'at dan ahl al-hall wa al-aqdi (sistem formatur). Padahal, dalam pandangan Gus Dur, soal suksesi adalah soal yang cukup urgen dalam masalah kenegaraan. "Kalau memang Islam punya sistem yang baku, tentu tidak terjadi demikian," komentar Gus Dur. Tidak adanya bentuk baku sebuah negara dan proses pemindahan kekuasaan dalam bentuk baku yang ditinggalkan Rasulullah, baik melalui ayat al-Qur`an maupun al-Hadits, membuat perubahan historis atas bangunan negara yang ada menjadi tidak terelakkan dan tercegah lagi. Dengan demikian, maka kesepakatan akan bentuk negara tidak bisa lagi dilandaskan pada dalil naqli, melainkan pada kebutuhan masyarakat pada suatu waktu. Inilah yang menyebabkan mengapa hanya sedikit sekali Islam berbicara tentang bentuk negara. Menurutnya, Islam memang sengaja tidak mengatur konsep kenegaraan. Yang ada dalam Islam hanyalah komunitas agama (kuntum khaira ummatin ukhrijat li al-ns), bukan khaira dawlatin, apalagi khaira mamlakatin, kilahnya. Filsafat politik yang mendasari pemikiran Gus Dur adalah bagaimana mengkombinasikan kesalehan Islam dengan apa yang disebutnya komitmen kemanusiaan. Baginya, nilai itu bisa digunakan sebagai dasar bagi penyelesaian tuntas persoalan utama kiprah politik umat, yakni posisi komunitas Islam pada sebuah masyarakat modern dan pluralistik Indonesia. Humanitarianisme Islam pada intinya menghargai sikap toleran dan memiliki kepedulian yang kuat terhadap kerukunan sosial. Dari kedua elemen asasi inilah sebuah modus keberadaan politik komunitas Islam negeri ini harus diupayakan. Cita negara yang secara konsisten diperjuangkan Gus Dur adalah tatanan politik nasional yang dihasilkan oleh proklamasi kemerdekaan, di mana semua warga negara memiliki derajat yang sama tanpa memandang asal-usul agama, ras, etnis, bahasa dan jenis kelamin. Konsekuensinya, politik umat Islam di Indonesia pun terikat dengan komitmen tersebut. Segala bentuk eksklusifisme, sektarianisme, dan primordialisme politik harus dijauhi. Termasuk di sini adalah pemberlakukan ajaran agama melalui negara dan hukum formal, demikian pula ide proporsionalitas dalam perwakilan di lembaga-lembaga negara. Sebab, tuntutan-tuntutan semacam ini jelas berwajah sektarian dan berlawanan dengan asas kesetaraan bagi warga negara. Yang penting adalah memperjuangkan nilai-nilai Islam, bukan universum formalistiknya. Dengan memperjuangkan nilai-nilai yang ada dalam Islam, Gus Dur bisa mengatakan bahwa dia sedang memperjuangkan Islam. Di mata Gus Dur, Islam hanya dilihat sebagai sumber inspirasimotivasi, landasan etik-moral, bukan sebagai simbol sosial dan politik belaka. Dengan kata lain, Islam tidak dibaca dari sudut verbatim doktrinalnya, tetapi coba ditangkap spirit dan rohnya. Islam dalam maknanya yang legal formal tidak bisa dijadikan sebagai ideologi alternatif bagi cetak biru negara bangsa Indonesia. Islam merupakan faktor pelengkap di antara spektrum yang lebih luas dari faktor-faktor lain dalam kehidupan bangsa. Walhasil, dalam kontes tentang Indonesia masa depan adalah negara-bangsa Indonesia yang demokratis, pluralis, toleran, dan humanis, yakni negara yang menjamin kedudukan yang sama bagi seluruh warga negara dari berbagai latar belakang agama, etnis, gender, aliran, bahasa, dan status sosial. Seluruh warga negara mempunyai hak dan kewajiban yang sama, tidak ada diskriminasi dan kekerasan dalam kehidupan mereka.