Complexidade genmica
cromossomos (N)
tamanho
0,58 Mpb 5,4 Mpb 12,5 Mpb ~100 Mpb ~115 Mpb ~122 Mpb ~ 3,3 Gpb ~3,5 Gpb
genes
521 5.416 5.770 19.427 ~28.000 13.379 ~22.500 ~20.000
A organizao e as propores genmicas de regies codificadoras de protenas, no codificadoras (com ou sem funo) e repetitivas so diferentes entre txons.
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Homem vs.. Tamanho (Gpb) Tempo desde a divergncia Conservao em regies codificadoras Permite identificar:
Usando a teoria evolutiva, os genomas so comparados a fim de caracterizar mudanas que ocorrem nos ancestrais comuns (sinapomorfias) e tambm mudanas exclusivas (autapomorfias) das espcies.
autapomorfias sinapomorfias
Sintenia Homem-Baiacu
Regies cromossmicas com extensa homologia e mesmo ordenamento gnico (sintnicas) podem ser mapeadas entre espcies.
Homo sapiens
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DNA entulho
Antes do sequenciamento de vrios genomas eucariticos, grande parte da poro no codificadora era chamada de DNA entulho (junk DNA), que por alguns foi traduzida equivocadamente como DNA lixo.
Atualmente, vrias pores deste DNA entulho possuem funes estruturais ou regulatrias: 1. RNAs funcionais: miRNA, snRNA, snoRNA, RNA anti-senso etc 2. Regies conservadas no codificadoras: enhancers, reguladores diversos etc No entanto, a maior parte do DNA entulho corresponde a segmentos repetitivos, principalmente os elementos transponveis: 1. LINEs (elementos retrotransponveis ou retroposons via RNA - longos) 2. SINEs (retroposons curtos) 3. ERV (retrovrus endgenos) 4. Transposons (elementos transponveis via DNA)
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miRNA
O complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) operado por miRNA (junto com protenas argonautas)
Expresso exclusivamente nos membros anteriores e posteriores durante o desenvolvimento na espcie humana, seus ortlogos de chimpanz e rhesus no se expressam da mesma forma nos fetos transgnicos de camundongos.
A alta conservao desta sequncia transcrita foi detectada por genmica comparada entre inmeras espcies de vertebrados, indicando que mantida por seleo purificadora, pois possui uma funo importante, embora ainda no seja conhecida.
Os elementos transponveis representam vrias classes que se multiplicam e se mobilizam nos genomas eucariticos e procariticos. Esses elementos no codificam normalmente funes do organismo hospedeiro e podem ser considerados como unidades evolutivas relativamente independentes, algumas vezes vistos como comensais, mas outras vezes so vistos como mutualistas ou parasitas moleculares.
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Muitas diferenas de tamanhos dos genomas entre espcies se devem, principalmente, ao acmulo de elementos transponveis.
09_26_noncoding.jpg
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Retrovrus endgeno
Transposon tpico
Retrotransposon curto
Retrotransposons autnomos
1. Retrovrus endgenos: retrotransposons com LTR (long terminal repeats) (vrus inserido no genoma, sem atividade infectiva)
Retrovrus endgenos (ERV) so similares a retrovrus, apresentando as mesmas estruturas gnicas e ciclo de propagao parecido, mas no formam partculas infectantes
Transcriptase Reversa
Os LINEs, como o elemento L1 de primatas, so autnomos, i.e., codificam sua prpria enzima de replicao (RT), que utilizada na replicao de SINEs (como ALU de primatas) e pseudogenes processados. A presena de um Poli-A a marca tpica da retrotransposio mediada pelas RTs dos LINEs.
ERVs so retrotransposons com LTRs, repeties tpicas de Retrovrus.
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Geralmente, os LINEs providenciam a enzima transcriptase reversa que utilizada por eles e pelos SINEs para sua retrotransposio e aumento de cpias no genoma hospedeiro.
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L1s (LINEs) so comuns em regies pobres em GC, enquanto ALUs (SINEs) so comuns nas GC-ricas
A maior parte das inseres de elementos transponveis nos genomas observada em regies no codificadoras ou sem importncia funcional
No genoma humano, a densidade das classes de repeties intercaladas varia como uma funo do contedo de GC
IHGSC. Nature (2001) 409 860-921
espcie A
espcie B
espcie C
espcie D
A insero de um elemento transponvel geralmente um evento nico de mutao neutra, e vrios destes eventos acumulam ao longo das linhagens evolutivas, podendo ser utilizados como caracteres sinapomrficos em cladstica.
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Mutagnese insercional
No altera
Ocorrncia
de novo de novo (somtica?) de novo Familiar ~ 50% Familiar Familiar Uma famlia Japonesa Familiar de novo ~ 50% Um av de novo ?
Tipo de Alu
Y Ya5 Ya5 Yb8 Ya5 Y Ya5 Yb8 Ya4 Y Ya5 Ya5 Ya5 Sx
Doena
Cncer de mama Associado com leucemia Neurofibromatose Doena desmide hereditria Ligada com carcinoma de ovrio X-linked agammaglobulinaemia XSCID Deficincia de colinesterase Hipercalcemia hipocalcirica e hiperparatireoidismo neonatal Deficincia do complemento Ligada com proteo de doenas cardacas Hemofilia Sndrome de Apert Deficincia de Glicerol Quinase
Fontes de microRNAs
Woolfe A et al (2005): Highly conserved non-coding sequences are associated with vertebrate development .PLoS Biol
Alguns raros eventos de insero, quando inseridos nas pores funcionais do genoma (regies regulatrias, xons, ntrons etc) podem levar a efeitos deletrios.
Esta poliprotena (env) de origem viral modificada essencial para formao da placenta em mamferos eutrios. De fato, retrovrus endgenos (ERV) so ativos em todas as placentas de eutrios.
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Duplicao gnica
A maioria das famlias gnicas geradas por duplicao so pequenas, com exceo daquelas que possuem uma base adaptativa, por exemplo, genes de imunoglobulinas (1000 cpias em humanos), receptores olfatrios (centenas de cpias em mamferos)
A maior parte do genoma aparece em pares (no como triplicatas etc) Alm disto, h evidncias de que mais de 6070% das angiospermas possuem um ancestral poliplide em algum momento, resultado de duplicao genmica.
Arabidopsis Genome Initiative. Nature 408, 796815 (2000)
Elementos repetidos intercalados funcionam como regies portteis de homologia que promovem o crossing-over desigual
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Elementos repetidos intercalados nos ntrons funcionam como regies portteis de homologia que promovem o crossingover desigual que gera duplicao ou novas combinaes de xons.
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Quimerismo gnico
Genes quimricos se originam via embaralhamento de xons e/ou retrotransposio
Na retrotransposio, mRNA transcrito a cDNA que ento inserido no gene (sem ntrons).
SINE
ntron
xon 2
SINE
xon 2
A transcrio do SINE (ou LINE) pode se estender alm do sinal de parada normal, incluindo um xon. A insero do elemento SINE por retrotransposio pode levar o xon para dentro de outro gene e permitir um novo embaralhamento e produzir um novo gene.
insero por retrotransposio
xon 4
SINE
xon 2
Elemento inserido
xon 5
xon 6
AFGP parece ser derivada (via multiplicao de motivos e perda de xons) a partir do gene Tripsinognio. Foi encontrada uma verso quimrica em alguns peixes, uma forma transicional.
Vrios genomas apresentam uma grande diversidade estrutural e flexibilidade recombinacional devido presena de elementos repetitivos do tipo transposons (via DNA e RNA). Estas caractersticas so tambm teis no melhoramento gentico convencional e na transgenia em cereais, com genomas ricos em transposons.
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Genomas Sintticos
Mycoplasma laboratorium
Organismo parcialmente sinttico e derivado da espcie Mycoplasma genitalium
Gibson D, et al. (2008): Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science.
A genmica sinttica
1. conhecer as funes mnimas e essenciais que podem ter um genoma depende de compreender as relaes de ancestralidade entre espcies ou linhagens. genomas artificiais com requisitos funcionais mnimos foram inferidos das comparaes filogenticas. genes tambm foram comparados filogeneticamente para, em alguns casos, reconhecer funes compartilhadas com ancestrais e tambm sintetizar genes com funes simplificadas ou consensuais. nestas abordagens, os genomas so vistos como os programas (software) que permitem controlar todas funes. desta forma, funes extras podem ser acopladas ao genoma mnimo artificial.
2. 3.
Synthia
Organismo bacteriano totalmente sinttico derivado do genoma de Mycoplasma mycoides que foi transplantado em uma clula de Mycoplasma capricolum
Gibson D, et al. (2010): Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome. Science.
4. 5.
O genoma humano apresenta uma estrutura tpica de vertebrados, sem apresentar qualquer gene exclusivo de nossa linhagem que possa ser considerado como uma novidade evolutiva. Em 2001, 1% dos genes no eram conhecidos em qualquer outro organismo, mas posteriormente foram todos encontrados no chimpanz e em outros organismos cujos genomas j foram sequenciados.
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Dados genmicos entre espcies so utilizados em clculos mais precisos dos tamanhos populacionais efetivos das espcies
Genomas extintos
A comparao dos genomas utilizando a teoria evolutiva permite a identificao de vrias modificaes proticas diferenciais entre as linhagens do homem moderno e do neandertal, as quais podem identificar possveis adaptaes exclusivas de cada espcie. Novas tecnologias esto permitindo recuperar sequncias genmicas de organismos extintos
Homens modernos e Neandertais coexistiram na Europa pelo menos 15.000 anos (entre 45 e 30 mil anos atrs), mas no h indcios de fluxo gnico ali. No entanto, algum fluxo gnico (1 a 4%) entre as duas linhagens pode ter ocorrido h ~100.000 anos no Oriente Mdio.
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