asar Teori DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan tumbuhan terdapat di dalam inti

sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan kloroplast. Penyebutan nama DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA genome inti (nuclear DNA genome) berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria (mitochondrial DNA genome) berasal dari mitokondria, DNA genom kloroplast berasal dari kloroplast. Pada organisme tingkat rendah, DNA penyusun kromosom dan plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu (pada virus). Kromosom eukariot berbentuk linear sedangkan kromosom prokariot berbentuk sirkular. Selain itu prokariot juga mengandung satu atau lebih plasmid. Plasmid merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih kecil dibanding kromosom.

Isolasi DNA kromosom. Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 90 oC untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase). Larutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air.

Isolasi DNA plasmid DNA plasmid merupakan wadah yang digunakan untuk kloning gen, sehingga DNA plasmid harus di pisahkan dari DNA kromosom. DNA plasmid mempunyai ukuran yang jauh lebih kecil daripada DNA kromosom. Untuk memisahkan DNA plasmid, maka memerlukan perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. Pertama, membran sel dilisis dengan penambahan detergen. Proses ini membebaskan DNA kromosom, DNA plasmid, RNA, protein dan komponen lain. DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan potasium. DNA + protein + potasium yang mengendap dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Supernatan yang mengandung DNA plasmid, RNA dan protein yang tersisa dipisahkan. Kemudian ditambahkan RNase dan protese untuk mendegradasi RNA dan protein. Akhirnya DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol.

Isolasi RNA RNA, terutama mRNA merupakan materi genetik yang mengkode suatu protein. Jumlah populasi mRNA akan lebih banyak dibanding dengan DNA. mRNA eukariot dapat dipisahkan dari DNA dengan menggunakan oligonukleotida dT. Atau RNA total juga dapat di isolasi dari sel dengan menambahkan enzim DNase yang berfungsi untuk mendegradasi DNA Ekstraksi DNA dari organisme eukaryote (manusia, hewan dan tumbuhan) dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls), penghilangan protein dan RNA (cell digestion) dan pengendapan DNA (precipitation of DNA) dan pemanenan. Berbagai teknik ekstraksi DNA telah dikembangkan dari prinsip dasar tersebut, sehingga saat ini muncul berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. Prinsip dasar ekstraksi

DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Hasil ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting untuk langkah berikutnya. Oleh sebab itu dalam pelaksanaannya harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi. Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (ethyllenediamine tetraacetic), dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate). EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat). SDS merupakan sejenis deterjen yang berfungsi merusak membrane sel. Enzim proteinase K dapat digunakan untuk menghancurkan protein. Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Kemudian molekul nuleotida (DNA dan RNA) yang telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan phenol. Dalam proses ini sebagian kecil RNA juga dapat dibersihkan. Sedangkan choloform digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan polisakarida dari larutan. Enzim RNAase digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan mencampur larutan DNA tersebut dengan NaCl yang berfungsi memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan mengendapkan DNA sewaktu dicampur dengan ethanol. Proses sentrifugasi dengan kecepatan tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel di dasar tabung ependorf. Pada manusia, hanya sel darah putih yang mempunyai inti dan mengandung DNA. Agar lebih efisien, isolasi DNA dilakukan hanya terhadap sel darah putih. Oleh sebab itu sampel darah total (whole blood) yang masih segar langsung dipisahkan menjadi serum, sel darah merah dan sel darah putih (dilapisan buffy coat) dengan teknik sentrifugasi. Setelah disentrifugasi, sampel darah total akan terbagi menjadi tiga lapisan, yaitu lapisan paling atas merupakan serum, lapisan tengah berwarna putih tipis adalah sel darah putih (buffy coat) dan lapisan bawah adalah sel darah merah. Lapisan kedua yang merupakan sel darah putih diambil dengan klinipette.
Diterbitkan di: 21 Agustus, 2010

Sumber: http://id.shvoong.com/medicine-and-health/genetics/2040101-isolasi-dna/

ISOLASI DNA KROMOSOM

PENDAHULUAN DNA merupakan molekul yang sangat panjang, terdiri dari ribuan deoksiribonukleotida (ada empat jenis), yang bergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya berbentuk untaian ganda. Kromosom sel prokariot merupakan suatu molekul besar DNA yang berkaitan erat-erat menjadi suatu daerah inti atau nukleoid. Sel eukariot mengandung sejumlah molekul DNA, yang masing-masing pada umumnya berukuran jauh lebih besar dari satu molekul DNA didalam prokaryota. Molekul DNA didalam eukaryota bergabung dengan protein dan dikelompokkan menjadi serabut kromatin di dalam nukleus, yang dikelilingi oleh system membran ganda yang bersifat kompleks. DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik secara lengkap yang diperlukan untuk mencirikan struktur semua protein dan RNA tiap-tiap spesies organisme, untuk membuat program pada saat yang tepat dan menempatkan biosintesis sel dan komponen jaringan secara teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus hidupnya, dan untuk menentukan kekhususan organisme tertentu.

Sel prokaryotik mengandung jauh lebih banyak DNA dibandingkan dengan DNA virus. Contohnya, satu sel E. Coli mengandung hampir 200 kali lebih banyak DNA dibandingkan dengan partikel bakteriofage ?. Percobaan genetik dan juga mikroskopik langsung tengah memperlihatkan bahwa DNA didalam sel E. Coli merupakan molekul tunggal yang amat besar. Molekul ini berbentuk lingkaran untaian ganda yang tertutup secara kovalen, dengan berat molekul kira-kira 2600 juta. DNA-nya mengandung empat juta pasangan basa dengan panjang keseluruhan kira-kira 1400 ?M = 1,4 mm, atau sampai 700 kali panjang sel E. Coli (2 ?M). Molekul DNA harus betulbetul berlipat erat-erat, karena molekul ini keseluruhannya terdapat didaerah inti sel-sel E. Coli. DNA sel bakteri tampaknya melekat pada satu atau lebih titik (daerah) pada permukaan sebelah dalam membran sel. Eukaryota mengandung DNA lebih banyak dibandingkan dengan prokaryota. Sebuah sel jamur lender, salah satu eukaryota tingkat rendah, mengandung sampai 10 kali DNA sel E. Coli. Sel lalat buah (Drosophila) yang biasanya digunakan dalam penelitian genetika mengandung DNA 25 kali lebih banyak dibandingkan dengan DNA sel E. Coli. Setiap molekul sel eukaryota mengandung satu molekul DNA dupleks berukuran besar, yang dapat mencapai 4-100 kali ukuran DNA sel E. Coli. Sebagai contoh, panjang DNA salah satu kromosom terkecil pada manusia kira-kira 30 nM, hampir 15 kali lebih panjang dari DNA E. Coli. Ukuran molekul DNA didalam 46 kromosom manusia pada sel manusia tidak sama tetapi bervariasi pada kisaran 1-24 kali. DNA eukaryota berbentuk linier, tidak melingkar. Masing-masing kromosom dalam eukaryota membawa serangkain gen yang bersifat unik. Semua gen pada tiap sel menyusun genom. DNA dalam organisme prokariot umumnya tidak bergabung dengan protein selain protein yang terlibat dalam replikasi atau transkripsi DNA. Banyak DNA dalam organisme eukariota terbungkus dalam sejumlah protein. Protein ini dan DNA membentuk suatu struktur kompleks, yaitu kromatin, yang memungkinkan adanya sejumlah besar konfigurasi molekul DNA dan tipe-tipe pengendalian yang unik bagi organisme eukariota. Informasi genetik dalam DNA sebuah kromosom dapat dialihkan melalui replikasi yang tepat, atau dapat ditukar lewat sejumlah proses yang mencakup persilangan, rekombinasi, transposisi dan konversi. Semua ini menghasilkan suatu sarana memastikan kemampuan adaptasi dan penganekaragaman bagi organisme tersebut, kendati juga mengakibatkan penyakit. TUJUAN Percobaan ini bertujuan untuk memberikan pengalaman dan pengetahuan mengenai hal-hal yang harus dilakukan jika akan mengisolasi DNA kromosom bakteri. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan antara lain tabung reaksi, erlenmeyer, pipet tetes, penangas air 370C, shaker, tabung sentrifus sorvall, sentrifuse Backman, pipet volumetrik, freezer, gelas ukur, batang pengaduk, neraca analitik, gelas piala, mikropipet, alumunium foil, pH meter , laminar flow dan autoklaf. Bahan-bahan yang digunakan adalah medium nutien broth (NB) steril, larutan lisozim (5 mg/ml dalam buffer TEN), larutan SDS (larutan SDS 20% dalam aquades), campuran kloroform/isoamilalkohol = 24:1, Na-asetat 2,5 M pH 6, etanol pa, buffer TEN (Tris-HCl 10 mM pH 7,6, EDTA 1 mM dan NaCl 10 mM), buffer SET (20% sukrosa, 20 mM Tris-HCl pH 7,6, EDTA 1 mM, dan NaCl 10 mM), dan biakan bakteri E.Coli. PROSEDUR PERCOBAAN

Hari pertama, percobaan melakukan preparasi bahan dan pensterilan alat. Pembuatan medium cair LB dilakukan dengan melarutkan Yeast ekstrak, Bacto pepton dan NaCl kedalam Erlenmeyer berisi aquades. Agar mudah larut, larutan dipanaskan dan dikocok dengan magnetic stirrer. Setelah ditambahkan larutan NaOH hingga pH-nya menjadi 7,6.Erlenmeyer ditutup dengan kapas dan kertas alumunium foil dan dimasukkan kedalam aotoklaf pada 2 atm, 1210C selama 10 menit. Alat-alat yang akan digunakan juga disterilkan dalam eutoklaf pada 1210C selama 30 menit. Selain itu dibuat pula bahan-bahan seperti larutan lisozim, larutan SDS 20%, buffer TEN, buffer SET, campuran kloroform:isoamilalkohol (24:1), dan larutan Na-asetat. Kemudian dilakukan inokulasi bakteri yang akan diisolasi DNA-nya kedalam medium cair NB 200 ml dalam erlenmeyer. Lalu diinkubasi dengan pengocokan pada penangas air 370C selama semalam. Hari kedua, seluruh biakan bakteri hasil inkubasi semalam tersebut dipindahkan kedalam tabung sentrifuse sorvall (polipropilen 500 ml) yang steril. Kemudian disentrifuse dengan kecepatan 5000 rpm pada 40C selama 20 menit. Lalu supernatan dibuang dan disuspensikan kembali peletnya dalam 20 ml buffer SET. Suspensi disempurnakan menggunakan pipet tetes steril, yaitu dengan cara menghisap dan melepaskannya kembali berulang-ulang sampai diperoleh suspensi yang homogen dan kemudian dipindahkan ke dalam tabung sentrifuse baru. Setelah itu disentrifuse lagi dalam kecepatan 5000 rpm pada 40C selama 15 menit. Lalu supernatannya dibuang dan pelet bakteri dibekukan dalam freezer 200C selama 10 menit. Kemudian pelet dilelehkan kembali dengan cara merendam tabung di aliran air keran. Perlakuan dengan cara sentrifuse pada kecepatan 5000 rpm pada 40C selama 15 menit sampai pembekuan pelet bakteri dalam freezer bersuhu 200C selama 10 menit dilakukan pengulangan sebanyak 2 kali. Pelet lalu disuspensikan dalam 12,5 ml buffer SET dan dipindahkan kedalam erlenmeyer 100 ml yang steril. Lalu ditambahkan 0,5 ml larutan lisozim 5 mg/ml yang segar dan diinkubasikan dalam waterbath 370C selama 25 menit sambil dikocok perlahan-lahan. Kemudian ditambahkan 1 ml larutan SDS 20%. Diinkubasikan kembali dalam waterbath 370C selama 2,5 jam sambil dikocok perlahan-lahan. Setelah itu ditambahkan 2 ml campuran kloroform : isoamilalkohol (24:1) kemudian dikocok dan diinkubasikan semalam pada 370C. Hari ketiga, kedalam campuran yang telah diinkubasi semalam, ditambahkan 2 ml aquades dan 20 ml campuran kloroform : isoamilalkohol (24:1). Lalu dikocok perlahan-lahan sampai larutan menjadi putih susu kurang lebih selama 5 menit. Kemudian dipindahkan kedalam tabung sorvall steril bervolume 40 ml dan disentrifuse dengan kecepatan 5000 rpm selama 15 menit. Setelah itu diambil fase airnya (bagian atas) dengan pipet tetes steril bermulut besar dan dipindahkan kedalam tabung sentrifuse steril lainnya. Lalu ditambahkan kembali 20 ml campuran kloroform : isoamil alkohol (24:1) dan dikocok perlahan sampai larutan menjadi putih susu selama 5 menit. Langkan-langkah mulai dari pengambilan fase air (bagian atasnya) sampai proses pengocokan larutan hingga menjadi warna putih dilakukan sebanyak 2 kali. Volume fase air yang diperoleh diukur dengan gelas ukur steril. Lalu ditambahkan larutan Naasetat 2,5 M pH 6 sebanyak 0,2 kali volume fase air yang diperoleh. Dan ditambahkan etanol dingin setetes demi setetes sambil DNA yang terbentuk dililitkan pada batang pengaduk kaca yang steril. Penambahan etanol terus dilakukan sampai 2 kali volume semula. HASIL PERCOBAAN DNA atau kromatin yang didapat berwarna putih berbentuk seperti benang-benang halus yang melilit pada batang pengaduk. PEMBAHASAN Dalam rekayasa genetika, isolasi DNA kromosom adalah tahap yang paling penting yang sering kali harus dilakukan. Hal ini dikarenakan DNA kromosom merupakan sumber DNA yang umumnya kita kehendaki untuk diklon. Adapun menurut Watson dan Crick

struktur heliks ganda seperti DNA mempunyai ciri-ciri khas seperti tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang basanya berpasangan dengan ikatan hidrogen, dengan aturan perpasangan A-T dan G-C. Pasangan A-T diikat oleh dua ikaan hidrogen, sedangkan G-C oleh tiga ikatan hidrogen, perpasangan dengan ikatan hidrogen ini selain mengikat juga mempertahankan jarak antara dua basa. Antara dua utasan membentuk pasangan anti pararel yaitu antara kedua utasan terdapat arah yang berlawanan; ujung 5P akan berhadapan dengan ujung 3OH, antara dua pasangan basa terdapat jarak sebesar 3,4 A0. Dan pasangan dua utasan DNA membentuk suatu pilinan disekitar suatu sumbu dengan arah pilinan kekanan atau searah dengan arah jarum jam, setiap sepuluh pasang basa (3,4A0) akan membentuk satu pilinan atau perputaran 3600 yang berdiameter 200. Dalam memudahkan pengisolasian DNA kromosom diperlukan E.Coli dalam jumlah yang besar karena apabila E.Coli yang tersedia jumlahnya sedikit maka pengisolasian DNA kromosom akan sulit dilakukan oleh karena itu sel E.Coli harus dibiakkan terlebih dahulu. Medium untuk menumbuhkan bakteri dalam percobaan ini digunakan ekstrak Yeast dan Bacto pepton. Medium dan alat-alat yang digunakan harus steril, agar biakan E.Coli tidak terkontaminasi dengan bakteri lain. Sterilisasi merupakan suatu usaha untuk membebaskan alat-alat atau bahan dari segala bentuk mikroorganisme. Seperti diketahui penyelidikan terhadap suatu spesies atau galur mikroba selalu berdasarkan atas pengamatan terhadap sifat biakan murni, dalam arti biakan yang hanya berisi satu jenis spesies atau galur saja. Oleh karena itu, untuk menghindari terjadinya kontaminasi (tumbuhnya mikroorganisme lain selain mikroba yang akan diamati) dalam melaksanakan penelitian perlu digunakan peralatan yang steril. Sterilisasi dapat dilakukan dengan berbagai cara bergantung pada macam bahan yang akan disterilkan terhadap ketahanan panas, senyawa kimia, radiasi dan lain-lain. Salah satu cara sterilisasi yang sering dipakai adalah dengan menggunakan otoklaf, yaitu menggunakan uap panas dalam tekanan tinggi (pada 1210C dan tekanan 2 atm). Dalam percobaan ini biakan E. Coli yang masih muda dipecahkan dengan menambahkan enzim isozim dan larutan SDS yang berfungsi untuk memecah dinding atau membran sel. Dinding sel yang telah pecah menyebabkan organel-organel didalam sel keluar termasuk protein-protein yang terdapat didalam sitoplasma, sehingga DNA perlu dibersihkan dari pengotor-pengotor tersebut. Pembersihan pengotor pada DNA dilakukan dengan cara mengekstraksi larutan menggunakan campuran kloroform:isoamilalkohol (24:1). Pengekstrakan dilakukan berulang kali sampai diperoleh larutan DNA yang relatif bebas protein. Proses merekristalisasi molekul DNA dengan menggunakan etanol dapat mengakibatkan terbentuknya endapan yang dapat dilakukan dengan cara mencelupkan batang pengaduk ke dalam larutan, maka molekul DNA akan terlilit pada batang pengaduk tersebut. Hasil isolasi DNA yang didapat dari percobaan ini adalah seperti benang-benang halus yang berwarna putih. Benang-benang tersebut merupakan kumpulan DNA yang berbentuk kromatin. Kromatin terdiri dari sejumlah molekul DNA yang beruntai ganda yang sangat panjang dan massa protein dasar yang agak kecil serta hampir sama besarnya yang dinamakan histon disamping protein non histon dalam jumlah yang lebih sedikit (sebagian diantaranya bersifat asam dan berukuran lebih besar daripada histon) dan sejumlah kecil RNA. Heliks DNA berantai ganda dalam setiap kromosom memiliki panjang yang besarnya ribuan kali diameter nukleus sel. Salah satu tujuan molekul ini, khususnya histon adalah untuk memadatkan DNA. File Resource rismaka | eldiosa | rismaka | rismaka | IS

Dari hasil percobaan tersebut kemungkinan benang-benang halus yang terbentuk bukan hanya terdiri dari kromatin namun mungkin dapat pula terdiri dari pengotor-pengotor lainnya. Oleh karena itu untuk melakukan pengujian kemurnian DNA dapat dilakukan dengan cara SDS-page, Elektroforesis Gel Agarosa atau PFGE (Pulse Field Gel Electroforesis). KESIMPULAN Pengisolasian DNA kromosom harus dalam jumlah yang besar dan bersifat steril untuk mencegah kontaminasi dari bakteri lainnya. Dari percobaan didapatkan DNA yang berbentuk benang-benang halus putih yang menempel pada batang pengaduk. DAFTAR PUSTAKA Jusuf, M. 2001. Genetika I. Sagung Seto, Jakarta. Lehninger, A. L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia III. Terjemahan Maggy Thenawijaya. Erlangga, Jakarta. Albert, Brush. 1994. Biologi Molekular Sel Edisi ke-2. Gramedia, Jakarta. Murray, Robert K. 2000. Biokimia. Terjemahan Andry Hartono. Buku Kedokteran. EGC, Jakarta.

http://rismakafiles.wordpress.com/2009/03/20/isolasi-dna-kromosom/

threeyan cute | Pengertian DNA dan RNA

Copyright threeyanvaven threeyan@webmail.umm.ac.id http://threeyanvaven.student.umm.ac.id/2010/01/29/pengertian-dna-dan-rna/

Pengertian DNA dan RNA

DNA dan RNA Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan jika terdiri dari unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA). DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3 suatu mononukleotida dan posisi 5 pada mononukleotida lainnya (Harpet, 1980). Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel. Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang disebut nukleotida(Dage, 1992). Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan asam ribonukleat(RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA(mRNA), meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNA-nya(fessenden, 1990). Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki perbedaan dengan DNA, antara lain yaitu(Poedjiati, 1994):

page 1 / 3

threeyan cute | Pengertian DNA dan RNA

Copyright threeyanvaven threeyan@webmail.umm.ac.id http://threeyanvaven.student.umm.ac.id/2010/01/29/pengertian-dna-dan-rna/

1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah dioksiribosa. 2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa rantai tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda. 3. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil. 4. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian pula jumlah adenin, tidak perlu sama dengan urasil. Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam hal(Suryo, 1992): 1. Ukuran dan bentuk Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA berbentuk double helix, sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. Meskipun demikian pada beberapa virus tanaman, RNA merupakan pita double namun tidak terpilih sebagai spiral. 2. Susunan kimia Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan DNA yaitu: a. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa. b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi urasil. 3. Lokasi DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung dari macamnya, yaitu: a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu pita DNA yang berlangsung didalam nukleus. b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma. c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom. 4. Fungsinya DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan fungsi RNA tergantung dari macamnya, yaitu: a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan transkripsi, berlangsung didalam inti sel. b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma. c. RNA t, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino, proses ini berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.
page 2 / 3

threeyan cute | Pengertian DNA dan RNA

Copyright threeyanvaven threeyan@webmail.umm.ac.id http://threeyanvaven.student.umm.ac.id/2010/01/29/pengertian-dna-dan-rna/

Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA, yaitu(Frutan and Sofia, 1968): 1. Jaringan hewan dan alkali hangat RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut dalam asam. DNA sulit dipecah atau dirusak oleh alkali. 2. Metode Schnider Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat diuji oleh reaksi kalorimetri dengan difenilanin, yang mana akan bereaksi dengan purin dioksiribosa dan tidak bereaksi dengan purin ribosa. 3. Metode Feligen Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA, dan tidak dengan RNA.

Reaksi ini diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan DNA didalam bagian-bagian sel. 4. Secara Spektroskopi Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana spektra cincin purin dan pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal. Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah mRNA(messenger RNA), rRNA(ribosa RNA), dan tRNA(transfer RNA). Tiap bentuk RNA ini mempunyai berat molekul dan komposisi yang berlainan, tetapi khas untuk tiap macam bentuk RNA. Semua RNA terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida. Pada sel bakteri, hampir semua RNA ada di dalam sitoplasma. Disel hati kira-kira 11% terdapat dalam nukleus(terutama mRNA), sekitar 15% dalam mitokondria, lebih dari 50% dalam ribosom, dan kira-kira 24% dalam strosol // <![CDATA[// // <![CDATA[//
page 3 / 3

http://threeyanvaven.student.umm.ac.id/download-as-pdf/umm_blog_article_26.pdf

Pengertian DNA Lengkap!

DNA
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun organisme. DNA ditemukan di dalam kromosom inti. Setiap mahluk hidup mengandung DNA yang berbeda. DNA sering dihubungkan dengan istilah kode kehidupan karena mengandung informasi yang diperlukan untuk membentuk dan mengontrol bentuk fisik dan proses kimia dari setiap bagian tubuh mahluk hidup. Penyusun atom molekul DNA adalah atom karbon berwarna hitam, oksigen merah, nitrogen biru, fosfor hijau, dan hidrogen putih. DNA mengandung 3 komponen utama, yaitu gula deoksiribosa, fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas adenin, timin, guanin, sitosin. DNA memiliki sifat : Mampu melakukan replikasi dengan mengarahkan pembuatan salinan dirinya sendiri. Mampu melakukan mutasi (perubahan kimia) dan memindahkan perubahan perubahan tersebut kepada generasi berikutnya. Mampu menyimpan informasi yang menentukan sifat-sigat sel dan mahluk hidup.

a. b. c.

d.

Mampu menggunakan informasi yang disimpannya untuk melangsungkan sintesis protein struktural dan protein pengatur

esensial untuk kerja sel atau mahluk hidup. Ribosa, atau D-ribosa, adalah sebuah aldopentosa sebuah monosakarid yang terdiri dari lima atom karbon, dan termasuk sebuah gugus fungsional aldehida dalam bentuk linearnya. Ribosa memiliki formula kimia C5H10O5, dan ditemukan pada 1905 oleh Phoebus Levene. Sebagai sebuah komponen RNA yang digunakan untuk transkripsi genetika, ribosa sangat penting bagi makhluk hidup. Dia berhubungan dengan deoksiribosa, yang merupakan komponen dari DNA. Ribosa juga komponen dari ATP, NADH, dan beberapa kimia lainnya yang sangat penting bagi metabolisme.

STRUKTUR DNA
Hasil penelitian telah berhasil mengembangkan teori tentang struktur DNA. Teori struktur DNA berhasil dianalisis oleh Erwin Chargaff (1949) menggunakan teknik kromatografi (Kromatografi adalah suatu teknik pemisahan molekul berdasarkan perbedaan pola pergerakan antara fase gerak dan fase diam untuk memisahkan komponen (berupa molekul) yang berada pada larutan. Molekul yang terlarut dalam fase gerak, akan melewati kolom yang merupakan fase diam.Molekul yang memiliki ikatan yang kuat dengan kolom akan cenderung bergerak lebih lambat dibanding molekul yang berikatan lemah.) Ia menemukan bahwa jumlah kandungan adenin sama dengan timin sedangkan guanin sama dengan sitosin. Hasil penemuan tersebut menghasilkan suatu aturan yang dinamakan aturan Chargaff yang menyatakan bahwa : Jumlah A, T, G, dan S dalam DNA bervariasi dari spesies ke spesies. Untuk setiap spesies A=T dan G=S

a. b.

Hasil percobaan lain dengan menggunakan sinar X oleh Rosalin Franklin (1953), murid dari Maurice H.F. Wilkins di Kings College, London menunjukkan bahwa bentuk DNA adalah spiral (heliks). Penemuan-penemuan diatas telah menarik perhatian James D. Watson (ahli biologi Amerika Serikat) dan Francis H.C. Crick (ahli biofisika Inggris) untuk membuat model struktur DNA tahun 1953. Mereka tahu bahwa DNA merupakan polimer nukleotida, tapi belum tahu susunan nukleotida dlm molekul DNA. Akhirnya mereka membuat suatu hipotesis berupa model Watson-Crick yaitu : DNA berbentuk heliks ganda (double helix) atau disebut DNA dupleks. Jika heliks diluruskan, maka akan berbentuk seperti tangga. Dalam satu molekul DNA, utai gula-fosfat terletak disebelah luar dan berperan sebagai tulang punggung atau induk tangga. Untai basa yang terletak di sebelah dalam merupakan anak tangga.

a.

b.

Diameter heliks : 2 nm Jarak setiap pasang basa : 0,34 nm Jarak setiap pilinan penuh heliks ganda : 3,4 nm Pola pasangan basa : A = T, G = S
c.

1 molekul DNA disusun 2 rantai polinukleotida. Basa dari kedua rantai tersebut berpasangan sesuai aturan chargaff (A-T dan G-S) yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen. Pasangan basa itu deisebut pasangan basa komplementer karena saling melengkapi satu dengan yang lain, sehingga bada purin selalu terikat dengan pirimidin.

Basa C sama dengan S, yaitu sitosin

d.

Dua heliks rantau nukleotida terpilin dalam 1 sumbu membentuk heliks ganda mengarah ke kanan. Basa purin dan pirimidin menuju ke pusat heliks ganda sehingga arahnya selalu berhadapan. Gugusan gula yang tedapat dalam DNA adalah 5-karbon deoksiribosa. Tiap kelompok fosfat terdiri atas atom fosfor dengan 4 atom oksigen yang terikat terhadapnya. Kedua rantai polinukleotida yang membentuk molekul DNA bersifat antiparalel. Nukelotida yang berurutan satu dengan yang lain distukan oleh ikatan fosfodiester 3 5, sedangkan pasangan nukleotida komplementernya disatukan oleh ikatan fosfodiester 5 3.

Penggunaan DNA dalam teknologi

Penggunaan DNA Dalam Tehnologi. 1. DNA dalam forensik Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, semen, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling terpercaya untuk mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang. 2. DNA dalam Komputasi DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi. Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda. Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan

teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan pencarian homologi.

KERAGAMAN MOLEKUL DNA

(persis pleeek buku)

REPLIKASI DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Replikasi DNAmerupakan replikasi semikonservatif karena setiap heliks yang terbentuk terdiri atas rantai polinukleotida lama dan baru. Cara replikasi ini diungkapkan oleh Mattew Meselson dan Franklin Stahl (1958) Replikasi terjadi sebelum sel membelah. Proses replikasi terdiri dari 2 : a. Pelepasan (proses lepas dari ikatan) heliks ganda menjadi utasan tunggal dan pembentukan percabangan replikasi. b. Sintesis rantai polinukleotida Yang pertama PELEPASAN HELIKS GANDA Pelepasan dimulai dari titik awal replikasi dengan bantuan enzim DNA polimesare.

Kerusakan DNA
Kerusakan DNA Kerusakan DNA, akibat faktor perserikatan dan proses metabolis normal dalam sel, berlaku pada kadar 1000 hingga 1.000.000 luka molekul setiap sel setiap hari. 1) sungguhpun ini hanyalah 0.000165% dari pada genom manusia yang dianggarkan 6 billion asas (3 billion pasangan asas), luka tidak dibaiki dalam gen penting (seperti gen pemendam tumor) mampu melumpuhkan keupayaan sel bagi meneruskan fungsi dan meningkatkan kemungkinan pembentukan timor. Sejumlah besar kerusakan DNA memberi kesan kepada struktur utama helix berkembar, yaitu asas itu sendiri diubah secara kimia. Pengubahan ini seterusnya mengganggu struktur helix biasa dengan memperkenalkan ikatan kimia bukan-asal atau

tambahan lain (bulky adducts) yang tidak sesuai dengan helix berkembar piawaian. Tidak seperti protein dan RNA, DNA biasanya tidak memiliki struktur berlapis (tertiary structure) dan dengan itu kerusakan atau gangguan tidak berlaku pada aras tersebut. DNA, sebaliknya supergulung dan bergulung sekitar protin dibungkus yang dikenali sebagai histone, dan kedua struktur terdedah kepada kesan kerusakan DNA. Pemulihan DNA Dan Barah Mutasi diwarisi yang memberi kesan kepada gen pemulih DNA berkait rapat dengan resiko barah pada manusia. Barah kolorektal Nonpoliposis diwarisi (hereditary nonpolyposis colorectal cancer) (HNPCC) berkait rapat dengan mutasi khusus dalam laluan pemulihan salah pasang DNA. BRCA 1 dan BRCA 2, dua mutasi terkenal memberikan resiko penyakit barah payu darah yang tinggi kepada pembawa, keduanya dikaitkan dengan sejumlah besar laluan pemulihan DNA, terutamanya NHEJ dan pengabung homologous. Prosedur terapi barah seperti kemhoterapi dan radiotherapy berfungsi dengan melapisi keupayaan sel bagi membaiki kerusakan DNA, menyebabkan kematian sel. Sel yang membagi dengan pantas pada kebiasaannya sel barah-biasanya mendapat kesan yang dikehendaki. Kesan sampingan adalah sel bukan barah lain tetapi membagi dengan pantas seperti sel stem (stem cell) dalam sum-sum tulang turut terjejas. Rawatan barah moden cuba menghadirkan kerusakan DNA kepada tisu dan sel yang berkait dengan barah, sebagai Hukum Ekivalen Chargaff;

Jumlah purin sama dengan primidin Banyaknya adenine sama dengan timin, juga jumlah glisin sama dengan sitosin

DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen membentuk rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA) dengan tulang punggung gula fosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua rantai polinukleotida saling berikatan melalui ikatan hydrogen antara basa-basa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua basa berada di dalam double helix dan tulang punggung gula-fosfat berada di bagian luar. Purin selalu berpasangan dengan primidin (A-T,G-C). perpasangan secara komplemen tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas dengan susunan yang paling sesuai. Hal ini bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun secara antiparalel. Untuk memaksimumkan pengemasan pasangan basa tersebut, kedua tulang punggung gula-fosfat tersebut berpilin membentuk double helix, dengan satu putaran komplementer setiap 10 pasang basa. Polaritas dari rantai DNA ditunjukkan dengan sebutan ujung 5` dan ujung 3`. Arah pembacaan basa nukleotida dari ujung 5` menuju ujung 3`.

Mencegah Kerusakan DNA

MENGONSUMSI AIR PUTIH BISA MENCEGAH KERUSAKAN DNA

Air memiliki manfaat yang sangat banyak. Sebuah penelitian pada Oktober 1994 yang dilakukan oleh Alfred G. Gilman dari Universitas Texas Southwestern Medical Center dan Martin Rodibell of the National Institute of Environmental Health Sciences menerima hadiah Nobel atas karyanya mengenai bagaimana sel tubuh berkomunikasi satu sama lain dengan mengirimkan sinyal radio. Sejumlah ilmuwan ternama termasuk Dr Lorenzen mendemonstrasikan sinyal yang difasilitasi oleh cincin air yang ada di dalam sel semua mahluk hidup. Pemenang Nobel David Baltimore seorang ahli biologi molekular di Universitas Rockefeller, New York, Amerika Serikat (AS). Ia mengatakan, sinyal yang dipancarkan oleh interaksi biokimia dan akan selalu dicari karena adanya kontrol tingkah laku dari sel. Robert Bell,Kepala Departeman Molecular Cancer Biology di Universitas Duke menyatakan jika sinyal yang ditransmisikan merupakan konsep tunggal paling penting di dunia biologi modern dan pengobatan.

Kini diketahui air memiliki peranan penting dalam komunikasi sel dan juga ribuan fungsi metabolisme dan sel tidak seperti karton atau lingkaran kecil nukleus yang pernah dipikirkan sebelumnya. Dalam sejarah dari salah satu pemenang Nobel bernama Henri Coanda menemukan arus dinamika serta ratusan hak paten lainnya menjadi terpancing dengan air minum di dataran tinggi Hunza di Pegunungan Karakorum, di sebelah utara Pakistan di mana masa jangka waktu hidup antara 120 hingga 140 tahun. Sejumlah ilmuwan juga mempelajari Ultimate Mega H- secara signifikan akan memperbaiki absorsi nutrisi antar-sel dan juga menyiapkan transfer eletron untuk pemberian energi.

Salah satunya adalah Ultimate Mega H- bisa memberikan proteksi dari kerusakan DNA dan ini terdapat dalam komponen air

Replikasi

Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk membuat rantai pasangannya. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini

dibantu oleh enzim helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah. Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil.

http://sarahbolobolo.blogspot.com/2012/06/pengertian-dna-lengkap.html

Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit mononukleotida, jika unit - unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat (DNA)dan jika terdiri dari unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat (RNA).

DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3 suatu mononukleotida dan posisi 5 pada mononukleotida lainnya(Harpet, 1980).

Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di dalam semua sel. Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer yang disebut nukleotida(Dage, 1992).

Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat(RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA (mRNA), meninggalkan inti sel dan mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNA-nya(fessenden, 1990).

Perbedaan DNA dan RNA Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki perbedaan dengan DNA, antara lain yaitu(Poedjiati, 1994):

1. 2. 3. 4.

Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah dioksiribosa. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa rantai tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian pula jumlah adenin, tidak perlu sama dengan urasil.

Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam hal (Suryo, 1992) : 1. Ukuran dan bentuk Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA berbentuk double helix, sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. Meskipun demikian pada beberapa virus tanaman, RNA merupakan pita double namun tidak terpilih sebagai spiral.

2. Susunan kimia Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan DNA yaitu: a. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa. b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi urasil.

3. Lokasi DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung dari macamnya, yaitu: a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu pita DNA yang berlangsung didalam nukleus. b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma. c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.

4. Fungsinya DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan fungsi RNA tergantung dari macamnya, yaitu: a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan transkripsi, berlangsung didalam inti sel. b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma. c. RNA t, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino, proses ini berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida. Sumber link

DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan tumbuhan terdapat di dalam inti sel, dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan kloroplast. Penyebutan nama DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA genome inti (nuclear DNA genome) berasal dari inti sel, DNA genom mitokondria (mitochondrial DNA genome) berasal dari mitokondria, DNA genom kloroplast berasal dari kloroplast. Pada organisme tingkat rendah, DNA penyusun kromosom dan plasmid dibungkus oleh dinding sel (pada bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu (pada virus). Kromosom eukariot berbentuk linear sedangkan kromosom prokariot berbentuk sirkular. Selain itu prokariot juga mengandung satu atau lebih plasmid. Plasmid merupakan mulekul DNA sirkular dengan ukuran yang jauh lebih kecil dibanding kromosom.

Isolasi DNA kromosom. Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak sel tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan RNase (yang berfungsi untuk mendegradasi RNA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selanjutnya ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu 90 oC untuk menginaktifasi enzim yang mendegradasi DNA (DNase). Larutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa dilarutkan lagi dengan air.

Isolasi DNA plasmid

DNA plasmid merupakan wadah yang digunakan untuk kloning gen, sehingga DNA plasmid harus di pisahkan dari DNA kromosom. DNA plasmid mempunyai ukuran yang jauh lebih kecil daripada DNA kromosom. Untuk memisahkan DNA plasmid, maka memerlukan perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. Pertama, membran sel dilisis dengan penambahan detergen. Proses ini membebaskan DNA kromosom, DNA plasmid, RNA, protein dan komponen lain. DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan potasium. DNA + protein + potasium yang mengendap dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Supernatan yang mengandung DNA plasmid, RNA dan protein yang tersisa dipisahkan. Kemudian ditambahkan RNase dan protese untuk mendegradasi RNA dan protein. Akhirnya DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol.

Isolasi RNA RNA, terutama mRNA merupakan materi genetik yang mengkode suatu protein. Jumlah populasi mRNA akan lebih banyak dibanding dengan DNA. mRNA eukariot dapat dipisahkan dari DNA dengan menggunakan oligonukleotida dT. Atau RNA total juga dapat di isolasi dari sel dengan menambahkan enzim DNase yang berfungsi untuk mendegradasi DNA.

Ekstraksi DNA dari organisme eukaryote (manusia, hewan dan tumbuhan) dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls), penghilangan protein dan RNA (cell digestion) dan pengendapan DNA (precipitation of DNA) dan pemanenan. Berbagai teknik ekstraksi DNA telah dikembangkan dari prinsip dasar tersebut, sehingga saat ini muncul berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Hasil ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting untuk langkah berikutnya. Oleh sebab itu dalam pelaksanaannya harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi.

Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (ethyllenediamine tetraacetic), dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate). EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat). SDS merupakan sejenis deterjen yang berfungsi merusak membrane sel. Enzim proteinase K dapat digunakan untuk menghancurkan protein. Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Kemudian molekul nuleotida (DNA dan RNA) yang telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan phenol. Dalam proses ini sebagian kecil RNA juga dapat dibersihkan. Sedangkan choloform digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan polisakarida dari larutan. Enzim RNAase digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan mencampur larutan DNA tersebut dengan NaCl yang berfungsi memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan mengendapkan DNA sewaktu dicampur dengan ethanol. Proses sentrifugasi dengan kecepatan tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel di dasar tabung ependorf.

Pada manusia, hanya sel darah putih yang mempunyai inti dan mengandung DNA. Agar lebih efisien, isolasi DNA dilakukan hanya terhadap sel darah putih. Oleh sebab itu sampel darah total (whole blood) yang masih segar langsung dipisahkan menjadi serum, sel darah merah dan sel darah putih (dilapisan buffy coat) dengan teknik sentrifugasi. Setelah disentrifugasi, sampel darah total akan terbagi menjadi tiga lapisan, yaitu lapisan paling atas merupakan serum, lapisan tengah berwarna putih tipis adalah sel darah putih (buffy coat) dan lapisan bawah adalah sel darah merah. Lapisan kedua yang merupakan sel darah putih diambil dengan klinipette.

http://wanenoor.blogspot.com/2011/06/pengertian-dna-dan-isolasi-dna-kromosom.html

Rabu, 10 September 2008

Diposkan oleh Rizki di 16:05 Tidak ada komentar:

Selasa, 12 Agustus 2008

Isolasi DNA Tanaman Pisang (Musa sp)

Ringkasan

1.

Daun Pisang Digerus ditambahkan dengan nitrogen cair (Buffer lisis) sebanyak 2 ml kemudian Masukan kedalam tabung effendof 1,5 ml, Inkubasi 1 jam dengan suhu 60 derajat C.Ekstraksi dengan fenol:kloroform:isoamil (25:25:1) dan di homogenkan Sentrifugasi 10.000 rpm selama 10 menit

2. 3. 4. 5.

Ambil Supernatanya dan peletnya dibuang kemudian Pindahkan ketabung effendof baru, Presipitasi (diendapkan) dengan iso propanol dua kali jumlah volume. Homogenkan dan Sentrifugasi 10.000 rpm selama 10 menit Ambil Peletnya dan buang supernatannya kemudian bilas dengan etanol 70% sebanyak 1 ml, homogenkan dan sentrifugasi 10.000 rpm selama 5 menit. Ambil Peletnya dan buang supernatannya, kemudian dikering anginkan dan ditambah dengan aquabides diperoleh sampel DNA

Pembahasan
Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis tanaman, organ tanaman, maupun jaringannya dapat dilakukan dengan berbagai cara. Namun pada intinya terdapat tiga faktor utama yang sangat penting untuk dalam melakukan purifikasi dan ekstraksi DNA secara maksimal. Pertama adalah cara dalam menghomogenkan jaringan tanaman khususnya adalah dinding selnya. Kedua adalah komposisi dari larutan buffer yang ditambahkan dalam penggerusan jaringan tanaman dan yang ketiga adalah penghilangan enzim penghambat-polisakarida. Tahapan yang dilakukan untuk mendapatkan DNA tanaman pisang adalah penggerusan atau homogenasi daun pisang dengan penambahan nitrogen cair. Fungsinya adalah untuk mempermudah penggerusan dan menjaga agar DNA tidak mengalami kerusakan. Hal ini dilakukan sampai didapatkan daun tanaman pisang yang telah hancur. Selanjutnya dilakukan penambahan buffer ekstrak yang berfungsi untuk melisiskan membran sel dan membran fosfolipid bilayer, atau dalam praktikum kali ini hanya menggunakan nitrogen cair karena memiliki fungsi yang sama dengan bufer ekstrak. Kemudian dilakukan inkubasi sampel dalam water bath bersuhu 60 derajat C selama 60 menit. Hal ini dilakukan untuk optimalisasi kerja buffer ekstrak. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi sampel dengan kecepatan 10000 rpm selama 10 menit dalam suhu 4 derajat C. hal ini dilakukan untuk memisahkan debris dan komponen sel lain yang menjadi pengotor dengan DNA. Hasilnya didapatkan bahwa supernatan berwarna hijau sedangkan pelet berwarna putih kehijauan. Supernatan yang telah diperoleh selanjutnya diambil dan ditambahkan dengan larutan Phenol:Chloroform:Isolamyl Alkohol (PCI). Hal ini dilakukan untuk mengekstraksi DNA dari kontaminan. Fenol merupakan pelarut organik yang dapat melarutkan protein, lipid dan molekul lain sepergi polisakarida sehingga diharapkan akan didapatkan supernatan yang berisi DNA bebas kontaminan. Setelah pencampuran, homogenat tersebut divorteks untuk optimalisasi homogenasi. Selanjutnya dilakukan sentrofugasi homogenat dengan PCI tersebut dengan kecepatan 10000 rpm selama 10 menit dalam suhu 4 derajat C. hasil yang didapatkan adalah supernatan dan pelet yang berada pada tiga lapisan lapisan atas berwarna hijau jernih, lapisan tengah berwarna hijau keruh dan pelet yang berwarna hijau tua. Kemudian diambil supernatan pada lapisan paling atas dan ditambahkan larutan Chloroform:Isoamyl Alkohol untuk presipitasi lanjutan. Kemudian kembali dilakukan vorteks dan sentrifugasi. Untuk memperoleh DNA dari daun tanaman pisang, diperlukan bahan seperti nitrogen cair atau buffer ekstrak (2%CTAB, 100 mM Tris-HCl (pH:8), 20 mM EDTA, 14 M NaCl) steril, Fenol: Chloroform: IsoamylAlkohol (PCI) = 25: 24: 1; Chloroform: Isoamilalkohol (PCI) = 24 : 1, 7.5 M Ammonium acetate,Etanol Absolut, Etanol 70 %, TE Buffer pH 8. EDTA merupakan agen pengkelat yang dapat mengikat ion-ion logam atau ion-ion bermuatan di-positif seperti Ca2+ dan Mg2+ sehingga komponenkomponen di membran terluar sel akan terurai dengan terikatnya molekul yang biasanya mengikat. Pada prosedur ekstraksi yang telah dilakukan ini digunakan fenol-kloroform yang berfungsi sebagai pendenaturasi protein. Sedangkan DNA dan RNA tidak terdenaturasi karena molekul ini tidak larut didalam pelarut organik seperti fenol-kloroform. Selanjutnya dilakukan presipitasi DNA dengan menggunakan etanol. Hal ini berfungsi sebagai penghilang fenol-kloroform. Sebab apabila fenol-kloroform masih berada di dalam sampel maka dikhawatirkan akan menghambat kerja enzim-enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler. Hasil yang didapatkan dari presipitasi CI akan terbentuk kembali supernatan dan pelet pada eppendorf, kemudian dilakukan pengambilan supernatan. Supernatan ditambahkan dengan amonium nitrat dan etanol absolut untuk presipitasi lanjutan dan menghilangkan kontaminan. Hasilnya diketahui terbentuk filamen-filamen DNA dalam larutan jernih tersebut. Kemudian dilakukan inkubasi selama satu malam untuk optimalisasi presipitasi. CTAB memiliki fungsi yang sama seperti SDS, yaitu berfungsi sebagai pelarut lipid dari membran sel. SDS adalah sejenis

deterjen yang mampu mengemulsi lipid. Setelah inkubasi selama semalam dengan etanol absolut dan amonium nitrat dan diketahui filamen DNA selanjutnya dilakukan sentrifugasi kembali untuk mendapatkan pelet DNA. Setelah supernatan dibuang, selanjutnya ditambahkan etanol 70% untuk presipitasi lanjutan. Kemudian dilakukan sentrifugasi sampai didapatkan pelet DNA Pelet DNA yang didapatkan kemudian dikering anginkan

http://isolasidna.blogspot.com/