Anda di halaman 1dari 13

SUATU ULASAN MUTASI VIRUS RNA SEBAGAI PENYEBAB KEBERAGAMAN DAN PERKEMBANGANNYA

BIOLOGI MOLEKULER Heru Setiawan 1. I. Latar Belakang. Perkembangan dari suatu virus merupakan suatu hal unik yang sangat menarik dipelajari. Hal ini dikarenakan virus memiliki siklus hidup yang menarik dimana virus hanya dapat hidup di dalam sel hidup. Selain itu virus mampu bermutasi secara cepat. Hal-hal tersebut menjadi sangat menarik untuk dipelajari dalam hubungnya dengan upaya pencegahan dan penanganan dari infeksi virus itu sendiri. Sejarah penemuan virus dimulai dari akhir abad ke 19, dimana Louis Pasteur dan ilmuwan lainnya telah meyakinkan dunia ilmiah bahwa penyakit menular dari tanaman dan hewan yang disebabkan bakteri. Namun studi penyakit mosaik tembakau pada tanaman tembakau dan kuku-dan-penyakit mulut pada sapi menunjukkan adanya jenis lain agen infeksi. Telah ditemukan juga berbagai fakta baru, misalnya bahwa getah dari tanaman tembakau yang sakit bisa menularkan penyakit mosaik ke tanaman yang sehat, bahkan ketika getah tersebut diamati dibawah mikroskop cahaya maka tidak menunjukkan adanya suati bakteri. Untuk memperoleh suatu hasil yang lebih jauh dari penyebab penyakit tersebut maka seorang ahli biologi Rusia Dmitri Ivanovsky melakukan penyelidikan. Dimana dari penyelidikannya Ivanovsky untuk menyimpulkan bahwa penyakit tertentu disebabkan oleh patogen yang lebih kecil, dan mungkin sederhana, daripada bakteri yang dikenal terkecil. Patogen tersebut selanjutnya dikenal dengan virus. dikenal sebagai virus (Karp, 2010). Dalam perkembangannya penelitian tentang virus berkembang dengan pesat. Diantaranya pada tahun 1942 Luria dan Anderson mempertunjukkan penggunaan mikroskop elektron untuk mengetahui morfologi virus, kemudian pada tahun 1928 Rivers menyatakan bahwa virus dalam berepreduksi memerlukan sel hidup. Pada tahun 1934 Rous dan Reard menyatakan bahwa terdapat beberapa virus yang dapat menyebabkan tumor pada binatang (Syahrurachman et al., 1993). Penelitian tentang virus sampai saat ini terus berlangsung dan menjadi suatu bahasan yang menarik mengingat virus telah mengambil bagian sebagai salah satu penyebab berbagai penyakit pada manusia. Selanjutnya dalam perkembangannya virus RNA menjadi menarik untuk dipelajari. Hal ini karena keunikan yang ada pada virus RNA dimana salah satunya adalah sintesa komponen baru pada virus RNA hanya berlangsung 3 10 jam, dibandingkan virus DNA yang memerlukan waktu 5 15 jam. selain itu virus RNA mewakili sedikit dari sistem yang mampu mengukur secara akurat dan tepat distribusi dari

mutan baru. Virus RNA juga memiliki banyak keragamannya dan telah menyebabkan penyakit dan kematian pada manusia ( Holmes, 2009) 1. II. Struktur Umum Virus. Virus merupakan organisme dengan ukuran terkecil, ukuran tersebut bervariasi mulai dari yang berdiameter 300 x 250 x 100 nm misalnya pada poxviridae atau yang berukuran dengan diameter 20 nm misalnya pada parvovirus (Syahrurachman et al., 1993). Virus hanya dapat hidup pada organisme hidup yaitu tanaman, hewan, dan bahkan pada sel bakteri. Pada saat berada diluar sel hidup virus membentuk partikel yang disebut dengan virion (Karp, 2010). Dimana virion berukuran lebih kecil daripada suatu kemasan makromolekuler. Virion mengandung material genetik yaitu asam nukleat baik berupasingle strand atau double standi (RNA atau DNA). Virion merupakan agregrat makromolekuler, tidak dapat bereproduksi, dan tidak begerak ataupun beraktivitas layaknya manunjukkan adanya kehidupan (Karp, 2010). Inti dari virion yang terdiri dari RNA atau DNA tersebut akan bergabung dengan protein sehingga disebut dengan kapsid. Kapsid memiliki beberapa fungsi yaitu melindungi asam nukleat dari pengaruh ekstraseluler, mempermudah proses penempelan dan pada proses penembusan dalam sel (Syahrurachman et al., 1993). Protein pada kapsid virus mampu mengikat komponen permukaan tertentu dari sel inang. Misalnya protein pada permukaan virus HIV mampu berinteraksi dengan protein tertentu pada permukaan sel darahputih tertentu yang dikenal dengan protein CD4 (Karp 2010). Kapsid pada virion terdiri dari sejumlah kapsomer yang terikat satu sama lain dalam ikatan kovalen. Molekul polipeptida yang menyusun kapsid harus tersusun simetris karena untuk melindungi materi genetik virus. Susunan polipeptida tersebut dapat berupa helix atau simetri ikosahedral. Pada bentuk simetri helix, asam nukleat memanjang yang dikelilingi oleh molekuk-molekul protein yang tersusun sperti spiral sehingga hanya mempunyai satu sumbu rotasi, contoh pada myxovirus dan rhabdovirus (Syahrurachman et al., 1993). Gambar 1 dibawah merupakan contoh dari bentuk simetri helix .

Gambar 1. a. Simetri helix pada TMV, b TMV pada mikroskop elektron (Karp 2010) Bentuk kapsid simetri ikosahedral ternyata lebih komplek dan rumit. Bentuk kapsid ini dibatasi oleh dua puluh segitiga sama sisi. Bentuk ini memiliki sumbu rotasi ganda (gambar 2), misalkan pada reovirus dan adenovirus. Dimana pada adenovirus terdiri dari 254 kapsomer, sedangkan pada reovirus memiliki struktur unik karena terdiri dari dua lapis kapsid, dimana keduanya memiliki susunan ikosahedral (Syahrurachman et al., 1993).

Gambar 2. Adenovirus (Karp, 2010) Suatu temuan mengejutkan terjadi pada tahun 1971 yaitu penemuan virus yang menyerang tanaman kentang dan menyebabkan bentuk kentang menjadi berpilin dan retak. Virus diidentifikasi dengan substansi genetik berupa RNA dengan jumlah nukleotida sebanyak 240 600. Namun yang mengejutkan dari virus tersebut adalah bentuknya yang unik yaitu RNA

virus tersebut tidak memiliki lapisan protein sebagai pembungkus. Selanjutnya virus tersebut dikenal dengan virus telanjang (gambar 3)

Gambar 3. Virus telanjang (sumber yahoo.com)

1. III. Virus RNA. Dalam perkembangan selanjutnya dengan semakin banyak penyakit yang disebabkan oleh virus, maka memunculkan keberagaman penemuan virus. untuk memudahkan dalam mengidentidikasi maka virus-virus tersebut di kelompokkan kedalam beberapa kelompok. Dasar pengelompokan tersebut menurut Lwoff et al dalam Syahrurachman et al. (1993) yaitu Jenis asam nukleat penyusunya DNA atau RNA. Simetri kapsid Ada tidaknya selubung. Banyaknya kapsomer untuk virus ikosahedral atau diameter nukleokapsid untuk virus helikoidal. Hingga saai ini telah teridentifikasi sebanyak enampuluh satu famili virus yang dikelompokkan menjadi 2 yaitu virus bergenom RNA dan virus bergenom DNA. Sebagian besar dari keenam puluh satu famili virus tersebut merupakan virus dengan genom RNA. Anonim (2012) menyebutkan bahwa pada virus RNA biasanya materi genetik yang menyusunnya adalah RNA rantai tunggal (single stranded RNA), namun terdapat juga virus RNA dengan materi genetik rantai ganda (double stranded RNA). Virus RNA juga dikena menyebabkan banyak penyakit pada manusia misalnya SARS, influenza, hepatitis C, demam west nile, dan polio. Beberapa contoh dari famili virus bergenom RNA adalah famili Togaviridae yang didalamnya terdapat virus cikungunya dan virus rubela. Famili Orthomyxoviridae misalnya adalah virus influenza. Famili Retroviridae yang didalamnya terdapat virus HIV. Famili virus RNA yang lain adalah Flaviridae, dimana pada famili ini terdapat virus penyebab demam berdarah, demam kuning. Famili Rhabdoviridae terdapat virus piry, virus isfahan, virus rabies. Virus ebola dan virus marburg merupakan contoh virus yang berasal dari famili Filoviridae. Virus RNA menjadi sangat menarik untuk dipelajari karena virus ini memiliki beberapa karakteristik selain memang jumlah keragamannya lebih banyak daripada virus DNA. Dimana karakteristik lainnya itu adalah virus RNA mereplikasi dengan kecepatan mutasinya yang sangat tinggi, sehingga menyebabkan keragaman virus RNA sangat tinggi. Keragaman ini memungkinkan virus cepat beradaptasi dengan lingkungan dan berkembang sehingga menjadi resisten terhadap vaksin dan obat antivirus (Lauring dan Andino, 2010). 1. IV. Mutasi dan Perkembangan Virus RNA Virus RNA merupakan virus yang dikenal dengan kemampuanya dalam bermutasi yang lebih cepat daripada virus DNA, hal ini karena RNA polimerase virus tidak memiliki kemampuan proofreading sebagaimana pada DNA polimerase (Anonim, 2012a). Sebagai konsekuensi dari kurangnya proofreading aktivitas polimerase virus RNA tersebut, baru varian genetik virus secara konstan diciptakan (Elena dan Rafael, 2005). Virus RNA juga mudah beradaptasi terhadap perubahan kondisi lingkungan hal ini menyebabkan virus RNA menjadi kebal terhadap obat antivirus dan vaksin. Oleh karena itu, tingkat mutasi yang tinggi 1. 2. 3. 4.

virus RNA dibandingkan dengan organisme dengan DNA yang bertanggung jawab untuk mengatur kapasitas adaptif mereka. Berikut akan disajikan contoh perkembangan dan mutasi virus RNA. 1. A. Mutasi virus Avian Influensa. Virus flu burung merupakan virus yang disebabkan oleh virus H5N1, dan mulai menyebar sekitar tahun 2004. Sebagaimana virus RNA lainnya, virus ini memiliki kemampuan mutasi yang sangat cepat. Urutan genetik strain virus flu burung secara bertahap perubahan, atau bermutasi, dari waktu ke waktu, perubahan genetik ini terjadi melalui 2 cara yaituantigenic drift dan antigenic shift (Anonim, 2012b). Antigenic drift mengacu pada mutasi acak secara spontan pada RNA virus yang terjadi dari waktu ke waktu. Mutasi ini kecil, dan biasanya perubahan satu nukleotida pada suatu waktu. Virus secara bertahap akan mengakumulasi mutasi dalam RNA mereka, pada akhirnya menyebabkan mereka menjadi strain baru. Sedangkan antigenic shift adalah mutasi yang sangat besar dan mendadak (perubahan nukleotida banyak/banyak gen), yang terjadi sekaligus. Antigenic shift terjadi ketika dua jenis virus menginfeksi sel yang sama. RNA virus akan bercampur dan membentuk virus baru yang memiliki perubahan besar dalam genom mereka (gambar 4).

Gambar 4. Antigenic shift (Anonim, 2012b). Dampak dari mutasi ini adalah dengan munculnya berbagai strain baru dari virus ini. Selain itu utasi pada virus dapat menyebabkan perubahan karakteristik, seperti kemampuan

menular, patogenisitas, dan bentuk permukaan protein. Hal-hal yang berubah, dan berapa banyak mereka berubah, tergantung pada bagaimana dan di mana RNA bermutasi. Misalnya, mutasi pada gen hemaglutinin dapat menyebabkan protein permukaan hemaglutinin untuk sedikit mengubah bentuknya, atau benar-benar mengubah jenis protein permukaan (misalnya H3 sampai H5). 1. B. Mutasi retrovirus. Retrovirus merupakan virus yang sangat dikenal manusia dengan virus HIV yang menyebabkan penyakit AIDS. Dimana vdalam perkembangan penanganan medisnya, sampai saat ini masih dalam tahap penelitihan untuk mengembangkan vaksinnya. Retrovirus merupakan virus dengan kemampuan untuk mereplikasi dalam sel inang. Seperti halnya virus RNA lainnya, virus ini juga memiliki kecepatan mutasi yang tinggi. Studi terhadap perkembangan dan variasi retrovirus menjadi sangat penting karena memiliki implikasi penting tidak hanya pada keragaman virus dan evolusi, tetapi juga pada virulensi, patogenesis dan kemampuan untuk mengembangkan obat antivirus dan vaksin yang efektif (Mansky, 1998). Laporan awal tentang variasi retrovirus kemukakan oleh Rous & Murphy (1913), di mana mereka mengamati varietas yang berbeda dari tumor akibat infeksi oleh virus sarkoma no 1 pada ayam no. 1 yang sekarang dikenal dengan rous sarcoma virus (RSV). Selanjutnya Duran-Reynals (1942) mencatat variasi rous sarcoma virus ketika RSV ini telah menginfeksi pada bebek, kemudian kembali ke ayam. Variasi ini termasuk tumor yang tumbuh pesat namun tidak menular dan tumor yang tumbuh dengan lambat namun bersifat menular (Mansky, 1998). Variasi genetik retrovirus dapat dikatakan sebagai gabungan dari tingkat mutasi per siklus replikasi, jumlah siklus replikasi, tingkat fiksasi mutasi dan tingkat rekombinasi. Mengingat variabilitas yang tinggi pada retrovirus, diperkirakan bahwa tingkat mutasi per siklus replikasi mungkin variabel utama yang bertanggung jawab. Pandangan seperti itu didukung oleh banyaknya penelitian sel bebas yang menunjukkan tingkat kesalahan yang tinggi dari reverse transcriptase yang dimurnikan dari berbagai retrovirus. Hal ini menjadi jelas bahwa reverse transcriptase memainkan peran utama dalam menentukan tingkat di mana mutasi terjadi selama proses transkripsi balik Sebuah percobaan dari Dougherty dan Tamin (1998) dalam Mansky (1998) menggunakan sebuah SNV berbasis vektor yang mengandung dua penanda dipilih (neo dan hygro) untuk mengembangkan sebuah protokol di mana vektor retroviral dapat direplikasi dan akan menyelesaikan satu putaran replikasi (penjelasan pada gambar 5). Protokol ini didasarkan pada penggunaan helper retrovirus (kemasan) sel line, dimana sel line tersebut secara khusus direkayasa untuk memproduksi protein virus. Pengenalan vektor retroviral (yang sebagian atau semua gennya hilang) dapat dilengkapi di trans dalam sel helper sehingga partikel virus yang diproduksi dalam sel.

Gambar 5. Replikasi single sel retrovirus (Mansky, 1998) Vektor virus yang dihasilkan dari sel-sel ini kemudian dapat digunakan untuk menginfeksi sel target permisif. Dengan memperkenalkan vektor SNV kedalam klon sel helper SNV yang sudah terkarakterisasi, vektor virus diproduksi yang dapat digunakan untuk menginfeksi sel target permisif. Daftar Pustaka Anonim, 2012a. RNA Virus. online at http://en.wikipedia.org/wiki/RNA_virus#Singlestranded_RNA_viruses_and_RNA_Sense [accessed at 22 Desember 2012]. Anonim, 2012b. Mutation of The Avian Flu Virus. online athttp://library.thinkquest.org/05aug/01479/virus4.html [accessed at 22 Desember 2012]. Elena dan Rafael, 2005. Adaptive Value of High Mutation Rates of RNA Viruses: Separating Causes from Consequences. Journal of Virology. 79 (18) : 11555 11558. Holmes E. C. 2009. The Evolution and Emergence of RNA Viruses. Oxford University Press: New York. Lauring dan Andino, 2010. Quasispecies Theory and Behavior of RNA Viruses. Journal of PloS Pathogen 6(7) : 1 8. Karp, G. 2010. Cell And Molecular Biology Conceps And Experiments. John Wiley & Sons, Inc: USA.

Mansky, 1998. Retrovirus mutation rates and their role in genetic variation. Journal of General Virology Vol 79 : 1337 1345. Syahrurachman et al., 1993. Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran. Binarupa Aksara: Jakarta.
Share this:

Twitter Facebook

Like this: