Pada rangkaian pengamatan bakteri, terdapat cara untuk mengetahui sifat-sifat morfologi tersebut yaitu dengan pewarnaan bakteri.

Larutan pewana tidak dapat langsung masuk ke dalam sel hidup. Oleh karena itu, sel biasanya di bunuh dahulu sebelum dilakukan pewarnaan. Sel yang mati akan menyerap dan mempertahankan pewarna. Cara umum untuk membunuh sel adalah dengan fiksasi panas. Sel diapuskan pada gelas objek sehingga diperoleh lapisan tipis. Preparat kemudian dipanaskan pelahan-lahan untuk membunuh sel.