ISOLASI DNA

Laporan Praktikum
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Jurusan Biologi
Se!e"#er $%&%
A' Ju(ul )
Isolasi DNA
B' Tu*uan )
Tujuan dari praktikum kali ini adalah mengetahiu pengaruh jenis buah dan
jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi.
+' Pen(a,uluan )
DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua kelompok basa
yang berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimdin. Dua purin yang
paling banyak terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin, dan pirimidin yang
umum adalah sitosin dan timin. Purin dan pirimidin berisi beberapa ikatan ganda
yang berhubungan. Molekul molekul yang berisi ikatan demikian itu mempunyai
potensi untuk hadir dalam sejumlah struktur kimia yang berbeda, karena atom
hidrogennya mempunyai kebebasan tertentu. Misalnya saja satu atom hidrogen dapat
berpindah dari suatu gugusan asam amino ( N!
"
#, dengan meninggalkan gugusan
asam amino ( N! # dan muatan negati$ netto yang diserap oleh sistem %in%in
molekul yang berkonjugasi. &luktuasi kimia sema%am itu disebut pergeseran
tautomer, dan struktur struktur molekul berbeda yang dihasilkannya disebut tautomer
( 'oodenough ()** #.
DNA adalah polimer bukleotida biasa + bila dua nukleotida digabungkan,
molekul resultannya disebut dinukleotida , bila tiga menjadi trinukleotida , bila
beberapa membentuk polinukleotida. !anya satu gugusan $os$at dari setiap tri$os$at
pelopor termasuk dalam polimer. 'ugusan $os$at ini, yang terikat pada -
.
karbon
gula pentosa pada satu nukleotida, juga terikata se%ara kimia/i pada 0
.
karbon gula
nukleotida kedua, sehingga suatu deret -
.
0. pautan $os$at mengikat nukleotida
nukleotida itu menjadi satu sejauh panjangnya polimer. Ikatan ikatan $os$at itu sangat
kuat dan dikenal sebagai ikatan ikatan ester ko1alen, atau ikatan $os$odiester.
2esidu $os$at ( P3
4

# sepanjang rantai ini bersi$at asam, sehingga diberi nama asam

nukleat ( 'oodenough ()** #.
D' Ka*ian Pus!a-a
DNA ( Deo5yribose Nu%leid A%id # adalah master molekul yang mengkode
semua in$ormasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme
( jamilah, "66- #. DNA tersusun atas 0 komponen utama yaitu gula deeoksiribosa,
basa nitrogen, mitokondria, dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda, dimana basa nitrogen dan
kedua benag polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan $os$at.
Proses isolasi DNA dia/ali dengan proses ekstraksi DNA. !al ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain ytang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan dengan hati hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA.
7ntuk mengluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan meme%ahkan deinding sel,
membran plasma dan membran inti baik dengan %ara mekanik maupun se%ra kimia/i.
8ika dengan %ara mekanik bisa dilakukan dengan memblender atau menggerus
dengan menggunakan mortar dan pistil.
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen
dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidro$obik detregen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senya/a
lipid protein kompleks ( Ma%h$ud, "669 #. Ma%am ma%am detergan yang digunakan
jega berpengeruh pada hasil dari isolasi DNA dengan kualitas baik karena kandungan
pada masing masing detergen berbeda.
'aram garam memegang peran penting yang lain untuk menghilangkan
proteindan karbohidart karena garam dapat menyebabkan kedua terpresipitasi dan
bersama sama dengan detergen, keduanya ber$ungsi seperti halnya lysing bu$$er
( Dollard, ())4 #. Pemekatan dengan etanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi
presipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan.
E' Ala! (an Ba,an
&' Ala!
:lender
;aringan
<ertas saring
<ain saring
:eaker glass
;endok
;patula
Tabung reaksi
Pipet tetes
;endok plastik ke%il
$' Ba,an
. :uah ( pepaya, nanas, melon, pear #
. Detergen ( rinso, atta%k, bukrim, sunlight #
. Alkohol absolut )- =
A>uades
'aram dapur
F' Me!o(e Ker*a
Memblender "6 gr buah dan "6 ml a>uades selama ( menit ( semua buah diblender
satu persatu + buah pepaya, nanas, melon, pear #
+
Menyaring dengan saringan, lalu menyaring kembali dengan kertas saring
+
Meletakkan hasil saringan pada beaker glass
+
Mengambil detergen, dan memasukkannya kedalam beaker glass ( semua detergen
dimasukkan ke dalam beaker glass satu per satu + rinso, atta%k, bukrim, sunlightt #
+
Menambahkan ( sendok detrgen, " spatula Na?l, -9 ml a>uades
+
Mengaduk detrgen diatas dan jangan sampai berbuih
+
Memasukkan (- ml saringan buah ( alikot # kedalam tabung reaksi
+
Menambahkan (ml %ampuran detergen, lalu meneteskan 9 ml etanol @6= yang dingin
melalui dinding tabung reaksi
+
Men%atat /aktu a/al terbentuknya benang benang DNA dan membandingkan
ketebalan lapisan DNA yang terbentuk pada masing masing jenis buah
Mengulangi tiap jenis buah dan detergen masingmasing " kali.
G' DATA HASIL PENGAMATAN/ ANALISIS DATA DAN PEMBAHASAN
Ta#el Da!a Hasil Penga"a!an
:uah Detergen Aaktu :anyak DNA
Pepaya 2inso (- detik
Atta%k
:ukrim
;unlight
(@ detik
0 detik
4 detik
"6 detik
"9 detik
@ detik
* detik
Nanas
2inso
Atta%k
:ukrim
;unlight
*,"9 detik
@,00 detik
-,0( detik
9,"4 detik
4- detik
06,-@ detik
(0,"@ detik
04 detik
Melon
2inso
Atta%k
:ukrim
;unlight
@,)( detik
9,4) detik
9,(- detik
),(0 detik
*,6- detik
),64 detik
0,46 menit
0,0@ menit
Tomat
2inso
Atta%k
:ukrim
;unlight
(( detik
(- detik
9 detik
(0 detik
(@ detik
0* detik
"@ detik
() detik
<eterangan +
B + tipis
00 + sedang
BBB + agak tebal
BBBB + tebal
Analisis Da!a
Praktikum kali ini yaitu isolasi DNA bertujuan untuk mengetahui pengaruh
ma%am buah dan jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses
isolasi. :uah yang digunakan dalam proses isolasi DNA kali ini adalah buah pepaya,
nanas, melon, damn pear. ;ebelumnya buah buah ini di blender terlebih dahulu
selama satu menit agar nantinya bisa didapatkan alikot. ;etelah buah diblender
menyiapkan detergen yang telah ditambai dengan " spatula Na?l, a>uades -9 ml, dan
mengaduknya, namun dalam mengaduk diusahakan jangan sampai berbuih.
<emudian menuangkan (- ml alikot kedalam tabung reaksi yang selanjutnya ditetesi
etanol @6 = dingin melalui dinding tabung reaksi.
;etalah proses isolasi DNA dilakuakn, kami mendapatkan data bah/a pada
penggunaan buah pepaya sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil diisolasi paling
tebal dengan kuali$ikasi BBB ( agak tebal # ditemukan pada tabung reaksi yang berisi
larutan sabun rinso dan atta%k, sedangkan isolasi DNA yang kuali$ikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun %air sunlight dengan
kuali$ikasi B ( tipis #. Perolehan kuali$ikasi ini sama untuk setiap ulangan artinya pada
semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya pada larutan
sabun bukrim ini kuali$ikasinya ulangan pertama dan kedua sama yaitu BB ( sedang #.
<emudian untuk /aktu yang dibutuhkan detergen untuk membentuk DNA itu paling
%epat didapatkan oleg larutan sabun atta%k dengan /aktu untuk ulangan pertama 0
detik dan ulangan yang keduan 4 detik. ;edangkan /aktu yang paling lama yang
dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini dittempati oleh larutan sabun
bukrim, untuk ulangan pertama "6 detik dan ulangan yang kedua "9 detik. 7ntuk
detergen yang lain memiliki /aktu yang berada ditengah tengah larutan sabun atta%k
dan bukrim. Pada larutan sabun rinso /aktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA
ini, untuk ulangan pertama selama (- detik, dan untuk ulangan kedua selama (@
detik. ;edangkan /aktu yang dibutuhkan pada larutan sabun sunlight untuk
membentuk DNA pada ulangan pertama selama @ detik dan ulangan ke dua selama *
detik.
Proses isolasi yang kedua ini menggunakan buah nanas, dimana didapatkan
data bah/a pada penggunaan buah nanas sebagai suber DNA, DNA yang berhasil
diisolasi paling tebal dengan kuali$ikasi BBBB ( tebal # ditemukan pada tabung reaksi
yang berisi larutan sabun atta%k, sedangkan isolasi DNA yang kuali$ikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun %air sunlight dengan
kuali$ikasi B ( tipis #. Perolehan kuali$ikasi ini sama untuk semua ulangan ulangan
artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya
pada larutan sabun bukarim dan rinso yang mempunyai kuali$ikasi untuk ulangan
pertamadan kedua sama yaitu bukrim BB ( sedang # dan rinso BBB ( agak #. <emudian
untuk /aktu yang dibutuhkan detergen untuk membentuk DNA itu paling %epat
didapatkan oleh larutan sabun atta%k dengan /aktu untuk ulangan pertama yaitu -,0(
detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 9,"4 detik. ;edangkan /aktu yang paling
lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempatioleh larutan
sabun bukrim, untuk ulangan pertama 4- detik dan ulangan yang kedua 06,-@ detik.
7ntuk detergen yang lain memiliki /aktu yang berada ditengah tengah larutan atta%k
dan larutan sabun bukrim. Pada larutan sabun rinso /aktu yang dibutuhkan untuik
membentuk DNA ini untuk ulangan pertama selama *,"9 detik, dan untuk ulangan
yang kedua selama @,00 detik. ;edangkan /aktu yang dibutuhkan pada larutan sabun
sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama sela (0,"@ detik dan ulangan
kedua selama 04 detik.
Proses isolasi yang ketiga ini menggunakan buah melon, dimana didapatkan
data bah/a pada penggunaan buah melon sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil
diisolasi paling tebal dengan kuali$ikasi BBBB ( tebal # ditemukan pada tabung reaksi
yang berisi larutan sabun atta%k, sedangkan isolasi DNA yang kuali$ikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun %air sunlight dengan
kuali$ikasi B ( tipis #. Perolehan kuali$ikasi ini sama untuk semua ulangan ulangan
artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya
pada larutan sabun bukrim dan rinso yang mempunyai kuali$ikasi untuk ulangan
pertama dan kedua sama yaitu bukrim BB ( sedeang # dan rinso BBB ( agak tebal #.
<emudian untuk /aktu yang dibutuhkan detregen untuk membentuk DNA itu paling
%epat didapatkan oleh larutan sabun rinso dengan /aktu + untuk ulangan pertama
yaitu selama @,)( detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 9,4) detik. ;edangkan
/aktu yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini
ditempati oleh larutan sabun %air senlight, untuk ulangan pertama 0,46 menit dan
ulangan yang kedua 0,0@ menit. 7ntuk detergen yang lain memiliki /aktu yang
berada ditengah tengah larutan sabun sunlight dan rinso. Pada larutan sabun atta%k
/aktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA ini untuk ulangan pertma selama
9,(- detik, dan untuk ulangan yang kedua selama ),(0 detik. ;edangkan /aktu yang
dibutuhkan pada larutan sabun bukrim untuk membentuk DNA pada ulangan pertama
selama *,6- detik dan ulangan yang kdua selama ),64 detik.
Proses isolasi yang keempat ini menggunakan buah pear, dimana didapatkan
data bah/a pada penggunaan buah pear sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil
diisolasi paling tebal dengan kuali$ikasi BBBB ( tebal # ditemukan pada tabung reaksi
yang berisi larutan sabun rinso, sedangkan isolasi DNA yang kuali$ikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun %air sunlight dengan
kuali$ikasi B ( tipis #. Perolehan kuali$ikasi ini sama untuk semua ulangan ulangan
artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya
pada larutan sabun bukrim dan atta%k yang mempunyai kuali$ikasi untuk ulangan
pertama dan kedua sama yaitu bukrim BBB ( agak tebal # dan rinso BB ( sedang #.
<emudian untuk /aktu yang dibutuhkan detregen untuk membentuk DNA itu paling
%epat didapatkan oleh larutan sabun atta%k dengan /aktu + untuk ulangan pertama
yaitu selama 9 detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu (0 detik. ;edangkan /aktu
yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempati
oleh larutan sabun bukrim, untuk ulangan pertama (@ detik dan ulangan yang kedua
0* detik. 7ntuk detergen yang lain memiliki /aktu yang berada ditengah tengah
larutan sabun bukrim dan atta%k. Pada larutan sabun rinso /aktu yang dibutuhkan
untuk membentuk DNA ini untuk ulangan pertma selama (( detik, dan untuk ulangan
yang kedua selama (- detik. ;edangkan /aktu yang dibutuhkan pada larutan sabun
%air sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama selama "@ detik dan
ulangan yang kdua selama () detik.
Pe"#,asan
Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan
berbagai ma%am sumber DNA yang dapat diperoleh dari he/an maupun tumbuhan.
?ara yang digunakan untuk merusak membran membran inti untuk mengambil DNA
tersebut sangat beraneka ragam, misalnyadengan pemblenderan atau penggerusan
dengan mortal dan pistil. ;elain perusakan dengan %ara $isik membran inti dapat
dirusak dengan %ara menggunakan senya/a senya/a kimia.
Dengan melihat tabel hasil pengamatan dan juga analisis data dapat diketrahui
bah/a jenis detergen itu mempengaruhi hasil dari isolasi DNA. Dari detergen yang
telah digunakan ada yang berpengaruh sangat baik dalam pembentukan isolasi DNA
dan ada pula yang memberikan pengaruh kurang baik terhadap iaolasi DNA. Pada
pengamatan kali ini ma%am detergen yang digunakan sebanyak 4 ma%am detergen
yaitu rinso, atta%k, bukrim, dan sunlight. Pada beberapa perlakuan dan juga ulangan
yang dilakukan, larutan detergen atta%k sering menghasilkan DNA dengan ketebalan
paling tinggi sedangkan larutan dengan sabun %air sunlight memiliki hasil isolasi
DNA yang paling tipis.
7ntuk /aktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan isolasi DNA ini ber1ariasi
dari setiap detergen. 7ntuk /akttu yang dibutuhkan untuk menghasilkan isolasi DNA
paling lama ini diperoleh oleh larutan sabun bukrim dan untuk larutan sabun yang
paling %epat menghasilkan isolasi DNA adalah pada larutan sabun atta%k. 7ntuk
sumber DNA yang menghasilkan isolasi DNA paling tebal itu diperoleh oleh buah
nanas. 7ntuk sumber DNA yang membutuhkan /aktu pailing %epat tuk
menghasilkan proses isolasi DNA ini dimiliki oleh buah pepaya, sedangkan /aktu
yang dibutuhkan untuk membentuk isolasi DNA paling lama ini di tempati oleh
sumber DNA buah melon.
Pada teori yang kami peroleh dijelaskan bah/a semakin banyak kandungan
air pada buah maka sel yang terlarut dalam ekstrak akan semakin sedikit. !al ini
terbukti bah/a pada perlakuan buah melon mempunyai kadar iar yang lebih banyak
bila dibandingkan dengan buah yang lain. Pada salah satu sumber menyatakan bah/a
dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan terlalu
en%er karena semakin en%er sumber DNA , DNA yang terpresipitasi akan semakin
sedikit.
Dalam proses isolasi DNA detergen ber$ungsi menggantikan senya/a
senya/a kimia. Detergen mengandung sodium dodesil sul$at ( ;DA # yang dapat
menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membran
akan rusak dan melisiskan isi sel ( kamilah,"66- #. Pada saat penghan%uran jaringa
jaringan sampel pada a/al proses isolasi DNA, terjadi pelepasan senya/a poli$enol
dan polisakarida ( Cubaidah, + 0* #. Pada saat penambahan etanol, larutan akan
tampak terbalik untuk beberapa saat, dan pada akhirnya ethanol akan berada di bagian
atas tabung, sementara $iltrat berada dibagian dasar tabung karena ethanol memiliki
kerapatan yang lebih ke%il dibandingkan air ( 8amilah "66- #. 8ika melihat dari jenis
buah yang digunakan sebagai sumber DNA, ternyata buah yang memiliki kadar air
rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik jika dibandingkan dengan
sumber DNA yang dari buah yang memiliki kadar air yang tinggi.
Namunb p>ada pengamatan iaolasi DNA kali ini kami rasa hasil yang
diperoleh kurang akurat. Misaslnya saja dalam penentuan kadar kepekatan hasil
isolasi DNA yang kami nilai. Dalam penentuan kepekatan kadar isolasi DNA ini
dilakuakn oleh 4 kelompok besar. ;ehingga adalam penentuan kepekatan antara
kelompok satu dengan kelompok yang lain itu bisa berbeda. Misalnya pada buah
pepaya, dalam penentuan kepekatan bisa saja kelompok kami mengatakan bah/a
pada buah ini sangat pekat namun kelompok lain mengatakan kepekatanm buah ini
sedikit seperti itu.
G'Dis-usi
O. Apakah yang dimaksud dengan isolasi DNA D
O. Apakah $ungsi dari penambahan garam D
O. Apakah $ungsi dari penembahan detergen D
O. Apakah $ungsi dari penambahan alkohol
O. Mengapa larutan tidak boleh berbuih ketika diaduk dengan penambahan
detergen D
O. Mengapa alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin D
O. Apakah ke%epatan pembentukan DNA pada masing masing buah dan
detergen berbeda D
O. Apa kesimpulan dari praktikum isolasi DNA D
8a/aban +
O. Isolasi DNA merupakan %ara ataupun metode yang digunakan untuk
memisahkan DNA dari sel , baik dari inti, mitokondria, maupun kloroplas.
O. Adapun $ungsi dari penambahan garam yaitu untuk menghilangkan protein
dan karbohidrat. <arena pada garam ini memang dapat menyebabkan protein dan
karbohidrat terpresipitasi. Penambahan garam juga dpat digunakan untuk melarutkan
DAN, karena ion Na
B
yang diakndung oleh garam mampu memblikir dengan kutub
negati$ $os$at DNA. Dalam hal ini penambahan garam bisa dikatakan dapat
membantu dalam hal pemekatan DNA.
O. &ungsi dari penambahan detergen yaitu untuk melisiskan barier sel se%ar
kimia sebagai pengganti senya/a kimia yang mampu merusak dinding dan membran
sel. <arena pada detergen mengandung sodium dodesil sul$at ( ;DA # yang dapat
menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membran
akan rusak dan melisiskan isi sel.
O. &ungsi dari penambahan alkohol yaiut untuk mengikat strand DNA yang
telah terkumpul. ;trand strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagai
benang benang putih yang terapung diatas $iltrat. ;elain itu alkohol juga ber$ungsi
memperti$ikasi DNA.
O. Larutan sabun tidak boleh berbuih karena agar sel dapat mengalami lisis
yang disebabkan karena rusaknya dinding dan membran sel.
O. Alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin, karena pada alkohol
yang dingin dapat membentu memper%epat proses memperti$ikasi DNA. ;elain itu
jika alkohol yang dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat
oleh alkohol tersebut akan semakin pekat.
O. Iya, ke%epatan pembentukan DNA pada masing masing buah dan detergen
itu berbeda karena jenis detergen ada yang memberikan pengruh baik dalam proses
isolasi DNA dan ada jiga yang memberikan pengaruh kurang baik dalam proses
isolasi DNA. Pada buah juga demikian ada buah yang memberikan pengaruh baik
dalam proses isolasi DNA dan ada juga yang memberikan pengruh kurang baik dalam
proses isolasi DNA, mislanya pada buah yang memiliki kadar air rendah maka
nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik, dan sebaliknya jika
buah yang memiliki kadar air tinggi maka nantinya akan menghasilkan presipitasi
DNA yang kurang baik.
O. <esimpulan dari praktikum kali ini adalah bah/a sumber DNA yang
digunakan itu berpengaruh terhadap hasil dari proses isolasi DNA, selain itu detergen
yang digunakan dalam proses isolasi DNA nantinya juga akan menghasilkan hasil
isolasi DNA yang berbeda.
H' Kesi"ulan
. 8enis buah yang digunakan dalamproses isolasi DNA berpengaruh
terhadap hasil dari isolasi DNA itu sendiri
. ;emakin rendah kadar air dalam buah maka semakin tinggi hasil
presipitasi DNA, dan sebaliknya jika buah yang memiliki kadar air tinggi maka
nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang rendah
. Detergen berpengaruh terhadap hasil dari isolasi DNA
Da1!ar Pus!a-a
8amilah. "66-. pengaruh berbagai macam detergen, penambahan enzim, dan
ekstrak nanas ( Ananas comunis )terhadap hasil isolasi DNA berbagai macam buah
sebagia topik praktikum mata kuliah genetika. ;kripsi tidak diterbitkan. Malang +
7no1ersitas Negeri Malang.
Cubaidah, siti. "664. Identifikasi, variasi genetik, distribusi dan upaya
eliminasi bakteri penyebab !"D ( itrus !ein "hloem Degeneration ). Desertasi
tidakl diterbitkan. Malang + program pas%a sarjana 7ni1ersitas :ra/ijaya.
'oodenough, ursula. ()**. #enetics. 8akarta + erlangga.
!ttp + EE///. Isolasi DNA. EE /iki. ?om
!ttp + EE///. 'eneti%s EE. ?om
!ttp + EE///E stru%tur DNA. %om