A. PENDAHULUAN
Elemen utama sebuah sel adalah protoplasma.
Protoplasma pada semua sel terdiri atas dua komponen
utama, yaitu komponen anorganik dan komponen organik.
Komponen-komponen anorganik terdiri atas air, garam-
garam mineral, gas oksigen, karbon dioksida, nitrogen,
dan amonia, sedangkan komponen organik terutama
terdiri atas karbohidrat, lipida, protein, dan beberapa
komponen-komponen spesifik seperti enzim, vitamin, dan
hormon (Sheeler & Bianchi, 1983). Pada sel hewan dan
tumbuhan, protoplasma mengandung sekitar 75-85% air,
10-20% protein, 2-3% lipida, 1% karbohidrat, dan 1% zat-
zat anorganik lainnya (De Robertis et al., 1975).
B. KOMPONEN ANORGANIK
1. Air
Di dalam sel, air terdapat dalam dua bentuk, yaitu
bentuk bebas dan bentuk terikat. Air dalam bentuk bebas
mencakup 95% dari total air di dalam sel. Umumnya air
berperan sebagai pelarut dan sebagai medium dispersi
sistem koloid. Air dalam bentuk terikat mencakup 4-5%
dari total air di dalam sel (De Robertis et al., 1975).
Kandungan air pada berbagai jenis sel bervariasi diantara
tipe sel yang berbeda. kandungan air (persen dari berat
basah total) pada hati tikus, otot rangka tikus, telur bintang
laut, E. coli, dan biji jagung secara berturut-turut masing-
35
36 Biologi Sel
36
Komposisi Kimia Sel 37
37
38 Biologi Sel
O H ……………… N
O H ……………… O
N O H ……………… O C
N O H ……………… O
N O H ……………… N
38
Komposisi Kimia Sel 39
2. Garam-garam Mineral
Kandungan garam-garam mineral pada berbagai
tipe sel sangat bervariasi (tabel 2.2). Di dalam sel, garam-
garam mineral dapat mengalami disosiasi menjadi anion
dan kation. Bentuk-bentuk anion dan kation tersebut
dinamakan ion. Ion-ion dapat terlarut di dalam cairan sel
atau terikat secara khusus pada molekul-molekul lain
seperti protein dan lipida. Secara umum, garam-garam
mineral memiliki dua fungsi (Sheeler & Bianchi, 1983),
yaitu :
a. Fungsi osmosis, dalam arti bahwa konsentrasi total
garam-garam terlarut berpengaruh terhadap pelaluan
air melintasi membran sel;
b. Fungsi yang lebih spesifik, yaitu peran seluler setiap
ion terhadap struktur dan fungsi dari partikel-partikel
seluler dan makromolekul.
Berbagai jenis garam-garam mineral sangat
penting untuk kelangsungan aktivitas metabolisme sel,
misal-nya ion Na+ dan K+, berperan dalam memelihara
tekanan osmosis dan keseimbangan asam basa cairan
sel. Retensi ion-ion menghasilkan peningkatan tekanan
osmosis sebagai akibat masuknya air ke dalam sel.
Beberapa ion-ion anorganik berperan sebagai
kofaktor (tabel 2.3) dalam aktivitas enzim, misalnya ion
magnesium. Fosfat anorganik digunakan dalam sintesis
ATP yang mengsuplai energi kimia untuk proses
39
40 Biologi Sel
Unsur Enzim
Anorganik
Fe2+, Fe3+ Oksidase sitokhrom, Katalase, Peroksidase
Mn2+ Arginase
Ni2+ Urease
Mo Nitrat reduktase
Se Peroksidase glutation
40
Komposisi Kimia Sel 41
Tabel 2.4 Fungsi-fungsi seluler dari beberapa jenis ion (Sheeler &
Bianchi, 1983).
41
42 Biologi Sel
C. Komponen Organik
Komponen-komponen organik sel terdiri atas
protein, lipid, karbohidrat, dan beberapa komponen-
komponen spesifik lainnya seperti enzim, vitamin, dan
hormon. Lebih kurang 10-20% isi sel terdiri atas protein.
Protein merupakan makromolekul dengan berat molekul
berkisar antara 10.000-10.000.000. sedangkan
karbohidrat di dalam sel kurang lebih 1% dan umumnya
dalam bentuk monosakarida, disakarida, dan
oligosakarida, sedangkan lipida berkisar 2-3%. Masing-
masing komponen organik sel tersebut akan dibahas
secara terpisah pada uraian selanjutnya.
1. Protein
Protein adalah makromolekul yang terdiri atas
asam-asam α-amino yang saling berikatan dengan ikatan
kovalen diantara gugus α-karboksil asam amino dengan
42
Komposisi Kimia Sel 43
a. Klasifikasi
Hingga saat ini belum ada klasifikasi protein yang
secara umum memuaskan. Klasifikasi protein yang
menonjol didasarkan pada antara lain:
• Kelarutan
• Bentuk keseluruhan
• Peranan biologis
Pembagian protein juga dapat dilakukan
berdasarkan fungsi dan strukturnya. Berdasarkan
fungsinya, protein diklasifikasikan menjadi (i) protein
enzim, berperan dalam mempercepat reaksi-reaksi
biokimia, (ii) protein sruktural, membentuk struktur-struktur
biologis, (iii) protein transpor, berperan sebagai
pengangkut subtansi-subtansi penting, dan (iv) protein
pertahanan, melindungi tubuh dari invasi benda-benda
asing. Berdasarkan strukturnya, protein diklasifikasikan
menjadi: (i) protein globular, memi-liki pelipatan-pelipatan
yang kompleks, struktur tertier de-ngan bentuk yang tidak
teratur. Protein serabut, meman-jang, lipatan sederhana,
umum dijumpai pada protein struktural.
Dalam uraian berikut ini hanya dibahas klasifikasi
berdasarkan bentuk dan peranan biologisnya.
Berdasarkan bentuknya, protein dibagi menjadi :
1) Protein globular
43
44 Biologi Sel
44
Komposisi Kimia Sel 45
Golongan Contoh
Enzim Ribonuklease
Tripsin
Protein transpor Hemoglobin
Albumin serum
Mioglobin
β-lipoprotein
Protein nutrient dan Gliadin (Gandum)
penyimpan Ovalbumin (Telur)
Kasein (Susu)
Feritin
Protein Kontraktil Aktin
Miosin
Tubulin
Dynein
Protein struktural Keratin
Fibroin
Kolagen
Elastin
Proteonglikan
Protein pertahanan Antibodi
45
46 Biologi Sel
Fibrinogen
Trombin
Toksin Botulinus
Toksin Difteri
Bisa ular
Risin
Protein pengatur Hormon Insulin
Hormon Tumbuh
Kortikotropin
Hormon Paratiroid
2) Ikatan disulfida
Terbentuk antara 2 residu sistein yang saling
berhubungan 2 bagian rantai polipetida melalui residu
sistein.
NH HN
O=C C=O
CH − CH2 − S − S − CH2 − CH
HN NH
C=O O=C
3) Ikatan hidrogen
Terbentuk antara gugus NH- atau -OH dan gugus
C=O dalam ikatan peptida atau -COO- dalam gugus R,
misalnya dua peptida mungkin membentuk ikatan
hidrogen.
46
Komposisi Kimia Sel 47
| |
C = O ................................ H − N
| |
H−N C=O
| |
4) Interaksi hidrofobik
Rantai samping non polar asam amino netral pada
protein cenderung bersekutu.
5) Interaksi elektrostatik
Merupakan ikatan garam antara gugus yang
bermuatan berlawanan pada rantai samping asam amino.
c. Sifat-sifat Protein
1) Membentuk ion
Protein dalam air mampu membentuk ion + dan -,
dalam suasana asam membentuk ion positif dan dalam
suasana basa membentuk ion negatif.
2). Denaturasi
Denaturasi adalah perubahan konformasi alamiah
menjadi suatu konformasi yang tidak menentu. Hal ini
dapat terjadi karena terjadinya perubahan suhu, pH, atau
terjadinya suatu reaksi dengan senyawa-senyawa lain
misalnya ion-ion logam.
d. Asam Amino
Asam amino adalah asam karboksilat yang
mempunyai gugus amino. Asam amino yang terdapat
sebagai komponen protein mempunyai gugus NH2 pada
atom karbon α dari posisi gugus -COOH. Atom karbon α
47
48 Biologi Sel
COOH COOH
| |
H2N − C − H H − C − NH2
| |
R R
Asam α-L-amino Asam α-D-Amino
Molekul asam amino dikatakan mempunyai
konfigurasi L, apabila gugus NH2 di sebelah kiri atom
karbon α. Bila gugus NH2 di sebelah kanan atom karbon
α, maka asam amino tersebut mempunyai konfigurasi D.
Struktur umum asam amino adalah:
48
Komposisi Kimia Sel 49
49
50 Biologi Sel
50
Komposisi Kimia Sel 51
2. Karbohidrat
Molekul karbohidrat adalah substansi yang terdiri
atas atom-atom C, H, dan O. Perbandingan antara
molekul H dan O adalah 2:1. Jadi memiliki rasio yang
sama dengan molekul air (H2O), misalnya:
Ribosa = C6H10O5
Glukosa = C6H12O6
Sukrosa = C12H24O11
Rumusa empiris dari karbohidrat adalah Cn(H2O)n.
Dengan dasar perbandingan tersebut, orang pada
mulanya berkesimpulan bahwa dalam karbohidrat
terdapat air, sehingga digunakan kata karbohidrat yang
berasal dari kata karbon dan hidrat atau air.
51
52 Biologi Sel
52
Komposisi Kimia Sel 53
a. Monosakarida
Monosakarida sering disebut gula sederhana
(simple sugars) adalah karbohidrat yang tidak dapat
dihidrolisis menjadi bentuk yang lebih sederhana lagi.
Molekulnya hanya terdiri atas beberapa atom karbon saja.
Monosakarida dapat dikelompokkan berdasarkan
kandungan atom karbonnya, yaitu triosa, tetrosa, pentosa,
dan heksosa atau heptosa. Misalnya :
Triosa = (C3H6O3)
Tetrosa = (C4H8O4)
Pentosa = (C5H10O5)
Heksosa = (C6H12O6)
Monosakarida atau gula sederhana hanya terdiri
atas satu unit polihidroksialdehida atau keton atau hanya
terdiri atas satu molekul sakarida. Monosakarida yang
umum dikenal mempunyai rumus empiris (CH2O)n, dimana
n = 3 atau jumlah yang lebih besar lainnya. Kerangka
monosakarida adalah rantai karbon berikatan tunggal
yang tidak bercabang. Satu diantara atom karbon
berikatan ganda terhadap suatu atom oksigen membentuk
gugus karbonil, masing-masing atom karbon lainnya
berikatan dengan gugus hidroksil. Jika gugus karbonil
berada pada ujung rantai karbon, monosakarida tersebut
adalah suatu aldosa, dan jika gugus karbonil berada pada
posisi lain, monosakarida tersebut adalah suatu ketosa.
Berbagai jenis monosakarida aldosa dan ketosa
ditunjukkan pada gambar 2.6.
53
54 Biologi Sel
b. Disakarida.
Disakarida terdiri atas dua monosakarida yang
berikatan kovalen terhadap sesamanya. Pada
kebanyakan disakarida, ikatan kimia yang
menggabungkan kedua unit monosakarida disebut ikatan
glikosida, dan dibentuk jika gugus hidroksil pada salah
satu gula bereaksi dengan karbon pada gula yang kedua.
Disakarida menghasilkan dua molekul
monosakarida yang sama atau berbeda bila mengalami
hidrolisis, misalnya:
54
Komposisi Kimia Sel 55
55
56 Biologi Sel
3. Lipida
Lipida adalah senyawa organik berminyak atau
berlemak yang tidak larut di dalam air tetapi larut di dalam
pelarut non polar seperti eter, kloroform dan benzen. Jenis
56
Komposisi Kimia Sel 57
a. Klasifikasi
Klasifikasi lipida menurut Bloor (Mayes, 1988)
adalah sebagai berikut :
1). Lipida sederhana, yaitu ester asam lemak dengan
berbagai alkohol, terdiri atas:
a. Lemak, yaitu ester asam lemak dengan gliserol
b. Lilin, yaitu ester asam lemak dengan alkohol
monohidrat yang mempunyai berat molekul yang
lebih besar.
57
58 Biologi Sel
58
Komposisi Kimia Sel 59
b. Asam lemak.
Asam lemak adalah asam karboksilat yang
diperoleh dari hidrolisis ester, terutama gliserol dan
kolesterol. Asam lemak terdiri atas asam lemak jenuh, bila
tidak mengandung ikatan rangkap, misalnya asetat,
palmitat, stearat, dan arakidat, sedangkan asam lemak
yang lain, yaitu asam lemak tidak jenuh, bila mengandung
satu atau lebih ikatan rangkap, misalnya palmitoleat, oleat,
elaidat, linoleat, dan arakhidonat.
Trisasilgliserol sering disebut sebagai asam lemak
netral adalah ester alkohol gliserol dan asam lemak. Jika
asam lemak diesterifikasi dengan alkohol monohidrat yang
mempunyai berat molekul besar sebagai pengganti
gliserol, senyawa yang dihasilkan memiliki titik lebur yang
tinggi dan disebut lilin.
1). Fosfolipida
Fosfolifida meliputi (i) asam fosfatidat dan fosfa-
tidilgliserol, (ii) fosfati-dilkolin, (iii) fosfatidiletanolamin, (iv)
fosfatidilinositol, (v) fosfatidilserin, (vi) lisofosfolipid, (vii)
plasmalogen, dan (viii) sfingomielin.
Asam fosfatidat adalah penting sebagai perantara
dalam sintesis triasilgliserol dan fosfolipida, tetapi tidak
banyak ditemukan di dalam jaringan. Kardiolipin adalah
fosfolipida yang ditemukan dalam membran mitokondria
yang dibentuk dari fosfatidilgliserol.
59
60 Biologi Sel
60
Komposisi Kimia Sel 61
2). Glikolipida
Glikolipida mengandung seramida dan galaktosa.
Oleh sebab itu, sfingolipida dapat dikelompokkan ke
dalam glikolipida. Glikolipida sederhana hanya
mengandung galaktosa, asam lemak dengan berat
molekul besar, dan sfingosin atau serebrosida. Masing-
masing serebrosida dibedakan oleh jenis asam lemak
dalam molekulnya.
3) Steroid
Semua steroid memiliki inti siklik serupa yang
menyamai fenanteren (cincin A, B, dan C) yang
merupakan tempat perlekatan cincin siklopentana (D).
Hormon steroid merupakan hormon turunan kolsterol,
bersifat lipofilik dan dapat masuk ke dalam sel target.
61
62 Biologi Sel
4. Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan senyawa penting yang
terdapat di dalam sel, tersusun atas unit-unit nukleotida.
Setiap nukleotida tersusun atas basa purin atau pirimidin
62
Komposisi Kimia Sel 63
63
64 Biologi Sel
64
Komposisi Kimia Sel 65
65
66 Biologi Sel
66