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4 Propiedades fisicoqumicas y termodinamica

 EL ADN tiene caractersticas fisicoqumicas particulares que estn dadas por su composicin. Principalmente del nmero de bases nitrogenadas (purinas y pirimidinas) que lo conforman.

Propiedades de:
Densidad Absorbancia Temperatura de desnaturalizacin (de fusin). Cintica de renaturalizacin

 Densidad: La cantidad de guanina y citocina, permite mantener una relacin lineal con la densidad del ADN. Es decir, entre mayor sea el contenido o proporcin de guanina y citocina, la densidad del DNA incrementa.

 Esta caractersticas es una ventaja en la separacin de distintos tipo de DNA, por medio de la separacin por gradientes de densidad.

 Absorbancia: Las estructura qumica del DNA le permite absorber radiacin UV en una longitud de onda de 260 nm. El menor grado de absorcin se produce en estado de doble hlice, la absorcin aumenta cuando se produce la desnaturalizacin pasando a estado de hlice sencilla (efecto hipercrmico, aumento de la absorbancia) y, por ltimo, si degradamos este ADN de hlice sencilla a nivel de nucletidos libres, de nuevo aumenta la absorbancia

Desnaturalizacin Calor

Doble hlice

Una hlice o hlice sencilla

Nucletidos libres

Se puede utilizar sta propiedad para evaluar el estado en el que se encuentra el DNA.

Longitud de absorbancia

Efecto hipercrmico

 Temperatura de desnaturalizacin La proporcin A+T/C+G est relacionada en primer lugar con la estabilidad de la molcula de ADN de doble hlice. Cuanto mayor es el contenido en G+C de una molcula, mayor cantidad de pares G-C presentar, como consecuencia tendr una mayor densidad y por lo tanto mayor nmero de tripletes de enlaces. Los tripletes de los enlaces hacen que una molcula necesite una mayor energa de disociacin (o entalpa de disociacin)

Qu pares de bases son ms dificiles de disociar?

 Por lo tanto entre mayor contenido de G-C, se necesita mayor temperatura (calor) para romper los enlaces y separar las dos cadenas de DNA.

 Tm (temperatura de fusin) Se define como la temperatura necesaria para disociar la mitad de la secuencia de ADN de un oligonucletido (50 pares de bases o menos).

 Muchas frmulas han desarrollado para calcular la Tm para experimentos de PCR, Southerns, Northerns, y para hibridizaciones in situ. Los principales factores que afectan este valor son: concentracin de sales, concentrancin de ADN, presencia de agentes desnaturalizantes (DMSO o formamida), secuencia, longitud y condiciones de hidridizacin.
La ecuacin mas simple para calcular la Tm est dada por la Regla de Wallace:

Tm = 2(A+T) + 4(G+C) Tm= C

 Esta caracterstica es utilizada comnmente en la Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR), para amplificar fragmentos de DNA.

 Cintica de renaturalizacin

La desnaturalizacin de DNA es reversible, incluso despus de que las cadenas han sido totalmente separadas.

Esto se lleva a cabo cuando las cadenas complementarias se someten a una temperatura de 25 C por debajo de la Tm (temperatura de fusin), comienza a resociarse y llega un momento que forma nuevamente la hlice original.

 La renaturalizacin suele medirse en funcin del descenso de la absorbancia (efecto hipocrmico).

 Cintica de renaturalizacin (curvas CoT) La velocidad de renaturalizacin del ADN de un organismo est relacionada con su complejidad estructural. La cual consiste en el nmero de nucleotidos que tiene cada tipo de secuencia sin tener en cuenta el nmero de veces que esta repetida, es decir, su longitud (tamao).

Esta caracterstica sirve para evaluar la complejidad de secuencias de DNA