Anda di halaman 1dari 25

TAKSONOMI MOLEKULER DNA BARCODING DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA

EKA MAYA KURNIASIH C54090040

USULAN PENELITIAN

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2013

TAKSONOMI MOLEKULER DNA BARCODING DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA

EKA MAYA KURNIASIH C54090040

USULAN PENELITIAN Sebagai Salah Satu Syarat untuk Melakukan Penelitian Pada Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2013

USULAN PENELITIAN Judul Penelitian : TAKSONOMI MOLEKULER DNA BARCODING DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA : Eka Maya Kurniasih : C54090040 : Ilmu dan Teknologi Kelautan

Nama Mahasiswa Nomor Pokok Departemen

Menyetujui,

Dosen Pembimbing I

Dosen Pembimbing II

Dr. Hawis Madduppa S.Pi, M.Si. NIP. 19790326 200701 1 001

Beginer Subhan S.Pi, M.Si. NIP. 19800118 200501 1 003

Mengetahui, Ketua Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan

Prof. Dr. Ir.Setyo Budi Susilo, M.Sc NIP. 19580909 198303 1 003

ii

KATA PENGANTAR Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmat, hidayah yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan proposal penelitian yang berjudul TAKSONOMI MOLEKULER DNA BARCODING DAN KERAGAMAN GENETIKA HIU DI PELABUHAN PERIKANAN SAMUDERA CILACAP BERDASARKAN MARKA MITOKONDRIA Proposal ini diajukan sebagai salah satu syarat untuk melakukan penelitian. Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Hawis Maddupa dan Beginer Subhan selaku dosen pembimbing yang telah memberikan saran dan kritik dalam penyelesaian proposal ini. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada kedua orang tua beserta keluarga yang selalu memberikan dukungan dan doa, serta temanteman Ilmu dan Teknologi angkatan 2009 serta semua pihak yang telah mendukung baik moril maupun materil demi terselesaikannya proposal ini. Segala bentuk kritik, masukan, dan saran sangat penulis harapkan untuk kajian evaluasi dan perbaikan untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.

Bogor, Januari 2013

Penulis iii

DAFTAR ISI

USULAN PENELITIAN .......................................................................................................... ii DAFTAR TABEL.....................................................................................................................iv DAFTAR LAMPIRAN .............................................................................................................vi 1. PENDAHULUAN ............................................................................................................ 1 1.1. Latar Belakang ............................................................................................................... 1 2. METODOLOGI ................................................................................................................ 5 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian ......................................................................................... 5 2.2. Alat dan Bahan Penelitian .............................................................................................. 5 2.3 Metode Perolehan Data Sampel ...................................................................................... 7 2.4 Analisis Laboratorium ................................................................................................... 7 LAMPIRAN............................................................................................................................ 18

DAFTAR TABEL

Tabel 1. Alat dan Bahan Penelitian .5 Tabel 2. Komposisi Master Mix pada PCR.9 Tabel 3. Komposisi Master mix EXO/SAP ..11

iv

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Jadwal Kegiatan Penelitian 18

vi

1. 1.1. Latar Belakang

PENDAHULUAN

Ikan hiu merupakan ikan bertulang rawan yang termasuk kedalam kelas Chondrichthyes serta ikan hiu dapat dijumpai hampir diseluruh wilayah perairan Indonesia, baik di perairan territorial, perairan samudera maupun Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia (ZEE) dari sabang sampai marauke dari talaud sampai cilacap. Jenis Hiu yang ditemukan pun beraneka ragam. Diperkirakan lebih dari 75 jenis hiu ditemukan di perairan Indonesia dan sebagian besar dari jenis tersebut potensial untuk dimanfaatkan (Wibowo dan Susanto, 1995) Ketersediaan dan keberadaan stock suatu komoditas disuatu perairan dipengaruhi oleh perilaku dan pola pikir manusia dalam menerapkan sistem pengelolaan yang dipilih. Kegiatan penangkapan sumber daya perikanan yang cenderung bersifat eksploitatif dan pengelolaan dengan menggunakan pendekatan produksi saat ini sudah pesat yang telah berdampak pada penurunan populasi beberapa jenis komoditas perikanan yang tergolong andalan komoditas ekspor seperti ikan hiu yang merupakan komoditas ekspor atau bahkan pemenuhan kebutuhan domestik. Hampir seluruh bagian tubuh ikan hiu dapat dimanfaatkan, mulai dari sirip, minyak hati sampai daging, tulang, kulit dan mata. Indonesia memasok sekitar 15% dari total kebutuhan sirip hiu dunia, sedangkan negara-negara lainnya hanya sekitar 1% (Stevens et al, 2000); (Traffic, 2002). Direktorat Jendral Perikanan Tangkap (2005) menyatakan Terdapat beberapa jenis hiu yang terdapat di perairan Indonesia adalah hiu caping/martil

meliputi spesies Sphyrna lewini, S. mokarran dan S. zygaena termasuk kedalam daftar merah IUCN sebagai spesies yang terancam punah secara global akibat penangkapan berlebih untuk pemanfaatan siripnya dan appendix II dalam CITES artinya ikan hiu ini hampir terancam punah atau kemungkinan punah jika perdagangannya tidak di atur dengan baik. Di Indonesia, hiu caping/martil banyak di temukan di Taman Nasional Bunaken, Pulan Barat dan Sekotong Lombok Barat. Hiu lanyam termasuk di dalamnya spesies Carcharhinus plumbeus, C. oobscures dan C. Longimanus termasuk kedalam daftar merah IUCN dan appendiks II CITES. Populasinya banyak tersebar di perairan Barat Sumatera, Selatan Jawa, Bali dan Nusa Tenggara Timur. Spesies hiu slendang (Squalus glaucus) dengan status IUCN hampir punah (near threatened), dan ikan hiu gergaji (Pristis microdon) juga termasuk kedalam daftar red list dan appendiks II CITES sehingga ikan hiu ini dilindungi secara nasional. Perkembangan perdagangan ikan hiu yang telah meningkat serta semakin intensifnya penangkapan ikan hiu menyebabkan ikan hiu rentan terhadap jumlah populasinya di perairan Indonesia terutama di perairan selatan Indonesia. Hampir sebagian besar jenis hiu yang ada termasuk kedalam daftar merah IUCN sebagai spesies yang terancam punah. Perkembangan biologi molekuler yang mempelajari biologi sel pada tingkat molekuler berkembang sangat pesat dengan ditemukannya berbagai macam teknologi seperti rekayasa genetika, kultur jaringan, DNA rekombinan dan lain-lain. DNA digunakan dalam banyak metode ilmu pengetahuan sekarang ini. DNA digunakan

beberapa ahli untuk mendapatkan beberapa temuan salah satunya mengetahui filogeni organisme tertentu dan menghasilkan hubungan antara populasi. Analisis DNA digunakan untuk karakterisasi sifat genetik pada level molekuler yang secara langsung mencerminkan sifat genotipe yang dimiliki oleh organisme tertentu. Ikan hiu memiliki diversitas yang cukup tinggi di perairan selatan Indonesia dengan diversitas yang ada dengan menggabungkan teknik identifikasi morfologi dan molekuler dengan pendekatan DNA Barcoding semua organisme akan dapat diidentifikasi dan dikuantifikasi. Pengkajian keragaman genetik melalui penandaan molekuler menggunakan DNA (Deoxyribonucleid Acid) baik pada DNA inti dan DNA mitokondria (mtDNA) akan didapatkan hasil yang dapat mengungkapkan perbedaan dengan lebih teliti dalam membedakan intra dan interspesies yang menyangkut tentang struktur, komposisi dan organisasi genom pada tingkat DNA (Duryadi,1994) Pengetahuan struktur genetik ini penting untuk konservasi dan proteksi ikan hiu sebagai spesies langka dan terancam serta menduga pengaruh perubahan terhadap populasi alami. Kondisi yang seperti telah dijelaskan sebelumnya yang membuat penulis menganalisis keanekaragaman genetik ikan hiu dengan penentuan marka mitokondria dalam mengukur kekerabatan spesies ikan hiu dalam populasi dengan hasil yang ingin dicapai dapat mengidentifikasi jenis ikan hiu apa saja yang banyak tertangkap atau diperdagangkan serta keanekaragaman genetik ikan hiu di perairan selatan Indonesia khususnya di wilayah cilacap, Jawa Tengah.

1.2

Tujuan 1. Identifikasi jenis ikan hiu yang diperdagangkan di Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Cilacap, Jawa Tengah. 2. Analisis tingkat keragaman genetik individu antar spesies. 3. Menentukan hubungan kekerabatan antar spesies ikan hiu yang di perdagangkan di Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Cilacap, Jawa Tengah.

2. 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian

METODOLOGI

Penelitian ini dibagi kedalam dua tahap, yaitu pengambilan sample dan pengolahan data sample. Pengambilan sample dilakukan dua kali pengambilan sample yaitu pada 10-11 november 2012 dan pada 16-17 november 2012 sedangkan pengolahan data dilakukan pada Januari 2013. Pengambilan sample dilakukan di Tempat Pelelangan Ikan (TPI) Pelabuhan Perikanan Samudera, Cilacap, Jawa Tengah serta industri pengolahan sirip ikan hiu Cilacap. Pada tahapan pengolahan data bertempat di Laboratorium Biologi Molekuler, Indonesia Biodiversity Research Center, Bali. 2.2. Alat dan Bahan Penelitian Alat dan bahan yang digunakan pada pengolahan sampel ikan hiu (tabel 1) yang digunakan pada analisis laboratorium untuk sebagian peralatan diperlukannnya sterilisasi alat dan diperlukannya keselamatan bekerja karena sebagian bahan yang digunakan berbahaya dan beracun. Tabel 1. Alat dan bahan penelitian Alat Vorteks Mikrosentrifus Alkohol burner Block pemanas Forceps Bahan Sampel daging hiu Larutan ekstraksi Chelex 10% Sarung tangan Alkohol Tisu Tahapan ekstraksi Keterangan

Lembar kerja Chelex Mesin PCR sampel-sampel yang telah di ekstraksi Pippettemen 10,20,200ul Tip Pipet Tabung PCR, Rack Kalkulator, Alat tulis kontrol positif ddH2O Buffer PCR 10x dNTP(deoksinukleotida trifosfat) 8mM Lembar kerja PCR Termoksikler Lembar kerja sekuensing semua peralatan PCR Primer Pewarna Buffer DNA cetakan yang telah dimurnikan ddH2O Timbangan Tabung erlemenyer Mikrowave Agarosa 0.5x TBE Kertas timbangan Kotak Gel dengan sisir Komputer Perangkat Lunak Mega 4.0 Data hasil elektroforegram Tahapan Analisa Data Tahapan Elektroforesis Tahapan Sequencing Tahapan PCR

2.3 Metode Perolehan Data Sampel Penentuan lokasi perolehan data adalah dengan melakukan survey terlebih dahulu untuk mendapatkan sampel hiu serta pengambilan secara langsung (in situ) di lokasi. Sampel hiu di dapatkan di TPI Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) serta industri pengolahan sirip ikan hiu cilacap. Sampel dari hiu hanya menggunakan sedikit dari daging tubuh hiu yang berada di bawah sirip bagian atas (dorsal). Penanganan dalam sampel adalah dengan cara dimasukkan ke dalam tabung sampel yang berisikan etanol 95% dan diberi label berdasarkan masing-masing individu. 2.4 Analisis Laboratorium Pengolahan data sampel ikan hiu dilakukan melalui beberapa tahap yaitu 2.4.1 DNA Extraction Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan cell dan mengambil jaringan pada sample, membuat ekstraksi secara murni serta melindungi DNA dari degradasi. Teknik ini dikembangkan tahun 1991 dan hanya dapat digunakan untuk persiapan PCR. Meskipun memiliki keterbatasan, teknik ini unggul dalam hal cepat, murah dan efektif untuk ekstraksi DNA. Metode chelex disarankan untuk preparasi DNA karena tidak membutuhkan tabungtabung untuk transfer. Metode ini cepat dan menghasilkan kualitas DNA baku yang dapat digunakan dalam uji kompleks PCR. Metode ini menjamin untuk menghasilkan sampel kecil sehingga disarankan untuk semua sampel yang diuji dengan berbagai ukuran dan volume sampel. Tahap pertama prosedur ekstraksi DNA adalah memanaskan sejumlah jaringan dalam larutan Chelex. Pemanasan tersebut membantu memecahkan 7

sel dan mendenaturasi protein. Setelah dimasukkan dalam larutan chelex 10% dan divortex selama 15 detik lalu disentrifugasi selama 10-15 detik dan dipanaskan dalam heating block pada suhu 95oC selama 30 menit yang telah terisi dengan ddH2O. Setelah pemanasan ini, masukkan potongan kecil jaringan dari sampel, sampel di vortex lagi selama 15 detik dan disentrifugasi selama beberapa detik untuk menjamin bahwa semua isi berada di dasar tabung mikrosentrifugasi. Tahap ekstraksi harus dalam keadaan steril untuk mencegah kontaminasi dengan selalu menggunakan control chelex negatif (bawah) untuk mengontrol tahapan ekstraksi. 2.4.2 Polymerase Chain Reaction (PCR) Prosedur PCR adalah tahap selanjutnya digunakan untuk mengamplifikasi gen tunggal, bagian gen, atau urutan non-kode DNA. PCR dilakukan dengan menggunakan mesin PCR (thermo cycler) dan diatur siklus suhunya yang sesuai untuk hiu. Komponen utama dalam PCR adalah DNA template, dNTPs, buffer PCR, MgCl2, primer, dan enzimpolymerase. Primer yang digunakan untuk hiu adalah primer modifikasi yang dipakai menggunakan "Matt Craig, Pers. Comm" untuk lokus COI adalah fish BCH: 5'-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3' atau fish BCL: 5'-TCA ACY AAT CAY AAA GAT ATY GGC AC-3'. Proses amplifikasi ini dimulai dengan mengisi lembar kerja PCR dengan tanggal, jumlah sampel, tipe ekstraksi dan catatan lainnya. Pengisian lembar kerja ini dilakukan untuk menghitung berapa banyak master mix (MM) yang dibutuhkan dan enzim taq

Polimerase serta jumlah ekstrak yang digunakan. Penghitungan volume master mix yaitu seperti pada Tabel 2. Tahap selanjutnya yaitu membuat master mix, dengan mengandakan volume dari protokol baku dengan X (dimana X = # sampel + kontrol positif PCR + kontrol negatif Chelex + kontrol negatif PCR + 1 ekstra). jentikkan setiap tabung dengan jari untuk mencampur, kocok isi hingga dasar tabung. Bila reagen hampir habis, sentriguasi tabung untuk mendapatkan cairan sisa, Kemudian buat campuran Master 1 sesuai dengan volume yang telah dihitung dalam daftar di lembar PCR dan buat campuran Master Mix (MM) 2 tanpa ada penambahan taq, masukkan MM1 ke dalam tabung PCR bagi 14 l , tambahkan 1 l DNA ekstrak untuk setiap tabung. tambahkan Taq ke MM2.

Tabel 2 Komposisi Master Mix pada PCR Master mix 20 tabung STANDAR PROTOCOL ( 1uL DNA template) Standar Protokol ddH2O 10x Buffer PCR (PE-II) dNTPs (8 mM) MgCl2 (25 mM) Primer 1 (10 mM) Primer 2 (10 mM) Amplitaq polymerase ( 5 unit/ L) Total 14,5 2,5 2,5 2 1,25 1,25 0,125 24 290 50 50 40 25 25 2,5 20 Tabung 25L

Saat memulai program hot-star PCR dengan membiarkan penutup panas dan tahan sebentar saat suhu mencapai 80 C. Tempatkan strip tabung ke dalam mesin PCR dengan memastikan semua tertutup untuk mencegah penguapan reaksi PCR. Menggunakan pipet DNA, atur 10 ul pipetman, pipet naik turun MM2 untuk mencampur campuran master. Kemudian, dalam satu waktu, buka tutup tabung, tambahkan MM2, aduk, dan tutup kembali. Ulangi untuk setiap tabung. Unpause program dan lihat layar mesin PCR untuk menjamin bahwa mesin PCR sedang bekerja.Letakkan reagen ke dalam freezer dan ekstrak DNA ke dalam lemari pendingin. 2.4.3. Elektroforesis Elektroforesis adalah teknik laboratorium untuk memisahkan molekul bermuatan. Gel merujuk pada matriks yang digunakan untuk memisahkan molekulnya. Elektroforesis ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya DNA dalam produk PCR kita. Tahap awal dalam elektroforesis adalah membuat gel agarosa 10%, yaitu dengan mencampurkan 1 gram bubuk agarosa dengan 100 mL TBE 0,5X ke dalam tabung erlemenyer dan tambahkan 2 L cyber green (sebagai pewarna molekul). Panaskan pada HIGH dengan microwave sampai agarosa benar-benar terlarut kira-kira 30 detik, dan tuang dalam cetakan agarosa. Pasang sisir pada cetakan dan tunggu selama 15-20 menit hingga agarosa mengeras. Masukan gel kedalam tangki elektroforesis yang berisi buffer TBE 0,5X. Selanjutnya siapkan sampel yang akan dielektroforesis. Hamparkan parafilm, dan totolkan sekitar 1 L loding dye untuk 1 sampel. Ambil 4 L PCR produk dan campurkan dengan lodyng dye 10

kemudian masukan dalam sumur gel. Jalankan mesin elektroforesis pada 200 V dan arus 400 mA selama 15 menit. Setelah 15 menit, angkat gel dan lihat hasilnya dengan menggunakan lampu UV pada panjang gelombang 254 nm dan foto menggunakan kamera Polaroid. 2.4.4 EXO (Exonuclease I) /SAP (Shrimp Alkaline Phosphatase) Exo/Sap bertujuan untuk menghilangkan sisa-sisa primer yang tidak ikut bereaksi dan juga dNTPs sisa selama proses PCR berlangsung. Sample yang positif setelah diuji dengan menggunakan gel elektroforesis, maka selanjutnya produk PCR tersebut di EXO/SAP. Protokol EXO/SAP adalah cara paling sederhana untuk memurnikan hasil PCR sebelum sekuensing. Eksonuklease I membersihkan sisa-sisa primer rantai tunggal dan beberapa hasil DNA rantai tunggal tambahan dalam PCR. Fosfatase Alkaline Udang membersihkan sisa dNTP dari campuran PCR. Komposisi Master Mix EXO/SAP disajikan pada Tabel 3 berikut: Tabel 3 Komposisi Master mix EXO/SAP Master Mix...... Tabung EXO/SAP EXO SAP Master Mix PCR Produk Total Standar Protokol (L) 0,5 0,5 1 5 6 ........ Tabung (L) ....... ....... ....... ....... .......

11

2.4.5 Sekuensing (Perunutan Produk PCR) DNA yang telah teramplifikasi kemudian disiapkan untuk proses penentuan urutan nukleotida menggunakan DNA sequencer. Urutan DNA berhubungan dengan informasi genetik turunan dalam nukleus (inti), plasmid, mitokondria, dan kloroplas yang membentuk dasar pengembangan semua makhluk hidup. Proses seqquensing DNA akan di lakukan di Laboratorium Indonesia Biodiversity Research Center (IBRC) Bali, yaitu dengan menggunakan tabung microsentrifugasi yang memiliki 48 lubang, jadi untuk melakukan cycle sequencing kita harus memiliki minimal 24 DNA hasil EXO/SAP. Sebelum membuat mastermix, siapkan tabung microsentrifugasi (tabung berisi 48 lubang) dan beri label tabung tersebut. Buat dua campuran master sesuai dengan jumlah setiap sampel, abaikan cetakannya: Big dye 1 L , primer (10 M, stock =3,3 pmol) 0,33 L, 5x buffer 1,5 L,DNA cetakan( setelah SAP/EXO) 1-3 L, dan tambahkan air hingga 10 L. Satu campuran master akan memiliki primer jenis 1 dan lainnya akan memiliki primer jenis 2. Bila semua reagen telah ditambahkan, pipet MM1 naik turun beberapa kali. Bagi 9 L campuran master kedalam tabung yang ditandai MM1. Bila telah selesai, ganti tip dan ulangi dengan MM2. Kemudian isikan 1 L DNA hasil EXO/SAP pada masing-masing tabung. Perhatikan gelembung dalam tabung, bila ada gelembung lakukan sentrifugasi singkat. Setelah itu, masukan dalam thermo cycler dan jalankan program cycle sequencing, yaitu 12

pada suhu 96o C selama 10 detik, 50o C selama 5 detik, 60o C selama 4 menit, dan lakukan pengulangan sebanyak 25 siklus. Produk PCR berupa pita tunggal berukuran sesuai desain primer dilakukan perunutan nukleotida dengan cara sekuensing DNA yaitu tahapan akhir untuk memperoleh data urutan nukleotida dari fragmen hasil perbanyakan fragmen DNA. Produk PCR ini bisa dikirim ke Cornel University, Amerika Serikat untuk penentuan urutan nukleotida dari sequens DNA dengan menggunakan mesin sequencher AB1377 (appliedBiosystem). 2.5 Analisis Data 2.5.1 Analisis Filogeni Urutan Nukleotida yang diperoleh diedit secara manual dan disejajarkan dengan urutan nukleotida anggota famili hiu yang terdapat di Genebank. Proses pensejajaran dilakukan dengan menggunakan program MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) (Tamura et al.2007). Hasil analisis berupa komposisi nukleotida, jumlah basa, jarak genetik dan kontruksi pohon filogeni. Data hasil penjajaran nukleotida yang diperoleh kemudian dicocokkan pada data yang tersedia pada GeneBank di NCBI (National Centre for Biotechnology Information) menggunakan BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). Analisis DNA barcoding dilakukan dengan membuat pohon filogeni berdasarkan hasil penjajaran nukleotida yang telah dicocokkan dengan data pada GeneBank. Selain itu, beberapa hasil penjajaran nukleotida dari beberapa

13

spesies yang memiliki kekerabatan yang dekat digunakan untuk mengetahui kedekatannya dengan spesies yang diuji. 2.5.2 Status Konservasi Hasil yang diperoleh dari GeneBank akan dianalisis status konservasinya dengan menggunakan International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN ) yaitu sebuah organisasi Internasional yang didedikasikan untuk konservasi sumberdaya alam. Tujuan IUCN adalah membantu komunitas di seluruh dunia dalam konservasi alam. Kategori Status konservasi IUCN Red List merupakan kategori yang digunakan oleh IUCN dalam melakukan klasifikasi terhadap spesies-spesies berbagai makhluk hidup yang terancam kepunahan. Maka setiap spesies yang didapatkan dari penelitian ini dapat diketahui status konservasinya berdasarkan IUCN Red list.

14

DAFTAR PUSTAKA [DJPT] Direktorat Jendral Perikanan Tangkap. 2005. Statistik Perikanan Tangkap Indonesia 2003. Jakarta: Direktorat Jendral Perikanan Tangkap. Departemen Kelautan dan Perikanan. Duryadi D. 1994. Peranan DNA Mitokondria (mtDNA) dalam Studi Keragaman Genetik dan Biologi Populasi pada Hean hayati 1(1) : 1-4 FAO. 2002a. The Living Marine Resources of The Western Central Atlantic. Volume 1. Introduction, Molluscs, Crustaceans, Hagfishes, Sharks, Batoid Fishes and Chimaeras. (Ed), Kent E. Carpenter Department Of Biological Sciences. Old Dominion University. Norfolk, Virginia, USA. Food and Agriculture Organization Of The United Nations. Rome. Hajibabaei M et al. 2006. A minimalist barcode can identify a specimen whose DNA is degraded. J Compilation Blackwell Publishing. 6: 959-964 Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, Deward JR. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Societyof London Series B, Biological Sciences. 270:313-321. Kamal, M.M. 2007a. Chondrychthyes (materi kuliah ikhtiologi). Departemen Managemen Sumberdaya Perairan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Institut Pertanian Bogor. Kress WJ, Wurdack KJ, Zimmer EA, Weight LA, Janzen DH. 2005. Use of DNA barcodes to identifyflowering plants. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA. 102: 8369-8374 Nontji, A. 2005. Laut Nusantara. Djambatan. Jakarta. Hal 211-214. 15

Savolainen V, Cowan RS, Vogler AP, Roderick GK, Lane R. 2005. Towards writing the encyclopedia of life: an introduction to DNA barcoding. Philosophical Transactions of The Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 360:1805-1811 Stansfield W, Cano R, Colome J. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Amalia Safitri, editor. Terjemahan dari Molecular and Cell Biology. Jakarta : Erlangga Stevens, J.D., Bonfil, R, Dulvy, N.K, and Walker, P.A. 2000. The effects of fishing on sharks, rays and chiemaeras (chondrinhtyans), and the implications for marine ecosistem. ICES Journal of Marine Science, 57:476-494 Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2007. Mega 4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol. 24:15961599. Yuwono T.2006. Teori dan aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta: Andi Teletchea, F., Celia Maudet, Catherine Hanni. 2005. Food and forensic molecular identification : update and challenges. Trends in Biotechnology 23(7): 359366. Traffic. (2002). A CITES priorities: Sharks and the twelfth meeting of the conference of the parties to CITES. Retrieved 6 February, 2004, from (http://www.traffic.org/news/Sharks_CoP12.pdf) Wibowo, S. dan H. Susanto. 1995. Sumberdaya dan Pemanfaatan Hiu. Penebar Swadaya. Jakarta. 156 hal.

16

Narsongko, T. W. 1993. Pengaruh Penggunanaan Darah segar terhadap hasil Tangkapan ikan cucut pada rawai cucut di Cilacap. Skripsi. Program studi Pemanfaatan Sumberdaya perikanan. Fakultas perikanan. IPB., 58 hal. Rahayuningsih, W. 1993. Pengaruh Kedalaman Mata Pancing Rawai Cucut terhadap Hasil tangkapan Ikan cucut Pada Rawai Cucut Di Cilacap. Skripsi. Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan. Fakultas Perikanan. Institu Pertanian Bogor.

17

LAMPIRAN Jadwal Kegiatan Penelitian Taksonomi Molekuler DNA Barcoding Dan Keragaman Genetika Hiu Di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap Berdasarkan Marka Mitokondria sebagai berikut Tahun 2013 Bulan Februari M2 M3 M4 M1

No 1

Kegiatan

Januari M3 M4 M1

Maret M2 M3

M4

4 5 6

Tahap Persiapan Perizinan ke LAB IBRC Bali Persiapan alat dan bahan Tahap Pelaksanaan Sterilisasi alat dan bahan Ekstraksi DNA PCR Elektroforesis EXO/SAP DNA sekuensing Tahap Analisis Data Analisis urutan DNA Analisis urutan filogenetik Tahap Evaluasi Tahap Laporan Tahap Lanjutan

18