Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA.

Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosisatau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan en im DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase !P"#$. %arpu replikasi atau &abang replikasi !replication fork$ ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. %arpu replikasi ini dibentuk akibat en im helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua &abang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. 'asing-masing &abang tersebut menjadi (&etakan( untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh en im primase dan disebutprimer. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida) dalam hal ini, deoksiribonukleotida)ke ujung *+-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah ,+-*+, sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA (induk( dengan arah *+-,+. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi *+-,+, sementara untaian lainnya berorientasi ,+-*+, dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah ,+-*+. .leh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut Pembentukan leading strand/sunting 0 sunting sumber1 Pada replikasi DNA, untaian pengawal !leading strand$ ialah untaian DNA yang disintesis dengan arah ,+-*+ se&ara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung *+-.2 bebas dari sebuah primer #NA dan sintesis DNA berlangsung se&ara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan garpu replikasi. Pembentukan lagging strand/sunting 0 sunting sumber1 Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. 3ntaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer #NA. DNA

polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus .2 *+ bebas pada primer #NA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah ,+-*+. 4ragmen primer #NA tersebut lalu disingkirkan !misalnya dengan #Nase 2 dan DNA Polimerase I$ dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi &elah yang tadinya ditempati oleh #NA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen .ka aki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap. Dinamika pada garpu replikasi[sunting | sunting sumber] 5ukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa en im dan protein yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi sementara DNA membentuk gelung untuk mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. 2al ini merupakan akibat dari interaksi antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp loader. Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa dan mampu berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesi6itas. 3jung-"sliding clamp membentuk gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA !seperti DNA polimerase dan clamp loader$. 5agian dalam sliding clamp memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk interaksi spesifik dengan DNA. 7erdapat lubang *,A besar di tengah clamp ini. 8ubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. 5egitu polimerase men&apai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda !lihat di bawah$, sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA polimerase. Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisisA7P, clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. 9ika DNA rantai tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase IIIbergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding clamp. Replikasi DNA prokariota[sunting | sunting sumber]

#eplikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya : pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi. Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas *< hingga =< buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul A7P. Daerah ori akan mengelilingi kompleks DnaA-A7P tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA !pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka$. Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang >* pb yang kaya dengan A7 sehingga memungkinkan terjadinya pengikatan protein Dna5, yang merupakan en im helikase, yaitu en im yang akan menggunakan energi A7P hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya. 3ntai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein !Ssb$ untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan men&egah renaturasi. ?n im DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis #NA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan en im helikase selain Dna5. 2al ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi se&ara alami ternyata tidak &ukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan en im lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. ?n im DNA girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat men&egah berlanjutnya replikasi DNA bakteri. Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah #NA primer dengan inter6al >.<<< hingga @.<<< basa. Primosom terdiri atas helikase Dna5 dan DNA primase.

Primer

baik

pada

untai

pengarah

maupun

pada

untai

tertinggal

akan

mengalami elongasi dengan bantuan holoen im DNA polimerase III. Aompleks multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan ke&epatan yang sama. 'asing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan berupa eksonuklease *BC ,B. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA. 5egitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera dibuang dan &elah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai akti6itas polimerase ,B C *B, eksonuklease ,B C *B, dan eksonuklease penyuntingan *B C ,B. ?ksonuklease ,B - *B membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi &elah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen .ka aki akan dipersatukan oleh en im DNA ligase. Se&ara in vivo, dimer holoen im DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan ke&epatan :<< pb tiap detik. Aedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi >D< E" dari ori. Di sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi. 7erminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase Dna5. Aetika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh en im topoisomerase IF. 'asing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan. Replikasi DNA eukariota[sunting | sunting sumber] Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. 3ntuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau &y&lin-dependent protein kinases !"DAs$, yang berturut-turut akan diakti6asi oleh sinyal pertumbuhan yang men&apai permukaan sel. 5eberapa "DAs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ori. 5erhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota bergerak hanya dengan ke&epatan ,< pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA

harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi sekitar ,< pb tiap detik. Dengan ke&epatan seperti ini diperlukan waktu sekitar *< hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas @< hingga ,< replikon mengalami inisiasi se&ara serempak pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola sema&am ini men&erminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi. Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A !#P-A$ diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi. 3ntai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh #NA primer dengan bantuan akti6itas primase yang merupakan bagian integral en im DNA polimerase a. ?n im ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. 5aik DNA polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Aemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanyaantigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating &ell nu&lear antigen !P"NA$, yang fungsinya setara dengan subunit b holoen im DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S. 'esin replikasi yang terdiri atas semua en im dan DNA yang berkaitan dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. 'esin-mesin tersebut dapat di6isualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin !53d#$, dan 6isualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali 53d#. 3jung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA yang dapat menggantikan #NA primer yang dibuang dari ujung ,B untai tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. 3ntuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota !telomer$ mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung *B melampaui ujung ,B. ?n im telomerase

mengandung molekul #NA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. #NA ini akan bertindak sebagai &etakan !templat$ bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung *B. 2al yang menarik adalah bahwa akti6itas telomerase mengalami penekanan di dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Aetika pemendekan men&apai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. 4enomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reakti6asi en im telomerase.