MAKALAH I BIOLOGI MOLEKULER ASAM NUKLEAT

OLEH : KELOMPOK PROTEIN Atan Tuahta / 1206227535 Beatrix Gloria / 1206263263 Jupiter Eresta Jaya / 1206230183 Muhammad Fatah Karyadi / 1206263370 Risa Hashimoto / 1206224615

FAKULTAS TEKNIK UNIVERSITAS INDONESIA 2013

STRUKTUR DNA & RNA Jupiter Eresta Jaya/Teknik Kimia/1206230183

Abstrak Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta pemindahan informasi genetik (polinukleotida). Asam nukleat terdiri dari Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam ribonukleat (RNA). DNA merupakan struktur yang dibangun oleh gula pentosa (deoksiribosa), fosfat dan suatu basa dalam bentuk polimer dan berkombinasi membentuk helix ganda. DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk heliks ganda (double helix). Model struktur DNA itu pertama kali dikemukakan oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953 di Inggris. Struktur tersebut mereka buat berdasarkan hasil analisis foto difraksi sinar X pada DNA yang dibuat oleh Rosalind Franklin. RNA adalah asam nukleat. Struktur kimianya sama dengan DNA kecuali berapa perbedaan yang akan dijelaskan adalam lembar tugas mandiri ini. Asam Nukleat Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta pemindahan informasi genetik (polinukleotida). Asam nukleat terdiri dari Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam ribonukleat (RNA). a. Komponen Penyusun Asam Nukleat 1. Basa Nitrogen Heterosiklik Basa nitrogen heterosiklik yang merupakan penyusun asam nukleat adalah turunan Purina dan pirimidina. Purin

Purina atau purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang mempunyai lingkar pirimidina dan imidazol yang berimit. Turunan purina yang merupakan penyusun asam nukleat adalah adenine atau 6-aminopurina dan guanine atau 2-amino-6-oksipurina. Pirimidin

Pirimidina atau pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana lingkar 6, dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya. Turunan-turunan pirimidina yang meupakan penyusun asam nukleat adalah sitosin atau 2-oksi-4-aminopirimidina yang disingkat C, timin atau 2, 4-dioksi-5metilpirimidina yang disingkat T dan urasil atau 2, 4-dioksipirimidina yang disingkat U. 2. Pentosa Pentose yang menyusun asam nukleotida adalah ribose dan 2-deoksiribosa. Dalam struktur kimia asam nukleat, kedua pentose tersebut terdapat dalam bentuk lingkar furanosa. Ribose merupakan penyusun RNA dan 2-deoksiribosa merupakan 2

penyusun DNA. Pentosa Memiliki Struktur Cincin Segi Lima Empat Atom C (C1 C4) Satu Atom O Membentuk Struktur Cincin Gambar 1. Struktur Pentosa Satu Atom C Yaitu C5 Ada Di Luar Cincin.

3. Fosfat Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat. Fosfat ini berupa kristal berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu 42,350C. Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan bervalensi tiga jenis garam natrium. Garam natrium tersebut dapat terbentuk pada suhu kamar yaitu, Natrium fosfat Na3PO4, Natrium hidrogen fosfat Na2HPO4, dan Natrium dihidrogen fosfat NaH2PO4. b. Nukleotida dan Nukleosida Suatu basa yang terikat pada satu gugus gula disebut nukleosida, sedangkan nukleotida adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat. Di dalam molekul DNA atau RNA, nukleotida berikatan dengan nukleotida yang lain melalui ikatanfosfodiester. Basa purin dan pirimidin tidak berikatan secara kovalen satu sama lain. Oleh karena itu, suatu polinukleotida tersusun atas kerangka gula-fosfat yang berselang seling dan mempunyai ujung 5-P dan 3-OH. Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikut nya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.

Gambar 2. Struktur Asam Nukleat

DNA DNA merupakan struktur yang dibangun oleh gula pentosa (deoksiribosa), fosfat dan suatu basa dalam bentuk polimer dan berkombinasi membentuk helix ganda. DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk heliks ganda (double helix). Model 3

struktur DNA itu pertama kali dikemukakan oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953 di Inggris. Struktur tersebut mereka buat berdasarkan hasil analisis foto difraksi sinar X pada DNA yang dibuat oleh Rosalind Franklin. a. Struktur DNA DNA disusun oleh basa nitrogen purin (guanine dan adenine) dan pirimidin (Timin dan Sitosin) yang terhubung dengan hidrogen, serta susunan fosfor penopang. DNA terdiri dari nukleotidanukleotida yang bergabung menjadi polinukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas : Gugusan gula pentosa berupa 2-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa Gugusan fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula

Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5 bebas (tidak terikat nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3 hidroksil bebas atau dengan arah 53 (Darnell, et al., dalam T. Milanda, 1994).

3 5

Gambar 3. Struktur DNA Gugus tersebut saling terkait dan membentuk tulang punggung (back bone) yang sangat panjang bagi heliks ganda. Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga, dimana ibu tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya adalah susunan basa nitrogen. Fosfat menghubungkan gula pada satu nukleotida ke gula pada nukleotida berikutnya untuk membentuk polinukleotida. Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan guanin (G), serta basa pirimidin yaitu sitosin (C) dan timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen disebutnukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu : Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida (deoksiadenosin) 5

Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida (deoksiguanosin) Ikatan C-gula disebut sitosin deoksiribonukleosida (deoksisitosin)

Ikatan T-gula disebut timin deoksiribonukleosida (deoksitimin)

Gambar 4. Jenis-jenis Nukleotida Ikatan basa-gula-fosfat disebut sebagai deoksiribonukleotida atau sering disebut nukleotida. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin deoksiribonukleotida, timidin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida, dan timidin deoksiribonukleotida. Nukleotidanukleotida itu membentuk rangkaian yang disebut polinukleotida. DNA terbentuk dari dua utas polinukleotida yang saling berpilin dan arahnya berlawanan. Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang tetap dengan basa-basa nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan dengan sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan oleh dua atom hidrogen (A=T). Adapun pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan oleh tiga atom hidrogen (CG). Dengan demikian, kedua polinukleotida pada satu DNA saling komplemen

Gambar 5. Ikatan-Ikatan antar basa nitrogen

b. Model Watson-Crick 6

1. Model Watson-Crick memperlihatkan bahwa DNA berbentuk heliks ganda atau disebut DNA dupleks. Jika heliks (lilitan) tersebut diluruskan tampak seperti sebuah tangga 2. Dalam satu molekul DNA, untai gula-fosfat terletak di sebelah luar dan berperan sebagai tulang punggung atau induk tangga, sedangkan untai biasa yang terletak di sebelah dalam merupakan anak tangga. 3. Setiap molekul DNA disusun oleh dua rantai polinukleotida. Basa-basa dari kedua rantai tersebut berpasakan sesuai dengan aturan Chargaff, yaitu A-T atau G-S 4. Dua helik rantai nukleotida terpilin dalam suatu sumbu membentuk heliks ganda yang mengarah kek kanan. Basa purin dan pirimidin menuju ke pusat heliks ganda sehingga saling berhadapan.

Gambar 6. DNA model Watson-Crick c. Jenis-Jenis Ikatan pada DNA Ikatan fosfodiester : menyatukan karbon 3 dan karbon 5 dalam arah berlawanan. Ikatan Hidrogen : Ikatan antara basa-basa Ikatan kovalen : Ikatan antar posfat dan gulanya d. Konformasi DNA DNA dapat hadir dalam beberapa konformasi yang berbeda dan ini penting untuk fungsi DNA dan tindakan. Konformasi DNA sangat penting untuk perbaikan DNA yang rusak karena mereka bertindak dengan enzim dalam tubuh. Konformasi DNA dibagi menjadi 3 jenis: B DNA memiliki 10 basa tiap pilinan, major groove lebar, dan minor groove sempit. Konformasi B merupakan bentuk DNA yang paling umum pada kromosom organisme dan yang umumnya kita pelajari, dengan bentuk double helix 7

A DNA memiliki 11 basa tiap pilinan, major groove jauh lebih sempit dari B DNA, minor groove jauh lebih lebar. Konformasi A juga berbentuk double helix, bentuknya lebih pendek dan lebih tebal dibandingkan konformasi B. Konformasi A dapat ditemukan pada RNA dan kompleks DNA-RNA. Z DNA (zigzag-look DNA), Nama Z muncul dari bentuknya yang zig-zag, berbeda dengan konformasi A dan B. Sejauh ini, konformasi Z ditemukan berperan dalam transkripsi gen, translasi gen, dan diferensiasi sel.

e. Tiga Struktur Penting DNA (Gen) DNA (Gen) terdiri dari tiga struktur penting yaitu : Bagian yang disebut gene regulatory segment mengandung srtuktur yang terlibat pada proses inisiasi dan pengaturan proses transkripsi. Exon bagian yang mengandung codon untuk ditranslasikan oleh mRNA menjadi protein. Intron bagian struktur yang tidak mengandung codon (intervening sequence).

Gambar 8. Struktur DNA; gene regulatory segment, exon, dan intron RNA RNA adalah asam nukleat. Struktur kimianya sama dengan DNA kecuali perbedaan-perbedaan berikut: Pada DNA rantai ganda asam nukleat yang terdiri dari nukleotida-nukleotida yang digabung oleh ikatan fosfodiester 3' -> 5', sedangkan RNA adalah rantai tunggal, Gula penyusun serat rantai DNA adalah deoxiribose (atom hidrogen mengganti gugus hidroksil pada posisi atom karbon nomor sedangkan gula dalam rantai tunggal RNA ditempati oleh gula ribosa Semua basa nitrogen thimin dalam DNA diganti oleh basa nitrogen urasil dalam RNA. Dengan demikian, basa-basa nukleotida penyusun RNA adalah A, U,G,T.

a. Struktur RNA Pada dasarnya struktur RNA sangat mirip dengan struktur DNA. RNA juga merupakan suatu polinukleotida, nukleotioda pada RNA juga tersusun dari komponen gula, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Basa nitrogen pada RNA juga ada 4 jenis. Namun Gula pentosa pada RNA adalah gula ribose, bukan deoksiribosa sebagaimana DNA. Pada RNA tidak terdapat basa timin, sebagai gantinya terdapat basa urasil, basa ini juga dari golongan pirimidin sebagaimana timin. Dalam sel eukariot, RNA merupakan rantai polinukleotida tunggal, bukan rantai heliks ganda sebagaimana DNA. Terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan dala memahami struktur RNA, antara lain; 8

Gula Ribosa Urasil dan Timin Polinukleotida

Ribosa memiliki struktur sama dengan deoksiribosa, perbedaannya adalah pada atom C-2 terdapat gugus OH. Pada deoksiribosa oksigen pada gugus OH hilang oleh karena itu disebut deoksiribosa. Komponen dan urutan atom lain dalam gula ribosa ini sama dengan gula deoksiribosa, bahkan tempat perlekatan gugus fosfat dan basa nitrogen pun sama. Struktur urasil juga sangat mirip dengan timin, karena keduanya termasuk basa pirimidin. Perbedaannya bila C-5 pada timin memiliki gugus CH3 maka pada urasil hanya ada satu H. seperti pada sitosin. Tetapi urasil dan timin berbeda dengan sitosin pada N-3. Urasil setelah berikatan dengan gula menjadi nukleosida disebut uridin. Sebagaimana timin uridin hanya dapat berpasangan dengan adenin. Rantai polinukleotida RNA dalam keadaan normal bukan merupakan untaian pita ganda sebagaimana DNA. Tetapi hal ini tidak berarti basa nitrogennya kehilangan sifat untuk selalu berpasangan. Bila pita RNA bertemu dengan pita RNA lain yang urutan basanya cocok maka juga akan membentuk pasangan pita. Bahkan dalam keadaan tertentu rantai RNA ini dapat menekuk dan membentuk pita ganda. Semua RNA asalnya merupakan pita komplemen DNA, melalui suatu proses yang disebut transkripsi tersusunlah urutan nukleotida yang akan menjadi pita RNA. Tulang punggung RNA tersusun atas deretan ribosa dan fosfat. Ribonukleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dalam bentuk nukleosida trifosfat, seperti adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sistidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP). RNA disintesis oleh DNA di dalam inti sel dengan menggunakan DNA sebagai cetakannya. b. Jenis-Jenis RNA RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan RNA non-genetik. RNA genetik

RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas sel. RNA non-genetik

RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA. Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA, dan rRNA.

1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)

mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan) dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola Gambar 9. Struktur mRNA cetakan pembentuk polipeptida. Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan dalam plasma. 2) tRNA (transfer RNA) atau ARNt (ARN transfer) RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di dalam sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai penerjemah kodon dari mRNA. Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan dengan kodon dinamakan antikodon. Struktur tRNA Terdiri dari 75 buah nukleotida. Terdiri dari 4 lengan utama: lengan akseptor Lengan antikodon lengan D lengan T C lengan tambahan

Gambar 10. Struktur tRNA

3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal) RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat di dalam nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi dari RNA ribosom adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 3046%.

10

SINTESIS ASAM NUKLEAT Risa Hashimoto/1206224615/Teknik Kimia Sintesis Asam Nukleat oleh Risa Hashimoto, 1206224615

Abstrak Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Asam-asam nukleat ini adalah molekul-molekul yang membuat organisme hidup dapat memproduksi komponen-komponen kompleksnya dari satu generasi ke generasi berikutnya. Didalam DNA terdapat materi genetik yang diwarisi organisme dari orangtuanya, yang disebut gen. Fungsi dari DNA ialah untuk mengarahkan proses replikasi nya sendiri, mengarahkan sintesis RNA dan mengontrol sintesis protein melalui RNA. DNA tidak secara langsung terlibat dalam pelaksanaan operasi sel, hanya sedikit lebih dari perangkat lunak (software) komputer yang dengan sendirinya dapat mencetak cek atau membaca bar code pada kotak sereal. Persis seperti printer yang diperlukan untuk mencetak suatu pernyataan dan sebuah scanner yang diperlukan untuk membaca bar code, protein diperlukan untuk mengimplementasikan program genetik. Protein disini bertindak sebagai perangkat keras (hardware) molekuler sel yang sangat bermanfaat bagi sebagian besar fungsi-fungsi biologis. Misalnya, protein hemoglobinlah yang membawa oksigen dalam darah, bukan DNA, yang menspesifikasi struktur hemoglobin itu. Lalu, bagaimanakah RNA, jenis asam nukleat lain, masuk di dalam aliran informasi genetik dari DNA sampai ke protein? Setiap gen di sepanjang rentang molekul DNA mengarahkan sintesis suatu jenis RNA yang disebut mRNA sebagai pembawa pesan. Molekul mRNA itu kemudian berinteraksi dengan peralatan pensintesis protein dalam sel untuk mengarahkan produksi polipeptida. Kita dapat meringkas aliran informasi genetik sebagai DNA RNA Protein. Jadi untuk memproduksi suatu protein dibutuhkan beberapa proses yang diantaranya Sintesis DNA (Replikasi DNA), Sintesis RNA (Transkripsi RNA) dan yang terakhir ialah Proses Translasi. Namun Proses Translasi disini tidak dibahas karena pada LTM ini hanya fokus ke proses apa saja yang terjadi untuk menciptakan asam nukleat. Tempat berlangsungnya proses sintesis protein ialah ribosom. Secara garis besar, perbedaan antara sel prokariotik dengan sel eukariotik apabila dilihat dari segi komponen asam nukleatnya ialah : Sel Prokariotik Sel Eukariotik Masih menggunakan RNA untuk mengirimkan Ribosom terdapat di sitoplasma pesan dari DNA Tidak memiliki nukleus DNA terdapat di nukleus

11

Sintesis DNA A. Definisi Replikasi DNA Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Sel prokariot terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada sel eukariot, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. Genom manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang salah). Proses replikasi pertama kali di mulai ketika enzyme Helicase memutus ikatan kimia yang paling lemah diantara dua rantai polinukleotida. Untaian DNA diputus tepat di tengah memisahkan pasangan-pasangan basa. Rantai polinukleotida yang baru dipisahkan menjadi rantai tunggal akan menjadi rantai dasar (template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru. B. Mekanisme Replikasi DNA Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan melibatkan set protein dan enzim yang secara kolektif merakit nukleotida dalam urutan yang telah ditentukan. Dalam menanggapi isyarat molekul yang diterima selama pembelahan sel, molekul-molekul ini melakukan replikasi DNA, dan mensintesis dua untai baru menggunakan helai yang ada sebagai template atau cetakan. Masing-masing dua resultan, molekul DNA yang identik terdiri dari satu untai baru lama dan salah satu DNA. Oleh karena itu proses replikasi DNA disebut sebagai semi-konservatif. Secara garis besar, Mekanisme Replikasi DNA dapat di rangkum seperti gambar dibawah ini :

Gambar 1. Rangkaian Proses Replikasi DNA Sumber : (scavo2000.wordpress.com)

12

Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik dijelaskan di bawah ini: 1. Inisiasi

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal atau pangkal replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian) double heliks dalam alur tunggal. Enzim Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA tersebut dikenal sebagai garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah single helix terbentuk, protein yang disebut single-strand binding proteins (SSB) mengikat pada bagian belakang dari helix tersebut, dan mencegah mereka untuk annealing (penempelan). Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang masing-masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru. Agar kedua untai yang telah dipisahkan tidak terlalu tegang, diberikanlah enzim topoisomerase agar kedua untai dapat membentuk untaian yang baru dengan cetakan untai baru. 2. Sintesis Primer Enzim yang digunakan untuk membentuk rantai komplementer DNA menggunakan rantai yang ada sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi. Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA sendiri dan membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai pembuatan nukleotida komplementer. Untuk itu, maka dibentuklah RNA primer yang dapat menyediakan 3 gugus hidroxil untuk DNA polymerase. RNA primer dibuat oleh enzim RNA primase yang merupakan golongan RNA polimerase. Primer merupakan bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada dan terdiri dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform atau awalan yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA dan membentuk DNA komplementer. Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru. 3. Sintesis Leading Strand

13

DNA polimerase hanya dapat membentuk nukleotida baru untuk ujung 3 dari untai yang ada, hal ini dikarenakan DNA plimerase hanya dapat mensintesis DNA pada arah 5 3 saja. DNA yang merupakan double helix memperngaruhi replikasi. Yaitu 2 pita (single helix) bersifat berlawanan satu sama lain. Pada satu untai, pita DNA yang baru akan terbentuk secara terusmenerus. Hal ini dikenal sebagai leading strand. Pada rantai 5-3, setelah dibuat RNA primer oleh primase, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 (gugus hidroksil) pada RNA Primer, dan meneruskan menambahkan nukleotida komplementer baru. Garpu replikasi berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga terbentuklah untai baru DNA untuk rantai 5-3. 4.

Sintesis Lagging Strand

Pada sintesis langging strand, proses pembuatan DNA yang baru mencakup beberapa tahap, yaitu pembentukan okazaki fregmen, penghapusan primer dan ligasi. a. Pembentukan Fregmen Okazaki

Pada untai yang berlawanan, DNA disintesis secara terputus (discontinue) dengan menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 3. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang nantinya akan bergabung satu sama lain untuk membentuk sebuah rantai nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand karena proses sintesis DNA pada untai atau rantai ini dilakukan pada tingkat yang lebih rendah. Pada proses lagging strand, primase menghasilkan RNA primer di beberapa tempat sepanjang untai DNA. DNA polimerase III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru dan selesai saat bertemu dengan fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, untuk membentuk sebuah untai DNA yang baru, pada setiap beberapa bagian harus dibuat RNA primer terlebih dahulu, sebelum DNA polymerase III dapat membuat komplementer dari untai DNA yang lama. Jika pada sintesis leading strand hanya dibutuhkan RNA primer pada bagian awal saja kemudian dilanjutkan dengan DNA polymerase III, pada sintesis lagging strand RNA primer juga dibuat bergantian dengan DNA polymerase III. b. Penghilangan/Penghapusan Primer Meskipun untai DNA baru telah disintesis, RNA primer yang ada pada awal pembuatan untai DNA baru oleh DNA polymerase III harus digantikan dengan DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Enzim ini ada khusus 14

menghilangkan RNA primer melalui aktivitas eksonuklease 5 3 dan menggantikan RNA primer tersebut dengan deoksiribonukleotida baru dengan menggunakan DNA polymerase 5 3. c. Ligasi

Setelah penghapusan RNA primer selesai, masih terdapat bagian celah atau nick antara fragmen Okazaki yang berdekatan. Pada tahap ini, enzim ligase akan datang dan mengidentifikasi segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang berdekatan. Enzim ligase lalu menyambungkan fragmenfragmen Okazaki tersebut sehingga sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap dan selesai.

5. Terminasi Replikasi ini akan berhenti di lokasi terminasi yang khusus. Lokasi terminasi tersebut terdiri dari urutan nukleotida yang unik. Kodon stop yang dimaksud adalah TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada mRNA), atau TGA (UGA pada mRNA). Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke bagian DNA lama tersebut, sehingga akan menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus, maka helikase dan protein tersebut akan jatuh bersama (berhenti) dengan single-strand binding proteins (SSB).

Perbedaan Replikasi DNA di Sel Eukariotik dan Prokariotik Meskipun mekanisme dasar tetap sama, replikasi DNA eukariotik jauh lebih kompleks, dan melibatkan jumlah yang lebih tinggi dari protein dan enzim. Perbedaan replikasi DNA di sel eukariot dan prokariot adalah

15

1) Lokasi Sel prokariotik tidak memiliki nukleus dan organel membran-terikat lainnya, sepert mitokondria, retikulum endoplasma, dan badan Golgi. DNA pada sel prokariotik ada sebagai protein dan DNA yang kompleks yang disebut nukleoid. Oleh karena itu, replikasi DNA pada sel prokariot terjadi dalam sitoplasma sel. Sedangkan pada sel eukariot, sel yang memiliki inti dan organel membran terikat lainnya, DNA berada di dalam nucleus dan lebih teratur. Oleh karena itu, inti adalah tempat lokasi untuk berlangsungnya replikasi DNA pada sel eukariot. 2) Masa tahapan pembelahan sel Pada sel prokariotik, replikasi DNA adalah langkah pertama dari pembelahan sel, yang biasanya terjadi saat pembelahan biner atau tunas. Sedangkan pada sel eukariotik, pembelahan sel adalah proses yang relatif kompleks, dan replikasi DNA terjadi selama sintesis (S) fase dari siklus sel. 3) Inisiasi Replikasi DNA dimulai pada urutan tertentu atau unik yang disebut asal replikasi, dan berakhir di lokasi terminasi yang unik dan tertentu juga. Wilayah DNA antara dua titik tersebut disebut sebagai unit replikasi atau replicon. DNA pada sel prokariotik tertata dan teroganisir di dalam kromosom yang melingkar, dan beberapa memiliki molekul DNA melingkar tambahan di dalamnya yang disebut plasmid. Molekul-molekul DNA pada sel prokariotik mengandung asal replikasi yang tunggal dan replicon tunggal. Selain itu, bagian dan panjang dari daerah asal replikasi ini umumnya lebih panjang dari pada daerah asal untuk sel eukariotik. DNA pada sel eukariotik relatif sangat besar dan berada di dalam kromosom linear. Karena tinggi dan banyaknya jumlah material yang akan disalin, maka akan terdapat beberapa daerah asal replikasi pada setiap kromosom. Replikasi DNA secara independen dapat dimulai pada setiap asal replikasi dan berakhir pada pemutusan daerah lokasi yang sesuai (terminasi). Dengan demikian, masing-masing kromosom memiliki beberapa replikan, yang memungkinkan untuk membuat replikasi DNA lebih cepat. 4) Arah Replikasi Setelah melalui inisiasi, hasil replikasi DNA yaitu sepanjang molekul DNA dan titik tepat di mana replikasi terjadi disebut sebagai garpu replikasi. Umumnya, baik pada sel prokariotik maupun sel eukariotik, proses replikasi DNA berlangsung dalam dua arah yang berlawanan, dari asal replikasi. Namun, dalam plasmid tertentu yang berada di dalam sel bakteri, terjadi replikasi DNA secara searah. Plasmid ini mereplikasi DNA dengan menggunakan model lingkaran bergulir, dimana beberapa salinan linier dari DNA melingkar disintesis dan kemudian diedarkan.

16

Sintesis RNA A. Mekanisme Transkripsi RNA RNA tidak biasanya ditemukan sebagai double helix tetapi sebagai untai atau rantai tunggal. Namun, polinukleotida untai tunggal dapat melipat pada dirinya sendiri untuk membentuk bagian-bagian yang memiliki struktur heliks ganda seperti struktur tersier protein. Biosintesis RNA, yang disebut transkripsi. yaitu pembentukan/sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA. Transkripsi RNA mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA, yaitu: a) Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP). b) Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA. c) Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA. d) Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer. Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan basa pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di sisi 5 (upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini dinamakan promoter. Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. Kedua asam nukleat menggunakan bahasa yang sama, dan informasi hanya ditranskripsi, atau disalin, dari satu molekul menjadi molekul lain. Transkripsi menghasilkan 3 macam RNA yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. 1) Inisiasi (Permulaan)

17

Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada transkripsi ini dikenal promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai transkripsi. RNA polymerase melekat atau berikatan dengan promoter, setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polymerase membuka rantai ganda DNA.

2) Elongasi (Pemanjangan)

Selama sintesis RNA berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA, yang sedang diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA cetakan. Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada replikasi. Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin dengan sitosin (Gambar 3.13).

18

3) Terminasi (Pengakhiran)

Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti semula dan RNA polymerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah mRNA yang baru. Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai mRNA. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi mRNA yang fungsional (aktif) setelah melalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai tunggal mRNA terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida mRNA hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.

Tahapan Transkripsi RNA dapat dijelaskan seperti pada gambar berikut :

19

B. Perbedaan Proses Transkripsi di Sel Prokariotik dan Eukariotik Transkripsi pada sel Prokariot a) Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : Daerah pengendali (promoter); bagian struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dalam mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5. (Promoter pada prokariot juga terdiri atas operator) Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yang berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi : memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi transkripsi pada prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu : terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan terminasi diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent. b) Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. c) Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yang membawa kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yang berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama. d) Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu. e) Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot) f) Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai. g) Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya.

20

Transkripsi pada sel Eukafriot a) Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: o Gen kelas I : meliputi gen-gen yg mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I). Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer promoter) promoter utama, o Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode protein dan beberapa RNA berukuran kecil yg terdapat di dalam nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu : sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream). o Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang b) Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. c) Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida). d) Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron. e) Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktorfaktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). f) Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi. g) Pada fase ini, terjadi proses Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing); Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA); Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA Penyuntingan mRNA 7. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron).

21

FUNGSI ASAM NUKLEAT Atan Tuahta/1206227535/Teknik Kimia

1.DNA Kromosom Gen merupakan sepenggal DNA, di mana DNA merupakan tempat penyimpanan informasi genetika yang akan diwariskan kepada keturunannya. Nantinya gen akan mengarahkan pembentukan protein yang dibutuhkan oleh tubuh kita agar dapat berfungsi dengan baik. Pengemasan DNA dalam kromosom terjadi pada tahap profase. Secara ringkas pengemasan tersebut dapat dijelaskan sebagai berikut. Untai DNA dipintal pada suatu set protein, yaitu histon yang menjadi suatu bentukan yang disebut unit nukleosom. Unit-unit nukleosom tersusun padat membentuk benang yang lebih padat dan terpintal menjadi lipatanlipatan solenoid. Lipatan solenoid tersusun padat menjadi benang kromatin. Benang-benang kromatin tersusun memadat menjadi lengan kromatid. Lengan kromatid kembar disebut kromosom. Tempat berkumpulnya gen didalam kromosom disebut lotus.DNA menyusun kromosom sekitar 35% sedangkan RNA 5% saja.

2.DNA Nukleus DNA nukleus merupakan DNA yang terdapat pada Nukleus.. Nukleus memiliki peran yang sangat vital dalam kehidupan sebuah sel. Peranan nucleus dalam hal ini adalah untuk mengatur dan mengontrol segala aktifitas kehidupan sel serta membawa informasi genetik yang diturunkan ke generasi berikutnya. Informasi genetik ini disimpan dalam suatu molekul polinukleutida yang disebut DNA (Deoxyribonucleic acid). DNA pada umumnya tersebar di dalam nucleus sebagai matriks seperti benang yang disebut kromatin. DNA nukleus memiliki bentuk linier dan berasosiasi erat dengan protein histon. DNA pada nukleus pada umumnya memiliki fungsi yang sama dengan DNA kromosom , yaitu pembawa materi genetik. 22

3.DNA Mitokondria mitokondria memiliki materi genetik sendiri yang karakteristiknya berbeda dengan materi genetik di inti sel. Besar genom pada DNA mitokondria relatif kecil apabila dibandingkan dengan genom DNA pada nukleus. Ukuran genom DNA mitokondria pada tiap tiap organisme sangatlah bervariasi. DNA mitokondria juga memiliki sifat unik lainnya yaitu laju mutasinya yang sangat tinggi sekitar 10-17 kali DNA inti.Hal ini dikarenakan mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien ,tidak memiliki protein histon, dan terletak berdekatan dengan membran dalam mitokondria tempat berlangsungnya reaksi fosforilasi oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk samping.Berbeda dengan DNA nukleus, sebagian besar DNA pada mitokondria berfungsi sebagai respirasi sel.

4.DNA kloroplas Kloroplas adalah plastid yang mengandung klorofil. Di dalam kloroplas berlangsung fase terang dan fase gelap dari fotosintesis tumbuhan. Kloroplas terdapat pada hampir seluruh tumbuhan, tetapi tidak umum dalam semua sel. Bila ada, maka tiap sel dapat memiliki satu sampai banyak plastid. Kloroplas mengandung DNA lingkar dan mesin sistesis protein, termasuk ribosom dari tipe prokariotik..Pada kloroplas, DNA terletak di stroma dan berfungsi untuk mendeteksi polipeptida.

23

1.mRNA (messenger-RNA) yg melakukan tranfer informasi mengenai deretan asam amino pada protein yang akan dibangun sesuai dengan urutan kode pada DNA asal.

2.Small-Nucleolar RNA (snoRNA) Small nucleolar RNAs (snoRNAs) adalah bagian dari molekul small RNA yang berfungsi melakukan modifikasi kimia pada RNA lain terutama r-RNA( RNA ribosom), t-RNA(transfer RNA) dan snRNA (small nuclear RNA)

3.

Transfer Messanger RNA Mendaur ulang ribosom dan memfasilitasi degradasi mRNA yang menyimpang

4.

Transfer RNA (tRNA)

tRNA adalah molekul yang menginterpretasikan pesan genetik berupa serangkaian kodon di sepanjang molekul mRNA dengan cara mentransfer asam-asam amino ke ribosom dalam proses translasi.Fungsi dari tRNA ialah menerjemahkan kodon dari mRNA dan juga mengangkat asamasam amino ke sitoplasma untuk dijadikan protein serta mengangkutnya ke ribosom

5. Ribosomal RNA (rRNA) rRNA terletak pada ribosom dan berfungsi sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang mRNA.

6.RNA Interferece (RNAi) RNA i adalah salah satu mekanisme dalam makhluk hidup untuk mengendalikan aktivitas gen.Peran penting interferensi RNA mencakup sistem pertahanan terhadap informasi genetik asing (virus), mengatur proses perkembangan, dan dalam sejumlah aspek ekspresi gen lainnya.Perlindungan ini dilakukan dengan memanipulasi rantai mRNA (pemotongan rantai).

7. small interfering RNA (siRNA) 24

Berfungsi untuk menginterferensi ekspresi dari gen tertentu. Ekspresi Gen (Gene Expression) adalah proses dimana informasi dalam gen digunakan untuk mengsintesis produk (gen) yang memiliki fungsi.

8. snRNA (small nuclear RNA) Mengatur / menjaga telomer. Membantu dalam regulasi (transcription factor, RNA polymerase II). Membentuk snRNP dengan protein. Ikut serta dalam splicing (penyambungan) RNA.

25

DETEKSI ASAM NUKLEAT Muhammad Fatah Karyadi/1206263370/Teknik Kimia

ABSTRAK Asam nukleat merupakan makromolekul yang tersusun dari polimer nukleotida. Asam nukleat memiliki fungsi utama dalam tubuh yaitu antara lain sebagai materi genetik dan juga koenzim. Asam nukleat yaitu utamanya adalah DNA dan RNA, terdapat dua macam analisis. Analisis pertama adalah analisis kualitatif dengan metode gel elektroforesis, sequencing, dan hibridisasi. Metode tersebut pada prinsipnya adalah untuk menganalisis urutan dan mengidentifikasi DNA atau RNA yang menjadi sampel. Analisis kedua adalah analisis kuantitatif yaitu mengukur kadar atau konsentrasi molekul asam nukleat dengan metode blotting yaitu northern dan southern blotting dan metode spektrofotometri.

KATA KUNCI Asam nukleat, DNA, RNA, PCR, Hibridisasi, Elektroforesis, LCR,Spektro UV-Vis, qPCR

1.1.

Analisis Kualitatif

1.1.1. Elektroforesis Gel Agrosa Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler (Bowen 2000: 1). Elektroforesis gel adalah teknik memisahkan suatu makromolekul dengan cara memberi gaya pada makromolekul tersebut untuk melewati medium berisi gel dibantu dengan tenaga listrik (Anonim ?: 1). Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Bowen 2000: 1). Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug & Cummings 1994: 215). Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap individu (Fairbanks & Andersen 1999: 280). Aplikasi elektroforesis dapat digunakan dalam uji paternitas dan identifikasi pelaku kejahatan (DNA fingerprinting). Elektroforesis juga berperan dalamhuman genome project (Anonim ?: 3). Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang 26

yang sama (Campbell dkk. 2002: 396--397). Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu: 1. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer. 2. Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar. 3. Gel agarosa formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem elektroforesis yang digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran standar. (Davis dkk. 1994: 151). Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari: 1. Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarosa. 2. Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarosa. 3. Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarosa. 4. Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis. Gambar 1. Perbedaan Elektroforesis Gel Agarosa dan Gel Poliakrilamid

Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium Bromida yang bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium Bromida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau kecepatan molekul DNA pada gel (Birren & Lai 1993: 79--81). Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing, mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau jaringan tertentu, mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel organisme atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu, mempelajari evolusi di tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam populasi natural di alam, menentukan atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA, RNA, protein dan aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar individu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan plasmid DNA (Russell 1994: 299--310 & 500--501; Fairbanks & Andersen 1999: 278). 27

Gambar 2. Proses Elektroforesis

1.1.2. Hibridisasi Hibridisasi merupakan salah satu teknik analisis kualitatif asam nukleat dengan cara membentuk ikatan dupleks stabil antara dua rangkaian nukleotida yang saling komplementer melalui perpasangan basa nitrogen. Teknik ini juga dikenal dengan sebutan Hibridisasi Asam Nukleat (Nucleic Acid Hybridization). Molekul untai tunggal yang komplementer dengan sampel yang akan dianalisis disebut dengan probe asam nukleat. Probe ini dapat berupa DNA maupun RNA. Proses analisis Hibridisasi ini dapat dijelaskan dalam langkah berikut: Mengambil sel sampel dan memasukannya kedalam membran nilon. Sel sampel dapat berupa cloning maupun sel orisinal. Pada langkah ini, sel akan mengalami denaturasi sehingga menghasilkan untai tunggal asam nukleat yang akan menempel pada membran. Menginkubasi sel sampel dalam probe asam nukleat. Pada langkah ini, untai tunggal asam nukleat yang melekat pada membran akan berinteraksi dengan probe. Meletakan membran nilon dalam film x-ray fotografis. Pada langkah ini, akan terbentuk titik hitam pada film. Titik ini menunjukan asam nukleat yang diinginkan

1.1.2.1.

Northern Blotting Northern Blotting digunakan untuk menganalisis urutan RNA (RNA sequence) tertentu diantara kumpulan molekul RNA. Pada dasarnya metode ini adalah kombinasi dari denaturasi RNA elektroforesis gel dan staining. Dalam proses ini RNA dipisahkan berdasarkan ukuran dan kemudian ditransfer ke membran yang kemudian diperiksa dengan pelengkap berlabel urutan kepentingan. Hasilnya dapat digambarkan melalui berbagai cara tergantung pada label yang digunakan, namun hasil yang paling dalam penyataan band yang mewakili ukuran RNA terdeteksi dalam sampel. Intensitas band-band ini berkaitan dengan jumlah RNA target dalam sampel yang dianalisis. Prosedur ini umumnya digunakan untuk mempelajari kapan dan berapa banyak ekspresi gen yang terjadi dengan mengukur berapa banyak RNA hadir dalam sampel yang berbeda. 28

Langkah pertama dari metode ini adalah denaturasi atau pemisahan RNA di dalam sampel menjadi rantai tunggal. Hal ini memastikan bahwa rantai RNA tidak dalam posisi terlipat dan tidak terdapat ikatan diantara rantai molekul. Selanjutnya molekul RNA dipisahkan berdasarkan ukuran melalui metode gel elektroforesis. Setelah pemisahan, RNA ditransfer dari gel ke blot membran. Setelah itu membran dilalui proses probe, DNA atau RNA yang digunakan pada proses ini dipastikan harus memiliki urutan yang sesuai dengan urutan sampel. Dengan begitu, probe dapat terhibridisasi atau terikat pada pecahan RNA di membran. Setelah hibridisasi, probe mengizinkan molekul RNA yang diinginkan dapat terdeteksi diantara molekul RNA lainnya pada membran. Gambar 3. Ilustrasi tahapan metode Northern Blotting 1.1.2.2. Southern Blotting Southern Blotting adalah metode untuk menganalisis urutan DNA tertentu dalam sampel DNA. DNA sampel sebelum atau setelah pencernaan enzim restriksi dipisahkan dengan elektroforesis gel dan kemudian ditransfer ke membran dengan blotting melalui aksi kapiler. Membran tersebut kemudian dikenakan probe DNA berlabel yang memiliki urutan basa pelengkap untuk urutan DNA sampel. Gambar 4. Ilustrasi tahapan metode Southern Blotting Metode ini digunakan untuk memindahkan protein DNA ke suatu pengangkut sehingga dapat dipisahkan, dan sering juga diikuti penggunaan suatu gel elektroforesis. Southern blot berkombinasi dengan elektroforesis gel agarosa untuk separasi ukuran DNA. Southern blotting digunakan untuk penemuan gen dan pemetaan DNA, evolusi dan studi pengembangan, forensik dan diagnostik. Dalam tingkat genetik untuk memodifikasi pada organisme. blot analysis bermanfaat untuk mengidentifikasi bentuk berbeda, menentukan memasukkan atau menyisipkan jumlah salinan dan untuk mendeteksi jumlah penyusunan DNA yang mengalami perubahan 1.1.3. Polymerase Chain Reaction PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah 29

DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif. PCR memungkinkan adanya perbanyakan DNA antara dua primer, hanya di dalam tabung reaksi, tanpa perlu memasukkannya ke dalam sel (in vivo). Pada proses PCR dibutuhkan DNA untai ganda yang berfungsi sebagai cetakan (templat) yang mengandung DNA-target (yang akan diamplifikasi) untuk pembentukan molekul DNA baru, enzim DNA polimerase, deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang primer oligonukleotida. Pada kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang terletak pada awal dan akhir fragmen DNA target, sehingga kedua primer tersebut akan menyediakan gugus hidroksil bebas pada karbon 3. Setelah kedua primer menempel pada DNA templat, DNA polimerase mengkatalisis proses pemanjangan kedua primer dengan menambahkan nukleotida yang komplemen dengan urutan nukleotida templat. DNA polimerase mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara OH pada karbon 3 dengan gugus 5 fosfat dNTP yang ditambahkan. Sehingga proses penambahan dNTP yang dikatalisis oleh enzim DNA polimerase ini berlangsung dengan arah 53 dan disebut reaksi polimerisasi. Enzim DNA polimerase hanya akan menambahkan dNTP yang komplemen dengan nukleotida yang terdapat pada rantai DNA templat. PCR melibatkan banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap berurutan, yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target dan pemanjangan (extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikaalisis oleh DNA polimerase. Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat digunakan untuk: amplifikasi urutan nukleotida. menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi. bidang kedokteran forensik. melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan finger print.

Komponen PCR lainnya: 1) Enzim DNA Polymerase Dalam sejarahnya, PCR dilakukan dengan menggunakan Klenow fragment DNA Polimerase I selama reaksi polimerisasinya. Enzime ini ternyata tidak aktif secara termal selama proses denaturasi, sehingga peneliti harus menambahkan enzim di setiap siklusnya. Selain itu, enzim ini hanya bisa dipakai untuk perpanjangan 200 bp dan hasilnya menjadi kurang spesifik. Untuk mengatasi kekurangan tersebut, dalam perkembangannya kemudian dipakai enzim Taq DNA polymerase yang memiliki keaktifan pada suhu tinggi. Oleh karenanya, penambahan enzim tidak perlu dilakukan di setiap siklusnya, dan proses PCR dapat dilakukan dalam satu mesin 2) Primer Primer merupakan oligonukleotida pendek rantai tunggal yang mempunyai urutan komplemen dengan DNA templat yang akan diperbanyak. Panjang primer berkisar antara 20-30 basa. Untuk merancang urutan primer, perlu diketahui urutannukleotida pada awal dan akhir DNA target. Primer oligonukleotida di sintesis menggunakan suatu alat yang disebut DNA synthesizer. 30

3) Reagen lainnya Selain enzim dan primer, terdapat juga komponen lain yang ikut menentukan keberhasilan reaksi PCR. Komponen tersebut adalah dNTP untuk reaksi polimerisasi, dan buffer yang mengandung MgCl2. Konsentrasi ion Mg2+dalam campuran reaksi merupakan hal yang sangat kritis. Konsentrasi ion Mg2+ ini sangat mempengaruhi proses primer annealing, denaturasi, spesifisitas produk, aktivitas enzim dan fidelitas reaksi. Terdapat 6 tahap yang terjadi pada PCR, yaitu sebagai berikut: Inisiasi: tahap ini merupakan tahap preparasi alat dan sampel. Setelah semuanya disiapkan, sampel dipanaskan hingga mencapai suhu 94oC - 98oC. Pemanasan dilakukan untuk melepaskan untai DNA Denaturasi: Pemanasan dilanjutkan selama 20 sampai 30 detik pada suhu 94oC - 98oC .Pada tahap ini ikatan hidrogen pada basa dalam nukleotida akan terputus sehingga untai DNA akan terpisah. Untai tunggal ini kemudian akan menjadi templet dalam proses replikasi Pemijaran (annealing): Pada tahap ini, suhu diturunkan menjadi 50oC - 65oC selama 20 40 detik. Pada tahap ini, DNA polymerase akan bergeser dari ujung 3 ke ujung 5 dari untaian target. Elongasi: Pada tahap ini, DNA polymerase akan menambahkan nukleotida hingga ujung 3 dari untaian target. DNA baru akan terbentuk. Selanjutnya, DNA akan mereplikasi kembali dirinya. Elongasi akhir: Kondisi yang berjalan pada tahap ini adalah dengan suhu 70oC - 74oC selama 5 15 menit. Tahap ini merupakan tahap dimana DNA akan mengalami elongasi terakhir. Pemanasan dengan kondisi diatas dilakukan agar untai tunggal DNA yang tersisa telah sepenuhnya terelongasi Pendinginan: Untaian target didinginkan hingga suhu 4oC - 15oC untuk kemudian disimpan.

31

Gambar dibawah menjelaskan tahap-tahap yang terjadi pada PCR.

Gambar 1. Tahap-tahap sumber: Campbell. Biology 8th edition. Hal. 404.

pada

PCR

Keuntungan menganalisis dengan teknik PCR adalah sampel yang dibutuhkan hanya sedikit, analisis dapat berjalan dengan cepat karena replikasi yang berjalan lebih cepat dibandingkan dengan replikasi dalam sel inang, dan sebagainya. Namun, teknik PCR juga memiliki kekurangan, yaitu hanya dapat menganalisis DNA. Apabila terdapat RNA dalam sampel, maka teknik ini tidak dapat mendeteksi RNA didalam sampel.

32

Gambar 5. Proses PCR 1.1.4. Ligase Chain Reaction Reaksi berantai ligase (LCR) adalah metode amplifikasi DNA . Sementara lebih terkenal PCR melaksanakan amplifikasi dengan polimerisasi nukleotida, LCR malah menguatkan asam nukleat digunakan sebagai probe. Untuk masing-masing dua untai DNA, dua probe parsial diikat untuk membentuk sebenarnya satu, dengan demikian, LCR menggunakan dua enzim: a polimerase DNA dan DNA ligase . Setiap siklus dalam menghasilkan dua kali lipat dari target molekul asam nukleat. Keuntungan utama dari LCR adalah kekhususan yang lebih besar dibandingkan dengan PCR. LCR pertama kali dikembangkan oleh Barany, yang menggunakan DNA ligase termostabil untuk membedakan antara normal dan mutan DNA dan untuk memperkuat produk-alel spesifik. Sebuah ketidakcocokan pada ujung 3 'dari primer diskriminatif mencegah ligase DNA dari bergabung dengan dua fragmen bersama-sama. Dengan menggunakan kedua untai DNA genom sebagai target untuk oligonukleotida hibridisasi, produk yang dihasilkan dari dua set primer oligonukleotida yang berdekatan, melengkapi setiap helai target dalam satu putaran ligasi, dapat menjadi target untuk putaran berikutnya. Jumlah produk sehingga dapat meningkat secara eksponensial dengan siklus termal berulang. LCR (Ligase Chain Reaction) merupakan suatu teknik analisis asam nukleat dimana rentetan asam nukleat yang akan dianalisis diperbanyak diluar sel. Secara definisi, teknik LCR mirip dengan teknik PCR. Perbedaan antara kedua teknik ini adalah teknik PCR memanfaatkan enzim DNA polimerase, sedangkan teknik PCR memanfaatkan baik enzim DNA polimerase dan enzim DNA ligase. Prinsip kerja dari teknik ini juga mirip dengan teknik PCR, yaitu mereplikasi DNA diluar sel inang secara cepat. Preparasi yang dilakukan untuk menganalisis dengan metode LCR adalah sebagai berikut: Templet DNA Enzim DNA Polimerase dan DNA Ligase 33

Deoxynucleoside triphosphates (dNTPs) Larutan buffer Pemanas DNA probe (umumnya 4 oligonucleotide) Pewarna fluoresen

Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam LCR adalah sebagai berikut: Inisiasi: Persiapan sampel dan alat Denaturasi: Pemanasan sample DNA hingga 95oC selama beberapa menit hingga terbentuk DNA untai tunggal Pemijaran (annealing): penguatan ikatan hidrogen pada target dengan menggunakan probe dibantu dengan enzim DNA Polimerase. Ligasi: penggabungan probe dengan enzim DNA ligase

1.1.5. Spektroskopi IR (Infra Merah) Spektroskopi IR merupakan suatu teknik analisis spektroskopi molekuler yang memanfaatkan sinar infra merah. Teknik ini berguna untuk mengetahui gugus fungsi pada senyawa organik. Prinsip kerja dari spektroskopi IR adalah menembakan sinar infra merah (panjang gelombang diantara 0,75 1000 m) pada sampel. Senyawa yang diradiasikan akan menyerap sebagian energi. Energi yang diserap akan membuat gerakan vibrasi molekuler apabila energi pada ikatan gugus fungsi sama dengan energi yang diserap. Proses-proses yang dilakukan untuk melakukan analisis spektroskopi IR adalah sebagai berikut: Melakukan preparasi sampel dan meletakan sampel pada ruang sampel pada alat dan meletakan standar/referensi (bila ada) pada ruang referensi. Menembakan sinar infra merah pada senyawa (dan referensi). Sinar akan diteruskan ke monokromator dan detektor. Detektor akan memberikan spektra IR dari sampel (dan referensi). Hasil spektra kemudiaan akan dianalisis dan dibandingkan.

1.2.

Analisis Kuantitatif

1.2.1. Spektro UV-VIS Spektrofotometri ini merupakan gabungan antara spektrofotometri UV dan Visible. Sinar UV memiliki panjang gelombang 190-380 nm. Karena sinar UV tidak dapat dideteksi oleh mata kita, maka senyawa yang dapat menyerap sinar ini terkadang merupakan senyawa yang tidak memiliki warna. Bening dan transparan. Oleh karena itu, sample tidak berwarna tidak perlu dibuat berwarna dengan penambahan reagent tertentu. Bahkan sample dapat langsung dianalisa meskipun tanpa preparasi. Namun perlu diingat, sampel keruh tetap harus dibuat jernih dengan filtrasi atau centrifugasi. Prinsip dasar pada spektrofotometri adalah sampel harus jernih dan larut sempurna. Tidak ada partikel koloid apalagi suspensi. Alat ini menggunakan dua buah sumber cahaya berbeda, sumber cahaya UV dan sumber cahaya visible. Meskipun untuk alat yang lebih canggih sudah menggunakan hanya satu sumber sinar sebagai sumber UV dan Vis, yaitu photodiode yang dilengkapi dengan monokromator. Untuk sistem spektrofotometri, UV-Vis 34

paling banyak tersedia dan paling populer digunakan. Kemudahan metode ini adalah dapat digunakan baik untuk sample berwarna juga untuk sample tak berwarna. DNA yang mengandung basa-basa purin dan pirimidin dapat menyerap cahaya UV. Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedang kontaminan protein atau phenol dapat menyerap cahaya pada 280 nm. Dengan adanya perbedaan penyerapan cahaya UV ini, sehingga kemurnian DNA dapat diukur dengan menghitung nilai absorbansi 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi 280 (260/280), dan nilai kemurnian DNA berkisar antara 1.8-2.0. Jika nilai melebihi 2.0 maka larutan yang diuji masih mengandung kontaminan dari protein membran/senyawa lainnya sehingga kadar DNA plasmid yang didapat belum murni. Jika kurang dari 1.8 maka ddH2O yang diambil terlalu banyak sedangkan DNA yang diambil terlalu sedikit. Alat yang digunakan dalam uji ini dengan metode spektrofotometri UV-Vis antara lain : mikropipet, kuvet, nanodrop spektrofotometer dan seperangkat komputer. Bahan yang digunakan adalah isolat DNA dan aquadest sebagai blanko. Cara kerja pengujian kuantitatif DNA diawali dengan menghidukan alat nanodrop spektrofotometer. Kemudian melakukan uji blanko menggunakan aquadest. Setelah itu dilanjutkan dengan menguji isolat DNA dengan cara meneteskannya pada tempat sampel sebanyak 1 mikroliter. Kemudian mengukur kemurnian DNA dan baca hasil kemurnian DNA-nya. 1.2.2. qPCR qPCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction) merupakan salah satu teknik analisis kuantitatif asam nukleat dengan memanfaatkan metode PCR. Metode qPCR sering juga dikenal dengan Real-Time PCR. Prinsip kerja dari metode qPCR mirip dengan metode PCR. Yang membedakan kedua metode ini adalah pada metode qPCR, detektor langsung diberikan dalam analisis. Detektor dapat berupa pewarna fluorosen. Detektor bekerja dengan mengeluarkan cahaya fluoresen (warna hijau) yang nantinya akan dianalisis untuk menghitung konsentrasi asam nukleat dalam sampel. Cahaya fluorosen yang dilepaskan akan ditangkap oleh sistem komputasi dalam instrument qPCR. Gambar dibawah ini merupakan grafik contoh dari analisis qPCR tipe SYBR Green:

35

Gambar 6. Hasil Analisis qPCR tipe SYBR Green sumber: kapabiosystem.com

1.2.3. Kesimpulan Asam Nukleat yaitu DNA dan RNA dapat dianalisis dengan 2 metode yaitu medode kuantitatif dan metode kualitatif Metode kuantitatif antara lain SPR dan Spektro UV-Vis Metode kualitatif antara lain LCR, Elektroforesis, PCR, dan Hibridisasi

36

PEMANFAATAN ASAM NUKLEAT DALAM KEHIDUPAN Beatrix Gloria/1206263263/Teknik Kimia

Abstrak : Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: DeoxyriboNucleic Acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Seiring berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi, pemanfaatan DNA dalam berbagai bidangpun kian bermunculan. Di dalam tulisan ini akan dibahas pemanfaatan DNA dalam bidang forensik : identifikasi , kedokteran : diagnosis penyakit, terapi gen, industri farmasi, rekayasa genetika : klonning sapi dolly, tanaman transgenik, dan komputasi (bioinformatika). Kata kunci : asam nukleat, bioinformatika, DeoxyriboNucleic Acid, forensik, rekayasa genetika

Pemanfaatan DNA dalam bidang forensik

Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, sperma, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling tepercaya untuk mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang. Universalitas menjadi salah satu kelebihan tes DNA. Dokter atau petugas lab bisa menggunakan bagian tubuh mana saja asalkan punya inti sel. Rambut yang tertinggal di kemeja pun bisa dijadikan acuan. Demikian pula air liur atau percikan darah pada pakaian. Dengan sedikit darah saja yang diperlukan untuk memperoleh profil DNA seseorang, tambah Herawati. 37

Dalam banyak kasus mutilasi, ketika ahli forensik tak bisa melakukan sidik jari atau sidik gigi, tes DNA menjadi alternatif. Seperti dipaparkan tadi, tes DNA bukan hanya menerangkan identitas, tetapi juga memecahkan masalah paternalitas dan maternalitas (hubungan anak dengan orang tuanya). Salah seorang yang memperoleh manfaat tes DNA adalah John White. Pria 48 tahun ini dihukum seumur hidup di Miami, AS, 27 tahun silam atas kasus perkosaan. Ia kemudian dibebaskan karena berdasarkan tes DNA, rambut yang ditemukan di tempat kejadian perkara tidak konsisten dengan profil DNA White. Di Indonesia, salah satu tes yang sering dilakukan adalah DNA fingerprint. Model ini mencuat seiring terjadinya peledakan bom di sejumlah tempat seperti bom Marriot, Bali dan Kedubes Australia. Penggunaan DNA memang sangat tergantung pada bank data. Negara-negara dengan sistem kependudukan yang tertata apik biasanya memiliki data profil DNA warganya, sehingga penggunaan tes DNA untuk mengungkap kejahatan lebih gampang. Biro Penyelidik Federal Amerika Serikat, FBI, konon menyimpan tak kurang dari 40 juta sidik jari dan 1,2 juta profil DNA dari warga yang umumnya pernah tersangkut kasus kriminal. Di Indonesia, gagasan untuk membuat identitas tunggal warga negara (single identity number) saja belum terwujud. Malah, proyek pembuatan sidik jari di Dephukham dalam rangka pembuatan paspor (automatic fingerprint identification system/AFIS) terancam tak berlanjut karena dananya dikorupsi. Maternity and Paternity Test Bila kasus yang sedang dihadapi adalah kasus yang berhubungan dengan sebuah upaya pembuktian klaim keayahan oleh seorang ibu atas anaknya pada seorang pria, kasus tertukarnya bayi, dan dalam jumlah sedikit pada kasus imigrasi, pembunuhan, ataupun perkosaan dengan kehamilan, maka pemeriksaan DNA yang dilakukan adalah melalui tes paternitas. Material atau bahan pemeriksaan yang dilakukan bersumber pada DNA inti dengan metode pemeriksaan Short Tandem Repeat (STR). Adapun bila kasus yang dihadapi adalah berkaitan dengan upaya pembuktian relasi keibuan seperti pada kasus tertukarnya bayi, abortus, atau pada kasus dengan jumlah yang sedikit adalah untuk identifikasi personal, material DNA yang digunakan pada pemeriksaan maternitas ini adalah DNA mitokondria (mtDNA) dimana sifat-sifat yang diwarisi oleh DNA ini bersifat maternal. Pemanfaatan DNA dalam bidang Kedokteran Teknologi DNA memberikan sumbangan yang sangat besar bagi bidang kedokteran. Salah satu manfaat teknologi DNA adalah pengidentifikasian gen-gen yang mutasinya bertanggung jawab atas penyakit-penyakit genetik, karena itu penemuan ini seharusnya mengarah ke cara-cara untuk mendiagnosis, merawat, dan mencegah kondisi tersebut (Campbell & Mitchell, 2002). Yang sama pentingnya adalah manfaat potensial dari teknologi DNA untuk menangani jenisjenis penyakit lain, dari rematik hingga AIDS, meningkatkan kemampuan mengingat atau mencegah alzheimer, manajemen depresi, meningkatkan energi, pemulihan pasca operasi, serta mencegah kanker. Kerentanan terhadap banyak penyakit nongenetik dipengaruhi oleh gen seseorang. 38

Selanjutnya, penyakit jenis apapun melibatkan perubahan ekspresi gen di dalam sel yang terpengaruh dan sering juga dalam sistem imun pasien. Dengan menggunakan uji susunan mikro DNA atau teknik-teknik lain untuk membandingkan ekspresi gen dalam jaringan sehat dan jaringan yang mengalami sakit, para peneliti berharap untuk bisa menemukan banyak gen yang muncul dan hilang dalam penyakit-penyakit tertentu. Gen dan produk gen tersebut merupakan target potensial untuk pencegahan dan terapi (Campbell & Mitchell, 2002). Diagnosis Penyakit Hal baru dalam diagnosis penyakit infeksi telah dipaparkan oleh teknologi DNA, khususnya dalam pemanfaatan PCR/poliakrilamida (bagian DNA yang berupa gel) untuk menelusuri patogen-patogen tertentu. Misalnya, karena urutan DNA HIV diketahui, PCR dapat digunakan untuk memperkuat dan kemudian mendeteksi DNA HIV dalam sampel darah atau jaringan. Hal ini merupakan cara terbaik untuk mendeteksi suatu infeksi yang tidak tampak (Campbell & Mitchell, 2002). Saintis kedokteran sekarang dapat mendiagnosis ratusan kelainan genetik manusia dengan menggunakan teknologi DNA. Mereka dapat mengidentifikasi semakin banyak penyakit individu yang mempunyai penyakit genetik sebelum munculnya gejala, atau bahkan sebelum lahir (Campbell & Mitchell, 2002).

Terapi Gen Terapi gen adalah suatu teknik terapi yang digunakan untuk memperbaiki gen-gen mutan (abnormal/cacat) yang bertanggung jawab terhadap terjadinya suatu penyakit. Pada awalnya, terapi gen diciptakan untuk mengobati penyakit keturunan (genetik) yang terjadi karena mutasi pada satu gen, seperti penyakit fibrosis sistik. Penggunaan terapi gen pada penyakit tersebut dilakukan dengan memasukkan gen normal yang spesifik ke dalam sel yang memiliki gen mutan. Terapi gen kemudian berkembang untuk mengobati penyakit yang terjadi karena mutasi di banyak gen, seperti kanker. Selain memasukkan gen normal ke dalam sel mutan, mekanisme terapigen lain yang dapat digunakan adalah melakukan rekombinasi homolog untuk melenyapkan gen abnormal dengan gen normal, mencegah ekspresi gen abnormal melalui teknik peredaman gen, dan melakukan mutasi balik selektif sehingga gen abnormal dapat berfungsi normal kembali. Cara Kerja Terapi Gen Saat ini para ilmuwan sedang mencoba beberapa cara kerja terapi gen untuk pengobatan kanker:

Menambahkan gen sehat pada sel yang memiliki gen cacat atau tidak lengkap. Contohnya, sel sehat memiliki gen penekan tumor seperti p53 yang mencegah terjadinya kanker. Setelah diteliti, ternyata pada kebanyakan sel kanker gen p53 rusak atau bahkan tidak ada. Dengan memasukkan gen p53 yang normal ke dalam sel kanker, diharapkan sel tersebut akan normal dan sehat kembali. Menghentikan aktivitas gen kanker (oncogenes). Gen kanker merupakan hasil mutasi dari sel normal, yang menyebabkan sel tersebut membelah secara liar menjadi kanker. Ada juga gen yang menyebabkan sel kanker bermetastase (menjalar) ke bagian tubuh lain. Menghentikan aktivitas gen ini atau protein yang dibentuknya, dapat mencegah kanker membesar maupun menyebar. 39

Menambahkan gen tertentu pada sel kanker sehingga lebih peka terhadap kemoterapi maupun radiasi, atau menghalangi kerja gen yang dapat membuat sel kanker kebal terhadap obat-obat kemoterapi. Juga dicoba cara lain, membuat sel sehat lebih kebal terhadap kemoterapi dosis tinggi, sehingga tidak menimbulkan efek samping. Menambahkan gen tertentu sehingga sel-sel tumor/kanker lebih mudah dikenali dan dihancurkan oleh sistem kekebalan tubuh. Atau sebaliknya, menambahkan gen pada sel-sel kekebalan tubuh sehingga lebih mudah mendeteksi dan menghancurkan sel-sel kanker. Menghentikan gen yang berperan dalam pembentukan jaringan pembuluh darah baru (angiogenesis) atau menambahkan gen yang bisa mencegah angiogenesis. Jika suplai darah dan makanannya terhenti, kanker akan berhenti tumbuh, atau bahkan mengecil lalu mati. Memberikan gen yang mengaktifkan protein toksik tertentu pada sel kanker, sehingga sel tersebut melakukan aksi bunuh diri (apoptosis).

Terapi Gen untuk Penyakit Alzheimer Penyakit Alzheimer memiliki ciri utama adanya plak amiloid dan simpul neurofibrilar. Hipotesis kaskade amiloid mempostulasikan bahwa akumulasi protein amiloid yang berasal dari prekursor amiloid merupakan awal terjadinya penyakit alzheimer dan bahwa protein amiloid atau fragmennya bersifat neurotoksik sehingga terjadi pembentukan simpul neurofibrilar serta gambaran lain. Akan tetapi masih banyak kasus yang menunjukkan adanya pengendapan amiloid bukan sebagai awal proses. Mutasi di dalam gen yang mengkodekan protein prekursor amiloid dan presenilin 1 serta 2 telah terbukti terlibat di dalam penyakit alzheimer jenis familial tertentu. Saat ini, diagnosis penyakit Alzheimer hanya didasarkan pada penemuan plak amiloid dan sampul neurofibrilar yang khas saat autopsi. Gen APOE4 telah dibuktikan sebagai gen yang sangat rentan terhadap penyakit alzheimer awitan-lambat. Penemuan terakhir menerangkan bahwa mutasi gen yang terlibat dalam mekanisme yang menyebabkan penyakit ini, awalnya tidak berkaitan dengan pengendapan amiloid dan ini membuka jalan untuk riset yang baru. Sejumlah teknik sudah tersedia untuk menjelaskan dasar-dasar molekular sebagian besar gangguan neuropsikiatri genetik. Berbagai kemajuan yang cukup besar juga sudah dicapai, di samping sekian banyak misteri yang masih belum terungkap dan perlu diteliti lebih lanjut. Sampai saat ini belum ada cara yang aman dan efektif untuk menangani penyakit Alzheimer, jadi setiap kemungkinan harus tetap dicoba dan diteliti untuk mendapatkan jalan keluar bagi penyakit tragis ini. Faktor pertumbuhan saraf yang berasal dari otak penderita alzheimer ditemukan kurang memadai di beberapa daerah tertentu dan kemungkinan fungsi terapeutiknya sedang diteliti pada hewan. Terapi yang spesifik untuk penyakit Alzheimer masih dalam penelitian dan penyakit ini ditangani terbatas pada upaya pengadaan vaksin untuk mengurangi gejala penyakit tersebut. Industri Farmasi Teknologi DNA telah digunakan untuk menciptakan banyak produk farmasi yang bermanfaat, yang sebagian besar merupakan protein. Dengan mentransfer gen untuk produk protein yang dikehendaki ke dalam bakteri, ragi, dan jenis sel lainnya yang mudah tumbuh dalam jaringan tubuh, maka seseorang dapat mereproduksi protein dalam jumlah besar, yang secara alami hanya terdapat dalam jumlah sangat sedikit (Campbell & Mitchell, 2002). 40

Salah satu aplikasi praktis yang pertama, dari penyambungan gen yaitu produksi hormon mamalia dan protein pengaturan mamalia lain di dalam bakteri. Insulin manusia dan hormon pertumbuhan manusia merupakan contoh utama. Insulin yang dihasilkan dengan cara ini telah memberi manfaat bagi sebagian besar penderita diabetes di Amerika Serikat yang tergantung pada insulin untuk mengontrol penyakit mereka (Campbell & Mitchell, 2002). Produk farmasi penting lainnya yang dihasilkan dari teknologi DNA yaitu aktivator plasminogen jaringan (TPA). Protein ini membantu melarutkan darah yang membeku dan menurunkan risiko serangan jantung berikutnya, jika diberikan sesegera mungkin setelah serangan pertama. Karena faktor biaya pengembangannya yang tinggi dan pasarnya yang relatif terbatas, produk ini menjadi sangat mahal (Campbell & Mitchell, 2002). Perkembangan terakhir dalam produk farmasi melibatkan cara-cara baru untuk melawan penyakit tertentu yang tidak merespon perawatan obat tradisional (Campbell & Mitchell, 2002). Pemanfaatan DNA dalam bidang Rekayasa Genetika Peternakan dan Perkebunan Klonning Sapi Dolly Kloning berasal dari kata clone, artinya mencangkok. Secara sederhana bisa dipahami, teknik ini adalah cara reproduksi vegetatif buatan yang dilakukan pada hewan dan atau manusia. Seperti yang kita ketahui bahwa mayoritas hewan (termasuk manusia) hanya bisa melakukan reproduksi generatif (kawin) yang dicirikan adanya rekombinasi gen hasil proses fertilisasi ovum oleh sperma. Sedangkan pada reproduksi vegetatif tidak ada proses tersebut, karena individu baru (baca: anak) berasal dari bagian tubuh tertentu dari induknya. Dengan teknik kloning, hewan dan manusia bisa diperbanyak secara vegetatif (tanpa kawin). Teknik ini melibatkan dua pihak, yaitu donor sel somatis (sel tubuh) dan donor ovum (sel gamet). Meskipun pada proses ini kehadiran induk betina adalah hal yang mutlak dan tidak mungkin dihindari, tetapi pada proses tersebut tidak ada fertilisasi dan rekombinasi (perpaduan) gen dari induk jantan dan induk betina. Ini mengakibatkan anak yang dihasilkan memiliki sifat yang (boleh dikatakan) sama persis dengan induk donor sel somatis. Untuk lebih jelas, berikut ini uraian dasar proses kloning pada domba Dolly beberapa tahun lalu. Perhatikan gambar berikut. Langkah kloning dimulai dengan pengambilan sel puting susu seekor domba. Sel ini disebut sel somatis (sel tubuh). Dari domba betina lain diambil sebuah ovum (sel telur) yang kemudian dihilangkan inti selnya. Proses berikutnya adalah fusi (penyatuan) dua sel tersebut dengan memberikan kejutan listrik yang mengakibatkan terbukanya membran sel telur sehingga kedua sel bisa menyatu. Dari langkah ini telah diperoleh sebuah sel telur yang berisi inti sel somatis. Ternyata hasil fusi sel tersebut memperlihatkan sifat yang mirip dengan zigot, dan akan mulai melakukan proses pembelahan.

41

Sebagai langkah terakhir, zigot tersebut akan ditanamkan pada rahim induk domba betina, sehingga sang domba tersebut hamil. Anak domba yang lahir itulah yang dinamakan Dolly, dan memiliki sifat yang sangat sangat mirip dengan domba donor sel puting susu tersebut di atas. Dolly lahir dengan selamat dan sehat sentausa. Sayangnya selama perjalanan hidupnya dia gampang sakit dan akhirnya mati pada umur 6 tahun, hanya mencapai umur separoh dari ratarata masa hidup domba normal. Padahal kloning yang dilakukan pada hewan spesies lain tidak mengalami masalah. Dari hasil penyelidikan kromosomal, ternyata ditemui bahwa Dolly mengalami pemendekan telomere. Telomere adalah suatu pengulangan sekuen DNA yang biasa didapati diujung akhir sebuah kromosom. Uniknya, setiap kali sel membelah dan kromosom melakukan replikasi, sebagian kecil dari ujung kromosom ini selalu hilang entah kemana. Penyebab dan mekanismenya juga belum diketahui sampai sekarang. Masalah pemendekan telomere ini diketahui menyebabkan munculnya sinyal agar sel berhenti membelah. Hal inilah yang diduga berhubungan erat dengan percepatan penuaan dan kematian. Pemendekan telomere ini ternyata disebabkan oleh aktivitas enzim yang dikenal dengan telomerase.

42

Transgenik Food Bioteknologi dapat digunakan untuk meningkatkan nilai gizi dari makanan tertentu. Ini memang sebuah aplikasi potensi besar. Seiring dengan peningkatan nilai gizi, rasa yang lebih baik dapat disampaikan ke makanan dengan rekayasa genetik mereka. Ini akan memerlukan penggunaan bioteknologi untuk memperlambat proses pembusukan makanan. Hal ini dapat mengakibatkan buah-buahan dan sayuran dengan kehidupan rak yang lebih tinggi. Rusaknya bahan makanan dapat dikurangi untuk sebagian besar, sehingga memberikan dorongan untuk pertanian dan industri makanan. Tanaman transgenik adalah merupakan aplikasi bioteknologi pada tanaman yang telah direkayasa bentuk maupun kualitasnya melalui penyisipan gen atau DNA binatang, bakteri, mikroba, atau virus untuk tujuan tertentu. Organisme transgenik adalah organisme yang mendapatkan pindahan gen dari organisme lain. Gen yang ditransfer dapat berasal dari jenis (spesies) lain seperti bakteri, virus, hewan, atau tanaman lain. Untuk membuat suatu tanaman transgenik, pertama-tama dilakukan identifikasi atau pencarian gen yang akan menghasilkan sifat tertentu (sifat yang diinginkan). Gen yang diinginkan dapat diambil dari tanaman lain, hewan, cendawan, atau bakteri. Setelah gen yang diinginkan didapat maka dilakukan perbanyakan gen yang disebut dengan istilah kloning gen. Pada tahapan kloning gen, DNA asing akan dimasukkan ke dalam vektor kloning (agen pembawa DNA), contohnya plasmid (DNA yang digunakan untuk transfer gen).Kemudian, vektor kloning akan dimasukkan ke dalam bakteri sehingga DNA dapat diperbanyak seiring dengan perkembangbiakan bakteri tersebut. Apabila gen yang diinginkan telah diperbanyak dalam jumlah yang cukup maka akan dilakukan transfer gen asing tersebut ke dalam sel tumbuhan yang berasal dari bagian tertentu, salah satunya adalah bagian daun. Transfer gen ini dapat dilakukan dengan beberapa metode, yaitu metode senjata gen, metode transformasi DNA yang diperantarai bakteri Agrobacterium tumefaciens, dan elektroporasi (metode transfer DNA dengan bantuan listrik). Baru-baru ini, peneliti telah mengidentifikasi sebuah gen tanaman yang disebut At-DBF2, yang ketika dimasukkan ke dalam tomat dan tembakau sel, meningkatkan daya tahan mereka terhadap tanah yang keras dan kondisi iklim. Hal ini sering terlihat bahwa beberapa jenis tanah atau jenis tertentu iklim yang mencirikan daerah tertentu, alasan pertumbuhan tanaman kurang di sana. Keterbatasan ini dapat diatasi oleh gen, yang menyampaikan menahan kapasitas untuk tanaman. Demikian pula, baik jika rekayasa genetika dapat mengurangi ketergantungan pada pupuk tanaman. Rekayasa genetika dapat membuat tanaman yang toleran terhadap herbisida dan tahan terhadap serangga berbahaya dan hama. Rekayasa genetika dapat digunakan untuk menghasilkan zat baru seperti protein atau nutrisi lainnya dalam makanan. Makanan dapat dimodifikasi secara genetik untuk meningkatkan nilai obat mereka. Peneliti melihat vaksin yang dapat dimakan sebagai potensi penggunaan rekayasa genetika dalam makanan. Hal ini akan menimbulkan vaksinasi homegrown dan obatobatan mudah tersedia. Biaya yang timbul dalam transportasi dan biaya lain yang terlibat secara substansial akan mengurangi, menyebabkan efektivitas biaya dalam obat. Misalnya, jagung telah direkayasa untuk memproduksi obat-obatan. D. Pemanfaatan DNA dalam komputasi DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi. Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari 43

urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda. Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan pencarian homologi. Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Penyejajaran sekuens Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "") sedemikian rupa sehingga kolomkolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens). ccat---caac | || |||| caatgggcaac Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuenssekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut.

44

Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan alignment. Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment), yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi", HMM). HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein.

SUMMARY Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik (contoh : DNA. RNA) Pemanfaatan asam nukleat, khususnya DNA dalam kehidupan sehari=hari dapat ditemukan dalam berbagai bidang kehidupan Dalam bidang forensic aplikasinya adalah sebagai bahan studi untuk mengidentifikasi banyak hal yang berkaitan dengan identitas korban suatu peristiwa atau tersangka dari suatu kriminalitas yang sulit untuk dilacak, dapat juga digunakan untuk mengecek garis keturunan yang dipertanyakan. Dalam bidang kedokteran aplikasinya meliputi diagnosis penyakit dengan mempelajari DNA virus atau bakteri yang terdapat dalam darah atau menyelidiki garis penyakit keturunan, terapi gen untuk penyembuhan atau pencegahan berbagai penyakit seperti Alzheimer,reumatik bahkan kanker melalui berbagai mekanisme penormalan gen, serta digunakan dalam industri farmasi misalnya membuat hormon insulin. Dalam bidang rekayasa genetika, aplikasi yang paling sering digunakan adalah klonning hewan ternak atau rekombinasi gen tumbuhan untuk menghasilkan varietas yang unggul Dalam bidang komputasi, penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. 45

REFERENSI

Campbell & Mitchell. 2002. Biologi. Jakarta: Erlangga http://faperta.ugm.ac.id/download/bahan_kuliah/widodo_w/dasar_genetika/asam_nukleat.pdf http://www.denverda.org/dna/forensic_dna_articles.htm http://www.scribd.com/doc/185708219/jurnal-1-Application-of-DNA-Based-Methods-in-ForensicEntomology-doc http://web.unair.ac.id/admin/file/f_35969_PCR.pdf CAMPBELL NA, REECE JB. (2008) BenjaminCummings. 1393 p. Biology. 8th ed. Upper Saddle River (NJ):

FATCHIYAH. (2012) Teknik Analisis Biologi Molekuler dan Aplikasinya. [Online] 20 Februari 2013. Available from : fatchiyah.lecture.ub.id/files/2012/01/Teknik-Analisis-BiologiMolekuler-dan-aplikasinya-Fatchiyah-2012.pdf. [Accessed : 18th February 2014] STRACHAN T, READ AP. (1999) Human Molecular Genetics. 2nd edition. New York: WileyLiss. WIDIASTIKA, GATI. (2007) Metode Uji Kualitatif DNA Dengan Elektroforesis Gel Agarosa . Surabaya : Balai Besar Penelitian dan Proteksi Tanamanan Perkebunan Surabaya WONGSOSUPANTIO. (1992) Elektroforesis Gel Protein. Pusat Antar Universitas. UGM. Yogyakarta. p.1-4, 12-13. Campbell, J.B. Reece, L.G dan Mitchell. 2004. Biologi. Edisi kelima. Jilid 1. Jakarta : Penerbit Erlangga. Williams, Gareth. 2003. Advanced Biology for You. Third Edition. United Kingdom : Nelson Thornes. Jones, Mary, Fosbery Richard, Taylor Dennis, Gregory Jennifer. 2008. AS Level and A Level Biology. Second Edition. Dubai : Cambridge University Press. http://www.ilmuku.com/file.php/1/Simulasi/mp_413/materi5.html (Mekanisme Replikasi DNA, Diakses Selasa, 18 Februari 2013. 19.45). http://www.youtube.com/watch?v=_88d9GufML0 (DNA Replication Process, Diakses Selasa, 18 Februari 2013, 20.00). http://www.biologi-sel.com/2012/06/sintesis-protein-dan-kode-genetik.html (Sintesis Protein dan Kode Genetik, Diakses Selasa, 18 Februari 2013, 20.10). http://www.biologisel.com/2013/11/sintesis-protein.html 46

(Sintesis Protein, Diakses Selasa, 18 Februari 2013, 20.25) http://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7-langkah.html (Tahapan Proses Replikasi DNA 7 Langkah, Selasa, 18 Februari 2013, 20.30). http://education-portal.com/academy/lesson/phosphodiester-bond-formation-lesson-quiz.html (diakses 17 Februari 2014 18:33) http://pustaka.unpad.ac.id/wp-content/uploads/2011/09/pustaka_unpad_pcr.pdf februari 2014 19:01) (diakses 17

Biffi G, Tannahill D, McCafferty J, Balasubramanian S. 2013. Quantitative visualization of DNA G-quadruplex structures in human cells. Nat Chem 5:182-186. Duca S et al. 2008. The triple helix: 50 years later, the outcome. Nucleic Acid Res 36(16):51235138. Pinheiro VB et al. 2012. Synthetic evolution. Science336(6079):341-344. genetic polymers capable of heredity and

Ussery DW. 2002. DNA structure: A-, B- and Z-DNA helix families. Encycloped Life Sci: 1-7.

47