Anda di halaman 1dari 4

Pelatihan Kimia Komputasi Dosen IBT, Yogyakarta, 14-26 Agustus 2000 Dasar-Dasar Kimia Komputasi Dalam Pemodelan Molekul

Praktek Asam Amino

APLIKASI HYPERCHEM UNTUK ASAM AMINO


Ria Armunanto, S.Si.
Pusat Kimia Komputasi Indonesia Austria, FMIPA UGM Yogyakarta

Pendahuluan
Secara umum sudah dapat diterima bahwa dereta asam ami ! pr!tei #!)di " !)eh

me "a du " i #!rmasi $a " cu%up u tu% me "etahui stru%tur &'( dari be tu% ra tai )i ear* +u%ti te ta " ha) i i, ada)ah tipe e%sperime pr!tei $a " di)a%u%a pertama %a)i !)eh A #i se da di)a -ut%a pe e)iti )ai u tu% sistem $a " )ai * Keberadaa pr!tei

pasa "a , $a "

da)am beberapa ha) sa "at pe ti " u tu% #!)di " pr!tei , me "ubah tetapi tida% merubah pri sip dasar $a* Kemampua de aturasi membu%ti%a pembe tu%a a%a me e tu%a pr!tei * O)eh sebab itu dereta dereta pr!tei u tu% re#!)d sete)ah bahwa #!)di " $a tida% ber"a tu " pada pr!ses asam ami ! suatu pr!tei

%! #!rmasi $a* A)am mempu $ai .a)"!ritma. u tu% asam ami ! me -adi stru%tur ti"a dime si* (ari pe de%ata u tu% memper%ira%a !)eh pri sip %imia' pada stru%tur pr!tei pe ti " di de "a bahwa

meru ut himpu a %eadaa stru%tur dari dereta

i i, ada dua %emu "%i a

/ met!de dedu%ti# $a " didasar%a i ducti# $a " didasar%a

#isi%! umum da pe de%ata Perubaha hem!")!bi hem!")!bi perubaha pr!tei

$a " te)ah di%etahui, termasu% m!de)i "* %! #!rmasi suatu pr!tei mempu $ai pera a berba"ai pr!ses bi!)!"i ma%r!m!)e%u)* Ki eti%a i%ata te)ah dapat di-e)as%a de "a !%si"e

m!de) a))!steri%* Stru%tur di da)am %uarter er stru%tur stru%tur dapat memperbai%i perubaha a tar beberapa

$a " diper!)eh dari %rita)!"ra#i si ar'0 me u -u%%a a))!steri% ada)ah suatu perubaha %a-ia

$a " ter)i"a * Peratura

a))!steri% -u"a ter-adi di da)am %e)a%ua $a " ter)ibat, tetapi ha $a sedi%it

beberapa e 1im mu)ti'subu it* Mes%ipu "ambara %eadaa * te ta " %! #!rmasi pr!tei

$a " dapat diper!)eh i #!rmasi te ta " -a)a

Ria Armunanto, S.Si.

Pelatihan Kimia Komputasi Dosen IBT, Yogyakarta, 14-26 Agustus 2000 Dasar-Dasar Kimia Komputasi Dalam Pemodelan Molekul

Praktek Asam Amino

+erdasar%a !)eh dereta

%epe ti "a

mempe)a-ari %! #!rmasi pr!tei i i a%a

$a " tersusu

asam ami !, ma%a da)am pe)atiha

dipe)a-ari te ta "

%! #!rmasi pr!tei *

Pembuatan Struktur protein dari asam amino


(i da)am H$perchem pembuata pr!tei di)a%u%a de "a me ""u a%a Remove me u Databases* (i da)am me u tersebut ada ti"a buah item $a " ber%e aa de "a pr!tei , $aitu Amino Acids, Make Zwitterion, da Ionics End* Ada item tera%hir $a " dapat di"u a%a i i* u tu% me "atur pr!tei

da p!)i u%)e!tida* Tampi)a item Amino Acids disa-i%a !)eh "ambar beri%ut

Gambar Kotak dialog Amino Acids U tu% membuat pr!tei uruta de "a $a " berdereta asam ami !, ti ""a) %)i% apa%ah se diri %! #!rmasi $a si "%ata

asam ami ! $a " tersusu * Pi)iha me "%)i% Other da

stru%tur dapat di)a%u%a

a)#a he)i%s atau beta he)i%s, atau a%a %!ta% dia)!" terdapat si "%ata sta dard i ter asi! a)* Ria Armunanto, S.Si.

dide#i isi%a

sudut $a ditu)is%a

sesuai pe ""u a* (i da)am

dari asam ami ! $a " merupa%a

Pelatihan Kimia Komputasi Dosen IBT, Yogyakarta, 14-26 Agustus 2000 Dasar-Dasar Kimia Komputasi Dalam Pemodelan Molekul

Praktek Asam Amino

Prosedur pembuatan protein


2* 3* &* 4* 5* Pi)ih asam ami ! di da)am %!ta% dia)!" Amino Acids pada me u Databases* Pada %!ta% dia)!" K)i% A)#a, +eta atau Other* Kemudia membe tu% is!mer %)i% ( atau L* K)i% Ace -i%a di%ehe da%i t!pi u-u "'N, -i%a tida% )a -ut%a !m!r 4* K)i% residu asam ami ! $a " pertama K)i% residu a%a a%a 6* %! #!rmasi $a* K)i% Nme -i%a di%ehe da%i t!pi u-u "'C* (i da)am )aruta da)am %eadaa 1witteri! $a " mempu $ai pH de "a etra) p!)ipeptida berada 'COO'* 8i%a a da membuat %emba)i %e daerah %er-a H$perchem* Setiap dereta asam ami !, ma%a dapat diubah me ambah %e )a "%ah u tu%

"u"us u-u " 'NH &7 da

membuat p!)ipeptida u-u " $a tida% )e "%ap, u tu% membuat )e "%ap %)i% Make Zwitterion* 8i%a u-u " te)ah ditutup de "a ma%a tida% dapat ditambah%a t!pi C atau N, ma%a tida% 1witteri! , dapat dibuat me -adi 9witteri! * 8i%a p!)ipeptida da)am %eadaa ma%a a%a terbuat dereta asam ami ! $a " baru*

)a"i residu asam ami !* 8i%a tetap di%)i%,

Prosedur Mutating asam amino


U tu% ha) i i di"u a%a item Mutate da)am Me u Databases u tu% merubah satu asam ami ! %e p!)ipeptida )ai * P!)ipeptida harus data " dari me u Databases, #i)e P(+ atau MOL3* La "%ah $a " harus ditempuh ada)ah seba"ai beri%ut / 2* 3* &* 4* Pi)ih Residues pada me u Se)ect* Ha) i i a%a Pi)ih satu residu pr!tei Pi)ih Mutate pada me u Databases (a)am %!ta% dia)!" Mutate pi)ih residu $a " baru* K)i% Ok* me "a%ibat%a se)e%si ha $a a%a be%er-a pada residu sa-a -i%a ada da)am sistem m!)e%u)ar*

Ria Armunanto, S.Si.

Pelatihan Kimia Komputasi Dosen IBT, Yogyakarta, 14-26 Agustus 2000 Dasar-Dasar Kimia Komputasi Dalam Pemodelan Molekul

Praktek Asam Amino

U tu% me "ubah %! #!rmasi asam ami ! sete)ah da)am p!)ipeptida, a da harus set u)a " sudut t!rsi de "a pada me u Edit* me ""u a%a Set Bond Torsion

Praktek :
2* +uat)ah p!)ipeptida seba"ai beri%ut a* b* c* :a) ' A)a ' T$r ' Pr! ;)$ ' His ' L$s ' Hie Met ' ;)u ' Hid ' Ar" da)am stru%tur a)#a da beta he)i< =mu cu)%a -u"a

+e tu%)ah

%ira)itas $a>? Tera "%a )ah perbedaa $a? 3* +uat)ah stru%tur peptida A)a ' ;)$ da ;)$ ' A)a* a* b* Tera "%a )ah perbedaa me ""u a%a (e "a stru%tur $a* $a? )a%u%a !ptimasi de "a pa)i " stabi) semiempiris =bebas met!de>* ma a%ah $a " Sudut T!rsi $a a da set bebas, %emudia met!de MM7 da e er"i $a berdasar%a

Ria Armunanto, S.Si.