Struktur DNA

Laporan Tugas Mandiri Pemicu 1 Modul Biologi Molekular 2010 untuk Diskusi Kelompok Kamis! 2" #anuari 2010

ole$ %&an 'egar! 0(0)"0*02+

Nukleotida DNA Se,agai -nit Monomerik

Se,agai sala$ satu materi genetik .ang terkandung di dalam tu,u$ manusia! DNA /0ndonesia asam deoksiri,osa nukelat! dise,ut 1uga ADN2 0nggris deo3iri,osenucleic acid4 merupakan unit polimer .ang tersusun dari unit monomer .ang dinamakan nukleotida5 Nukelotida kemudian terpolimerisasi! mem,entuk ikatan antara satu nukleotida dengan nukleotida lain5 Struktur nukleotida sendiri tersusun dari ,asa nitrogen! gula! dan gugus 6os6at5 Basa nitrogen .ang men.usun DNA dapat di,agi men1adi dua 1enis! .akni ,asa purin .ang terdiri atas adenin /A4 dan guanin /742 serta ,asa pirimidin .ang terdiri atas guanin /74 dan

sitosin /S45 Perlu diper$atikan ,a$8a ,asa purin memiliki struktur disiklik /dua cincin4! sementara pirimidin ,erstruktur monosiklik /satu cincin45
Adenin /A4
NH N
2

NH

7am,ar 1 Basa nitrogen .ang men.usun unit nukelotida dari DNA Sementara itu! gula .ang men.usun nukleotida merupakan gula ri,osa! .ang merupakan sala$ satu 1enis dari pentosa /gula .ang mengandung " atom kar,on dalam strukturn.a! conto$ lainn.a adala$ 3ilosa! ara,inosa! dan likosa4! .ang ke$ilangan gugus $idroksil /9:;4 .ang terikat di atom kar,on nomor 25 :le$ karena itu! struktur gula pada DNA dinamakan 29deoksiri,osa5
'i,osa
HO O OH

29deoksiri,osa
HO O
OH

OH

OH

OH

7am,ar 2 Per,andingan struktur ri,osa /gula .ang men.usun unit nukleotida 'NA4 dengan 29deoksiri,osa /gula pen.usun unit nukleotida DNA45 Per$atikan ,a$8a atom kar,on dari < nomor 2 ke$ilangan gugus $idroksil5

4 $adir pada struktur nukleotida dalam 1umla$ satu /nukleotida + seperti ini dise,ut dengan NMP! nucleoside monop$osp$ate42 dua /NDP! nucleoside dip$osp$ate42 atau se,an.ak9,an.akn.a tiga /NTP! nucleoside trip$osp$ate45
7ugus 6os6at /memiliki struktur P:
=9

Kaitan Struktur9Struktur Pem,entuk -nit Monomerik Nukleotida Basa nitrogen! gula! dan 6os6at tidak ,egitu sa1a men.usun nukleotida5 Mereka semua saling tersam,ung secara k$as se$ingga ter,entuk suatu struktur monomerik nukleotida5 Struktur gula dan ,asa nitrogen ter1alin melalui ikatan .ang dinamakan >9N9 glikosida5 0katan ini ter,entuk melalui pengikatan melalui atom < nomor 1 pada struktur gula /dise,ut 1uga atom kar,on anomer pada gula4 dengan atom N terdapat pada tiap9tiap ,asa nitrogen /pada umumn.a atom N nomor 1 untuk ,asa pirimidin dan atom N nomor ( untuk ,asa purin45 Struktur .ang tersusun dari gula dan ,asa nitrogen dinamakan nukleosida5 Nukleosida di,eri nama sesuai dengan ,asa nitrogen .ang menempel pada struktur 29deoksiri,osa5 Basa nitrogen adenin mem,entuk nukleosida deoksiadenosin2 guanin mem,entuk deoksiguanosin2 timin mem,entuk deoksitimidin2 dan sitosin mem,entuk deoksisitidin5 Per$atikan penam,a$an kata deoksi9 di semua penamaan nukleosida se,agai pem,eda dengan struktur nukeleosida .ang men.usun 'NA5

7ugus 6os6at /pertama4 akan ,erikatan dengan gugus $idroksil .ang terikat di atom < nomor " dari struktur gula5 0katan ini dinamakan ikatan ester5 Sementara itu! gugus 6os6at kedua akan mem,entuk ikatan dengan gugus 6os6at pertama dengna ikatan an$idrida5 Demikian 1uga gugus 6os6at ketiga dengna ikatan an$idrida dengan gugus 6os6or kedua5 Dengan demikian! struktur nukelotida terdiri dari nukleosida /gula2 ,asa nitrogen4 dan gugus 6os6at5

7am,ar = <onto$ struktur nukelotida .ang tersusun atas ,asa adenin5 Per$atikan ikatan >9N9glikosida dan ikatan ester5 Penamaan 1uga menggunakan tam,a$an "? untuk menekankan pengikatan gugus 6os6at pada struktur kar,on nomor " dari gula 29deoksiri,osa

Kaitan Antarnukleotida /Polimerisasi4 Seperti .ang tela$ dikatakan se,elumn.a! nukelotida pen.usun DNA terkait mem,entuk suatu rantai /meng$asilkan se,ua$ struktur polimer45 Bagaimana nukleotida satu dengan nukleotida di ,a8a$ atau di atasn.a terkait akan le,i$ muda$ ditun1ukkan melalui 7am,ar + di samping kiri ini5 Per$atikan 1alinan dari empat macam nukelotida! .akni 7! T! A! dan < .ang ke,etulan men.usun struktur polimer nukleotida $ipotesis ini! secara ,erurutan dari atas ke ,a8a$5 7ula .ang dimiliki nukleotida 7 terikat dengan gugus 6os6at .ang dimiliki T melalui ikatan dari atom <9= .ang dimiliki gula 7 dan atom <9" .ang dimiliki ole$ gula T /.ang tersam,ung melalui gugus 6os6at45 Demikian pula nukleotida T dan A tersam,ung dengan cara .ang sama dengan gugus 7 dan T5 ;al ini mengaki,atkan konsekuensi ,a$8a kedua u1ung di mana polimer ,erak$ir memiliki polaritas /atau pengutu,an45 Pada kasus ini! u1ung .ang satu mengandung gugus 6os6at .ang terikat pada atom < nomor " pada gula 7! dan secara umum dinamakan u1ung "?5 Sementara itu! u1ung lainn.a merupakan gugus :; .ang terikat pada atom < nomor = pada gula < /untuk kasus ini4! dan secara umum dinamakan u1ung =?5 Adan.a polaritas di kedua u1ung ini men.e,a,kan struktur polimerisasi nukleotida ini tidak dapat di,alik9,alik secara sem,arangan! dan $arus dituliskan secara 1elas! /misal transkripsi mem,aca rantai DNA dengan ara$ =? "?45 Selain itu! adan.a polaritas ini men1adi penting dalam kasus transkripsi! karena en@im DNA9polimerase $an.a ,isa meng$asilkan untai anakan dengan ara$ "? =?! se$ingga in6ormasi seperti ini perlu dicantumkan untuk ke1elasan5 Struktur DNA Dou,le9$eli3 Polimerisasi nukleotida seperti .ang tela$ di,a$as di atas ,elum men.usun struktur DNA5 ;al ini dise,a,kan penemuan ole$ Aatson dan <rick .ang mengatakan ,a$8a struktur DNA adala$ dou,le dan $eli3 /dou,le $eli345 Kata dou,le perlu disoroti karena mengungkapkan ,a$8a struktur DNA tersusun dari dua rantai polimer nukleotida .ang saling ,erinteraksi antara ,asa9 ,asa5 Struktur ini digam,arkan se,agai tangga! dengan pegangan kiri dan kanan tangga masing9masing terdiri dari satu rantai polimer nukleotida! sementara anak9anak tangga dapat disim,olisasikan se,agai interaksi antara ,asa9,asa nitrogen dari Bkedua pegangan tanggaC .ang ter8u1ud melalui interaksi ikatan $idrogen5

Le,i$ lan1ut lagi! Bkedua pegangan tanggaC ini tersusun dari unit nukleotida .ang tidak sem,arangan ,erinteraksi5 Artin.a! nukleotida di pegangan /rantai polimer nukleotida4 kiri pasti ,erpasangan dengan nukleotida tertentu di rantai kanan5 Terungkap ,a$8a nukleotida dengan ,asa nitrogen adenin selalu ,erpasangan dengan ,asa nitrogen timin dengan ter,entukn.a dua ikatan $idrogen5 Sementara itu! sitosin selalu ,erpasangan dengan guanin dengan ter,entukn.a tiga ikatan $idrogen5 Dari 6akta ini! <$arga66men.atakan aturann.a ,a$8a konsentrasi /.ang otomatis men.atakan 1umla$4 nukleosida deoksiadenosin selalu sama dengan deoksitimidin /A D T42 sementara deoksisitidin selalu sama dengan deoksiguanosin /< D 745 Dapat disimpulkan ,a$8a ,asa purin ,erpasangan dengan ,asa pirimidin5 Ada per,edaan polaritas antara kedua pegangan tangga ini5 #ika pegangan tangga kiri ,era8al dari u1ung "?di se,ela$ atas dan u1ung =? di se,ela$ ,a8a$2 pegangan tangga kanan pasti ,era8al dari u1ung =? di se,ela$ atas dan u1ung "? di se,ela$ ,a8a$5 Demikian pula se,alikn.a5 :le$ karena itu! untai DNA dinamakan se,agai antiparalel /anti D ,erla8anan2 parallel D se1a1ar45 Ke9$eliks9an DNA tern.ata ,ukan $an.a 1 macam5 Sala$ satu 1enis $eliks .ang ditemukan lagi ole$ Aatson dan <rick adala$ $eliks B! dengan perputaran ke kanan5 Satu putaran penu$ terdiri dari sekitar sepulu$ pasangan ,asa5 Bentuk lain! .akni ,entuk A ,an.ak ditemukan pada struktur $i,rid DNA9'NA /akan ditemukan pada proses transkripsi 'NA45 Struktur $eliks A ini le,i$ rapat5 Selain itu! terdapat pula ,entuk E dengan ciri k$as perputaran keara$ kiri dan adan.a ,entuk @ig9@ag dari gugus9gugus 6os6at .ang saling ,erikatan5 7am,ar " Model $eliks pada DNA5 1 putaran penu$ memiliki pan1ang kurang le,i$ =+ angstrom /1 angstrom D 10910 m45 S menggam,arkan sugar

atau gula dan P menggam,arkan p$osp$ate atau gugus 6os6at5 Kedua u1ung rantai polimer kiri dan kanan ,erak$ir ditandai dengan per,edaan polaritas /"? dan =?45
Pengemasan DNA Pada organisme prokariotik seperti ,akteri! DNA tidak dikemas secara k$usus! melainkan langsung dalam ,entuk telan1ang /naked 6orm45 Bentukan DNA ini langsung terli$at pada struktur kromosom ,akteri .ang memiliki struktur sirkuler5 Kedua u1ung DNA ,ertemu dan mem,entuk struktur kromosom lingkar5 Sementara itu! ditemukan dalam organisme eukariotik adan.a pengemasan DNA .ang memang le,i$ rumit akan di,a$as le,i$ mendalam5 Sala$ satu alasan pengemasan DNA pada organisme eukariotik adala$ 1umla$ DNA .ang kurang le,i$ 15000 kali le,i$ ,an.ak daripada 1umla$ DNA pada organisme prokariotik5

Pada tingkat paling a8al! DNA untai ganda mengelilingi * protein $iston .ang tersusun ,er,entuk seperti ku,us /terdiri dari masing9masing dua protein ;2A! ;2B! ;=! dan ;+4! .ang kemudian di9BkunciC ole$ protein $iston lainn.a .ang dinamakan ;15 Struktur seperti ini dinamakan nukleosom5 Nukleosom satu dengan nukleosom .ang lain terpisa$ dengan DNA untai ganda .ang tidak mengelilingi $iston! dengan pan1ang kurang le,i$ 20 sampai 200 pasang nukleotida /kurang le,i$ )* $ingga )*0 angstrom45 Penampilan seperti ini mirip dengan kancing9kancing .ang ,erada di sepan1ang ,enang /,eads9on9a9string appearance45 Nukleosom9nukleosoom ini mem,entuk se,ua$ struktur koil /kumparan4 .ang dise,ut solenoida! dengan 1umla$ ) $ingga * nukleosom tiap putaran solenoida5

7am,ar ) Nukleosom .ang terdiri dari lilitan DNA pada * protein $iston .ang dikunci ole$ 1 protein $iston! di$u,ungkan dengan $iston lain melalui DNA .ang tidak melilit dengan pan1ang kurang le,i$ 20 $ingga 200 pasangan nukleotida

Pada ak$irn.a! solenoid akan mem,entuk struktur ,enang9,enang kromatin! .ang pada saat proses pem,ela$an sel akan mengalami pene,alan se$ingga Nampak ,entuk kromosom5

7am,ar F :rganisasi dari untai ganda DNA men1adi kromatin /kromosom4

DNA se,agai Pen.impan 0n6ormasi 7enetik DNA ,er6ungsi se,agai ,a$an genetik ,agi sel prokariotik maupun eukariotik! se,agai pen.impan in6ormasi .ang di,utu$kan ole$ mak$luk $idup5 DNA dapat dii,aratkan se,agai se,ua$ cetak ,iru /,lueprint4! atau resep masakan .ang digunakan se,agai sum,er instruksi pem,uatan komponen sel! protein! dan molekul 'NA5 Seperti .ang tela$ di,a$as se,elumn.a! DNA eukariotik terorganisasi dengan kompleks! ,erikatan dengan protein $iston! mem,entuk kromatin5 Selama masa inter6ase! kromatin ada .ang ,er,entuk $eterokromatin /padat! inakti64 dan eukromatin /di6us! akti645 Bagian inakti6 tidak dikode! sementara ,agian akti6 dikode se,agai ,a$an in6ormasi5 DNA eukariotik ,an.ak mengandung struktur9struktur .ang ,ukan merupakan ,agian pengkode gen! atau dengan kata lain ,ukan merupakan ,agian .ang 6ungsional dalam transkripsi5 Bagian ini dise,ut intron! dan ,erperan se,agai gen struktural non6ungsional5 Mitokondria 1uga mengandung DNA /dengan kandungan kurang dari 0!1G dari kandungan DNA total dalam se,ua$ sel45 '%H%'%NS0 15 25 =5 Koolman #! 'oe$m K;5 <olor atlas o6 ,ioc$emistr.5 Stuttgart T$ieme2 200"5 Marks DB! Marks AD! Smit$ <M5 Biokimia kedokteran dasar se,ua$ pendekatan klinis5 #akarta %7<2 20005 Murra. 'K! 7ranner DK! 'od8ell IA5 ;arper?s 0llustrated Bioc$emistr.5 2Ft$ 200)5

ed5 <olom,us T$e Mc7ra89;ill

<ompanies2

BJKami 1uga men.adari ,a$8a pem,entukan pasangan spesi6ik .ang kami dalilkan dengan segera mengis.aratkan adan.a kemungkinan mekanisme pem,entukan salinan untuk ,a$an genetik5C #5D5 Aatson dan H5;5< <rick! 2" April 1("=

"