-isocitrate + NAD
+
Tyrosyl-tRNA synthetase
ATP + L-tyrosine + tRNA
Tyr
AMP + pyrofosfat + L-tyrosyl + t RNA
Tyr
.
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006
Pada reaksi ini ada sejumlah kemungkinan mekanisme, seperti subsitusi enzim
atau pembentukan kompleks quartenary dengan tertentu (ordered), random, atau
mekanisme tertentu sebahagian (partly ordered mechanisms). Prinsip yang digunakan
untuk penurunan persamaan dan perlakuan data adalah sama dengan yang digunakan
dalam analisis reaksi 2 (dua) substrat, meskipun secara aljabar lebih kompleks dan
dibutuhkan data yang lebih akurat. Sebagai contoh analisis reaksi 3 (tiga) substrat
yang dilakukan dengan penelitian terhadap glutamate dehydrogenase, dimana terlihat
bahwa reaksi mirip dengan reaksi tipe random dengan 2- oxoglutarate, NH4
+
, dan
pengikatan NADH dalam berbagai keadaan untuk membentuk kompleks quartenary.
IV. Kinetika Pre-steady-state (pre-steady-state kinetics)
IV. 1. Latar belakang; kebutuhan untuk tehnik spesial (Background; the need for
special techniques)
Dari penelitian kinetika yang dilakukan dibawah kondisi steady-state hanya dapat
ditemukan informasi yang terbatas tentang proses kecepatan individu dalam reaksi
yang dikatalisa enzim. Kecepatan maksimum (V
maks
) dapat digunakan menghitung
nilai k
cat
, atau bilangan balik (turnover number) berdasarkan persamaan;
V
maks
K
cat
=
[E]
0
Dimana [E]
0
adalah konsentrasi enzim pada tempat aktip.
Nilai k
cat
untuk berbagai enzim telah diketahui dan terletak antara 10 sampai 10
7
detik
-1
(Fersht,A,R., thn 1985). Nilai k
cat
memberikan bahan pemikiran untuk tetapan
kecepatan pada proses paling lambat dalam reaksi yang dikatalisa enzim. Pada
percobaan steady-state, secara umum dikerjakan dengan konsentrasi enzim yang
sangat rendah (1 nmol dm
-3
) dan dalam kondisi ini reaksi cukup lambat sehingga
dapat digunakan metode konvensional (mis. penambahan enzim secara manual
untuk memulai reaksi dan diamati dengan spektrofotometer). Misalnya; bila [E]
0
=
1nmol dm
-3
dan k
cat
= 10
3
detik
-1
, V
maks
sama dengan 60 mol dm
-3
min
-1,
dimana dapat
dimonitor dengan spektrofotometri secara memuaskan. Namun, bila diinginkan untuk
meneliti proses yanag terjadi dalam selang waktu yang kurang dari beberapa detik
(dan ini meliputi tahapan selain proses yang paling lambat dari reaksi keseluruhan).
Sehingga dibutuhkan untuk menemukan metode pencampuran dan pengamatan yang
lebih cepat. Masalah ini telah dapat diatasi dengan memperkenalkan metode
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006
Stopped-flow dimana dapat mengamati reaksi yang ditemukan dalam beberapa
milli detik. Unsur penyusun alat Stopped-flow diperlihatkan pada gbr 4.16.
Dinding penggerak (drive barrier) ditekan kedalam, biasanya secara mekanik, dan isi
dari kedua syringes pereaksi (mis. enzim dan substrat) dicampur. Cairan piston dari
syringe stopping mengalir keluar, sampai cairan ini mencapai dinding pemberhentian
(stop barrier), ketika aliran berhenti. Pada titik ini oscilloscope akan bergerak dan
perubahan absorbansi atau fluorescensi cairan dalam bejana (chamber) pengamatan
dapat dicatat. Bercak yang disimpan oleh oscilloscope biasanya berupa fotograf yang
dapat dianalisa pada waktu tertentu. Untuk peralatan tipe ini terdapat dead time,
yang berhubungan dengan interval waktu antara mulai reaksi dengan pencampuran
dan pemberhentian lairan cairan, kira kira 1 milli detik.
IV. 2. Penggunaan dari tehnik stopped-flow (application of the stopped-flow).
Tehnik stopped-flow telah dievaluasi pada elusidasi terperinci dari reaksi yang
dikatalisa enzim. Akan diuraikan 2 (dua) tipe yang paling penting untuk diteliti;
penentuan tetapan kecepatan masing masing tahapan pada reaksi dan identifikasi
jenis sementara (transient species).
IV. 2. 1. Penetapan tetapan kecepatan (determination of rate constants).
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006
Contoh penetapan tetapan kecepatan masing masing tahapan dalam reaksi
diperlihatkan oleh pengikatan NADH terhadap lactate dehydrogenase (isoenzyme
LDH-5) dengan memonitor peningkatan fluoresensi NADH yang ditemukan pada
pengikatan. Konsentrasi yang sama dari enzim pada tempat aktip dan substrat (masing
masing 8 mol dm
-3
) dicampur dan peningkatan fluoresensi dimonitor selama lebih
kurang 16 milli detik. Dengan menganalisa data dengan persamaan yang
dikembangkan untuk reaksi bolak balik (reversible), dapat ditarik kesimpulan dari
tetapan kecepatan sebagai :
k
1
E + NADH E. NADH
k
-1
k
1
= 6,3 x 10
7
(mol dm
-3
)
-1
detik
-1
k
1
= 450 detik
-1.
Penetapan tetapan kecepatan untuk perlakuan dissosiasi (k
-1
) adalah nilai pada
penentuan sifat alamiah proses lambat dari reaksi keseluruhan. Penelitian selanjutnya,
mempergunakan penentuan stopped-flow dari perubahan fluoresensi pada bentuk
mutant lactate dehydrogenase, memperlihatkan bahwa proses lambat dari reaksi
keseluruhan berhubungan dengan perpindahan dari bahagian loop pada enzim secara
fleksibel.. Perpindahan ini menyebabkan loop menutupi seluruh tempat aktip, dengan
akibat terjadi perubahan fluoresensi dari rantai cabang tryptophan pada loop.
Sebagai catatan; untuk reaksi orde kedua dimana konsentrasi reaktan adalah sama,
waktu paruh diperoleh dari 1/k[A], dimana [A] adalah konsentrasi awal dari reaktan
dan k adalah tetapan kecepatan. Pada keadaan ini (dengan mengabaikan reaksi balik),
dapat dilihat bahwa k = 6,3 x 10
7
(mol dm
-3
)
-1
detik
-1
dan [A] = 8 mol dm
-3
, maka t
1/2
2 milli detik, yang dapat diukur dengan ukuran waktu dari peralatan stopped-
flow.
IV. 2. 2. Identifikasi dari spesies sementara (identification of transient species).
Pada tehnik stopped-flow, konsentrasi enzim cukup tinggi untuk dapat mendeteksi
dan mengidentifikasi kompleks yang mengandung enzim pada proses reaksi, dan
untuk menentukan tetapan kecepatan perlakuan yang meliputi pembentukan dan
kerusakan dari spesies ini. Mempergunakan absorbsi spektrofotometri, konsentrasi
sebesar 10 mol dm
-3
dapat dideteksi; dengan mempergunakan fluoresensi,
kemungkinan mempunyai batas 10 kali lebih rendah. Pada percobaan yang dilakukan
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006
oleh Chance diperlihatkan bahwa oksidasi malachite green dengan H
2
0
2
yang
dikatalisa oleh peroksidase membentuk kompleks enzyme-H
2
0
2
; percobaan ini
memperlihatkan pembuktian pertama secara langsung untuk partisipasi dari kompleks
substrat-enzim pada reaksi yang dikatalisa enzim. Telah ditemukan pengembangan
tehnik stopped-flow; dengan penggunaan alat deteksi scanning cepat yang dapat
menscanning spectrum sampai 200 nm dalam jarak waktu 1 milli detik. Dengan ini
berarti dimungkinkan untuk mencatat secara cepat perubahan dalam spectrum
absorbsi dan menyebabkan identifikasi unsur antara (transient species) akan lebih
pasti. Tehnik ini telah digunakan untuk memperlihatkan, contoh, bahwa NADH
dihasilkan dalam fase reaksi cepat yang dikatalisa oleh alcohol dehydrogenase dari
hati kuda (mis. etanol + NAD
+
acetaldehyde + NADH + H
+
) berikatan
dengan enzim, sebab absobsi maksimumnya (320 nm) yang berbeda dengan NADH
bebas (340 nm).
IV. 3. Metode relasasi (relaxation methods)
Metode stopped-flow digunakan untuk penelitian suatu proses yang terjadi dalam
beberapa milli detik. Batas yang lebih rendah ditentukan oleh waktu yang dibutuhkan
untuk mencapai pencampuran yang merata dari cairan dan ini dicapai dalam waktu 1
milli detik atau kurang. Telah dijelaskan bahwa dimungkinkan untuk menggunakan
metode stopped-flow untuk meneliti reaksi antara NADH dan lactate dehydrogenase
yang dilakukan dengan konsentrasi substrat dan enzim yang rendah. Namun, bila
dalam hal ini tidak mungkin untuk menggunakan prosedur konsentrasi rendah untuk
memperoleh kecepatan dari reaksi cepat dalam skala waktu yang diinginkan, maka
dapat digunakan yang disebut metode relasasi, dimana tidak memerlukan
pencampuran reaktan. Pada metode ini, sistim dalam keadaan setimbang dirobah
dengan perubahan yang tiba tiba dari temperatur atau parameter yang lain (tekanan,
pH, dsb) dan kemudian direlaks menjadi posisi yang baru dari kesetimbangan.
(dengan menghentikan kodenser diantara electrode dalam larutan, temperatur akan
menaik 5-10 K pada 1 detik. Posisi kesetimbangan akan berubah yang memberikan
perubahan entalpi (H) untuk reaksi tidak sama dengan nol). Kecepatan relasasi
dimonitor dengan tehnik spektroskopi yang cocok (yang lain), dan akan berhubungan
secara teoritis kepada tetapan kecepatan untuk reaksi bolak-balik yang ditemukan
pada kesetimbangan. Dari penentuan pada berbagai konsentrasi reaktan, tetapan
kecepatan dapat dievaluasi.
Metode lompatan-temperatur (temperature-jump metode) telah digunakan, sebagai
contoh, memperlihatkan bahwa tetapan kecepatan untuk assosiasi NADH dengan
malate dehydrogenase (k =5 x 10
8
(mol dm
-3
)
-1
s
-1
) adalah berdekatan dengan batas
yang dapat dihitung untuk kontrol difusi dari assosiasi enzim dengan substrat ( k
10
9
(mol dm
-3
)
-1
detik
-1
), misalnya, bahwa hampir seluruh pertemuan atau tubrukan
antara enzim dan substrat akan membentuk kompleks. Metode telah digunakan untuk
meneliti reaksi yang dikatalisa oleh alkaline fosfatase pada E. Coli; enzim via ini
mengkatalisa hydrolysis dari berbagai ester fosfat, R ---- O ---- P, via pembentukan
dan pemecahan dari fosforil enzim intermediate. Sebab kecepaatan reaksi hanya
sedikit tergantung pada sifat alamiah gugus R, dan telah dipostulat bahwa, hydrolysis
dari enzim fosforil merupakan gabungan kecepatanperlakuan terbatas (rate limiting
step) untuk hydrolisa dari ester fosfat yang berbeda. Namun, pada perlakuan ini
kecepatan (k
4
dalam skema dibawah ini) telah ditentukan dengan tehnik stopped -flow
dan ditemukan lebih cepat daripada kecepatan reaksi keseluruhan (Trentham, D. R.
dkk, thn 1968). Sifat alamiah dari perlakuan lambat telah disimpulkan dari percobaan
dimana kecepatan pengikatan dari substrat analog yang tidak dapat dihydrolisa 4-
nitrobenzylfosfat, terhadap enzim telah dipelajari dengan metode lompatan
temperatur (temperature-jump method).
Hasil memperlihatkan bahwa perubahan struktur dalam enzim ditemukan setelah
pengikatan inhibitor dan kecepatan perubahan ini berhubungan dengan perlakuan
lambat dari reaksi keseluruhan (k
2
dalam skema dibawah ini).
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006
DAFTAR BACAAN
1. Nicholas C. Price and Lewis Steven; Fundamentals of Enzymology, second
edition, Oxford University Press, N,Y. U. S. A, page 136-180 (1996)
2 Donald Voet, Judith G. Voet, Biochemistry. second edition. John Wiley & Son,
Inc. New York. (1995).
M.T Simanjuntak: Diktat Kuliah Biokimia-Pengantar Kinetika Enzim, 2006
USU Repository2006