Protein merupakan sumber energi dari semua sel. Protein berfungsi untukpertumbuhan dan perkembangan sel.

Contohnya antara lain: sintesis enzim dan degradatif, hormon, reseptor, membran protein, saluran ions, transportes, ATP dan lain lain. Pada masa

sebelum PD II, frederick Sanger mengembangakan metode yang menyatakan bahwa urutan asam amino sepanjang polipeptida diikuti urutan insulin menentukan sifat protein. Semakin berkembangnya zaman, jenis protein pada organisme semakin banyak yakni, 1.600-5.000 pada prokarista dan pada eukariota sebanyak 10.000 sampai 50.000. Dalam 8 genom mikroba, panjangnya rata rata 340 residu dan paling umum 190 residu. Semua protein yang digunakan oleh semua sel organisme digunakan untuk membaca kode genetik dan mensintesis rantai yakni yang membaca adalah kompleks ribosom. Pada E.coli 10 sampai 20 asam amino/ detik dalam fibroblas mamalia antara 5 sampai 10 asam amino/detik. Evolusi polimer polipeptida merupakan hal yang penting untuk pengembangan organisme hidup. Meskipun mungkin berbeda sebelumnya dalam evolusi, saat ini semua spesies organisme yang dikenal encode dan memanfaatkan 20 asam amino. HN-C (H) - C (= 0)-NH - C (CH2-COOH) - C (= 0) - NH-C (CH2 (CH2)-CH2) C (= O) - N - C (CH2-CH2-CH2-CH2-NH3) - C (= O) - N-C (H) - >>>>> Protein Tidak seperti polimer organik yang digunakan dalam duniaindustri, kebanyakan rantai polipeptida secara biologis berinteraksi dengan air atau pelipatan lemak menjadi diskrit, sangat terorganisir dan 3 dimensi. Ketepatan dan kemampuan untuk memproduksi proses proses dalam sel adalah sedemikian rupa sehingga molekul protein memiliki konformasi 3D yang cukup homogen untuk membentuk kristal makroskopik. Kristal tersebut seringkali rusak jika terkena sinar X, sehingga hampir setiap rantai C, O, N dan S tepat berada di struktur 3D. Sifat ini sebagian besar polimer dari: poliester, seloluso, polisakarida, asam lemak dan panjang DNA. Rantai asam amino dapat diketahui dengan prosedur biokimia independen, hal ini tidak cukup untuk menjelaskan bagaimana rantai hemoglobin membentuk 7 heliks yang dihubungkan secara bergantian dan loop serta mengapa urutan TIM menggunakan kunci beta barrel terdiri dari kumpulan - heliks dan lembaran . Demikian mengingat urutan struktur rantai polipeptida diketahui dalam fungsi biologis sehingga tidak mungkin bisa memprediksi konformasi rantai akan melipat ke dalam. Efikasi tergantung pada pencapaian keadaan 3D. Kode triplet N adalah paruh pertama kode genetik. Selama 40 tahun terakhir kode ini belum dipecahkan. Mekanisme urutan asam amino dan genetika lainnya berinteraksi dengan dirinya dan lingkungannya membentuk struktur 3D tetap. Struktur rantai polipeptida yang primer terdiri ikatan polipeptoda dengan residu asam amino. Setiap obligasi membentuk molekul air

memisahkan dari reaktan sebagai contoh proton NH amida, semua pK untuk protonasi 15 sampai 18. Ikatan peptida sangat stabil dalam larutan air dalam kondisi normal. Misalnya terhidrolisis pada pH 7 dan suhu ruang untuk ikatan peptida yang khas. Konformasi ikatan peptida dipelajari oleh Linus dan Corey,mereka menemukan ikatan panjang dan sudut ikatan dalam berbagai kristal asam amino, peptida kecildan turunan asam amino. Panjang ikatan dan sudut ikatan untuk asam amino dan untuk obligasi setara di- dan tri- peptida, ikatan peptida antara asam amino masuk tulang punggung karbon peptida. Hal ini disarankan untuk Pauling dan Corey bahwa ikatan peptida memiliki ganda parsial. Karakter obligasi mencerminkan resonansi, karakter ikatan ganda parsial efektif membatasi rotasi di sekitar obligasi, dan membuat semua 4 atom, oksigen karboni, karbon karbonil, nitrogen amida dan -karbon. Dalam protein sebagian besar ikatan peptida disintesis pada ribosom dalam bentuk trans. Namun ada ikatan cis terkait dengan 1 asam amino prolin tertentu. Adanya orbital yang stabil 1s pada atom H dapat membentuk 1 ikatan kovalen. Namun dalam kristal berbagai zat yang elektronegatifan paling besar seperti N, O, dan F. Pada penghamburan pola X- ray, untuk mendapatkan seperti pola difraksi

mensyaratkan bahwa fitur struktur sepanjang sumbu serat dan ortogonal dengan sumbu. Reflaksi sebanding dengan jarak yang berhubungan dengan dimensi ikatan peptida. Paula Corey kemudian melanjutkan untuk mencoba membangun model rantai peptida dengan 3 skala dan 3 kendala yakni: obligasi peptida dipertahankan di bentuk planar, NH2 terikat pada oksigen karbonil, satu satunya atom cukup elektronegatif untuk ikatan H aseptor, para residu asama amino harus terjasi pada posisi setara. Struktur umum yang diperoleh dari ritasi dan translasi dari asimetris unit adalah helix 3D. Berbekal pertimbangan dan jarak ikatan dan sudut yang sebenarnya. Mereka menemukan pada kenyataannya bahwa ada 5 heliks yang memenuhi 4 dari 5 kriteria.