ChemSketch: Membuat Molekul di Windows

Muhamad Martoprawiro

2008

Keterangan gambar sampul: Molekul dibuat dengan ChemSketch, tapi ketika dicetak, resolusi ditingkatkan dengan bantuan program Chimera. Keluaran ChemSketch bagus untuk di layar komputer, di web.

Daftar Isi
Daftar Isi.................................................................................................................... Memulai ChemSketch...........................................................................................! Menggambar Molekul "lanin Dimensi..............................................................# Menampilkan Struktur #$Dimensi "lanin...........................................................!! Menampilkan Molekul dalam MS$%ord ............................................................ & Menyimpan Molekul dalam 'erbagai (ormat.................................................... )

Memulai ChemSketch
*ika ChemSketch belum terinstall di komputer "nda, silakan "nda membaca cara instalasi di dokumen lain. Memulai ChemSketch serupa dengan cara men+alankan program$program %indows yang lain. !. Dari Menu %indows: Start > Program > ACDLABS 11.0 >
ChemSketch

. Klik O ketika muncul dialog pembuka ,ACD!La"# Product#-. Klik O +uga ketika muncul $ip o% the Da&. ,Klik 'o +ika muncul dialog yang (e#$nya tak dapat diklik.-

Menggambar Molekul Alanin 2 Dimensi

Selan+utnya, kita akan menggambar molekul asam amino alanin, C.#C.,/. -C00., yaitu

1ntuk melakukannya, ikuti langkah$langkah berikut: !. 2astikan atom C terpilih di bagian kiri layar3 +ika tidak, klik atom C tersebut. . 2indahkan kursor ke tengah layar, lalu klik di situ. "kan muncul molekul C.4.

#. 'iarkan kursor di atas molekul C.4, klik # kali di situ, untuk membuat # gugus metil yang terikat pada atom C tersebut. 4

5ugus metil di kiri atas adalah gugus metil pada molekul alanin, gugus metil di kiri bawah dibiarkan sa+a dulu, nanti kita ubah men+adi gugus amina ,$/. -, sedangkan gugus 6

metil di kanan akan segera kita ubah men+adi gugus karboksilat ,$C00.-. 4. 1ntuk membuat gugus karboksilat, pindahkan kursor ke metil di sebelah kanan, lalu klik kali di situ. "kan muncul cabang metil yang baru, yang nantinya akan kita ubah men+adi karbonil dan hidroksil.!

6. Klik atom / di sebelah kiri layar, lalu klik gugus metil di kiri bawah molekul.

! 2erhatikan bahwa ChemSketch secara otomatis menambahkan atom . setiap kali kita menambahkan atom pada molekul kita. *adi, pada tahap awal kita membuat kerangka atom$atom penyusun molekul ,selain atom .- dengan langkah$langkah di atas. 'elakangan, beberapa atom C di atas akan kita ubah men+adi atom / dan 0.

7. Klik atom 0 di kiri layar, lalu klik kedua gugus metil di bagian kanan molekul. )

). 1ntuk membuat ikatan rangkap C80, pindahkan kursor hingga tepat di atas ikatan tunggal yang hendak diubah men+adi ikatan rangkap, lalu klik di situ. 9

"khirnya kita peroleh gambar molekul alanin dalam Selan+utnya kita akan membuat struktur #$dimensinya. :

dimensi.

9. 1ntuk menyimpan molekul alanin di atas, lakukan perintah dari menu ChemSketch: )i*e > Sa+e, lalu beri nama ,misalnya: "lanin-, lalu klik Sa+e.

!&

Menampilkan Struktur 3-Dimensi Alanin

Kita akan mengubah molekul alanin dimensi di atas men+adi tampilan # dimensi. *ika "nda telah menutup program Chem$ Sketch, +alankan kembali, lalu ambil molekul "lanin yang telah disimpan sebelumnya dengan perintah: )i*e > Ope,. Selan+utnya, lakukan langkah$langkah berikut: !. *alankan program #D ;iewer dengan melakukan perintah menu berikut: "CD<=abs > ! #D ;iewer ,(reeware-. "kan muncul program #D ;iewer dengan latar belakang layar berwarna hitam.

!!

. Kita kembali dari #D ;iewer ke ChemSketch dengan meng$ klik 1-ChemSketch di kiri bawah layar ,atau menekan "lt$!-. Kita akan kembali melihat tampilan alanin dalam dimensi.

!#

#. Salin ,copy- molekul alanin dari ChemSketch ke #D ;iewer dengan mengklik 2-Cop& to .D di bagian bawah layar ,atau dengan menekan "lt$ -. Kita akan melihat molekul alanin dalam #D ;iewer, tapi masih dalam tampilan dimensi.

4. Selan+utnya dengan menekan salah satu dari 7 tombal pada batang perkakas ,Toolbar- di bagian atas layar ,lihat bagian yang dilingkari pada gambar di atas-, kita dapat mengubah tampilan molekul dari ,mulai dari kiri-: wire, stick, ball-andstick, space-fill dan cloud. Silakan dicoba. 'isa dilihat di halaman$halaman berikut, berbagai tampilan molekul tersebut tidaklah menun+ukkan struktur # dimensinya, karena molekul tersebut hasil copy dari gambar dimensi. Kita harus melakukan ?optimasi geometri@ dengan mekanika molekul sederhana, yang akan kita lakukan di bawah ini.

Aampilan molekul dalam #D ;iewer di halaman ini dan beberapa halaman berikutnya sebetulnya di atas latar belakang warna hitam, tapi untuk ke+elasan dalam panduan tercetak ini, latarnya diganti putih.

!4

Tampilan molekul stick

Tampilan molekul ball-and-stick

!6

Tampilan molekul space-fill

Tampilan molekul cloud

!7

6. Satu tombol lagi tepat di sebelah kanan dari 7 tombol di atas merupakan tombol untuk menampilkan awan elektron yang dapat dikombinasikan dengan salah satu dari ke$7 tombol di sebelah kirinya, seperti dapat dilihat pada gambar di bawah

7. Selan+utnya, lakukan optimasi geometri dengan perintah menu: $oo*# > .D Optimi/atio,. "kan dihasilkan tampilan # dimensi, yang +uga memunculkan atom$atom hidrogen.

!)

). Kita dapat mengubah tampilan men+adi ball-and-stick dengan mengklik tombol yang sesuai. !9

9. Kita dapat memutar$mutar molekul dengan menggerak$ gerakkan kursor atas$bawah kiri$kanan sambil terus mengklik layar hitam.

!:

Menampilkan Molekul dalam MS-Word

Kita ingin agar diktat yang kita buat dapat memuat molekul dalam tampilan # dimensi. 'erikut langkah$langkahnya: !. *alankan Microsoft %ord, dan mulailah mengetikkan beberapa kalimat sebelum tampilan molekul. . Kembali ke program #D ;iewer, putar molekul agar tampilannya sesuai dengan yang akan dimunculkan dalam MS$%ord. Salin ,copy- molekul tersebut dengan perintah menu: 0dit > Cop&, atau tekan Ctrl$C.

&

#. Kembali ke MS$%ord, lalu lakukan perintah: 0dit > Pa#te, atau tekan Ctrl$;.

Aernyata latar belakang hitam turut ter$copy, yang membuat hasilnya agak mengecewakan. Kita menginginkan agar latar belakangnya putih, agar sesuai dengan latar belakang tulisan kita di MS$%ord. *adi, kita klik gambar di atas, lalu tekan Del untuk menghapusnya dari MS$%ord, agar kita dapat mengulang perintah meng$copy molekul setelah latar belakangnya dibuat putih. 2rogram #D ;iewer menyediakan perintah untuk meng$ ubah warna latar belakang. 4. *ika "nda belum melakukannya, silakan klik gambar molekul berlatar hitam pada MS$%ord, lalu tekan Del. Setelah itu berpindahlah kembali ke program #D ;iewer. 6. =akukan perintah menu di #D ;iewer: Optio,# > Co*or#..., lalu di kotak dialog yang muncul, ubah warna latar belakang ,background- men+adi putih, lalu klik O .

7. 1langi rangkaian perintah untuk meng$copy molekul dari #D ;iewer ke MS$%ord, tapi sekarang dengan latar belakang molekul berwarna putih.

). Setelah itu, "nda bisa menyimpan diktat MS$%ord "nda: )i*e > Sa+e atau )i*e > Sa+e A#, tikkan nama file, lalu klik Sa+e. 6

Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format

Di bawah ini kita akan menyimpan molekul # dimensi di atas dengan nama "lanin.s#d ,extension s#d otomatis diberikan oleh ChemSketch ketika kita menyimpan file-. Aetapi, file yang disimpan dengan nama "lanin.s#d seringkali tidak dapat dibuka oleh program$program yang lain. Karena setelah ini kita akan mencoba menampilkan molekul tersebut di web, maka kita akan simpan file pula tersebut dalam format yang lain +uga. !. Simpan molekul # dimensi ini, dengan melakukan perintah menu ChemSketch: )i*e > Sa+e, lalu beri nama ,"lanin-, dan klik Sa+e.

. Simpan pula molekul yang sama dalam format yang lain, dalam hal ini format MD= Molfiles ,B.mol-, dengan melakukan perintah: )i*e > Sa+e A#, lalu pada bagian Sa+e a# t&pe, pilih MDL Mo*%i*e# 12.mo*3. 'eri nama sama, yaitu "lanin, lalu klik Sa+e.

#&