Anda di halaman 1dari 35

REPLIKASI DAN

REPLIKASI DAN
POLYMERASE CHAIN REACTION
POLYMERASE CHAIN REACTION
(PCR)
(PCR)
Debbie S. Retnoningrum
Sekolah Farmasi, ITB
Pustaka:
1. Glick, BR and J J Pasternak, 2003, hal. 27-28; 110-120
2. Groves MJ , 2006, hal. 40 44
3. Brown TA, 2006, hal 6-7; 181-193
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 2 2
DOGMA SENTRAL BIOLOGI MOLEKULER
DOGMA SENTRAL BIOLOGI MOLEKULER
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 3 3
REPLIKASI
REPLIKASI
Replikasi adalah penggandaan DNA
Sintesis 2 molekul DNA dari 1 molekul DNA
Konsep pasangan basa
Arah 5 ke 3 pada untai yang disintesis
Dikatalisis oleh DNA polimerase
www.uic.edu/.../lecture4/replication4.jpg
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 4 4
Komponen
Komponen

komponen
komponen
Replikasi
Replikasi
DNA
DNA
Mulai pada origin of
replication (ori)
Protein pengikat DNA
untai tunggal
Helikase (pembuka
untai)
Primase (RNA
polimerase)
DNA polimerase
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 5 5
Replikasi
Replikasi
DNA
DNA
REPLIKASI DNA:
Pemanjangan untai baru
DNA
dNTP: dATP, dTTP, dGTP,
dCTP
Dikatalisis oleh DNA
polimerase
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 6 6
Gap filling & DNA repair Pol-
Replikasi padamitokondria Pol-
Replikasi leading strand Pol-
Gap filling & DNA repair Pol-
Replikasi lagging strand Pol-
Eukariot
Replikasi Pol III
Gap filling & DNA repair Pol II
Gap filling & DNA repair Pol I
Fungsi Prokariot
DNA
DNA
Polimerase
Polimerase
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 7 7
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Karry Mullis, penemu PCR
Pemenang hadiah Nobel
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 8 8
SIKLUS PCR
SIKLUS PCR
94
o
C
55
o
C
72
o
C
SIKLUS 1
SIKLUS 2
SIKLUS 3
T
WAKTU (DETIK)
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 9 9
SIKLUS PCR dan HASIL AMPLIFIKASI
SIKLUS PCR dan HASIL AMPLIFIKASI
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 10 10
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase Chain Reaction (PCR)
www.scq.ubc.ca/wp-content/uploads/2006/07/PCR.gif
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 11 11
KOMPONEN PCR
KOMPONEN PCR
cetakan DNA
oligonukleotida pendek (primer)
DNA polimerase termostabil :Taq Polymerase
(Thermus aquaticus) & buffer
dNTP (dATP, dTTP, dCTP dan dGTP)
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 12 12
Genom yang ditentukan urutannya
Genom yang ditentukan urutannya
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 13 13
Contoh informasi pada data genBank
Contoh informasi pada data genBank
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 14 14
Amplifikasi DNA target dalam genom organisme
Amplifikasi DNA target dalam genom organisme
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 15 15
Amplifikasi DNA target
Amplifikasi DNA target
dalam genom organisme
dalam genom organisme
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 16 16
DETEKSI PRODUK PCR
DETEKSI PRODUK PCR
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 17 17
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 18 18
PCR
PCR
untuk
untuk
deteksi
deteksi
Patogen
Patogen
GEN TARGET
P1
P2
PRODUK PCR: 490 pb
TARGET HARUS SPESIFIK PATOGEN
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 19 19
PCR UNTUK DETEKSI PATOGEN
PCR UNTUK DETEKSI PATOGEN
DETEKSI
Mycobacterium tuberculosis
DNA TARGET: FRAGMEN TARGET
IS6110 BERSALINAN TINGGI
Bahan dahak
DETEKSI
Chlamydia trachomatis
DNA TARGET: GEN MAJ OR OUTER
MEMBRANE PROTEIN = MOMP
Bahan usap vagina (4), darah (5), mata (6)
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 20 20
MODIFIKASI PCR
MODIFIKASI PCR
PCR-HIBRIDISASI (PRODUK PCR
DIHIBRIDISASI DENGAN PELACAK)
PCR multipleks
Nested-PCR
PCR-sekuensing
Real-time PCR
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 21 21
Denaturation
Addition of probe
Hybridization
PRINSIP HIBRIDISASI
PRINSIP HIBRIDISASI
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 22 22
lisis
PCR
denaturasi
hibridisasi
substrat
deteksi kolorimetri
molekul target sinyal
PCR
PCR
HIBRIDISASI DENGAN DETEKSI
HIBRIDISASI DENGAN DETEKSI
KOLORIMETRI
KOLORIMETRI
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 23 23
DETEKSI KOLORIMETRI
DETEKSI KOLORIMETRI
Produk PCR
Biotin
Avidin
Horse radish peroxidase
H2O2
TMB
Pelacak
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 24 24
PCR MULTIPLEKS
PCR MULTIPLEKS
PASANGAN PRIMER UNTUK DNA TARGET > 1
CONTOH:
Escherichia coli: GEN TARGET gen LT1, ST1, SLT1,
SLT2, VT1, VT2, VTE
7 PASANGAN PRIMER
7 PRODUK PCR
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 25 25
LT1
ST1
SLT1
SLT2
VT1
VT2
VTE
S A B C D
HASIL PCR MULTIPLEKS
HASIL PCR MULTIPLEKS
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 26 26
Contoh Hasil PCR multipleks
Contoh Hasil PCR multipleks
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 27 27
Nested
Nested
-
-
PCR
PCR
GEN FLAGELIN S. typhi
ST1
ST2
458 pb
343 pb
PCR pertama
PCR kedua
ST3
ST4
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 28 28
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 29 29
PCR SEKUENSING
PCR SEKUENSING
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 30 30
PCR REAL
PCR REAL
-
-
TIME
TIME
PCR KONVENSIONAL:
TAHAP AMPLIFIKASI DAN DETEKSI TERJ ADI
SECARA KONSEKUTIF
PCR REAL-TIME
TAHAP AMPLIFIKASI DAN DETEKSI TERJ ADI
SECARA SIMULTAN
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 31 31
Deteksi pada PCR konvensional
Deteksi pada PCR konvensional
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 32 32
Daerah deteksi real
Daerah deteksi real
-
-
time PCR
time PCR
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 33 33
PELACAK HIBRIDISASI
PELACAK HIBRIDISASI
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 34 34
PELACAK HIBRIDISASI
PELACAK HIBRIDISASI
Sekolah Farmasi ITB Sekolah Farmasi ITB Bioteknologi Bioteknologi Farmasi Farmasi - -FA 4202 FA 4202 Replikasi dan PCR Replikasi dan PCR 35 35
Contoh hasil realtime PCR
Contoh hasil realtime PCR