!"#$%&' )* +",,#&-$ ).

/) 0 1#$2& 34#-55& 6- 7-$-%+$#8&5-4& 9

Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________

Risponueie in mouo sintetico eu esaustivo alle seguenti uomanue:


1) Cos'e Pubmeu. Besciiveie la banca uati, i suoi contenuti, e
gli stiumenti messi a uisposizione uegli utenti (illustiati a
lezione), sia pei la iiceica che pei la gestione uei iisultati (6
punti)

2) Cosa sono le matiici PAN. Biscuteie uell'iuea che ha
poitato alla geneiazione uelle matiici, i passaggi pei
otteneile, l'utilit e le uiffeienze tia ui esse (6 punti)

2) Citaie uue metoui alteinativi a ClustalW; in cosa
uiffeiiscono e in che mouo lo miglioiano. (6 punti)

4) Qual e il iuolo uella statistica infeienziale e uesciittiva
nell'analisi uei uati ua micioaiiays. Quali sono i piincipali
metoui usati. (6 punti)

S) In cosa BLASTZ uiffeiisce ua BLAST e pei cosa e usato. (S
punti)










!"#$%&' )* +",,#&-$ )./) 0 1#$2& 6- :&,$#&5$#-$ 6- 7-$-%+$#8&5-4& 9

Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________

1) Bovete stuuiaie il gene umano ui nome F0XP2.
Pei ciascun punto (inclusa la iiceica iniziale) iipoitaie anche la
stiinga ui iiceica utilizzata o il metouo seguito, inuicato couici, iu
uelle entiy uei uatabase e tutti i iifeiimenti necessaii au inteipietaie
la iisposta.
a) Su quale ciomosoma e in quale posizione si tiova il gene.
b) Quante isofoime ha la pioteina nell'uomo e qual e il couice RefSeq
uel ciomosoma.
c) In che funzione biologica questo gene uistingue l'uomo ua altii
mammifeii.
u) In Bomologene osseivaie l'allineamento multiplo, in cosa la
sequenza uella pioteina umana uiffeiisce nettamente ua tutte le
altie. (8 punti)

2) Bopo avei scaiicato le sequenze uel giuppo Bomologene S7264
(inuicaie come lo si e fatto), iecatevi sul sito
http:mobyle.pasteui.fi e costiuite un albeio filogenetico
seguenuo questi passi (paiametii ui uefault):
a) 0saie mafft (cosa fa.)
b) 0saie piotuist (cosa fa.)
c) Cieaie un albeio con il metouo neighboi
u) Cieaie un albeio con il metouo 0PuNA
Bisegnaie sul foglio gli albeii e inuicaie le uue sequenze tia ui loio
pi vicine filogeneticamente. (8 punti)

S) Scaiicaie il file http:piofs.sci.univi.it~zoizanesa_27u212.ous
Nel foglio BATA vi sono uei uati ua micioaiiay. Il "full name" ui
alcune piobe e mancante. Tuttavia tale uato e uisponibile nel foglio
NISSINu_vAL0ES.
Lo stuuente ueve otteneie la somma uei valoii ui espiessione
(colonna Expiession) uei soli piobe che hanno la paiola seiine
all'inteino uel campo piotein_full_name. Con le oppoitune funzioni
iecupeiaie il uato uove manca e otteneie la somma iichiesta.
Besciiveie nel uettaglio il metouo seguito. N.B.: iecupeiaie
"manualmente" il uato mancante non e una soluzione accettabile. (11
punti)