Penyusun :

Ketua : Octaviana ( G1F011052)

Anggota :
Inas Ghausani ( G1F011012 )
Kharisma Aditya ( G1F011014 )
Sharon Susanto ( G1F011057 )
Aynita Kurniawan ( G1F011066 )
Preggi Salvezza ( G1F011073 )

Struktur asam nukleat

Asam nukleat adalah makromolekul dengan penyusun
utama molekul gula, masing-masing dilekati dengan
sebuah basa, yang ditautkan oleh gugus fosfat yang
berperanan dalam penyimpanan serta pemindahan
informasi genetik (polinukleotida)
Asam nukleat ialah makromolekul seperti rantai linear
yang pertama kali diisolasi dari inti sel.
Struktur keseluruhan dari asam nukleat sendiri ialah
makromolekul dengan penyusun utama molekul gula
yang dihubungkan dengan gugus fosfat dan sebuah
basa yang melekat pada setiap gula

Gula pada asam
nukleat adalah ribosa
dan deoksiribosa.

Ribosa (b-furanosa)
adalah gula pentosa
(jumlah karbon 5).
5
1
2 3
4
GULA

RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA
Turunan penting dari
ribosa adalah 2-
deoksiribosa, sering
hanya disebut
deoksiribosa, yang pada
karbon nomor 2 nya OH
digantikan oleh H.
Deoksiribosa ditemukan di
DNA (deoxyribonucleic
acid)
Ribosa ditemukan di RNA
(ribonucleic acid).
DNA RNA

PERHATIKAN
Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom
karbon nomor 1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom
karbon nomor 5).
Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2

BASA NITROGEN
Basa nitrogen berikatan dengan atom karbon
nomor 1 dari gula ribosa atau deoksiribosa.
Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1
dari struktur cincinnya.
Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya.

BASA PIRIMIDIN DAN PURIN
Perhatikan struktur cincinnya

BASA-BASA DALAM ASAM NUKLEAT

GUGUS FOSFAT
Nukleosida (Gula Ribosa yang berikatan dengan
basa nitrogen) satu atau lebih gugus fosforil
disebut nukleotida.

KERANGKA GULA-FOSFAT
Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat
tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling.
Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memiliki
gugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki
gugus hidroksil di atom karbon nomor 3, atau biasa disebut ujung
5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'
Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan
negatif.

ASAM NUKLEAT
Monomer nukleotida dapat berikatan satu
sama lain melalui ikatan fosfodiester
antara -OH di atom C nomor 3nya
dengan gugus fosfat dari nukleotida
berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida
yang dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor 5'
nukleotida pertama dan gugus
hidroksil di atom karbon nomor 3'
nukleotida terakhir.

Asam
nukleat
Gula
Nukleotida
(fosfat-gula-basa
heterosiklik)
Nukleosida
(gula basa)

H
2
O
enzim
H
2
O
OH
-
H
2
O
H
+
H
3
PO
4
Basa
heterosiklik

Sifat fisika-kimia asam
nukleat

Sifat-sifat
fisika-kimia
asam
nukleat
Stabilitas
asam
nukleat
pengaruh
alkali
denaturasi
kimia
pengaruh
asam
viskositas
kerapatan
apung
Stabilita
s asam
nukleat

Stabilitas asam nukleat ditentukan oleh interaksi penempatan
(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Artinya,
permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan
molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan
basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
Ikatan hidrogen diantara pasangan bsa sama kuat dengan
ikatan hidrogen antara basa dan molekul air. Jika DNA dalam
bentuk rantai tunggal asam nukleat, namun mempengaruhi
spesifisitas pasangan basa. Penentu stabilitas struktur asam
nukleat adalah interaksi penempatan (straching interaction).
Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan
molekul-molekul air dikeluarkan dari pasangan-pasangan basa
sehingga ikatan basa menjadi lebih kuat

Stabilitas asam nukleat

Sifat-sifat
fisika-kimia
asam
nukleat
Stabilitas
asam
nukleat
pengaruh
alkali
denaturasi
kimia
pengaruh
asam
viskositas
kerapatan
apung
Pengaru
h alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan
terjadinya perubahan status tautomerik basa.
Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi
bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah
proton.
Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada
akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi.
Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap
hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya
gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya
Pengaruh alkali

Sifat-sifat
fisika-kimia
asam
nukleat
Stabilitas
asam
nukleat
pengaruh
alkali
denaturasi
kimia
pengaruh
asam
viskositas
kerapatan
apung
Pengaruh
asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya
HClO
4
dengan suhu lebih dari 100C, asam nukleat
akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam
mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik
antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga
asam nukleat dikatakan bersifat apurinik

Pengaruh asam

Sifat-sifat
fisika-kimia
asam
nukleat
Stabilitas
asam
nukleat
pengaruh
alkali
denaturasi
kimia
pengaruh
asam
viskositas
kerapatan
apung
Denatura
si kimia

Sejumlah bahan kimia diketahui dapat
menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH
netral.
Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH
2
)
2
) dan formamid (COHNH
2
). Pada
konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-
senyawa tersebut dapat merusak ikatan
hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder
asam nukleat menjadi berkurang dan rantai
ganda mengalami denaturasi.

Pengaruh bahan kimia

Sifat-sifat
fisika-kimia
asam
nukleat
Stabilitas
asam
nukleat
pengaruh
alkali
denaturasi
kimia
pengaruh
asam
viskositas
kerapatan
apung
viskosit
as

Molekul DNA sangat rentan terhadap fragmentasi
fisik karena relatif kaku sehingga larutan DNA
mempunyai viskositas yang tinggi

Viskositas

Sifat-sifat
fisika-kimia
asam
nukleat
Stabilitas
asam
nukleat
pengaruh
alkali
denaturasi
kimia
pengaruh
asam
viskositas
kerapatan
apung
Kerapata
n apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya.
Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat
tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar
tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga,
sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang
sesuai dengan kerapatannya.
Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam
tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation)
atau sentrifugasi isopiknik.
Dengan teknik sentrifugasi tersebut DNA, RNA, dan protein
akan terpisah.
Pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan
mengapung sehingga DNA dapat dimurnikan, baik dari RNA
maupun protein.

Kerapatan apung

Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung
DNA () merupakan fungsi linier bagi kandungan
GC-nya.


Asam nukleat ada ikatan hidrogen bentuknya ky
gmana?
Stabilitas dengan ikatan hidrogen

pertanyaan