Anda di halaman 1dari 23

1 | P a g e

TUGAS II

MATA KULIAH REKAYASA TANAMAN III



Seleksi marka molekular dan Aplikasi MAS pada tanaman Cabai dengan karakter target
ketahanan terhadap Busuk buah (Colletotrichum sp).



AGROTEKNOLOGI - E

KELOMPOK 1

HEDI PARAMITA 150510100157
AHMAD ZEIN 150510110011
VALENTINA NAIBAHO 150510100105
AHMAD DANNY H 150510110131






PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
MEI, 2013







2 | P a g e

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan YME yang telah memberikan rahmat dan
kuasa-Nya, sehingga penulis dapat menyusun dan menyelesaikan makalah yang berjudul
Pemetaan QTL untuk karakter ketahanan terhadap penyakit Busuk Buah. ini. Penyusunan
makalah ini bertujuan untuk melengkapi Tugas Mata Kuliah Rekayasa Tanaman III pada
Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran.
Dalam penyusunan makalah ini, penulis menyadari sepenuhnya apabila tanpa bantuan,
bimbingan dan dukungan dari berbagai pihak tidak akan dapat terselesaikan dengan baik.
Oleh karena itu, penulis menyampaikan terima kasih kepada :
1. Dosen mata kuliah Rekayasa Tanaman III, yaitu Bapak Suseno yang telah
memberikan izin kepada penulis dalam proses penyusunan makalah ini.
2. Semua pihak yang telah memberikan bantuan moral maupun spiritual kepada penulis,
baik secara langsung maupun tidak langsung.
Penulis mengharapkan saran dan kritik dari pembaca agar makalah ini menjadi lebih baik.
Demikian, semoga makalah Rekayasa Tanaman III ini dapat bermanfaat bagi pembaca


Jatinangor, Mei 2013

Penulis










3 | P a g e

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR..1
DAFTAR ISI2
BAB I PENDAHULUAN....3
Latar Belakang..3
Tujuan...4
BAB II PEMBAHASAN5
BAB III KESIMPULAN20
DAFTAR PUSTAKA..21






















4 | P a g e

BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Cabai (Capsicum annuum L.) merupakan salah satu komoditas unggulan hortikultura
Indonesia. Menurut data Badan Pusat Statistik (BPS), produksi cabai tahun 2011 lalu telah
mencapai 888.852 ton dan rata-rata produktivitas 7,34 ton per ha. Dibandingkan tahun 2010,
terjadi kenaikan produksi sebesar 81.692 ton atau naik 10,12 %. Kenaikan disebabkan adanya
kenaikan produktivitas 0,76 ton per hektare (11,55%). Untuk meningkatkan hasil penjualan
dan produksi sehingga meningkatkan ekspor yaitu dengan menjaga kualitas cabai, cabai di
Indonesia rentan terhadap antraknosa. Disebabkan oleh curah hujan yang tinggi (Zahara dan
Harahap, 2007) dan belum digunakan varietas tahan secara luas. Penyakit antraknosa dapat
menurunkan kualitas bahkan kerusakan hingga 85% disebabkan oleh pathogen jamur
Collelotrichum spp. Gejala serangannya yaitu pada daun terdapat bercak coklat, dan berair,
sedikit terbenam, serta bercak coklat kehitaman pada buah kemudian buah lama kelamaan
akan membusuk.
Usaha yang biasa dilakukan petani untuk menekan penyakit antraknosa dengan
penggunaan fungisida. Penggunaan pestisida secara berlebihan mengakibatkan resiko
kesehatan meningkatkan biaya produksi, serta kerusakan lingkungan. Antraknosa pada cabai
disebabkan oleh genus Colletotrichum, yang digolongkan menjadi enam spesies utama yaitu
Colletotrichum gloeosporioides, C. acutatum, C. dematium, C. capsici dan C. coccodes (Kim,
Oh dan Yang, 1999). Dari enam spesies tersebut, C. gloeosporioides dan C. acutatum
menyebabkan kerusakan pada buah dan kehilangan hasil paling besar (Yoon, 2003).Oleh
karena itu penggunaan varietas yang resisten merupakan cara yang tepat untuk mengatasi
masalah penyakit antraknosa.
Sifat ketahanan terhadap antraknosa merupakan karakter metric yang menampilkan
pola variasi yang kontinu (kuantitatif). Variasi tersebut disebabkan oleh segregasi simultan
dari beberapa gen yang mempengaruhi suatu karakter dan oleh factor bukan genetic. Gen-gen
pengendali ketahanan terhadap antraknosa dapat bersifat aditif, dominan atau epistatis (
Rawal et al., 1983;Cheema et al., 1984; Park et al., 1990 ). Selain itu, gen pengendali sifat
ketahanan terhadap antraknose memiliki nilai heritibilitas yang rendah ( Sanjaya et al., 2001)
dan ekspresinya selalu berubah tergantung keadaan lingkungan. Hal tersebut membuat
pemuliaan secara konvensional sulit dilakukan.

5 | P a g e

Sebelum peta genetic tanaman tersedia, sifat kuantitatif dianalisis menggunakan
model-model biometrika. Pendekatan biometric, walaupun penurunannya secara deskriptif,
ternyata tidak menerangkan pengaruh lokus kuantitatif. Pengembangan peta genetic
berkerapatan tinggi, yang terdiri atas markah molekuler telah memungkinkan untuk
mengidentifikasi lokus-lokus yang mempengaruhi sifat kuantitatif pada berbagai tanaman.
Lokus-lokus sifat kuantitatif yang teridentifikasi dengan bantuaan penanda molekuler dan
dapat dipetakan disebut quantitative trait loci (QTL).
Beberapa peta genetic cabai telah dipublikasikan oleh beberapa peneliti ( Tanksley et
al., 1989; Prince et al., 1999; ben Chaim et al., 2001). Pada awalnya, peta genetic
menggunakan markah isozim. Namun, karena ketersediaan markah isozim sangat sedikit dan
jarang terjadi segregasi maka digunakan markah molekuler. Genetika molekuler ini
berkembang terus dan kini penanda molekuler yang banyak digunakan untuk membangun
peta genetic cabai adalah RFLP, RADP dan AFLP
1.2 Tujuan
Membuat peta keterpautan genetic berdasarkan persilangan interspesifik antara
Jatilaba ( C.annuum) dan PI 315023 (C. chinense) dengan menggunakan AFLP dan
SSRs/SSLP. Kemudian diidentifikasi poligen ( QTL) yang terkait dengan sifat ketahanan
antraknose dengan cara memadukan data hasil pengamatan di laboratorium dengan markah-
markah molekuler yang terdapat pada peta genetic.













6 | P a g e

BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Pemilihan Tetua

Tetua yang dipilih adalah Jatilaba ( C. annuum) dan PI 315023 ( C. chinense). Jatilaba
sebagai tetua rentan dan PI 315023 sebagai tetua tahan terhadap penyakit antraknose.
2.2 Metode Persilangan

X


diselfing


365 tanaman




Sebanyak 145 individu dalam populasi F2 dan kedua tetua dikoleksi daunnya untuk
keperluan analisis genetik. Data genetik diperoleh melalui isolasi DNA genom dan dianalisis
dengan menggunakan markah AFLP dan mikrosatelit
2.3 MAS (Marker Assisted Selection)
Pemuliaan tanaman merupakan suatu metode yang mengeksploitasi potensi genetik
tanaman untuk memaksimumkan ekspresi dari potensi genetik tanaman pada suatu kondisi
lingkungan tertentu (Guzhov 1989; Stoskopf et al. 1993). Tujuan pemuliaan tanaman adalah
memaksimalkan potensi genetic tanaman melalui perakitan kultivar unggul baru yang
berdaya hasil dan berkualitas tinggi, resisten terhadap kendala biotik dan abiotik (Shivanna
dan Sawhney1997; Mayo 1980).
Teknologi pemuliaan konvensional telah lama dikenal manusia seperti seleksi
tanaman melalui fenotipnya dan sejauh ini berhasil meningkatkan produksi tanaman dan
masih mampu memenuhi pangan penduduk bumi saat ini. Pemuliaan konvensional memiliki
Jatilaba PI315023
F1
F2
F3
7 | P a g e

keterbatasan seperti waktu yang diperlukan untuk mengintrogresikan gen-gen yang
diinginkan. Teknologi maju seperti MAS sangat diperlukan untuk mengatasi keterbatasan
pada teknik pemuliaan karena dengan pemuliaan konvensional tidak akan mampu mengatasi
permasalahan-permasalahan pangan pada masa depan.
Markah molekuler yang pertama kali dikenal adalah markah protein yang secara
genetik dikenal sebagai markah isozim (Hunter dan Markert 1957). Meskipun markah ini
telah banyak digu-nakan dalam analisis genetik tanaman, namun dalam perkembangannya,
markah isozim masihsangat terba-tas jumlahnya. Selain itu, beberapa sistem enzim ter-tentu
dipengaruhi oleh regulasi perkembangan jaring-an, yaitu hanya mengekspresikan suatu sifat
pada ja-ringan tertentu.Kedua faktor tersebut merupakan ken-dala utama penggunaan markah
isozim dalam meng-eksploitasi potensi genetik tanaman (Hamrick dan Gode 1989).
Dengan semakin berkembangnya ilmu pengetahuan, maka pada awal tahun 1980-an
ditemukan teknologi molekuler yang berbasis pada DNA. Markah molekuler tersebut dapat
menutupi kekurangan dari markah isozim, karena jumlah yang tidak terbatas dan dapat
melingkupi seluruh genom tanaman, tidak dipengaruhi oleh regulasi perkembangan jaringan,
sehingga dapat dideteksi pada seluruh jaringan, dan memiliki kemampuan yang sangat tinggi
dalam menangkap keragaman karakter antar individu (Smithdan Smith 1992).
Pemanfaatan markah DNA sebagai alat bantu seleksi Marker Assisted Selection
(MAS) lebih menguntungkan dibandingkan dengan seleksi secara fenotipik. Seleksi dengan
bantuan markah molekuler didasarkan pada sifat genetik tanaman saja, tidak dipenga-ruhi
oleh faktor lingkungan. Dengan demikian, kegiatan pemuliaan tanaman menjadi lebih tepat,
cepat, dan relatif lebih hemat biaya dan waktu. Seleksi berdasar-kan karakter fenotipik
tanaman di lapang memiliki be-berapa kelemahan seperti yang disarikan oleh Lamadji et al.
(1999), di antaranya (1) memerlukan waktu yang cukup lama, (2) kesulitan memilih dengan
tepat gen-gen yang menjadi target seleksi untuk diekspresikan pada sifatsifat morfologi atau
agronomi, (3) rendah-nya frekuensi individu yang diinginkan yang berada dalam populasi
seleksi yang besar, dan (4) fenomena pautan gen antara sifat yang diinginkan dengan sifat
tidak diinginkan sulit dipisahkan saat melakukan persilangan.
Marker assisted selection (MAS) merupakan metode seleksi yang mengacu pada
pemanfaatan marka DNA yang berpautan dengan lokus target, sebagai alat untuk menduga
dan membantu seleksi penotipe sifat yang menjadi target pemuliaan. Marka DNA mampu
menduga secara akurat keberadaan suatu fenotipe.
8 | P a g e

Tiga tipe markah :
1. markah yang berdasarkan pada hibridisasi DNA seperti Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP).
2. markah yang berda-sarkan pada reaksi rantai polymerase (Polymerase Chain
Reaction, PCR) dengan menggunakan sekuen-sekuen nukleotida sebagai primer,
seperti Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), dan Amplified Fragment
Length Polymorphism (AFLP); dan
3. markah yang berdasarkan pada PCR dengan menggunakan primer yang
menggabungkan sekuen komplemen-ter spesifik dalam DNA sasaran, seperti
Sequence Tagged Sites (STS), Sequence Characterized Amplified Regions (SCARs),
Simple Sequence Repets (SSRs) atau mikrosatelit (microsatellites), dan Single
Nucleotide Polymorphism (SNPs).
Kriteria marka genetik:
1. Marka harus mampu membedakan kedua tetua
2. Ciri marka diwariskan secara sama dan akurat dari tetua ke turunannya.
Setiap markah memiliki kelebihan dan kekurangan masing-masing dalam pembahasan
makalah ini yang dipilih adalah markah mikrosatelit atau SSR dan markah AFLP.
a. Mikrosatelit atau SSR
Markah mikrosatelit merupakan sekuen DNA yang bermotif pendek dan diulang
secara tandem dengan 2 sampai 5 unit nukleotida yang tersebar dan me-liputi seluruh genom,
terutama pada organism eukariotik. Akhir-akhir ini, mikrosatelit banyak digunakan untuk
karakterisasi dan pemetaan genetic tanaman, di antaranya jagung, padi, anggur, kedelai,
jawawut, gan-dum, dan tomat (Gupta et al. 1996; Powell et al. 1996). Pasangan primer
mikrosatelit(forward dan reverse) diamplifikasi dengan PCR berdasarkan hasil konser-vasi
daerah yang diapit (flanking-region) markah untuk suatu gen pada kromosom. Menurut
Powell et al. (1996), beberapa pertimbangan untuk penggunaan markah mikrosatelit dalam
studi genetik di antaranya (1) markah terdistribusi secara melimpah dan merata dalam genom,
variabilitasnya sangat tinggi (banyak alel dalam lokus), sifatnya kodominan dan lokasi ge-
nom dapat diketahui; (2) merupakan alat uji yang memiliki reproduksibilitas dan ketepatan
yang sangat tinggi; (3) merupakan alat bantu yang sangat akurat untuk membedakan
9 | P a g e

genotipe, evaluasi kemurnian benih, pemetaan, dan seleksi genotip untuk karakter yang
diinginkan; (4) studi genetik populasi dan analisis diversitas genetik. Kelemahan teknik ini
adalah markah SSR tidak tersedia pada semua spesies tanaman, sehingga untuk merancang
primer baru membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang cukup mahal.
b. AFLP

Markah AFLP merupakan jenis markah yang berdasarkan pada amplifikasi selektif
dari potongan DNA hasil restriksi genomik total dengan enzim restriksi endonuklease. Hasil
amplifikasi tersebut dipisahkan dengan elektroforesis, kemudian divisualisasi dengan
menggunakan otoradiografi atau pewarnaan perak (silver staining) (Vos et al. 1995).
Sebenarnya markah ini mirip markah RAPD, tetapi primernya spesifik dan jumlah pitanya
lebih banyak. Markah AFLP dikategorikan sebagai markah kodominan, walaupun pada
kenyataannya seringkali diperlakukan sebagai markah dominan. Hal ini diakibatkan sulitnya
membedakan intensitas pita antara dominan homozigot dari heterozigot (Setiawan et al.
2000). Keunggulan teknik AFLP menurut Vos et al. (1995), antara lain (1) tidak memerlukan
informasi sekuen dari genom dan perangkat (kit) oligonukleotida yang sama ketika dilakukan
analisis dan dapat diaplikasikan pada semua spesies tanaman; (2) hasil amplifikasinya stabil,
tingkat pengulangan dan variabilitasnya sangat tinggi; (3) memiliki efisiensi yang sangat
tinggi dalam pemetaan lokus, karena sekali amplifikasi dapat meliputi beberapa lokus; (4)
dapat digunakan untuk menganalisis sidik jari semua DNA dengan mengabaikan
kompleksitas dan asal usulnya; (5) da-pat bertindak sebagai jembatan antara peta genetik dan
peta fisik pada kromosom. Keterbatasan dari teknik AFLP adalah cara aplikasinya relatif
lebih rumit, sehingga memerlukan waktu lebih lama, keterampilan khusus, serta pengadaan
alat dan bahan sangat mahal.
Tabel. 2.1
No Karakter Target Marka Molekuler Lokasi di Lokus Referensi
1 Ketahanan
Penyakit
Antraknosa
Mikrosatelit dan
AFLP
E37M51184cCD,
P11M48139CD,
P11M48214CD,
dan P11M48217CD
Sanjaya, et al.
2002

2.4 Isolasi DNA
DNA diisolasi dari jaringan daun muda dengan prosedur miniprep method yang
dikembangkan oleh Heusden et al. (2000).
10 | P a g e

2.5 Analisis AFLP
Reaksi AFLP dilakukan mengikuti prosedur Vos et al. (1995) dengan dua enzim
restriksi yang berbeda, yaitu PstI/MseI, yaitu P11M47, P11M48, P11M49, P11M50,
P11M51, P11M54, P11M61, P14M48,P14M49,P14M50, P14M58, P14M61, P17M48 dan
P37M49. Kombinasi primer Eco RI/MseI yang digunakan adalah E37 M51. Enzim restriksi,
adapter dan primer pada table 1.
PCR
1. Pada tahap pra amplifikasi, setiap primer ditambahkan satu nukleotida selektif dan
setelah diamplifikasi, campuran reaksi diencerkan 20 kali
2. 12,5l campuran reaksi pra-amplifikasi digunakan untuk amplifikasi final.
3. Fragmen amplifikasi dipisahkan pada gel poliakrilamid
4. Pada awal program PCR tahap pra-amplifikasi, DNA diupayakan terdenaturasi
dengan cara mengatur suhu pada 72
0
C selama 2 menit.
5. Kemudian, denaturasi DNA dilakukan pada suhu 94
0
C selama 20 detik, penempelan
pada 56
0
C selama 30 detik dan sintesis pada 72
0
C selama 2 menit
Proses amplifikasi dilakukan 19 siklus dan profil reaksi pada amplifikasi final
dilakukan dua tahap. Tahap pertama, meliputi 8 siklus, yaitu 5 detik denaturasi pada 94
0
C, 30
detik penempelan pada 65
0
C, dan sintesis selama 2 menit pada 72
0
C. tahap kedua sebanyak
22 siklus, yaitu 5 detik denaturasi pada 94
0
C, 30 detik penempelan pada 56
0
C dan sintesis
selama 2 menit pada 72
0
C.

11 | P a g e


2.6 Analisis SSRs/SSLP
Reaksi SSRs/SSLP menggunakan 12 tipe markah mikrosatelit, yaitu CAMS
1
,
CAMS
12
, CAMS
13
, CAMS
15
, CAMS
20
, CAMS
22
, CAMS
23
, CAMS
3
, CAMS
4
, CAMS
6
,
CAMS
7
dan CAMS
8
. Primer untuk reaksi SSRs/SSLP diperoleh dari Istvan, yaitu primer
MDMADSI sebagai titik awal sintesis nukleotida yang digunakan dalam reaksi SSRs/SSLP
terdiri atas dua arah, yaitu primer F dan primer R.
PCR
Proses PCR berlangsung dengan menggunakan mesin MJ Research PTC-200.
1. Sebanyak1 l DNA template (5 ng) ditambahkan ke dalam 19 l campuran reaksi
PCR (2l 10x Promega bufer + 1,6 l MgCl
2
(25 mM) + 10,9 l MQ + 0,4 l dNTPs
(10 mM) + 2 l primer F + 2l primer R + 0,1 l Promega Taq). Volume total
campuran reaksi adalah 20 l
12 | P a g e

2. Profil reaksi PCR terdiri atas suhu awal 94
0
C selama 3 menit, untuk denaturasi DNA
30 detik pada 94
0
C, penempelan 30 detik pada 55
0
C, dan sintesis 60 detik pada 72o
C. Tahapan proses ini meliputi 34 siklus. Tahapan proses ini meliputi 34 siklus
3. Pada siklus terakhir, proses pemanjangan (extention) basa diperlama menjadi 10-30
menit pada suhu 72
0
C
4. Selanjutnya, produk PCR di-loading pada 2,5% gel agarose untuk mengetahui
kualitas hasil pra-amplifikasi
5. Produk praamplifikasi yang berkualitas akan memunculkan pola pita berupa smear,
selanjutnya produk PCR di-loading pada gel poliakrilamid.
Elektroforesis
Proses elektroforesis dengan gel poliakrilamid berlangsung pada mesin ABI-377
Genetic Analyzer. Visualisasi reaksi SSRs/SSLP menggunakan Primer F yang dilabel dengan
fluororescein. Label fluororescein juga diaplikasikan pada primer EcoRI dan PstI dalam
reaksi AFLP.
2.7 Analisis Keterpautan Genetik
Produk PCR hasil reaksi SSRs/SSLP bersama-sama dengan produk PCR hasil reaksi
AFLP dielektroforesis pada gel poliakrilamid. Sinyal fragmen SSRs/SSLP dan AFLP
sepanjang 100-500 pb diskor sebagai dominan atau kodominan dengan menggunakan piranti
lunak AFLP Image Analysis yang dikembangkan oleh Keygene, Belanda. Markah
mikrosatelit diberi nama diikuti dengan posisi fragmen pada gel, sedang markah AFLP diberi
nama sesuai dengan nama kedua kombinasi primer (misalnya E37M51) diikuti dengan posisi
fragmen pada gel.
Untuk membangun peta genetik, 145 individu tanaman dipilih secara acak dari suatu
populasi F2. Keterpautan markah, pendugaan susunan yang paling tepat pada peta kromosom,
dan posisi markah dalam peta yang berhubungan dengan susunan tersebut secara simultan
dihitung dengan JoinMap 3.0 berdasarkan metode weighted least square (WLS). Dua markah
dikatakan terpaut apabila nilai LOD > 5,0 dan jarak antara keduanya < 30 cM. Ini berarti
semua pasangan markah yang terpaut secara statistik dinilai dengan LOD > 5,0 dan _ < 30
cM (fungsi pemetaan menurut Kosambi, 1944).


13 | P a g e

2.8 Peta Keterpautan Genetik
Peta keterpautan genetik hasil persilangan antara Jatilaba (C. annuum) dan PI 315023
(C. chinense) terdiri atas 238 penanda molekuler (20 markah mikrosatelit dan 218 markah
AFLP) yang bersegregasi dan terdistribusi ke dalam 23 kelompok pautan dengan panjang
total peta 982 cM (Gambar 1). Dengan ratarata kerapatan markah 4 cm, diperkirakan markah
telah menutupi sekitar 79% dari keseluruhan genom cabai.
Di antara markah molekuler yang digunakan, markah informatif paling banyak
dihasilkan dari penanda AFLP. Delapan puluh markah AFLP yang terdeteksi bersifat
kodominan. Hal ini sangat menguntungkan dalam pembuatan peta genetik karena markah
dominan menghasilkan nilai LOD yang rendah. Apabila markah kodominan tidak ditemukan
atau tidak tersedia pada populasi F2 yang digunakan, dianjurkan untuk menggunakan tipe
populasi double haploid (DH) atau recombinant inbreed line (RIL) dalam pemetaan genetik.
Penanda AFLP akhir-akhir ini banyak diaplikasikan untuk membangun peta genetik cabai
(Tanksley et al., 1992; Livingstone et al., 1999; Ben Chaim et al., 2001). Di antara peta
genetik cabai, peta yang dibangun Livingstone et al. (1999) adalah yang paling lengkap
karena mengandung 1007 markah molekuler yang terhampar sepanjang 1245 cM.
Markah P14M50-88j yang terdapat pada kelompok pautan I dalam peta ini juga
terdapat pada kromosom 7 dalam peta Ben Chaim et al. (2001). Markah tersebut dilaporkan
terpaut dengan QTL pengendali sifat waktu pemasakan buah (ripening date). Markah AFLP
yang digunakan dalam pembuatan peta ini juga terdapat dalam peta genetik tomat yang
dilaporkan Haanstra et al. (1999). Sebagian besar peta Haanstra et al. (1999) dibangun dari
markah EcoRI/ MseI, sedangkan pada penelitian ini digunakan markah AFLP yang berasal
dari PstI/MseI karena markah tersebut cenderung lebih menyebar ke seluruh genom
dibanding markah EcoRI/MseI yang cenderung mengumpul (Haanstra et al., 1999). Pada
pembuatan peta genetik awal, diperlukan markah yang menyebar sepanjang genom. Selain
itu, penggunaan PstI/MseI dapat menurunkan kerumitan pita/sinyal sehingga mempermudah
proses penyekoran (Baret dan Kidwell, 1998). Sebaliknya, markah-markah yang terpusat
diperlukan untuk menjenuhkan daerah genom. Markah AFLP yang terdapat dalam peta
Haanstra et al. (1999) dan dalam peta ini adalah P14M49-284, P14M50-296, P14M50-354,
dan P14M50-356. Pada peta Haanstra et al. (1999), markah P14M49-284j dan P14M50-
296jCD terdapat dalam satu kelompok pautan, yaitu kelompok pautan 1, namun dalam peta
ini kedua markah tersebut terpisah ke dalam kelompok pautan yang berbeda, yaitu kelompok
pautan O dan J. Markah P14M50-354jCD terletak pada kelompok pautan 7 pada peta
14 | P a g e

Haanstra et al. (1999), tetapi tidak tercakup dalam peta ini. Markah P14M50-356cCD berada
pada kelompok pautan 12 dalam peta Haanstra et al. (1999), tetapi dalam peta ini terletak
pada kelompok pautan M.



Gambar 1. Peta keterkaitan genetik Capsicum spp. dengan 238 markah AFLP dan
mikrosatelit yang tersebar ke dalam 23 kelompok pautan. Angka di sebelah kiri dari setiap
kelompok pautan mewakili jarak peta dalam cM menurut fungsi pemetaan Kosambi. Markah
yang terkait dalam peta memiliki nilai LOD minimal 5,0. Nama-nama lokus terletak di
sebelah kanan kelompok pautan.

15 | P a g e


Gambar 1. (lanjutan)

16 | P a g e



Gambar 1. (lanjutan)

Markah yang sama bisa ditempatkan pada kelompok pautan yang berbeda karena
posisi dan jarak markah yang sama dapat berbeda pada setiap peta genetik. Berdasarkan hal
ini maka kelompok pautan belum dapat dinyatakan sebagai kromosom. Hal yang sama
dinyatakan oleh Livingstone et al. (1999) untuk menyetarakan kelompok pautan sebagai
nomor kromosom dalam peta genetik. Hal tersebut antara lain disebabkan oleh: (1) tipe
populasi yang digunakan (interspesifik, intraspesifik, double haploid, RIL, back cross); (2)
piranti lunak yang diterapkan untuk analisis data (JoinMap, MapMaker); (3) nilai heritabilitas
sifat yang dituju (sifat dengan nilai heritabilitas rendah cenderung memiliki QTL yang
berubah tergantung keadaan lingkungan); dan (4) fungsi pemetaan yang digunakan (Haldane
atau Kosambi). Pada frekuensi rekombinasi yang sama, fungsi pemetaan Haldane akan
17 | P a g e

menghasilkan jarak markah dalam peta yang lebihpanjang daripada fungsi pemetaan
Kosambi. Apapun perbedaan yang terdapat dalam peta genetik cabai, dengan menggunakan
markah orthologus dimungkinkan untuk melengkapi atau menyempurnakan peta yang ada.
Namun, markah orthologus yang terdeteksi dalam peta ini relatif sedikit, sehingga belum
cukup untuk mengintegrasikan peta. Pengintegrasian peta diharapkan dapat melengkapi dan
menyempurnakan peta genetik Capsicum seperti peta genetik tanaman Solanaceae terutama
tomat. Keberadaan markah yang sama dalam peta Haanstra et al. (1999) dan dalam peta ini
memperkuat hipotesis bahwa antara struktur genetik cabai dan tomat terdapat segmen genom
yang sama. Menurut Livingstone et al. (1999), segmen genom yang sama bisa terletak pada
kromosom/kelompok pautan yang sama atau berbeda. Beberapa penelitian membuktikan
bahwa spesies cabai dan tomat memiliki lokus yang sama dan mungkin mengendalikan sifat
yang sama (Prince et al., 1993; Livingstone et al., 1999; Ben Chaim et al., 2001). Adanya
perbedaan genom cabai dan tomat diakibatkan oleh pemisahan dan penggabungan kembali
struktur gen pada kromosom selama pemecahan menjadi Lycopersicon dan Capsicum.
Pemisahan dan penggabungan kembali struktur gen pada kromosom juga terjadi di antara dan
di dalam spesies Capsicum (Pickersgill, 1997).

2.10 Identifikasi QTL untuk sifat ketahanan antraknose
Lokus-lokus sifat tahan penyakit antraknose pada daerah kromosom spesifik
ditentukan melalui pengujian kosegregasi dengan lokus markah. Pengujian dilakukan
terhadap semua markah yang bersegregasi yang terdapat dalam peta. Jarak rata-rata markah
pada peta adalah 4 cM dan dinilai sudah mencukupi untuk mendeteksi QTL. Menurut
Tanksley (1993), jarak peta 20 cm masih dimungkinkan untuk mendeteksi QTL. Dengan
menggunakan piranti lunak MapQTL4.0 dan LOD > 3,0 sebagai tingkat signifikansi
minimum untuk mendeteksi QTL, teridentifikasi enam QTL.
Tiga QTL terpaut pada markah yang sama pada kelompok pautan N (Gambar 2), dan
tiga QTL lainnya masing-masing tersebar pada kelompok pautan G, K, dan L (Gambar 3).
QTL yang terdeteksi sebanyak 6 pada penelitian ini membuktikan bahwa sifat resisten
terhadap antraknose dikendalikan secara poligenik,yaitu satu gen major dan tiga gen minor.
Gen major yang terdeteksi pada kelompok pautan N merupakan suatu efek pleitrofi. Efek
pleitrofi yaitu satu gen utama yang menghasilkan beberapa ekspresi sifat yang berbeda,
seperti keparahan penyakit, kejadian penyakit, dan rataan diameter lesio akibat infeksi C.
gloeosporioides dan C. capsici. Efek pleitrofi bisa juga terjadi karena pengaruh beberapa gen
yang mengendalikan ekspresi sifat yang sama, yaitu sifat ketahanan terhadap penyakit
18 | P a g e

antraknose yang disebabkan oleh Colletotrichum spp. Dari enam QTL yang terdeteksi, tiga
QTL (satu untuk rataan diameter lesio oleh infeksi C. gloeosporioides, satu untuk rataan
diameter lesio oleh infeksi C. capsici,


Gambar 2. Gen major yang terdeteksi pada kelompok pautan N. Daerah pada kromosom
tempat QTL terdeteksi ditandai dengan warna coklat muda (QTL keparahan penyakit), hijau
(QTL kejadian penyakit), kuning (QTL rataan diameter lesion akibat infeksi C.
gloeosporioides), dan jingga (QTL rataan diameter lesio akibat infeksi C. capsici).

19 | P a g e





Gambar 3. Tiga gen minor yang terdeteksi pada kelompok pautan G, K, dan L. Semua QTL
terkait dengan sifat keparahan penyakit akibat infeksi C. gloeosporioides.




20 | P a g e

dan satu untuk persentase buah terinfeksi C. gloeosporioides) terpaut erat pada markah yang
sama (E37M51184cCD) dan berada pada lokasi yang sama. Ini menunjukkan bahwa ketiga
QTL tersebut hampir identik dan terpaut satu dengan lainnya.
Markah AFLP yang terpaut dengan ketiga QTL minor tersebut berturut-turut adalah
P11M48139CD, P11M48214CD, dan P11M48217CD. QTL yang terpaut dengan markah
P11M48217CD merupakan QTL yang memiliki variasi genetic terbesar, yaitu 11,1%. Ketiga
QTL minor tersebut memiliki rentang lebih lebar dan kurva relatif landai (Gambar 3), hal
tersebut menunjukkan korelasi yang relatif rendah antara markah dan QTL. Oleh karena itu,
diperlukan penjenuhan daerah genom tersebut dengan markah lainnya. Ooijen (1999)
melaporkan bahwa kurva dengan bentuk kerucut lebih baik dan lebih tepat untuk mendeteksi
QTL. Banyaknya QTL yang ditemukan pada penelitian ini menunjukkan bahwa gen yang
mengendalikan sifat ketahanan terhadap antraknose relatif banyak. QTL yang terdeteksi lebih
dari satu (2-6 QTL) untuk satu sifat juga dilaporkan oleh Ben Chaim et al. (2001), yang
disebabkan oleh adanya interaksi antara genetic dan lingkungan. Semua markah molekuler
yang terpaut QTL berasal dari tetua tahan PI 315023 (C. chinense) dan bersifat kodominan,
yaitu E37M51184cCD; P11M48139CD; P11M48214CD; dan P11M48217CD.
Sifat-sifat baik dari C. chinense yang perlu dilestarikan untuk memperbaiki cabai C. annuum
dilaporkan oleh Cheng (1989). Menurut Ben Chaim et al. (2001) dan Heusden et al. (2001),
QTL cenderung berubah setiap tahun untuk suatu sifat yang memiliki nilai heritabilitas
rendah. Untuk sifat yang memiliki nilai heritabilitas tinggi, QTL tidak berubah. Nilai LOD
dari QTL yang dilaporkan oleh kedua peneliti tersebut berkisar antara 2,8-2,9. Ooijen (1999)
menyarankan jika banyak QTL yang terdeteksi, perlu dipilih QTL yang paling besar
menerangkan variasi genetik. Dari ketiga QTL minor tersebut, markah P11M48217CD paling
besar menerangkan variasi genetik (11,1%) dibanding kedua QTL minor lainnya (masing-
masing 7,7 dan 7,3%). Markah E37M51184cCD yang terpaut dengan QTL major memiliki
keunggulan dibanding markah lainnya, yaitu nilai LOD tinggi (> 5,5), kontribusi terhadap
sifat resisten paling besar, dan tipe pengendalian sifat resistensi yang lebih luas (C.
gloeosporioides dan C. capsici)







21 | P a g e

BAB III
KESIMPULAN

Peta genetik Capsicum hasil persilangan interspesifik antara Jatilaba (C. annuum) dan
PI 315023 (C. chinense) terdiri atas 23 kelompok pautan dengan total markah 238 yang
terhampar sepanjang 982 cM. Semua markah molekuler yang terpaut QTL berasal dari tetua
tahan penyakit antraknose PI 315023 (C. chinense) dan bersifat kodominan, yaitu
E37M51184cCD; P11M48139CD; P11M48214CD; dan P11M48217CD.


























22 | P a g e


DAFTAR PUSTAKA

Azrai Muhammad.-. Pemanfaatan Markah Molekuler dalam Proses Seleksi Pemuliaan
Tanaman. Dikutip dari: http://www.fp.unud.ac.id/biotek/wp-content/uploads/2009/02/mas-
biogen.pdf. pada tanggal 22 Mei 2013

Lia Sanjaya, G.A., Wattimena, E.Guharja, M.Yusuf, H. Aswidinnoor, Piet Stam.2002.
Pemetaan QTL untuk sifat ketahanan terhadap penyakit antraknosa pada Capsicum spp.
Dikutip dari : http://www.pustaka.litbang.deptan.go.id/publikasi/bi072022.pdf. pata tanggal
10 Mei 2013


















23 | P a g e