BAB 8.

GENETIKA MIKROBA
Material genetik bakteri dan terdiri atas kromosom dan plasmid. Keduanya
terdiri atas DNA. Material genetik virus terdiri atas DNA atau RNA. Dua fungsi utama
materi genetik adalah replikasi dan ekspresi. Material genetik harus bereplikasi secara
akurat sehingga dihasilkan 2 replikan (anakan) yang identik dengan induknya. Materi
genetik uga terekspresi dalam bentuk karakter ter!bservasi atau fen!tip.
ORGANISASI GENOM
M!lekul DNA yang dapat bereplikasi sebagai unit genetik pada bakteri disebut
replikon. "ada beberapa bakteri replik!n hanya berupa kr!m!s!m (gen!m)# tetapi
sebagian besar bakteri replik!n terdiri dari kr!m!s!m dan plasmid.
Kromosom
$en!m bakteri bervariasi dari %#&'(%
9
Dalton sampai 8,9!"
9
Dalton. #$mla%
DNA dalam &enom menent$kan '$mla% maksim$m (an& in)ormasi &enetik (an&
dapat dikode. Se*a&ian *esar *akteri memiliki &enom %aploid (kr!m!s!m tunggal)
dan sirkuler. Namun beberapa bakteri gram p!sitif seperti Borrelia dan Streptomyces
memiliki kr!m!s!m linier. )akteri gram negatif Agobacterium tumefaciens memiliki
kr!m!s!m linier dan sirkuler. )akteri E. coli saluran pencernaan memiliki ukuran gen!m
*+(%
,
Dalt!n dengan &.-%% kil! pasang basa (kbp). $en!m E. coli terse*$t %an(a
",!+ ,di*andin&kan &enom man$sia-, tetapi mamp$ men&kode ri*$an polipeptida.
Kemamp$an *akteri *ereplikasi san&at .epat. E. coli mamp$ mereplikasi
DNA %an(a dalam /akt$ 0" menit. Nam$n pada *akteri (an& t$m*$% .epat
replikasi dapat dim$lai se*el$m replikasi DNA selesai.
1lasmid
"lasmid adalah material genetik ektrakr!m!s!mal. .kuran plasmid lebih kecil
daripada kr!m!s!m. "lasmid biasanya mengk!de p!lipeptida yang tidak penting bagi
pertumbuhan secara langsung. "lasmid berbentuk sirkuler# tetapi terdapat plasmid
berbentuk linier seperti terlihat pada Borrelia dan Streptomyces. 1lasmid di*edakan
men'adi 2, (ait$ plasmid kon'$&ati) dan non3kon'$&ati). 1lasmid kon'$&ati) adalah
plasmid yang mampu did!n!rkan ke resepien# sedangkan plasmid non3kon'$&ati)
tidak dapat did!n!rkan. "lasmid n!n/k!nugatif biasanya berukuran kurang dari 0#- kbp
dan biasanya berumlah banyak ((%12% perkr!m!s!m). "lasmid didistribusikan secara
acak ke sel anakan.
Meskipun plasmid tidak berperan langsung dalam pertumbuhan# tetapi plasmid
memiliki fungsi penting secara medis. 2ungsi penting plasmid secara medis# yaitu
kemampuan plasmid mengk!de p!lipeptida resistensi antibi!tik# t!ksin# struktur
permukaan sel untuk perlekatan dan k!l!nisasi. "lasmid yang berperan dalam resistensi
antibi!tika disebur plasmid R atau fakt!r R.
DNA ,ASAM N4K5EAT-
Asam nukleat merupakan p!limer nukle!tida. 3etiap nukle!tida terdiri atas f!sfat#
pent!sa# dan basa. "ent!sa asam nukleat adalah rib!sa atau de!ksirib!sa# sedangkan
basa asam nukleat adalah adenin dan guanin (purin) dan timin# urasil# dan sit!sin
(pirimidin). DNA berbeda dengan RNA dalam 2 hal# struktur dan k!mp!sisi asam
nukleat. 3truktur DNA adalah pita heliks ganda ($ambar 4.()# sedangkan RNA adalah
pita heliks tunggal (beberapa virus memiliki RNA ganda). K!mp!sisi gula pent!sa dan
basa pirimidin DNA adalah de!ksirib!sa dan timin dan sit!sin. K!mp!sisi gula pent!sa
dan basa pirimidin RNA adalah rib!sa dan urasil dan sit!sin. DNA bakteri baik
kr!m!s!m maupun plasmid berbentuk sirkuler.
Gam*ar 8.! 3truktur DNA heliks ganda yang bergerak antipararel. Diameter heliks
ganda adalah 2 nm dan panang satu putaran penuh heliks ganda adalah *#& nm yang
terdiri atas (% pasang basa.
Replikasi DNA
DNA heliks ganda tereplikasi menadi 2 DNA heliks ganda# di mana ke/2 DNA
heliks ganda me5arisi masing/masing ( pita DNA induk ($ambar 4.2). 6leh karena itu
tipe replikasi DNA adalah semik!nservatif. Replikasi DNA dimulai dari tempat yang
disebut a/al replikasi ,origin of replication-.
Gam*ar 8.2 Aut!radi!grafi replikasi kr!m!s!m bakteri E. coli.
Replikasi DNA dimulai dengan terbukanya pita DNA heliks ganda di daerah a5al
replikasi. Dengan terputusnya ikatan atarbasa# maka en7im DNA p!limerase dapat
bekera menyintesis pasangan basa baru. Dengan demikian masing/masing pita DNA
berperan sebagai cetakan (template) bagi DNA anakan. Replikasi DNA bergerak 2 arah
(*iodireksi) dengan en7im DNA p!limerase berbeda untuk masing/masing arah.
Replikasi berakhir ketika kedua en7im DNA p!limerase bertemu (sekitar (4% dari a5al
replikasi). Masing/masing DNA p!limerase menyintesis 2 pita DNA anakan dengan
cetakan 2 pita induknya. Karena DNA p!limerase bergerak satu arah (dari *8 ke -8 DNA
induk atau -8 ke *8 DNA anakan)# maka teradi 2 tipe sintesis pita DNA anakan yaitu pita
mener$s ,leading strand- dan pita sendat ,lagging strand-. "ita menerus adalah pita
DNA anakan yang dicetak tanpa putus. "ita sendat adalah pita DNA anakan yang
dicetak terputus/putus. .rutan replikasi DNA adalah pemisahan 2 pita DNA induk#
sintesis RNA primer# sintesis DNA anakan# pengantian RNA primer dengan DNA# dan
penyambungan pita DNA anakan (menadi pita sirkuler).
EKS1RESI DNA
DNA bakteri terekpresi melalui beberapa tahapan# yaitu transkripsi# translasi# dan
maturasi protein. Dise*$t transkripsi karena ter'adi sintesis nonidentik dari DNA
men'adi RNA. Seperti diketa%$i DNA dan RNA *er*eda. Dise*$t traslasi karena
$r$tan RNA di$*a% men'adi $r$tan asam amino. Dise*$t mat$rasi karena ter'adi
proses )inis%in&, se%in&&a $r$tan asam amino a/al ,non)$n&sional- *er*eda
den&an $r$tan asam amino *ar$ ,)$n&sional-.
Transkripsi
DNA ditranskripsi menadi RNA. "ita DNA yang menadi cetakan disebut DNA
template. Karena RNA %asil transkripsi mem*a/a 6pesan7 $nt$k ditranslasi, maka
RNA terse*$t dise*$t RNA messenger ,mRNA-. 4r$tan *asa mRNA sama den&an
$r$tan *asa DNA non3template, ke.$ali timin di&anti $rasil. En8im (an& *erperan
dalam sintesis mRNA adala% en8im RNA polimerase. 4r$tan DNA (an& ditranskrip
dapat terdiri atas ! &en ata$ le*i%. Transkripsi (an& m$lti&en ter'adi pada &en3&en
(an& terekspresi dalam s$at$ paket )$n&sional.
9ranskripsi DNA terdiri atas * tahap# yaitu inisiasi# peman'an&an# dan
pen&%entian. :nisiasi melibatkan pengikatan RNA p!limerase ke DNA template.
;l!ngasi adalah pr!ses sintesis mRNA !leh RNA p!limerase. "enghentian meliputi
penghentian pemanangan dan pelepasan mRNA dari DNA template.
Translasi
1roses translasi le*i% kompleks daripada replikasi dan transkripsi.
Translasi meli*atkan 0 %al, (ait$ mRNA, tRNA, ri*osom, dan asam amino. mRNA
adala% kode (an& akan diter'ema%kan. tRNA adala% penter'ema% mRNA. Ri*osom
adalah tempat teradingan peneremahan. Asam amin! adalah hasil teremahan k!de
mRNA !leh tRNA. Ri*osom terdiri atas 2 s$*$nit, (ait$ s$*$nit *esar dan s$*$nit
ke.il. Ke/2 subunit bergabun& 'ika ter'adi translasi.
9ranslasi mRNA !leh rib!s!m dapat teradi sebelum transkripsi selesai dan
translasi dapat dilakukan !leh banyak r!b!s!m (poliri*osom). Mekanisme demikian
memungkinkan pertumbuhan dan resp!ns bakteri yang luar biasa cepat. 9ranslasi
dimulai dari masuknya mRNA ke dalam rib!s!m (subunit kecil). 4r$tan translasi
adala% se*a&ai *erik$t. mRNA terikat pada s$*$nit ke.il ri*osom. Den&an
terikatn(a mRNA, maka s$*$nit *esar *erasosiasi den&an s$*$nit ke.il
men&%asilkan ri*osom $t$%. 1roses penter'ema%an *erlan&s$n& den&an
ter'adin(a proses penter'ema%an mRNA ole% tRNA men'adi asam amino. 1roses
penter'ema%an *er%enti ketika tRNA men&enali kode *er%enti pada mRNA.
Kode a/al mRNA adala% A4G. 1roses ter'ema%an mRNA *erlan&s$n& per
9 kode ,triplet kodon). 9erdapat <& k!de untuk 2% asam amin!, se%in&&a terdapat
le*i% dari !kode $nt$k ! asam amino ,Ta*el 8.!-. Den&an demikian terdapat :0
tRNA *erasosiasi den&an 2" asam amino.
Ta*el 8.! Triplet kodon asam amino pada mRNA
Kode
pertam
a
Kode ked$a Kode
keti&a
4 ; A G
4
2enilalanin
2enilalanin
=eusin
=eusin
3erin
3erin
3erin
3erin
9ir!sin
9ir!sin
3t!p
3t!p
3istein
3istein
3t!p
9ript!fan
4
;
A
G
;
=eusin
=eusin
=eusin
=eusin
"r!lin
"r!lin
"r!lin
"r!lin
>istidin
>istidin
$lutamin
$lutamin
Arginin
Arginin
Arginin
Arginin
4
;
A
G
A
:leusin
:leusin
:leusin
Meti!nin
9re!nin
9re!nin
9re!nin
9re!nin
Asparagin
Asparagin
=isin
=isin
3erin
3erin
Arginin
Arginin
4
;
A
G
G
?alin
?alin
?alin
?alin
Alanin
Alanin
Alanin
Alanin
Aspartat
Aspartat
$lutamat
$lutamat
$lisin
$lisin
$lisin
$lisin
4
;
A
G
Mat$rasi 1rotein
"r!ses maturasi teradi selama pr!ses transl!kasi pr!tein dari sit!plasma ke
l!kasi kera pr!tein tersebut (di dalam sel# diluar sel# atau dimebran sel). "r!tein
fungsi!nal lebih pendek daripada pr!tein mentah hasil sintesis. )agian pr!tein yang
dihilangkan biasanya pada bagian urutan a5al pr!tein menta%. 4r$tan a/al protein
menta% *er)$n&si dalam proses translokasi protein.
M4TASI
Mutasi adalah perubahan urutan DNA gen!m dan di5ariskan. Mutasi sp!ntan
arang teradi pada bakteri. )eberapa mutasi dapat mengubah karakter fen!tip. "ara ahli
mikr!bi!l!gi sepakat bah5a !rganisme referensi disebut tipe liar dan turunan yang
mengalami mutasi disebut m$tan. @adi mutan adalah !rganisme yang berbeda dengan
nenek m!yangnya yang liar.
Deteksi M$tan
Media selektif dan difensial sangat membantu dalam mengis!lasi bakteri mutan.
)eberapa media selekti) dapat menumbuhkan bakteri mutan tertentu, tetapi tidak
men$m*$%kan *akteri tipe liar. Nam$n ke*an(akan media selekti) *eker'a
se*alikn(a. Media di)erensial dapat membedakan kenampakan k!l!ni bakteri tipe liar
dan mutan. E. coli m$tan ,resisten streptomisin- *iasan(a se.ara spontan ter'adi
setiap !"
9
koloni *akteri E. coli tipe liar ,sensiti) streptomisin-. M$tan E. coli ini
dapat m$da% diisolasi den&an media selekti) *erisi streptomisin. M$tasi (an&
ter'adi pada &en esensial pada or&anisme %aploid *iasan(a letal. Meskip$n
demikian or&anisme m$tan letal dapat diisolasi dan dipela'ari den&an manip$lasi
)aktor3)aktor pert$m*$%an.
Dasar Molek$ler M$tasi
Mutasi dikel!mp!kan berdasarkan perubahan strukturan pada DNA (9abel 8.2-.
*e*erapa m$tasi ter'adi pada se&men pendek DNA seperti s$*stit$si n$kleotida#
mikrodelesi# dan mikro insersi. Mutasi lainnya dapat teradi pada segmen panang
DNA seperti delesi, insersi, dan aransemen $lan& segmen DNA. Ketika s$*stit$si
n$kleotida ter'adi pada $r$tan DNA (an& men&kode asam amino, maka terdapat 9
kem$n&kinan, (ait$ ter'adi per$*a%an asam amino ,m$tasi missense)# penghentian
translasi (m$tasi nonsense) dan tidak ada perubahan (m$tasi diam). @ika teradi
mik!rdelesi atau mikr!insersi ( atau 2 nukle!tida# maka akan teradi per$*a%an
pen&kodean ,)rames%i)t ) asam amin! dari a5al teradinya mutasi sampai ke akhir.
9entusaa frameshift urutan asam amin! akan mengubah struktur p!lipeptida# sehingga
kemungkinan besar teradi n!nfungsi!nal p!lipeptida.
Ta*el 8.2 #enis 'enis m$tasi
1er$*a%an pada
DNA
1en&ar$%
ter%adap str$kt$r
polipeptida
1en&ar$%
ter%adap )$n&si
polipeptida
#enis M$tasi
3ubstitusi
n$kleotida
Mikrodelesi ata$
mikroinsersi
Insersi
1. 9idak ada
2. 3ubstitusi asam
amin!
3. "enghentian
prematur
2rameshift urutan
asam amin!
)erubah
1. 9idak ada
2. )ervariasi
3. Kehilangan
fungsi
Kehilangan fungsi
1. Mutasi diam
2. Mutasi
missense
3. Mutasi
N!nsense
Mutasi frameshift
Delesi )erubah Kehilangan fungsi
Kehilangan fungsi
:nsersi
Delesi
1ER4BA<AN IN=ORMASI GENETIK
Mikr!ba arang berepr!duksi secara seksual. Reprduksi seksual akan
meningkatkan pr!babilitas# sehingga keanekaragaman gen!tip dan fen!tip teradi.
Namun mikr!ba khususnya bakteri mampu melakukan interaksi genetik di antara
sesama species maupun genus. :nteraksi genetik ini dapat mengubah karakteristik
fen!tip# seperti variasi flagela pada Salmonella, >ariasi anti&enik perm$kaan pada
Neisseria dan Borrelia.
Gam*ar 8.9 @enis/enis interaksi genetik pada bakteri.
:nteraksi genetik pada bakteri dibedakan menadi *# yaitu kon'$&asi,
trans)ormasi, dan transd$ksi. K!nugasi adalah interaksi genetik secara langsung
(teradi k!ntak) antara donor dan resepien. Trans)ormasi adala% interaksi &enetik
se.ara tidak lan&s$n& antara donor dan resepien, di mana donor melepaskan
materi &enetik ke lin&k$n&an, sedan&kan resepien men(erap materi &enetik donor
terse*$t. Transd$ksi adala% interaksi &enetik se.ara tidak lan&s$n& antara 2
donor dan resepien dan melal$i perantara ,*akterio)a&-, di mana donor
men&insersikan materi &enetik ke dalam materi &enetik *akterio)a& dan resepien
menerima materi &enetik dari donor setela% terin)eksi *akterio&a&. <asil interaksi
&enetik dise*$t rekom*inan. Il$strasi keti&a model interaksi &enetik dapat dili%at
pada Gam*ar 8.9.
Kon'$&asi
K!nugasi memerlukan k!ntak langsung antara d!n!r dan resepien. K!ntak
teradi melalui embatan k!nugasi (pili) maupun tanta embatan k!nugasi. D!n!r
merupakan bakteri yang memiliki kemampuan mend!n!rkan materi genetik baik melalui
embatan k!nugasi (pili) ataupun tidak. Kemampuan tersebut terletak pada plasmid.
6leh karena itu plasmid yang mampu mend!n!rkan materi genetik disebut plasmid =
atau plasmid seks$al.
3etiap bakteri 2A memiliki (1* pili yang mampu mengikat pr!tein membran sel
resepien untuk memulai pr!ses inisiasi k!nugasi ($ambar 4.&). 3etelah teradi k!ntak#
maka pili berubah fungsi menadi embatan k!nugasi. @embatan k!nugasi biasanya
memendek untuk mempermudah pr!ses k!nugasi. "lasmid bakteri d!n!r memisah
menadi 2 pita tunggal dan salah satu untai plasmid ditransfer ke bakteri resepien. "ada
pr!ses transfer pita DNA plasmid# bakteri d!n!r segera mengganti pita terd!n!r dengan
mekanisme replikasi. Ketika bakteri resepien menerima DNA# maka dia uga melakukan
replikasi untuk DNA baru sehingga DNA plasmid d!n!r menadi 2 untai.
Gam*ar 8.0 "r!ses k!nugasi plasmid.
"lasmid 2 pada E. coli dapat dapat berintegrasi dengan kr!m!s!m bakteri
($ambar 4.-). >al ini dapat teradi karena kr!m!s!m dan plasmid 2 E. coli memiliki
elemen urutan insersi. :ntegrasi intragenetik disebut mutasi h!ris!ntal dan menghasilkan
rek!mbinan yang mempunyai kemampuan mentransfer kr!m!s!m (k!nugasi) tinggi.
Gam*ar 8.? Mutasi h!ris!ntal. 2
/
adalah sel n!nk!nugatif# 2
A
adalah sel k!nugatif# >fr
sel rek!mbinan dengan kemampuan frekuensi tinggi k!nugasi# 28 adalah sel berplasmid
dengan gen kr!m!s!mal.
K!nugasi tanpa embatan k!nugasi teradi pada bakteri gram p!sitif. )akteri
gram p!sitif menghasilkan adesin untuk agregasi antara sel d!n!r dan sel resepien#
tetapi tidak melibatkan pili. "ada beberapa species Streptococcus resepien
menghasilkan fer!m!n seksual untuk menarik Streptococcus d!n!r mendekat dan
melakukan k!ntak.
Trans)ormasi
"ada transf!rmasi bakteri d!n!r melepaskan sep!t!ng pita ganda DNA dan
bakteri resepien menerimaBmenyerap hanya ( pita DNA saa. Materi genetik yang
ditransfer melalui transf!rmasi dapat DNA kr!m!s!m maupun DNA plasmid.
9ransf!rmasi alami ditemukan pada Streptococcus pneumoniae, Haemophilus,
Neisseria, Bacillus, dan Staphylococcus. )akteri yang biasanya tidak mampu (tidak
k!mpeten) mengambil DNA dari lingkungan dapat menadi kompeten dengan
manipulasi eksperimental# seperti keutan elektrik v!ltase tinggi# keutan kalsium#
penambahan urutan nukle!tida tertentu. )akteri k!mpeten uga dapat menyerap semua
DNA bakteri!fag (trans)eksi) maupun seluruh plasmid dan mereplikasikannya di dalam
sel. Namun ika yang terserap hanya sebagian materi geneti# maka materi genetik
tersebut tidak terekspresi dan tereplikasi sebelum terintegrasi ke dalam replik!n.
Transd$ksi
"ada transduksi# bakteri!fag berfungsi sebagai CcarrierD DNA dari d!n!r ke
resepien. Ketika bakteri!fag menginfeksi bakteri d!n!r# maka bakteri d!n!r mengalami
lisis (mati) dan bakteri!fag melepaskan diri. Namun ketika bakteri!fag menginfeksi
bakteri resepien# maka bakteri resepien tidak mengalami lisis.
9ransduksi dibedakan menadi transd$ksi $m$m ,generalized transduction-,
transd$ksi a*orti) ,abortive transduction-, dan transd$ksi k%$s$s ,specialized
transduction-. 9ransduksi umum menghasilkan rek!mbinan yang mampu
mengekspresikan DNA d!n!r# sedangkan transduksi ab!rtif tidak. 9ransduksi khusus
berbeda dengan transduksi umum dalam hal bakteri!fag yang mampu menginfeksi
hanya bakteri!fag tertentu.
REKOMBINASI
Rek!mbinasi melibatkan pemutusan DNA resepien dan pengabungan DNA
d!n!r ke DNA induk menghasilkan hibrida (m!lekul rek!mbinan). ;n7im khusus yang
berperan dalam rek!mbinasi DNA adalah eks!nuklease# end!nuklease# p!limerase# dan
ligase.
Rekom*inasi $m$m ,generalized recombination- melibatkan DNA d!n!r dan
resepien yang memiliki urutan h!m!l!g. "erubahan resipr!kal dapat teradi pada
rek!mbinasi umum. "r!duk gen recA sangat penting dalam rek!mbinasi umum# tetapi
pr!duk gen lainnya uga berperan. Rekom*inasi lokasi k%$s$s ,site-specific
recombination- hanya dapat teradi pada l!kasi khusus pada DNA d!n!r dan resepien.
"r!duk gen recA tidak berperan dalam rek!mbinasi l!kasi khusus. :ntegrasi m!lekul
DNA bakteri!fag ( ke kr!m!s!m E. coli pada l!kasi khusus (attachment siteE att)
merupakan c!nt!h rek!mbinasi l!kasi khusus ($ambar 4.<).
Gam*ar 8.: Rek!mbinasi l!kasi khusus yang menghasilkan rek!mbinasi resipr!kal
Klonin&
)anyak met!de untuk menghasilkan hibridisasi DNA secara in vitr! (DNA
rek!mbinan). Met!de tersebut meliputi is!lasi gen khusus pada replik!n hibrid#
menentukan urutan nukle!tida# dan membuat mutasi pada l!kasi yang ditentukan (site-
directed mutation). Klon adalah p!pulasi !rganisme atau m!lekul yang diper!leh dari
repr!duksi aseksual dari nenek m!yang tunggal. Kl!ning gen adalah pr!ses
penggabungan gen asing ke replik!n DNA hibrid. Kl!ning gen dapat terekspresi pada
sel yang c!c!k dan fen!tipnya dapat dianalisis.
)eberapa k!nsep dasar dalam kl!ning gen adalah sebagai berikut. "ertama
harus tersedia fragmen DNA d!n!r (diper!leh dengan met!de mekanik atau en7imatik).
Dipersiapkan en7im end!nuklease retriksi khususnya klas ::# sehingga dihasilkan
fragmen dengan kedua uung yang siap disisipkan (uung lancip atau uung rata)#
mempersiapkan vekt!r kl!ning dapat berupa fag# plasmid tergantung ukuran DNA yang
hendak disisipkan (fag dan plasmid hanya menerima (% kb DNA asing# c!smid fag "(
mampu menerima (%% kb DNA asing). ?ekt!r kl!ning harus dapat mengenali pr!m!t!r
dan regulat!r ekspresi lainnya dari DNA asing. Kedua menghasilkan replik!n hibrid yang
terdiri atas fragmen DNA d!n!r dan vekt!r kl!ning dengan en7im ligase untuk
meggabungkan DNA d!n!r ke vekt!r kl!ning ($ambar 4.0). 9erakhir mengintr!duksikan
replik!n hibrid ke dalam sel yang c!c!k sehingga dapat dilihat ekspresi gen asing yang
disisipkan. :ntr!duksi replik!n hibrid dapat secara langsung (transf!rmasi atau
transfeksi) atau secara tidak langsung (transduksi)
Ta*el 8.9 3pesifikasi en7im end!nuklease retriksi klas ::
En8im Diisolasi dari Daera% pen&enalan Str$kt$r
)ra&men
kilo*asa ?@9@
Sau*A
Nla:::
Dpn:
Ssp:
Pst:
EcoR:
la:
Nor:
Staphylococcus
aureus
Neissaria lactamica
Diplococcus
pneumoniae
Sphaerotilus
natans
Pro!idencia stuartii
Escherichia coli
aryophanon latum
Nocardia otitidis-
ca!iarum
&
&
&
<
<
<
<
4
$A9F
FA9$
$A9F
AA9AA9
F9$FA$
$AA99F
A9F$A9
$F$$FF$F
=ancip uung -8
=ancip uung *8
Rata
Rata
=ancip uung *8
=ancip uung -8
=ancip uung -8
=ancip uung -8
Gam*ar 8.A Diagram perc!baan kl!ning gen. "lasind vekt!r kl!ning adalah p)R*22
yang memiliki gen untuk resistensi ampisilin (amp
r
) dan tetrasiklin (tet
r
) dan hanya
memiliki ( l!kasi retriksi Hind:::.
REG45ASI EKS1RESI GEN
2en!tip bakteri ditentukan !leh pr!perti gen!tip dan k!ndisi pertumbuhan.
"erubahan k!ndisi pertumbuhan pada kultur murni bakteri sering menghasilkan adaptasi
fisi!l!gik terprediksi pada semua p!pulasi. Adaptasi fisi!l!gik biasanya beras!siasi
dengan perubahan aktivitas metab!lisme. Arus metab!lisme merupakan alur bi!kimia5i
yang dik!ntr!l !leh en7im baik en7im tersintesis baru dan en7im terdahulu. Karena
en7im merupakan ekspresi gen# maka regulasi ekspresi gen menentukan adaptasi
fisi!l!gik bakteri.
;kspresi gen dimulai dari aktivitas RNA p!limerase dalam mentranskrip DNA.
"engikatan RNA p!limerase ke DNA teradi di l!kasi khusus yang disebut pr!m!t!r.
"r!m!t!r kuat mampu berinteraksi dengan RNA p!limerase dan menginisiasi transkripsi
dengan cepat. >al sebaliknya teradi pada pr!m!t!r lemah. 9ranskripsi beralan dari
*8-8 DNA template atau mRNA disintesis dari -8*8. 9ranskripsi berakhir ketika RNA
p!limerase mencapai daerah penghentian atau terminasi. Kemudia RNA p!limerase
keluar dari DNA# sehingga diper!leh ( pita mRNA lengkap.
3atu mRNA dapat mengk!de ( atau lebih p!lipeptida. mRNA yang dapat
mengk!de lebih dari ( p!lipeptida disebut mRNA p!lisistr!nik. mRNA p!lisistr!nik
ditranslasi menghasilkan beberapa p!lipeptida terpisah dalam sekali translasi. 9ranslasi
berlangsung di dalam rib!s!m. 3etelah dutranslasi mRNA akan terdegradasi dengan
cepat dalam beberapa menit.
Re&$lasi Transkripsi
)eberapa mRNA disintesis dengan kecepatan k!nstan dan terk!de
menghasilkan en7im k!nstitutif. @umlah mRNA dan p!lipeptida yang dipr!suksi dari
beberapa en7im k!nstitutif bervariasi tergantung kekuatan pr!m!ternya. 3elain
pr!m!ter# !per!n berperan dalam menentukan kecepatan transkripsi. )anyak !per!n
diregulasi secara tidak langsung !leh perubahan k!ndisi lingkungan. Namun regulasi
transkripsi pada pr!m!t!r dan !per!n secara langsung dilakukan !leh pr!tein regulasi.
"r!tein regulasi mengikat !per!n pada daerah yang disebut !perat!r atau l!kasi
regulasi. "engikatan pr!tein regulasi pada !perat!r dapat meregulasi transkripsi dalam
2 bentuk# yaitu re&$lasi positi) (menaikan kecepatan) dan re&$lasi ne&ati)
(menurunkan kecepatan) inisiasi transkripsi. =akt!sa !per!n E. coli merupakan c!nt!h
regulasi negatif !per!n.
3elain diregulasi !leh pr!tein regulasi# !per!n uga diregulasi !leh struktur
sekunder mRNA. 3truktur sekunder mRNA yang dapat meregulasi transkripsi adalah
tusuk k!nde. 3truktur tusuk k!nde mRNA menghasilkan * bentuk regulasi# yaitu
pen$ndaan ,pausing-, aten$asi ,attenuation-, dan antiterminasi. Ketiga struktur
tusuk k!nde terletak di l!kasi sangat dekat. 9usuk k!nde penundaan terletak di segmen
( dan 2# tusuk k!nde atenuasi terletak di segmen * dan &# sedangkan tusuk k!nde
antiterminasi terletak di segmen 2 dan * dari segmen !per!n# tepatnya di $r$tan
pemimpin ,leader sequence-. Dengan demikian hanya akan diumpai maksimal 2
tusuk k!nde pada satu mRNA.
Mutasi n!nsense uga dapat menghentikan transkripsi secara prematur pada
pr!ses el!ngasi. @ika pada regulasi atenuasi tidak menghasilkan p!lipeptida# tetapi pada
regulasi n!nsense menghasilkan p!lipeptida. Namun p!lipeptida hasil regulasi
n!nsense dapat berfungsi maksimal# sebagian# bahkan tidak sama sekali. >al ini
tergantung l!kasi teradinya mutasi n!nsense. @ika mutasi teradi di urutan a5al sampai
pertengahan# maka p!lipeptida yang dihasilkan tidak berfungsi. Namun ika mutasi
teradi pada urutan akhir# maka p!lipeptida yang dihasilkan dapat berfungsi sebagian
atau penuh.
Re&$lasi Translasi
=!kasi pengikatan mRNA pada rib!s!m yaitu urutan k!mplementer uung *8
rRNA (<3. :nteraksi rRNA (<3 dengan mRNA menghasilkan k!mpleks yang dapat
menginisiasi sintesis pr!tein. K!ntr!l translasi tergantung pada umlah tRNA# pr!duksi
rib!s!m dan umlah rib!s!m bebas. @umlah tRNA pasti mempengaruhi kecepatan
translasi# karena tRNA memba5a asam amin! untuk mentranslasi mRNA. 3emakin
banyak pr!duksi rib!s!m# maka semakin cepat pr!ses translasi. 3emakin sedikit umlah
rib!s!m bebas# maka semakin cepat translasi. )eberapa rib!s!m bebas dapat
menghambat translasi mRNA p!lisistr!nik yang seharusnya dik!de.