http://kimia.unnes.ac.id/kasmui/komputasi/diktat_hyper.

htm
TUTORIAL HYPERCHEM

INTRODUKSI

Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan
oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem
merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan,
fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil
perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa
sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.
Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan
mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio). Disamping itu tersedia
pula database dan program simulasi Monte Carlo dan molecular dynamics (MD).
Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:
Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Mani-pulation)
Display Molekul (Molecular Display)
Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
Metode Komputasi (Computational Methods)

HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan untuk menentukan bebe-rapa sifat struktur antara lain :
Stabilitas relatif dari beberapa
isomer
Panas pembentukan
Energi aktivasi
Muatan atom
Beda energi HOMO-LUMO
Potensial Ionisasi
Afinitas elektron
Energi keadaan tereksitasi CI
Sifat dan struktur keadaan
transisi
Energi interaksi non-bonded
Spektra serapan UV-VIS
Spektra Absorpsi IR
Pengaruh isotop pada vibrasi
Spektra serapan IR
Efek Collision pada sifat
Momen dipol
Tingkat energi elektronik
Energi korelasi elektron MP2
struktur
Stabilitas dari kluster

Simulasi
Interaksi Docking
Pengaruh temperatur pada gerakan molekul
Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
Interaksi intermolekular pada kluster
VIEW TOOLBARS STANDARD

Seketika HyperChem aktif, maka tampak toolbars standard berikut:



Beberapa toolbars yang harus dipahami dulu adalah Draw, Select, Rotate out-of-plane (XY
Rotation), Rotate in-plane (Z Rotation), Translate (XY Translation), Z-Translate,
Magnify/shrink/Zoom,Z-Clipping planes, dan Text Annotation. Penjelasannya sebagai berikut:


: button `Drawing' untuk menampakkan sistem periodik unsur; cara
melakukanya
Dengan klik 2 kali secara cepat
: button `Selection' untuk memilih atom atau molekul atau untuk melihat
panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi

: button `XY Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu X dan Y

: button `Z Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu Z

: button `XY Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang
sumbu
X dan Y

: button `Z Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang
sumbu Z


: button `Zoom' untuk membesarkan atau mengecilkan sistem molekul.
Caranya, tekan tombol kin mouse, gerakan ke kiri-bawah untuk membesarkan,
atau gerakan ke kanan-atas untuk mengecilkan

: button `Z Clipping' untuk memotong molekul



: button `Text Annotation' untuk menambakkan text pada layar


Button toolbars yang lain adalah button standar pada Ms Office, yaitu
New : memulai file baru
Open : membuka file lama
Save : menyimpan file aktif ke disket/H-Disk
Cut : menghilangkan pilihan dan menyimpan ke memori
Copy : menyimpan pilihan ke memori
Paste : menempelkan simpanan di memori ke layar
Print : nge-printing

PERSIAPAN MEMBUAT FILE STRUKTUR BARU

Langkah sederhananya :
Klik <File>, pilih <Preferences>, sehingga muncul tampilan berikut




Pilih pada <Window Color> <White>, supaya layar HyperChem berwarna putih.
Pilihan lain pada <Preferences> dapat dicoba sendiri.
Klik <Display>, pilih <Labels>, sehingga muncul tampilan berikut:





Pada <Labels> pilihlah <Symbol> dalam <Atoms>, lalu pilihlah <Bond Order> dalam
Bonds>. Sementara pilihan manut dulu, lain kali terserah.

MEMBUAT STRUKTUR BARU

Langkah mudahnya:
Klik <File> lalu pilih <New>, supaya layar bersih
Klik button [Draw] 2 kali dengan cepat sehingga muncul < Element Tabel>



Seumpama akan membuat struktur etana (CH
3
CH
3
), maka klik I kali huruf <C> pada <Element
Tabel>. Ingat pilihan <Explicit Hydrogens> pada <Element Tabel> jangan dicentang (tidak
dipilih dulu)
Pada layar putih klik kiri mouse 1 kali, kemudian klik kiri mouse I kali lagi dekat dengan yang
pertama, seperti pada gambar


Klik kiri mouse pada C sebelah kiri, jangan dilepas dulu klik kirinya, geser atau hubungkan ke C
yang kedua, sehingga terbentuk ikatan, seperti gambar berikut


Bagaimana membuatetena(CH
2
CH
2
) yang ordeikatannya 2 ?
1. Lakukan langkah (1) sampai(5) seperti di atas, persis!
2. Klik button toolbars[Draw] 1 kali,laluarahkan kursor bertanda<select>dan
tempatkantepatpada garisikatan,klik kiri mouse 1 kali saja,maka akan muncul ikatan
ganda.
Untuk membuatetuna(CHCH) yang berorde ikatan 3, maka lakukanklik seperti ini2kali
klikkiri mouse,sehingga muncul ikatan tripel.
3. Baru lalukan langkah (6) dan (7).














Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build> sehingga muncul struktur berikut



Klik button toolbars yang lain untuk mengubah posisi stuktur, misalnya klik 1 kali button [XY
Rotation] , kemudian pada layar putih klik kiri mouse dan tahan tents sambil
menggeser mouse kesana-kemari. Coba pilihan lain, misal [translation], dan [ zoom]


MELIHAT PANJANG IKATAN, SUDUT IKATAN, DAN SUDUT TORSION

Klik <Select> dan pilihlah <Atoms>, untuk memilih atom-atom
Klik button toolbars [Select] 1 kali saja
Untuk melihat panjang ikatan, arahkan button [Select] pada garis ikatan tertentu, misalnya
garis ikatan antar C, dan klik kiri mouse l kali tepat pada garis ikatan yang dipilih, maka akan
muncul keterangan pada garis paling bawah layar seperti berikut ini



Jarak antar C adalah 1,54 Angstrom
Cobalah lagi pada garis ikatan lain, dan bacalah panjang ikatannya!
Untuk membebaskan kursor mouse dan memilih maka klik kanan mouse 1 kali di
sembarang tempat.
4. Untuk melihat sudut ikatan H-C-H, maka klik kiri mouse dan tahan tepat di atas atom H
pertama dan geserkan ke atom H kedua, lepaskan klik, dan lihat hasilnya.
Sudut antara atom nomer 6-2-7 (H-C-H) adalah 109,471.
Coba antar 3 atom yang lain ! Misal sudut H-C-C !
5. Untuk melihat sudut torsi atom H-C-C-H, maka klik kiri mouse pada atom H pertama, tahan
klik dan geserkan ke atom H kedua, sehingga muncul gambar berikut
Sudut torsi atom H-C-C-H adalah 180



STRUKTUR 3 DIMENSI

Klik <Display>, dan pilihlah <Rendering>, muncul tampilan berikut



Pada Rendering Options terdapat berbagai pilihan : Rendering Method, Sticks, Balls,
Cylinders, dan Overlapping Spheres. Misalkan pilihannya pada
Rendering Method : Balls and Cylinder
Sticks : Pilih semua, kecuali Stereo
Balls : Shading dan Highlight
Cylinder : Color by element
Overlapping Sphere : Shading dan Highlight

Maka akan diperoleh gambar 3 dimensi sebagai berikut:



Untuk berubah ke bentuk semula (misalnya Sticks) tinggal tekan tombol <F2>, bolak-
balik!
Perlakukan bentuk gambar 3 dimensi ini seperti bentuk <Sticks>, misalkan untuk melihat
panjang ikatan, sudut ikatan 3 atom, dan sudut torsi 4 atom pilihan. Gerakkan pula dengan
<XY Rotation>, <Z Rotation>, <Translation>, atau <Zoom>
Untuk melihat gambar 3 dimensi yang bagus banget, maka klik <Display> dan pilihlah
<Raytrace>
Jangan lupa simpan gambar strukturnya dengan memilih <File> dan <Save>, kemudian
beri nama file (misal gambar 1).

MENGUBAH STRUKTUR MOLEKUL

Bagaimana membuat struktur Toluena dengan mengubah dari Benzena ?
Klik menu <File>, pilih <Open>, carilah file `Benzene' di direktori C:\Hyper80\
Samples\aromatic
Klik file `Benzene' dan <Open>, maka akan muncul struktur Benzena
Klik menu <Select> dan pilih <Atoms>, ingat jangan pilih dulu <Multiple Selections>,
karena hanya akan memilih satu pilihan saja
Klik kiri mouse tepat di atas salah satu atom H sampai ada tanda lingkaran, tanda berhasil
memilih, kemudian pilih tombol <Delete> pada keyboard
Klik button [Draw] 2 kali dengan cepat sehingga muncul <Element Tabel>
Klik 1 kali huruf <C> pada <Element Tabel>
Klik kiri mouse l kali tepat pada posisi atom H yang dihapus
Tarik garis ikatan dari atom C baru ke atom C yang dihilangkan atom H-nya, dengan cara
menekan tombol kiri mouse tepat di atas atom C baru, tahan dan geserkan ke atom C yang
hilang atom H-nya
Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build>
Klik button [XY Rotation] dan gerakan molekul sehingga atom H yang lain tampak

MEMBUAT STRUKTUR MOLEKUL DART CS CHEMDRAW ULTRA
Aktifkan program CS ChemDraw Ultra
Klik button tool text 1 kali
Misal akan membuat struktur TNT (Trinitrotoluene), klik kiri mouse di ruang kosong,
kemudian ketik `trinitrotoluene' (harus istilah asing)
Klik button tool Marquee 1 kali saja
Klik menu <Structure>, kemudian pilihlah <Convert Name to Structure>, maka akan keluar
struktur TNT
Klik button tool Marquee